/* name: stdconntable.c */ /* author: J. Michael Word Date Written: 11/15/98 */ /* purpose: describes the bonding connectivies for */ /* each std amino acid residue or */ /* nucleic acid base */ /*****************************************************************/ /* NOTICE: This is free software and the source code is freely */ /* available. You are free to redistribute or modify under the */ /* conditions that (1) this notice is not removed or modified */ /* in any way and (2) any modified versions of the program are */ /* also available for free. */ /* ** Absolutely no Warranty ** */ /* Copyright (C) 1999 J. Michael Word */ /*****************************************************************/ #include #include #include #include #include "stdconntable.h" /* the hash modulus M must be prime */ #define M 2617 typedef struct _StdResConnTableEntry { char *key; char *value; struct _StdResConnTableEntry *next; } StdResConnTableEntry_t; int HashInStdResTbl(char *s); int InsertInStdResConnTable(StdResConnTableEntry_t *e); char *SearchStdResConnTable(char *key); static StdResConnTableEntry_t *StdResTblBucket[M] = {NULL}; /* For each of the standard amino acids and bases, we */ /* list the parent atom for each hydrogen in the table */ /* below. We want this table to be as general as */ /* possible so where alternative names are commonly */ /* employed for an H atom, we list each of them. Where */ /* the parent atom name has several forms, we list */ /* each of them separated by a colon */ /* Farther down the table is the connectivity for the */ /* non hydrogens in each standard residue or base. */ static StdResConnTableEntry_t StandardResAtomConnRec[] = { /* fix for problem with output of truncated H names from O */ #define ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES 1 /*---------------------------------------*/ {"ALA: H ", " N : NT ", NULL}, {"ALA: HN ", " N : NT ", NULL}, {"ALA:1H ", " N : NT ", NULL}, {"ALA:2H ", " N : NT ", NULL}, {"ALA:3H ", " N : NT ", NULL}, {"ALA: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"ALA: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ALA: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ALA: HT1", " N : NT ", NULL}, {"ALA: HT2", " N : NT ", NULL}, {"ALA: HT3", " N : NT ", NULL}, {"ALA: HA ", " CA ", NULL}, {"ALA:1HB ", " CB ", NULL}, {"ALA:2HB ", " CB ", NULL}, {"ALA:3HB ", " CB ", NULL}, {"ALA: HB1", " CB ", NULL}, {"ALA: HB2", " CB ", NULL}, {"ALA: HB3", " CB ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"ALA: HT ", " N : NT ", NULL}, {"ALA: HB ", " CB ", NULL}, #endif {"CYS: H ", " N : NT ", NULL}, {"CYS: HN ", " N : NT ", NULL}, {"CYS:1H ", " N : NT ", NULL}, {"CYS:2H ", " N : NT ", NULL}, {"CYS:3H ", " N : NT ", NULL}, {"CYS: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"CYS: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"CYS: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"CYS: HT1", " N : NT ", NULL}, {"CYS: HT2", " N : NT ", NULL}, {"CYS: HT3", " N : NT ", NULL}, {"CYS: HA ", " CA ", NULL}, {"CYS:1HB ", " CB ", NULL}, {"CYS:2HB ", " CB ", NULL}, {"CYS: HB1", " CB ", NULL}, {"CYS: HB2", " CB ", NULL}, /* {"CYS: HB2", " CB ", NULL},*/ /* remediated names RMI 070718 */ {"CYS: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"CYS: HG ", " SG ", NULL}, /* check for SH2 ? reduce has HG2 and HG3... */ #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"CYS: HT ", " N : NT ", NULL}, {"CYS: HB ", " CB ", NULL}, #endif {"ASP: H ", " N : NT ", NULL}, {"ASP: HN ", " N : NT ", NULL}, {"ASP:1H ", " N : NT ", NULL}, {"ASP:2H ", " N : NT ", NULL}, {"ASP:3H ", " N : NT ", NULL}, {"ASP: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"ASP: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ASP: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ASP: HT1", " N : NT ", NULL}, {"ASP: HT2", " N : NT ", NULL}, {"ASP: HT3", " N : NT ", NULL}, {"ASP: HA ", " CA ", NULL}, {"ASP:1HB ", " CB ", NULL}, {"ASP:2HB ", " CB ", NULL}, {"ASP: HB1", " CB ", NULL}, {"ASP: HB2", " CB ", NULL}, /* {"ASP: HB2", " CB ", NULL},*/ /* remediated names RMI 070718 */ {"ASP: HB3", " CB ", NULL}, /* */ #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"ASP: HT ", " N : NT ", NULL}, {"ASP: HB ", " CB ", NULL}, #endif {"GLU: H ", " N : NT ", NULL}, {"GLU: HN ", " N : NT ", NULL}, {"GLU:1H ", " N : NT ", NULL}, {"GLU:2H ", " N : NT ", NULL}, {"GLU:3H ", " N : NT ", NULL}, {"GLU: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"GLU: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"GLU: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"GLU: HT1", " N : NT ", NULL}, {"GLU: HT2", " N : NT ", NULL}, {"GLU: HT3", " N : NT ", NULL}, {"GLU: HA ", " CA ", NULL}, {"GLU:1HB ", " CB ", NULL}, {"GLU:2HB ", " CB ", NULL}, {"GLU: HB1", " CB ", NULL}, {"GLU: HB2", " CB ", NULL}, /* {"GLU: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"GLU: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"GLU:1HG ", " CG ", NULL}, {"GLU:2HG ", " CG ", NULL}, {"GLU: HG1", " CG ", NULL}, {"GLU: HG2", " CG ", NULL}, /* {"GLU: HG2", " CG ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"GLU: HG3", " CG ", NULL}, /* */ #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"GLU: HT ", " N : NT ", NULL}, {"GLU: HB ", " CB ", NULL}, {"GLU: HG ", " CG ", NULL}, #endif {"PHE: H ", " N : NT ", NULL}, {"PHE: HN ", " N : NT ", NULL}, {"PHE:1H ", " N : NT ", NULL}, {"PHE:2H ", " N : NT ", NULL}, {"PHE:3H ", " N : NT ", NULL}, {"PHE: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"PHE: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"PHE: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"PHE: HT1", " N : NT ", NULL}, {"PHE: HT2", " N : NT ", NULL}, {"PHE: HT3", " N : NT ", NULL}, {"PHE: HA ", " CA ", NULL}, {"PHE:1HB ", " CB ", NULL}, {"PHE:2HB ", " CB ", NULL}, {"PHE: HB1", " CB ", NULL}, {"PHE: HB2", " CB ", NULL}, /* {"PHE: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"PHE: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"PHE: HD1", " CD1", NULL}, {"PHE: HD2", " CD2", NULL}, {"PHE: HE1", " CE1", NULL}, {"PHE: HE2", " CE2", NULL}, {"PHE: HZ ", " CZ ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"PHE: HT ", " N : NT ", NULL}, {"PHE: HB ", " CB ", NULL}, {"PHE: HD ", " CD1: CD2", NULL}, {"PHE: HE ", " CE1: CE2", NULL}, #endif {"GLY: H ", " N : NT ", NULL}, {"GLY: HN ", " N : NT ", NULL}, {"GLY:1H ", " N : NT ", NULL}, {"GLY:2H ", " N : NT ", NULL}, {"GLY:3H ", " N : NT ", NULL}, {"GLY: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"GLY: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"GLY: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"GLY: HT1", " N : NT ", NULL}, {"GLY: HT2", " N : NT ", NULL}, {"GLY: HT3", " N : NT ", NULL}, {"GLY:1HA ", " CA ", NULL}, {"GLY:2HA ", " CA ", NULL}, {"GLY: HA1", " CA ", NULL}, {"GLY: HA2", " CA ", NULL}, /* {"GLY: HA2", " CA ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"GLY: HA3", " CA ", NULL}, /* */ #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"GLY: HT ", " N : NT ", NULL}, {"GLY: HA ", " CA ", NULL}, #endif {"HIS: H ", " N : NT ", NULL}, {"HIS: HN ", " N : NT ", NULL}, {"HIS:1H ", " N : NT ", NULL}, {"HIS:2H ", " N : NT ", NULL}, {"HIS:3H ", " N : NT ", NULL}, {"HIS: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"HIS: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"HIS: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"HIS: HT1", " N : NT ", NULL}, {"HIS: HT2", " N : NT ", NULL}, {"HIS: HT3", " N : NT ", NULL}, {"HIS: HA ", " CA ", NULL}, {"HIS:1HB ", " CB ", NULL}, {"HIS:2HB ", " CB ", NULL}, {"HIS: HB1", " CB ", NULL}, {"HIS: HB2", " CB ", NULL}, /* {"HIS: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"HIS: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"HIS: HD1", " ND1", NULL}, {"HIS: HD2", " CD2", NULL}, {"HIS: HE1", " CE1", NULL}, {"HIS: HE2", " NE2", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"HIS: HT ", " N : NT ", NULL}, {"HIS: HB ", " CB ", NULL}, {"HIS: HD ", " ND1: CD2", NULL}, {"HIS: HE ", " CE1: NE2", NULL}, #endif {"ILE: H ", " N : NT ", NULL}, {"ILE: HN ", " N : NT ", NULL}, {"ILE:1H ", " N : NT ", NULL}, {"ILE:2H ", " N : NT ", NULL}, {"ILE:3H ", " N : NT ", NULL}, {"ILE: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"ILE: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ILE: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ILE: HT1", " N : NT ", NULL}, {"ILE: HT2", " N : NT ", NULL}, {"ILE: HT3", " N : NT ", NULL}, {"ILE: HA ", " CA ", NULL}, {"ILE: HB ", " CB ", NULL}, {"ILE:1HG1", " CG1", NULL}, {"ILE:2HG1", " CG1", NULL}, {"ILE:HG11", " CG1", NULL}, {"ILE:HG12", " CG1", NULL}, {"ILE:1HG2", " CG2", NULL}, {"ILE:2HG2", " CG2", NULL}, {"ILE:3HG2", " CG2", NULL}, {"ILE:HG21", " CG2", NULL}, {"ILE:HG22", " CG2", NULL}, {"ILE:HG23", " CG2", NULL}, {"ILE:1HD1", " CD1", NULL}, {"ILE:2HD1", " CD1", NULL}, {"ILE:3HD1", " CD1", NULL}, {"ILE:HD11", " CD1", NULL}, {"ILE:HD12", " CD1", NULL}, {"ILE:HD13", " CD1", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"ILE: HT ", " N : NT ", NULL}, {"ILE:1HG ", " CG1: CG2", NULL}, {"ILE:2HG ", " CG1: CG2", NULL}, {"ILE:3HG ", " CG2", NULL}, {"ILE:HG1 ", " CG1", NULL}, {"ILE:HG2 ", " CG2", NULL}, {"ILE:1HD ", " CD1", NULL}, {"ILE:2HD ", " CD1", NULL}, {"ILE:3HD ", " CD1", NULL}, {"ILE:HD1 ", " CD1", NULL}, #endif {"LYS: H ", " N : NT ", NULL}, {"LYS: HN ", " N : NT ", NULL}, {"LYS:1H ", " N : NT ", NULL}, {"LYS:2H ", " N : NT ", NULL}, {"LYS:3H ", " N : NT ", NULL}, {"LYS: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"LYS: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"LYS: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"LYS: HT1", " N : NT ", NULL}, {"LYS: HT2", " N : NT ", NULL}, {"LYS: HT3", " N : NT ", NULL}, {"LYS: HA ", " CA ", NULL}, {"LYS:1HB ", " CB ", NULL}, {"LYS:2HB ", " CB ", NULL}, {"LYS: HB1", " CB ", NULL}, {"LYS: HB2", " CB ", NULL}, /* {"LYS: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"LYS: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"LYS:1HG ", " CG ", NULL}, {"LYS:2HG ", " CG ", NULL}, {"LYS: HG1", " CG ", NULL}, {"LYS: HG2", " CG ", NULL}, /* {"LYS: HG2", " CG ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"LYS: HG3", " CG ", NULL}, /* */ {"LYS:1HD ", " CD ", NULL}, {"LYS:2HD ", " CD ", NULL}, {"LYS: HD1", " CD ", NULL}, {"LYS: HD2", " CD ", NULL}, /* {"LYS: HD2", " CD ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"LYS: HD3", " CD ", NULL}, /* */ {"LYS:1HE ", " CE ", NULL}, {"LYS:2HE ", " CE ", NULL}, {"LYS: HE1", " CE ", NULL}, {"LYS: HE2", " CE ", NULL}, /* {"LYS: HE2", " CE ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"LYS: HE3", " CE ", NULL}, /* */ {"LYS:1HZ ", " NZ ", NULL}, {"LYS:2HZ ", " NZ ", NULL}, {"LYS:3HZ ", " NZ ", NULL}, {"LYS: HZ1", " NZ ", NULL}, {"LYS: HZ2", " NZ ", NULL}, {"LYS: HZ3", " NZ ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"LYS: HT ", " N : NT ", NULL}, {"LYS: HB ", " CB ", NULL}, {"LYS: HG ", " CG ", NULL}, {"LYS: HD ", " CD ", NULL}, {"LYS: HE ", " CE ", NULL}, {"LYS: HZ ", " NZ ", NULL}, #endif {"LEU: H ", " N : NT ", NULL}, {"LEU: HN ", " N : NT ", NULL}, {"LEU:1H ", " N : NT ", NULL}, {"LEU:2H ", " N : NT ", NULL}, {"LEU:3H ", " N : NT ", NULL}, {"LEU: HT1", " N : NT ", NULL}, {"LEU: HT2", " N : NT ", NULL}, {"LEU: HT3", " N : NT ", NULL}, {"LEU: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"LEU: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"LEU: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"LEU: HA ", " CA ", NULL}, {"LEU:1HB ", " CB ", NULL}, {"LEU:2HB ", " CB ", NULL}, {"LEU: HB1", " CB ", NULL}, {"LEU: HB2", " CB ", NULL}, /* {"LEU: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"LEU: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"LEU: HG ", " CG ", NULL}, {"LEU:1HD1", " CD1", NULL}, {"LEU:2HD1", " CD1", NULL}, {"LEU:3HD1", " CD1", NULL}, {"LEU:HD11", " CD1", NULL}, {"LEU:HD12", " CD1", NULL}, {"LEU:HD13", " CD1", NULL}, {"LEU:1HD2", " CD2", NULL}, {"LEU:2HD2", " CD2", NULL}, {"LEU:3HD2", " CD2", NULL}, {"LEU:HD21", " CD2", NULL}, {"LEU:HD22", " CD2", NULL}, {"LEU:HD23", " CD2", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"LEU: HT ", " N : NT ", NULL}, {"LEU: HB ", " CB ", NULL}, {"LEU:1HD ", " CD1: CD2", NULL}, {"LEU:2HD ", " CD1: CD2", NULL}, {"LEU:3HD ", " CD1: CD2", NULL}, {"LEU:HD1 ", " CD1", NULL}, {"LEU:HD2 ", " CD2", NULL}, #endif {"MET: H ", " N : NT ", NULL}, {"MET: HN ", " N : NT ", NULL}, {"MET:1H ", " N : NT ", NULL}, {"MET:2H ", " N : NT ", NULL}, {"MET:3H ", " N : NT ", NULL}, {"MET: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"MET: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"MET: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"MET: HT1", " N : NT ", NULL}, {"MET: HT2", " N : NT ", NULL}, {"MET: HT3", " N : NT ", NULL}, {"MET: HA ", " CA ", NULL}, {"MET:1HB ", " CB ", NULL}, {"MET:2HB ", " CB ", NULL}, {"MET: HB1", " CB ", NULL}, {"MET: HB2", " CB ", NULL}, /* {"MET: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"MET: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"MET:1HG ", " CG ", NULL}, {"MET:2HG ", " CG ", NULL}, {"MET: HG1", " CG ", NULL}, {"MET: HG2", " CG ", NULL}, /* {"MET: HG2", " CG ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"MET: HG3", " CG ", NULL}, /* */ {"MET:1HE ", " CE ", NULL}, {"MET:2HE ", " CE ", NULL}, {"MET:3HE ", " CE ", NULL}, {"MET: HE1", " CE ", NULL}, {"MET: HE2", " CE ", NULL}, {"MET: HE3", " CE ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"MET: HT ", " N : NT ", NULL}, {"MET: HB ", " CB ", NULL}, {"MET: HG ", " CG ", NULL}, {"MET: HE ", " CE ", NULL}, #endif {"ASN: H ", " N : NT ", NULL}, {"ASN: HN ", " N : NT ", NULL}, {"ASN:1H ", " N : NT ", NULL}, {"ASN:2H ", " N : NT ", NULL}, {"ASN:3H ", " N : NT ", NULL}, {"ASN: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"ASN: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ASN: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ASN: HT1", " N : NT ", NULL}, {"ASN: HT2", " N : NT ", NULL}, {"ASN: HT3", " N : NT ", NULL}, {"ASN: HA ", " CA ", NULL}, {"ASN:1HB ", " CB ", NULL}, {"ASN:2HB ", " CB ", NULL}, {"ASN: HB1", " CB ", NULL}, {"ASN: HB2", " CB ", NULL}, /* {"ASN: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"ASN: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"ASN:1HD2", " ND2", NULL}, {"ASN:2HD2", " ND2", NULL}, {"ASN:HD21", " ND2", NULL}, {"ASN:HD22", " ND2", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"ASN: HT ", " N : NT ", NULL}, {"ASN: HB ", " CB ", NULL}, {"ASN:1HD ", " ND2", NULL}, {"ASN:2HD ", " ND2", NULL}, {"ASN:HD2 ", " ND2", NULL}, #endif {"PRO:1H ", " N : NT ", NULL}, {"PRO:2H ", " N : NT ", NULL}, {"PRO: HT1", " N : NT ", NULL}, {"PRO: HT2", " N : NT ", NULL}, {"PRO: HA ", " CA ", NULL}, {"PRO:1HB ", " CB ", NULL}, {"PRO:2HB ", " CB ", NULL}, {"PRO: HB1", " CB ", NULL}, {"PRO: HB2", " CB ", NULL}, /* {"PRO: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"PRO: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"PRO:1HG ", " CG ", NULL}, {"PRO:2HG ", " CG ", NULL}, {"PRO: HG1", " CG ", NULL}, {"PRO: HG2", " CG ", NULL}, /* {"PRO: HG2", " CG ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"PRO: HG3", " CG ", NULL}, /* */ {"PRO:1HD ", " CD ", NULL}, {"PRO:2HD ", " CD ", NULL}, {"PRO: HD1", " CD ", NULL}, {"PRO: HD2", " CD ", NULL}, /* {"PRO: HD2", " CD ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"PRO: HD3", " CD ", NULL}, /* */ #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"PRO: HT ", " N : NT ", NULL}, {"PRO: HB ", " CB ", NULL}, {"PRO: HG ", " CG ", NULL}, {"PRO: HD ", " CD ", NULL}, #endif {"GLN: H ", " N : NT ", NULL}, {"GLN: HN ", " N : NT ", NULL}, {"GLN:1H ", " N : NT ", NULL}, {"GLN:2H ", " N : NT ", NULL}, {"GLN:3H ", " N : NT ", NULL}, {"GLN: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"GLN: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"GLN: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"GLN: HT1", " N : NT ", NULL}, {"GLN: HT2", " N : NT ", NULL}, {"GLN: HT3", " N : NT ", NULL}, {"GLN: HA ", " CA ", NULL}, {"GLN:1HB ", " CB ", NULL}, {"GLN:2HB ", " CB ", NULL}, {"GLN: HB1", " CB ", NULL}, {"GLN: HB2", " CB ", NULL}, /* {"GLN: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"GLN: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"GLN:1HG ", " CG ", NULL}, {"GLN:2HG ", " CG ", NULL}, {"GLN: HG1", " CG ", NULL}, {"GLN: HG2", " CG ", NULL}, /* {"GLN: HG2", " CG ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"GLN: HG3", " CG ", NULL}, /* */ {"GLN:1HE2", " NE2", NULL}, {"GLN:2HE2", " NE2", NULL}, {"GLN:HE21", " NE2", NULL}, {"GLN:HE22", " NE2", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"GLN: HT ", " N : NT ", NULL}, {"GLN: HB ", " CB ", NULL}, {"GLN: HG ", " CG ", NULL}, {"GLN:1HE ", " NE2", NULL}, {"GLN:2HE ", " NE2", NULL}, {"GLN:HE2 ", " NE2", NULL}, #endif {"ARG: H ", " N : NT ", NULL}, {"ARG: HN ", " N : NT ", NULL}, {"ARG:1H ", " N : NT ", NULL}, {"ARG:2H ", " N : NT ", NULL}, {"ARG:3H ", " N : NT ", NULL}, {"ARG: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"ARG: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ARG: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ARG: HT1", " N : NT ", NULL}, {"ARG: HT2", " N : NT ", NULL}, {"ARG: HT3", " N : NT ", NULL}, {"ARG: HA ", " CA ", NULL}, {"ARG:1HB ", " CB ", NULL}, {"ARG:2HB ", " CB ", NULL}, {"ARG: HB1", " CB ", NULL}, {"ARG: HB2", " CB ", NULL}, /* {"ARG: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"ARG: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"ARG:1HG ", " CG ", NULL}, {"ARG:2HG ", " CG ", NULL}, {"ARG: HG1", " CG ", NULL}, {"ARG: HG2", " CG ", NULL}, /* {"ARG: HG2", " CG ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"ARG: HG3", " CG ", NULL}, /* */ {"ARG:1HD ", " CD ", NULL}, {"ARG:2HD ", " CD ", NULL}, {"ARG: HD1", " CD ", NULL}, {"ARG: HD2", " CD ", NULL}, /* {"ARG: HD2", " CD ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"ARG: HD3", " CD ", NULL}, /* */ {"ARG: HE ", " NE ", NULL}, {"ARG:1HH1", " NH1", NULL}, {"ARG:2HH1", " NH1", NULL}, {"ARG:1HH2", " NH2", NULL}, {"ARG:2HH2", " NH2", NULL}, {"ARG:HH11", " NH1", NULL}, {"ARG:HH12", " NH1", NULL}, {"ARG:HH21", " NH2", NULL}, {"ARG:HH22", " NH2", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"ARG: HT ", " N : NT ", NULL}, {"ARG: HB ", " CB ", NULL}, {"ARG: HG ", " CG ", NULL}, {"ARG: HD ", " CD ", NULL}, {"ARG:1HH ", " NH1: NH2", NULL}, {"ARG:2HH ", " NH1: NH2", NULL}, {"ARG:HH1 ", " NH1", NULL}, {"ARG:HH2 ", " NH2", NULL}, #endif {"SER: H ", " N : NT ", NULL}, {"SER: HN ", " N : NT ", NULL}, {"SER:1H ", " N : NT ", NULL}, {"SER:2H ", " N : NT ", NULL}, {"SER:3H ", " N : NT ", NULL}, {"SER: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"SER: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"SER: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"SER: HT1", " N : NT ", NULL}, {"SER: HT2", " N : NT ", NULL}, {"SER: HT3", " N : NT ", NULL}, {"SER: HA ", " CA ", NULL}, {"SER:1HB ", " CB ", NULL}, {"SER:2HB ", " CB ", NULL}, {"SER: HB1", " CB ", NULL}, {"SER: HB2", " CB ", NULL}, /* {"SER: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"SER: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"SER: HG ", " OG ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"SER: HT ", " N : NT ", NULL}, {"SER: HB ", " CB ", NULL}, #endif {"THR: H ", " N : NT ", NULL}, {"THR: HN ", " N : NT ", NULL}, {"THR:1H ", " N : NT ", NULL}, {"THR:2H ", " N : NT ", NULL}, {"THR:3H ", " N : NT ", NULL}, {"THR: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"THR: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"THR: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"THR: HT1", " N : NT ", NULL}, {"THR: HT2", " N : NT ", NULL}, {"THR: HT3", " N : NT ", NULL}, {"THR: HA ", " CA ", NULL}, {"THR: HB ", " CB ", NULL}, {"THR: HG1", " OG1", NULL}, {"THR: HG ", " OG1", NULL}, {"THR:1HG2", " CG2", NULL}, {"THR:2HG2", " CG2", NULL}, {"THR:3HG2", " CG2", NULL}, {"THR:HG21", " CG2", NULL}, {"THR:HG22", " CG2", NULL}, {"THR:HG23", " CG2", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"THR: HT ", " N : NT ", NULL}, {"THR:1HG ", " CG2", NULL}, {"THR:2HG ", " CG2", NULL}, {"THR:3HG ", " CG2", NULL}, {"THR:HG2 ", " CG2", NULL}, #endif {"VAL: H ", " N : NT ", NULL}, {"VAL: HN ", " N : NT ", NULL}, {"VAL:1H ", " N : NT ", NULL}, {"VAL:2H ", " N : NT ", NULL}, {"VAL:3H ", " N : NT ", NULL}, {"VAL: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"VAL: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"VAL: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"VAL: HT1", " N : NT ", NULL}, {"VAL: HT2", " N : NT ", NULL}, {"VAL: HT3", " N : NT ", NULL}, {"VAL: HA ", " CA ", NULL}, {"VAL: HB ", " CB ", NULL}, {"VAL:1HG1", " CG1", NULL}, {"VAL:2HG1", " CG1", NULL}, {"VAL:3HG1", " CG1", NULL}, {"VAL:HG11", " CG1", NULL}, {"VAL:HG12", " CG1", NULL}, {"VAL:HG13", " CG1", NULL}, {"VAL:1HG2", " CG2", NULL}, {"VAL:2HG2", " CG2", NULL}, {"VAL:3HG2", " CG2", NULL}, {"VAL:HG21", " CG2", NULL}, {"VAL:HG22", " CG2", NULL}, {"VAL:HG23", " CG2", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"VAL: HT ", " N : NT ", NULL}, {"VAL:1HG ", " CG1: CG2", NULL}, {"VAL:2HG ", " CG1: CG2", NULL}, {"VAL:3HG ", " CG1: CG2", NULL}, {"VAL:HG1 ", " CG1", NULL}, {"VAL:HG2 ", " CG2", NULL}, #endif {"TRP: H ", " N : NT ", NULL}, {"TRP: HN ", " N : NT ", NULL}, {"TRP:1H ", " N : NT ", NULL}, {"TRP:2H ", " N : NT ", NULL}, {"TRP:3H ", " N : NT ", NULL}, {"TRP: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"TRP: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"TRP: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"TRP: HT1", " N : NT ", NULL}, {"TRP: HT2", " N : NT ", NULL}, {"TRP: HT3", " N : NT ", NULL}, {"TRP: HA ", " CA ", NULL}, {"TRP:1HB ", " CB ", NULL}, {"TRP:2HB ", " CB ", NULL}, {"TRP: HB1", " CB ", NULL}, {"TRP: HB2", " CB ", NULL}, /* {"TRP: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"TRP: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"TRP: HD1", " CD1", NULL}, {"TRP: HE1", " NE1", NULL}, {"TRP: HE3", " CE3", NULL}, {"TRP: HZ2", " CZ2", NULL}, {"TRP: HZ3", " CZ3", NULL}, {"TRP: HH2", " CH2", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"TRP: HT ", " N : NT ", NULL}, {"TRP: HB ", " CB ", NULL}, {"TRP: HD ", " CD1", NULL}, {"TRP: HE ", " NE1: CE3", NULL}, {"TRP: HZ ", " CZ2: CZ3", NULL}, {"TRP: HH ", " CH2", NULL}, #endif {"TYR: H ", " N : NT ", NULL}, {"TYR: HN ", " N : NT ", NULL}, {"TYR:1H ", " N : NT ", NULL}, {"TYR:2H ", " N : NT ", NULL}, {"TYR:3H ", " N : NT ", NULL}, {"TYR: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"TYR: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"TYR: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"TYR: HT1", " N : NT ", NULL}, {"TYR: HT2", " N : NT ", NULL}, {"TYR: HT3", " N : NT ", NULL}, {"TYR: HA ", " CA ", NULL}, {"TYR:1HB ", " CB ", NULL}, {"TYR:2HB ", " CB ", NULL}, {"TYR: HB1", " CB ", NULL}, {"TYR: HB2", " CB ", NULL}, /* {"TYR: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"TYR: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"TYR: HD1", " CD1", NULL}, {"TYR: HD2", " CD2", NULL}, {"TYR: HE1", " CE1", NULL}, {"TYR: HE2", " CE2", NULL}, {"TYR: HH ", " OH ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"TYR: HT ", " N : NT ", NULL}, {"TYR: HB ", " CB ", NULL}, {"TYR: HD ", " CD1: CD2", NULL}, {"TYR: HE ", " CE1: CE2", NULL}, #endif /*---------------------------------------*/ {"ASX: H ", " N : NT ", NULL}, {"ASX: HN ", " N : NT ", NULL}, {"ASX:1H ", " N : NT ", NULL}, {"ASX:2H ", " N : NT ", NULL}, {"ASX:3H ", " N : NT ", NULL}, {"ASX: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"ASX: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ASX: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"ASX: HT1", " N : NT ", NULL}, {"ASX: HT2", " N : NT ", NULL}, {"ASX: HT3", " N : NT ", NULL}, {"ASX: HA ", " CA ", NULL}, {"ASX:1HB ", " CB ", NULL}, {"ASX:2HB ", " CB ", NULL}, {"ASX: HB1", " CB ", NULL}, {"ASX: HB2", " CB ", NULL}, /* {"ASX: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"ASX: HB3", " CB ", NULL}, /* */ #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"ASX: HT ", " N : NT ", NULL}, {"ASX: HB ", " CB ", NULL}, #endif {"GLX: H ", " N : NT ", NULL}, {"GLX: HN ", " N : NT ", NULL}, {"GLX:1H ", " N : NT ", NULL}, {"GLX:2H ", " N : NT ", NULL}, {"GLX:3H ", " N : NT ", NULL}, {"GLX: H1 ", " N : NT ", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {"GLX: H2 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"GLX: H3 ", " N : NT ", NULL}, /* */ {"GLX: HT1", " N : NT ", NULL}, {"GLX: HT2", " N : NT ", NULL}, {"GLX: HT3", " N : NT ", NULL}, {"GLX: HA ", " CA ", NULL}, {"GLX:1HB ", " CB ", NULL}, {"GLX:2HB ", " CB ", NULL}, {"GLX: HB1", " CB ", NULL}, {"GLX: HB2", " CB ", NULL}, /* {"GLX: HB2", " CB ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"GLX: HB3", " CB ", NULL}, /* */ {"GLX:1HG ", " CG ", NULL}, {"GLX:2HG ", " CG ", NULL}, {"GLX: HG1", " CG ", NULL}, {"GLX: HG2", " CG ", NULL}, /* {"GLX: HG2", " CG ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {"GLX: HG3", " CG ", NULL}, /* */ #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {"GLX: HT ", " N : NT ", NULL}, {"GLX: HB ", " CB ", NULL}, {"GLX: HG ", " CG ", NULL}, #endif /*---------------------------------------*/ {" U: H1*", " C1*: C1'", NULL}, {" U: H1'", " C1*: C1'", NULL}, {" U: H3*", " C3*: C3'", NULL}, {" U: H3'", " C3*: C3'", NULL}, {" U: H4*", " C4*: C4'", NULL}, {" U: H4'", " C4*: C4'", NULL}, {" U:1H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" U:2H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" U:*H51", " C5*: C5'", NULL}, {" U:*H52", " C5*: C5'", NULL}, {" U:H5''", " C5*: C5'", NULL}, {" U: H5'", " C5*: C5'", NULL}, {" U:1H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" U:2H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" U: H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" U:H2''", " C2*: C2'", NULL}, {" U: H2'", " C2*: C2'", NULL}, {" U:2HO*", " O2*: O2'", NULL}, {" U:*HO2", " O2*: O2'", NULL}, {" U:HO2'", " O2*: O2'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" U: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" U: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" U:3HO*", " O3*: O3'", NULL}, {" U:*HO3", " O3*: O3'", NULL}, {" U:HO3'", " O3*: O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" U:5HO*", " O5*: O5'", NULL}, {" U:*HO5", " O5*: O5'", NULL}, {" U:HO5'", " O5*: O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" U: HN3", " N3 ", NULL}, /* {" U: H3 ", " N3 ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {" U: H6 ", " C6 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" U: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" U: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" U:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" U:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" U:*H5 ", " C5*", NULL}, {" U:H5' ", " C5'", NULL}, {" U:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" U:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" U: H2 ", " C2*: C2': O2*: O2'", NULL}, {" U:H2' ", " C2'", NULL}, {" U:2HO ", " O2*: O2'", NULL}, {" U:*HO ", " O2*: O3*: O5*", NULL}, {" U:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" U:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" U: HN ", " N3 ", NULL}, {" U: H3 ", " N3 : C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" U: H5 ", " C5 : C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, #else {" U: H3 ", " N3 ", NULL}, {" U: H5 ", " C5 ", NULL}, #endif {" T: H1*", " C1*: C1'", NULL}, {" T: H1'", " C1*: C1'", NULL}, {" T: H3*", " C3*: C3'", NULL}, {" T: H3'", " C3*: C3'", NULL}, {" T: H4*", " C4*: C4'", NULL}, {" T: H4'", " C4*: C4'", NULL}, {" T:1H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" T:2H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" T:*H51", " C5*: C5'", NULL}, {" T:*H52", " C5*: C5'", NULL}, {" T:H5''", " C5*: C5'", NULL}, {" T: H5'", " C5*: C5'", NULL}, {" T:1H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" T:2H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" T: H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" T:H2''", " C2*: C2'", NULL}, {" T: H2'", " C2*: C2'", NULL}, {" T:2HO*", " O2*: O2'", NULL}, {" T:*HO2", " O2*: O2'", NULL}, {" T:HO2'", " O2*: O2'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" T: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" T: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" T:3HO*", " O3*: O3'", NULL}, {" T:*HO3", " O3*: O3'", NULL}, {" T:HO3'", " O3*: O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" T:5HO*", " O5*: O5'", NULL}, {" T:*HO5", " O5*: O5'", NULL}, {" T:HO5'", " O5*: O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" T: HN3", " N3 ", NULL}, {" T:1H5M", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:2H5M", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:3H5M", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:1HM5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:2HM5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:3HM5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:H5M1", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:H5M2", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:H5M3", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:1H5A", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:2H5A", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:3H5A", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:1HA5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:2HA5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:3HA5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:H5A1", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:H5A2", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T:H5A3", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" T: H71", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" T: H72", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, /* */ {" T: H73", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, /* */ {" T: H6 ", " C6 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" T: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" T: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" T:*H5 ", " C5*", NULL}, {" T:H5' ", " C5'", NULL}, {" T: H5 ", " C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, {" T:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" T:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" T: H2 ", " C2*: C2': O2*: O2'", NULL}, {" T:H2' ", " C2'", NULL}, {" T:2HO ", " O2*: O2'", NULL}, {" T:*HO ", " O2*: O3*: O5*", NULL}, {" T:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" T:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" T: HN ", " N3 ", NULL}, {" T:1H5 ", " C5M: C5A: C5*: C5'", NULL}, {" T:2H5 ", " C5M: C5A: C5*: C5'", NULL}, {" T:3H5 ", " C5M: C5A", NULL}, {" T:1HM ", " C5M: CM5", NULL}, {" T:2HM ", " C5M: CM5", NULL}, {" T:3HM ", " C5M: CM5", NULL}, {" T:1HA ", " C5A: CA5", NULL}, {" T:2HA ", " C5A: CA5", NULL}, {" T:3HA ", " C5A: CA5", NULL}, {" T:H5M ", " C5M", NULL}, {" T:H5A ", " C5A", NULL}, {" T: H3 ", " N3 : C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, #else {" T: H3 ", " N3 ", NULL}, #endif {" A: H1*", " C1*: C1'", NULL}, {" A: H1'", " C1*: C1'", NULL}, {" A: H3*", " C3*: C3'", NULL}, {" A: H3'", " C3*: C3'", NULL}, {" A: H4*", " C4*: C4'", NULL}, {" A: H4'", " C4*: C4'", NULL}, {" A:1H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" A:2H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" A:*H51", " C5*: C5'", NULL}, {" A:*H52", " C5*: C5'", NULL}, {" A:H5''", " C5*: C5'", NULL}, {" A: H5'", " C5*: C5'", NULL}, {" A:1H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" A:2H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" A: H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" A:H2''", " C2*: C2'", NULL}, {" A: H2'", " C2*: C2'", NULL}, {" A:2HO*", " O2*: O2'", NULL}, {" A:*HO2", " O2*: O2'", NULL}, {" A:HO2'", " O2*: O2'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" A: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" A: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" A:3HO*", " O3*: O3'", NULL}, {" A:*HO3", " O3*: O3'", NULL}, {" A:HO3'", " O3*: O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" A:5HO*", " O5*: O5'", NULL}, {" A:*HO5", " O5*: O5'", NULL}, {" A:HO5'", " O5*: O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" A:1H6 ", " N6 ", NULL}, {" A:2H6 ", " N6 ", NULL}, {" A:1HN6", " N6 ", NULL}, {" A:2HN6", " N6 ", NULL}, {" A: H61", " N6 ", NULL}, {" A: H62", " N6 ", NULL}, {" A: H8 ", " C8 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" A: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" A: H3 ", " C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" A: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" A:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" A:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" A:*H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" A:H5' ", " C5*: C5*", NULL}, {" A: H5 ", " C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, {" A:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" A:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" A:H2' ", " C2*: C2'", NULL}, {" A:2HO ", " O2*: O2'", NULL}, {" A:*HO ", " O2*: O3*: O5*", NULL}, {" A:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" A:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" A:1HN ", " N6 ", NULL}, {" A:2HN ", " N6 ", NULL}, {" A: H6 ", " N6 ", NULL}, {" A: H2 ", " C2 : C2*: C2': O2*: O2'", NULL}, #else {" A: H2 ", " C2 ", NULL}, #endif {" C: H1*", " C1*: C1'", NULL}, {" C: H1'", " C1*: C1'", NULL}, {" C: H3*", " C3*: C3'", NULL}, {" C: H3'", " C3*: C3'", NULL}, {" C: H4*", " C4*: C4'", NULL}, {" C: H4'", " C4*: C4'", NULL}, {" C:1H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" C:2H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" C:*H51", " C5*: C5'", NULL}, {" C:*H52", " C5*: C5'", NULL}, {" C:H5''", " C5*: C5'", NULL}, {" C: H5'", " C5*: C5'", NULL}, {" C:1H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" C:2H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" C: H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" C:H2''", " C2*: C2'", NULL}, {" C: H2'", " C2*: C2'", NULL}, {" C:2HO*", " O2*: O2'", NULL}, {" C:*HO2", " O2*: O2'", NULL}, {" C:HO2'", " O2*: O2'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" C: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" C: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" C:3HO*", " O3*: O3'", NULL}, {" C:*HO3", " O3*: O3'", NULL}, {" C:HO3'", " O3*: O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" C:5HO*", " O5*: O5'", NULL}, {" C:*HO5", " O5*: O5'", NULL}, {" C:HO5'", " O5*: O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" C:1H4 ", " N4 ", NULL}, {" C:2H4 ", " N4 ", NULL}, {" C:1HN4", " N4 ", NULL}, {" C:2HN4", " N4 ", NULL}, {" C: H41", " N4 ", NULL}, {" C: H42", " N4 ", NULL}, {" C: H6 ", " C6 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" C: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" C: H3 ", " C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" C:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" C:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" C:*H5 ", " C5*", NULL}, {" C:H5' ", " C5'", NULL}, {" C:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" C:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" C: H2 ", " C2*: C2': O2*: O2'", NULL}, {" C:H2' ", " C2'", NULL}, {" C:2HO ", " O2*: O2'", NULL}, {" C:*HO ", " O2*: O3*: O5*", NULL}, {" C:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" C:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" C:1HN ", " N4 ", NULL}, {" C:2HN ", " N4 ", NULL}, {" C: H4 ", " N4 : C4*: C4'", NULL}, {" C: H5 ", " C5 : C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, #else {" C: H5 ", " C5 ", NULL}, #endif {" G: H1*", " C1*: C1'", NULL}, {" G: H1'", " C1*: C1'", NULL}, {" G: H3*", " C3*: C3'", NULL}, {" G: H3'", " C3*: C3'", NULL}, {" G: H4*", " C4*: C4'", NULL}, {" G: H4'", " C4*: C4'", NULL}, {" G:1H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" G:2H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" G:*H51", " C5*: C5'", NULL}, {" G:*H52", " C5*: C5'", NULL}, {" G:H5''", " C5*: C5'", NULL}, {" G: H5'", " C5*: C5'", NULL}, {" G:1H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" G:2H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" G: H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" G:H2''", " C2*: C2'", NULL}, {" G: H2'", " C2*: C2'", NULL}, {" G:2HO*", " O2*: O2'", NULL}, {" G:*HO2", " O2*: O2'", NULL}, {" G:HO2'", " O2*: O2'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" G: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" G: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" G:3HO*", " O3*: O3'", NULL}, {" G:*HO3", " O3*: O3'", NULL}, {" G:HO3'", " O3*: O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" G:5HO*", " O5*: O5'", NULL}, {" G:*HO5", " O5*: O5'", NULL}, {" G:HO5'", " O5*: O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" G: HN1", " N1 ", NULL}, {" G:1HN2", " N2 ", NULL}, {" G:2HN2", " N2 ", NULL}, {" G: H21", " N2 ", NULL}, {" G: H22", " N2 ", NULL}, {" G: H8 ", " C8 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" G: H3 ", " C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" G: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" G:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" G:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" G:*H5 ", " C5*", NULL}, {" G:H5' ", " C5'", NULL}, {" G: H5 ", " C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, {" G:H2' ", " C2'", NULL}, {" G:2HO ", " O2*: O2'", NULL}, {" G:*HO ", " O2*: O3*: O5*", NULL}, {" G:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" G:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" G: HN ", " N1 ", NULL}, {" G:1HN ", " N2 ", NULL}, {" G:2HN ", " N2 ", NULL}, {" G: H2 ", " N2 : C2*: C2': O2*: O2'", NULL}, {" G: H1 ", " N1 : C1*: C1'", NULL}, {" G:1H2 ", " N2 : C2*: C2'", NULL}, {" G:2H2 ", " N2 : C2*: C2'", NULL}, #else {" G: H1 ", " N1 ", NULL}, {" G:1H2 ", " N2 ", NULL}, {" G:2H2 ", " N2 ", NULL}, #endif /* RNA for Coot and CCP4 Ar, Ur, Tr, Cr, Gr */ {" UR: H1*", " C1*: C1'", NULL}, {" UR: H1'", " C1*: C1'", NULL}, {" UR: H3*", " C3*: C3'", NULL}, {" UR: H3'", " C3*: C3'", NULL}, {" UR: H4*", " C4*: C4'", NULL}, {" UR: H4'", " C4*: C4'", NULL}, {" UR:1H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" UR:2H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" UR:*H51", " C5*: C5'", NULL}, {" UR:*H52", " C5*: C5'", NULL}, {" UR:H5''", " C5*: C5'", NULL}, {" UR: H5'", " C5*: C5'", NULL}, {" UR:1H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" UR:2H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" UR: H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" UR:H2''", " C2*: C2'", NULL}, {" UR: H2'", " C2*: C2'", NULL}, {" UR:2HO*", " O2*: O2'", NULL}, {" UR:*HO2", " O2*: O2'", NULL}, {" UR:HO2'", " O2*: O2'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" UR: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" UR: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" UR:3HO*", " O3*: O3'", NULL}, {" UR:*HO3", " O3*: O3'", NULL}, {" UR:HO3'", " O3*: O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" UR:5HO*", " O5*: O5'", NULL}, {" UR:*HO5", " O5*: O5'", NULL}, {" UR:HO5'", " O5*: O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" UR: HN3", " N3 ", NULL}, /* {" U: H3 ", " N3 ", NULL}, */ /* remediated names RMI 070718 */ {" UR: H6 ", " C6 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" UR: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" UR: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" UR:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" UR:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" UR:*H5 ", " C5*", NULL}, {" UR:H5' ", " C5'", NULL}, {" UR:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" UR:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" UR: H2 ", " C2*: C2': O2*: O2'", NULL}, {" UR:H2' ", " C2'", NULL}, {" UR:2HO ", " O2*: O2'", NULL}, {" UR:*HO ", " O2*: O3*: O5*", NULL}, {" UR:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" UR:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" UR: HN ", " N3 ", NULL}, {" UR: H3 ", " N3 : C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" UR: H5 ", " C5 : C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, #else {" UR: H3 ", " N3 ", NULL}, {" UR: H5 ", " C5 ", NULL}, #endif {" TR: H1*", " C1*: C1'", NULL}, {" TR: H1'", " C1*: C1'", NULL}, {" TR: H3*", " C3*: C3'", NULL}, {" TR: H3'", " C3*: C3'", NULL}, {" TR: H4*", " C4*: C4'", NULL}, {" TR: H4'", " C4*: C4'", NULL}, {" TR:1H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" TR:2H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" TR:*H51", " C5*: C5'", NULL}, {" TR:*H52", " C5*: C5'", NULL}, {" TR:H5''", " C5*: C5'", NULL}, {" TR: H5'", " C5*: C5'", NULL}, {" TR:1H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" TR:2H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" TR: H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" TR:H2''", " C2*: C2'", NULL}, {" TR: H2'", " C2*: C2'", NULL}, {" TR:2HO*", " O2*: O2'", NULL}, {" TR:*HO2", " O2*: O2'", NULL}, {" TR:HO2'", " O2*: O2'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" TR: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" TR: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" TR:3HO*", " O3*: O3'", NULL}, {" TR:*HO3", " O3*: O3'", NULL}, {" TR:HO3'", " O3*: O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" TR:5HO*", " O5*: O5'", NULL}, {" TR:*HO5", " O5*: O5'", NULL}, {" TR:HO5'", " O5*: O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" TR: HN3", " N3 ", NULL}, {" TR:1H5M", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:2H5M", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:3H5M", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:1HM5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:2HM5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:3HM5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:H5M1", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:H5M2", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:H5M3", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:1H5A", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:2H5A", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:3H5A", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:1HA5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:2HA5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:3HA5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:H5A1", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:H5A2", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR:H5A3", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" TR: H71", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" TR: H72", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, /* */ {" TR: H73", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, /* */ {" TR: H6 ", " C6 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" TR: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" TR: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" TR:*H5 ", " C5*", NULL}, {" TR:H5' ", " C5'", NULL}, {" TR: H5 ", " C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, {" TR:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" TR:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" TR: H2 ", " C2*: C2': O2*: O2'", NULL}, {" TR:H2' ", " C2'", NULL}, {" TR:2HO ", " O2*: O2'", NULL}, {" TR:*HO ", " O2*: O3*: O5*", NULL}, {" TR:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" TR:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" TR: HN ", " N3 ", NULL}, {" TR:1H5 ", " C5M: C5A: C5*: C5'", NULL}, {" TR:2H5 ", " C5M: C5A: C5*: C5'", NULL}, {" TR:3H5 ", " C5M: C5A", NULL}, {" TR:1HM ", " C5M: CM5", NULL}, {" TR:2HM ", " C5M: CM5", NULL}, {" TR:3HM ", " C5M: CM5", NULL}, {" TR:1HA ", " C5A: CA5", NULL}, {" TR:2HA ", " C5A: CA5", NULL}, {" TR:3HA ", " C5A: CA5", NULL}, {" TR:H5M ", " C5M", NULL}, {" TR:H5A ", " C5A", NULL}, {" TR: H3 ", " N3 : C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, #else {" TR: H3 ", " N3 ", NULL}, #endif {" AR: H1*", " C1*: C1'", NULL}, {" AR: H1'", " C1*: C1'", NULL}, {" AR: H3*", " C3*: C3'", NULL}, {" AR: H3'", " C3*: C3'", NULL}, {" AR: H4*", " C4*: C4'", NULL}, {" AR: H4'", " C4*: C4'", NULL}, {" AR:1H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" AR:2H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" AR:*H51", " C5*: C5'", NULL}, {" AR:*H52", " C5*: C5'", NULL}, {" AR:H5''", " C5*: C5'", NULL}, {" AR: H5'", " C5*: C5'", NULL}, {" AR:1H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" AR:2H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" AR: H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" AR:H2''", " C2*: C2'", NULL}, {" AR: H2'", " C2*: C2'", NULL}, {" AR:2HO*", " O2*: O2'", NULL}, {" AR:*HO2", " O2*: O2'", NULL}, {" AR:HO2'", " O2*: O2'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" AR: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" AR: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" AR:3HO*", " O3*: O3'", NULL}, {" AR:*HO3", " O3*: O3'", NULL}, {" AR:HO3'", " O3*: O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" AR:5HO*", " O5*: O5'", NULL}, {" AR:*HO5", " O5*: O5'", NULL}, {" AR:HO5'", " O5*: O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" AR:1H6 ", " N6 ", NULL}, {" AR:2H6 ", " N6 ", NULL}, {" AR:1HN6", " N6 ", NULL}, {" AR:2HN6", " N6 ", NULL}, {" AR: H61", " N6 ", NULL}, {" AR: H62", " N6 ", NULL}, {" AR: H8 ", " C8 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" AR: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" AR: H3 ", " C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" AR: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" AR:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" AR:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" AR:*H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" AR:H5' ", " C5*: C5*", NULL}, {" AR: H5 ", " C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, {" AR:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" AR:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" AR:H2' ", " C2*: C2'", NULL}, {" AR:2HO ", " O2*: O2'", NULL}, {" AR:*HO ", " O2*: O3*: O5*", NULL}, {" AR:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" AR:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" AR:1HN ", " N6 ", NULL}, {" AR:2HN ", " N6 ", NULL}, {" AR: H6 ", " N6 ", NULL}, {" AR: H2 ", " C2 : C2*: C2': O2*: O2'", NULL}, #else {" AR: H2 ", " C2 ", NULL}, #endif {" CR: H1*", " C1*: C1'", NULL}, {" CR: H1'", " C1*: C1'", NULL}, {" CR: H3*", " C3*: C3'", NULL}, {" CR: H3'", " C3*: C3'", NULL}, {" CR: H4*", " C4*: C4'", NULL}, {" CR: H4'", " C4*: C4'", NULL}, {" CR:1H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" CR:2H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" CR:*H51", " C5*: C5'", NULL}, {" CR:*H52", " C5*: C5'", NULL}, {" CR:H5''", " C5*: C5'", NULL}, {" CR: H5'", " C5*: C5'", NULL}, {" CR:1H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" CR:2H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" CR: H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" CR:H2''", " C2*: C2'", NULL}, {" CR: H2'", " C2*: C2'", NULL}, {" CR:2HO*", " O2*: O2'", NULL}, {" CR:*HO2", " O2*: O2'", NULL}, {" CR:HO2'", " O2*: O2'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" CR: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" CR: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" CR:3HO*", " O3*: O3'", NULL}, {" CR:*HO3", " O3*: O3'", NULL}, {" CR:HO3'", " O3*: O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" CR:5HO*", " O5*: O5'", NULL}, {" CR:*HO5", " O5*: O5'", NULL}, {" CR:HO5'", " O5*: O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" CR:1H4 ", " N4 ", NULL}, {" CR:2H4 ", " N4 ", NULL}, {" CR:1HN4", " N4 ", NULL}, {" CR:2HN4", " N4 ", NULL}, {" CR: H41", " N4 ", NULL}, {" CR: H42", " N4 ", NULL}, {" CR: H6 ", " C6 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" CR: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" CR: H3 ", " C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" CR:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" CR:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" CR:*H5 ", " C5*", NULL}, {" CR:H5' ", " C5'", NULL}, {" CR:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" CR:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" CR: H2 ", " C2*: C2': O2*: O2'", NULL}, {" CR:H2' ", " C2'", NULL}, {" CR:2HO ", " O2*: O2'", NULL}, {" CR:*HO ", " O2*: O3*: O5*", NULL}, {" CR:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" CR:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" CR:1HN ", " N4 ", NULL}, {" CR:2HN ", " N4 ", NULL}, {" CR: H4 ", " N4 : C4*: C4'", NULL}, {" CR: H5 ", " C5 : C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, #else {" CR: H5 ", " C5 ", NULL}, #endif {" GR: H1*", " C1*: C1'", NULL}, {" GR: H1'", " C1*: C1'", NULL}, {" GR: H3*", " C3*: C3'", NULL}, {" GR: H3'", " C3*: C3'", NULL}, {" GR: H4*", " C4*: C4'", NULL}, {" GR: H4'", " C4*: C4'", NULL}, {" GR:1H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" GR:2H5*", " C5*: C5'", NULL}, {" GR:*H51", " C5*: C5'", NULL}, {" GR:*H52", " C5*: C5'", NULL}, {" GR:H5''", " C5*: C5'", NULL}, {" GR: H5'", " C5*: C5'", NULL}, {" GR:1H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" GR:2H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" GR: H2*", " C2*: C2'", NULL}, {" GR:H2''", " C2*: C2'", NULL}, {" GR: H2'", " C2*: C2'", NULL}, {" GR:2HO*", " O2*: O2'", NULL}, {" GR:*HO2", " O2*: O2'", NULL}, {" GR:HO2'", " O2*: O2'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" GR: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" GR: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" GR:3HO*", " O3*: O3'", NULL}, {" GR:*HO3", " O3*: O3'", NULL}, {" GR:HO3'", " O3*: O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" GR:5HO*", " O5*: O5'", NULL}, {" GR:*HO5", " O5*: O5'", NULL}, {" GR:HO5'", " O5*: O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" GR: HN1", " N1 ", NULL}, {" GR:1HN2", " N2 ", NULL}, {" GR:2HN2", " N2 ", NULL}, {" GR: H21", " N2 ", NULL}, {" GR: H22", " N2 ", NULL}, {" GR: H8 ", " C8 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" GR: H3 ", " C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" GR: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" GR:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" GR:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" GR:*H5 ", " C5*", NULL}, {" GR:H5' ", " C5'", NULL}, {" GR: H5 ", " C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, {" GR:H2' ", " C2'", NULL}, {" GR:2HO ", " O2*: O2'", NULL}, {" GR:*HO ", " O2*: O3*: O5*", NULL}, {" GR:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" GR:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" GR: HN ", " N1 ", NULL}, {" GR:1HN ", " N2 ", NULL}, {" GR:2HN ", " N2 ", NULL}, {" GR: H2 ", " N2 : C2*: C2': O2*: O2'", NULL}, {" GR: H1 ", " N1 : C1*: C1'", NULL}, {" GR:1H2 ", " N2 : C2*: C2'", NULL}, {" GR:2H2 ", " N2 : C2*: C2'", NULL}, #else {" GR: H1 ", " N1 ", NULL}, {" GR:1H2 ", " N2 ", NULL}, {" GR:2H2 ", " N2 ", NULL}, #endif /* DNA in the remediated system is DA, DT, DG, DC */ {" DT: H1*", " C1*", NULL}, {" DT: H1'", " C1'", NULL}, {" DT: H3*", " C3*", NULL}, {" DT: H3'", " C3'", NULL}, {" DT: H4*", " C4*", NULL}, {" DT: H4'", " C4'", NULL}, {" DT:1H5*", " C5*", NULL}, {" DT:2H5*", " C5*", NULL}, {" DT:*H51", " C5*", NULL}, {" DT:*H52", " C5*", NULL}, {" DT:H5''", " C5'", NULL}, {" DT: H5'", " C5'", NULL}, {" DT:1H2*", " C2*", NULL}, {" DT:2H2*", " C2*", NULL}, {" DT: H2*", " C2*", NULL}, {" DT: H2'", " C2'", NULL}, /* remediated names RMI 070722 */ {" DT:H2''", " C2'", NULL}, {" DT: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" DT: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" DT:3HO*", " O3*", NULL}, {" DT:*HO3", " O3*", NULL}, {" DT:HO3'", " O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" DT:5HO*", " O5*", NULL}, {" DT:*HO5", " O5*", NULL}, {" DT:HO5'", " O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" DT: HN3", " N3 ", NULL}, {" DT:1H5M", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:2H5M", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:3H5M", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:1HM5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:2HM5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:3HM5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:H5M1", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:H5M2", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:H5M3", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:1H5A", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:2H5A", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:3H5A", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:1HA5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:2HA5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:3HA5", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:H5A1", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:H5A2", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT:H5A3", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, {" DT: H71", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" DT: H72", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, /* */ {" DT: H73", " C7 : C5A: CA5: C5M", NULL}, /* */ {" DT: H6 ", " C6 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" DT: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" DT: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" DT:*H5 ", " C5*", NULL}, {" DT:H5' ", " C5'", NULL}, {" DT: H5 ", " C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, {" DT:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" DT:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" DT: H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" DT:H2' ", " C2'", NULL}, {" DT:*HO ", " O3*: O5*", NULL}, {" DT:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" DT:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" DT: HN ", " N3 ", NULL}, {" DT:1H5 ", " C5M: C5A: C5*: C5'", NULL}, {" DT:2H5 ", " C5M: C5A: C5*: C5'", NULL}, {" DT:3H5 ", " C5M: C5A", NULL}, {" DT:1HM ", " C5M: CM5", NULL}, {" DT:2HM ", " C5M: CM5", NULL}, {" DT:3HM ", " C5M: CM5", NULL}, {" DT:1HA ", " C5A: CA5", NULL}, {" DT:2HA ", " C5A: CA5", NULL}, {" DT:3HA ", " C5A: CA5", NULL}, {" DT:H5M ", " C5M", NULL}, {" DT:H5A ", " C5A", NULL}, {" DT: H3 ", " N3 : C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, #else {" DT: H3 ", " N3 ", NULL}, #endif {" DA: H1*", " C1*", NULL}, {" DA: H1'", " C1'", NULL}, {" DA: H3*", " C3*", NULL}, {" DA: H3'", " C3'", NULL}, {" DA: H4*", " C4*", NULL}, {" DA: H4'", " C4'", NULL}, {" DA:1H5*", " C5*", NULL}, {" DA:2H5*", " C5*", NULL}, {" DA:*H51", " C5*", NULL}, {" DA:*H52", " C5*", NULL}, {" DA:H5''", " C5'", NULL}, {" DA: H5'", " C5'", NULL}, {" DA:1H2*", " C2*", NULL}, {" DA:2H2*", " C2*", NULL}, {" DA: H2*", " C2*", NULL}, {" DA: H2'", " C2'", NULL}, /* remediated names RMI 070722 */ {" DA:H2''", " C2'", NULL}, {" DA: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" DA: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" DA:3HO*", " O3*", NULL}, {" DA:*HO3", " O3*", NULL}, {" DA:HO3'", " O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" DA:5HO*", " O5*", NULL}, {" DA:*HO5", " O5*", NULL}, {" DA:HO5'", " O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" DA:1H6 ", " N6 ", NULL}, {" DA:2H6 ", " N6 ", NULL}, {" DA:1HN6", " N6 ", NULL}, {" DA:2HN6", " N6 ", NULL}, {" DA: H61", " N6 ", NULL}, {" DA: H62", " N6 ", NULL}, {" DA: H8 ", " C8 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" DA: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" DA: H3 ", " C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" DA: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" DA:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" DA:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" DA:*H5 ", " C5*", NULL}, {" DA:H5' ", " C5'", NULL}, {" DA: H5 ", " C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, {" DA:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" DA:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" DA:H2' ", " C2'", NULL}, {" DA:*HO ", " O3*: O5*", NULL}, {" DA:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" DA:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" DA:1HN ", " N6 ", NULL}, {" DA:2HN ", " N6 ", NULL}, {" DA: H6 ", " N6 ", NULL}, {" DA: H2 ", " C2 : C2*: C2'", NULL}, #else {" DA: H2 ", " C2 ", NULL}, #endif {" DC: H1*", " C1*", NULL}, {" DC: H1'", " C1'", NULL}, {" DC: H3*", " C3*", NULL}, {" DC: H3'", " C3'", NULL}, {" DC: H4*", " C4*", NULL}, {" DC: H4'", " C4'", NULL}, {" DC:1H5*", " C5*", NULL}, {" DC:2H5*", " C5*", NULL}, {" DC:*H51", " C5*", NULL}, {" DC:*H52", " C5*", NULL}, {" DC:H5''", " C5'", NULL}, {" DC: H5'", " C5'", NULL}, {" DC:1H2*", " C2*", NULL}, {" DC:2H2*", " C2*", NULL}, {" DC: H2*", " C2*", NULL}, {" DC: H2'", " C2'", NULL}, /* remediated names RMI 070722 */ {" DC:H2''", " C2'", NULL}, {" DC: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" DC: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" DC:3HO*", " O3*", NULL}, {" DC:*HO3", " O3*", NULL}, {" DC:HO3'", " O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" DC:5HO*", " O5*", NULL}, {" DC:*HO5", " O5*", NULL}, {" DC:HO5'", " O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" DC:1H4 ", " N4 ", NULL}, {" DC:2H4 ", " N4 ", NULL}, {" DC:1HN4", " N4 ", NULL}, {" DC:2HN4", " N4 ", NULL}, {" DC: H41", " N4 ", NULL}, {" DC: H42", " N4 ", NULL}, {" DC: H6 ", " C6 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" DC: H1 ", " C1*: C1'", NULL}, {" DC: H3 ", " C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" DC:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" DC:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" DC:*H5 ", " C5*", NULL}, {" DC:H5' ", " C5'", NULL}, {" DC:1H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" DC:2H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" DC: H2 ", " C2*: C2'", NULL}, {" DC:H2' ", " C2'", NULL}, {" DC:*HO ", " O3*: O5*", NULL}, {" DC:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" DC:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" DC:1HN ", " N4 ", NULL}, {" DC:2HN ", " N4 ", NULL}, {" DC: H4 ", " N4 : C4*: C4'", NULL}, {" DC: H5 ", " C5 : C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, #else {" DC: H5 ", " C5 ", NULL}, #endif {" DG: H1*", " C1*", NULL}, {" DG: H1'", " C1'", NULL}, {" DG: H3*", " C3*", NULL}, {" DG: H3'", " C3'", NULL}, {" DG: H4*", " C4*", NULL}, {" DG: H4'", " C4'", NULL}, {" DG:1H5*", " C5*", NULL}, {" DG:2H5*", " C5*", NULL}, {" DG:*H51", " C5*", NULL}, {" DG:*H52", " C5*", NULL}, {" DG:H5''", " C5'", NULL}, {" DG: H5'", " C5'", NULL}, {" DG:1H2*", " C2*", NULL}, {" DG:2H2*", " C2*", NULL}, {" DG: H2*", " C2*", NULL}, {" DG: H2'", " C2'", NULL}, /* remediated names RMI 070722 */ {" DG:H2''", " C2'", NULL}, {" DG: H3T", " O3*: O3'", NULL}, {" DG: H5T", " O5*: O5'", NULL}, {" DG:3HO*", " O3*", NULL}, {" DG:*HO3", " O3*", NULL}, {" DG:HO3'", " O3'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" DG:5HO*", " O5*", NULL}, {" DG:*HO5", " O5*", NULL}, {" DG:HO5'", " O5'", NULL}, /* remediated names RMI 070718 */ {" DG: HN1", " N1 ", NULL}, {" DG:1HN2", " N2 ", NULL}, {" DG:2HN2", " N2 ", NULL}, {" DG: H21", " N2 ", NULL}, {" DG: H22", " N2 ", NULL}, {" DG: H8 ", " C8 ", NULL}, #ifdef ALLOW_TRUNCATED_H_NAMES {" DG: H3 ", " C3*: C3': O3*: O3'", NULL}, {" DG: H4 ", " C4*: C4'", NULL}, {" DG:1H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" DG:2H5 ", " C5*: C5'", NULL}, {" DG:*H5 ", " C5*", NULL}, {" DG:H5' ", " C5'", NULL}, {" DG: H5 ", " C5': C5*: O5*: O5'", NULL}, {" DG:H2' ", " C2'", NULL}, {" DG:*HO ", " O3*: O5*", NULL}, {" DG:3HO ", " O3*: O3'", NULL}, {" DG:5HO ", " O5*: O5'", NULL}, {" DG: HN ", " N1 ", NULL}, {" DG:1HN ", " N2 ", NULL}, {" DG:2HN ", " N2 ", NULL}, {" DG: H2 ", " N2 : C2*: C2'", NULL}, {" DG: H1 ", " N1 : C1*: C1'", NULL}, {" DG:1H2 ", " N2 : C2*: C2'", NULL}, {" DG:2H2 ", " N2 : C2*: C2'", NULL}, #else {" DG: H1 ", " N1 ", NULL}, {" DG:1H2 ", " N2 ", NULL}, {" DG:2H2 ", " N2 ", NULL}, #endif /*---------------------------------------*/ /* the following definitions are used to specify how */ /* heavy atoms interact with other heavy atoms WITHIN a */ /* standard amino acid residue or base. */ /* This is accessed only when the -STDBOND flag is on the */ /* command line (UseStdBond == TRUE). */ {"ALA: N ", " CA ", NULL}, {"ALA: NT ", " CA ", NULL}, {"ALA: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"ALA: O ", " C ", NULL}, {"ALA: OXT", " C ", NULL}, {"ALA: OT1", " C ", NULL}, {"ALA: OT2", " C ", NULL}, {"ALA: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"ALA: CB ", " CA ", NULL}, {"CYS: N ", " CA ", NULL}, {"CYS: NT ", " CA ", NULL}, {"CYS: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"CYS: O ", " C ", NULL}, {"CYS: OXT", " C ", NULL}, {"CYS: OT1", " C ", NULL}, {"CYS: OT2", " C ", NULL}, {"CYS: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"CYS: CB ", " CA : SG ", NULL}, {"CYS: SG ", " CB ", NULL}, {"ASP: N ", " CA ", NULL}, {"ASP: NT ", " CA ", NULL}, {"ASP: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"ASP: O ", " C ", NULL}, {"ASP: OXT", " C ", NULL}, {"ASP: OT1", " C ", NULL}, {"ASP: OT2", " C ", NULL}, {"ASP: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"ASP: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"ASP: CG ", " CB : OD1: OD2", NULL}, {"ASP: OD1", " CG ", NULL}, {"ASP: OD2", " CG ", NULL}, {"GLU: N ", " CA ", NULL}, {"GLU: NT ", " CA ", NULL}, {"GLU: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"GLU: O ", " C ", NULL}, {"GLU: OXT", " C ", NULL}, {"GLU: OT1", " C ", NULL}, {"GLU: OT2", " C ", NULL}, {"GLU: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"GLU: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"GLU: CG ", " CB : CD ", NULL}, {"GLU: CD ", " CG : OE1: OE2", NULL}, {"GLU: OE1", " CD ", NULL}, {"GLU: OE2", " CD ", NULL}, {"PHE: N ", " CA ", NULL}, {"PHE: NT ", " CA ", NULL}, {"PHE: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"PHE: O ", " C ", NULL}, {"PHE: OXT", " C ", NULL}, {"PHE: OT1", " C ", NULL}, {"PHE: OT2", " C ", NULL}, {"PHE: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"PHE: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"PHE: CG ", " CB : CD1: CD2", NULL}, {"PHE: CD1", " CG : CE1", NULL}, {"PHE: CD2", " CG : CE2", NULL}, {"PHE: CE1", " CD1: CZ ", NULL}, {"PHE: CE2", " CD2: CZ ", NULL}, {"PHE: CZ ", " CE1: CE2", NULL}, {"GLY: N ", " CA ", NULL}, {"GLY: NT ", " CA ", NULL}, {"GLY: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"GLY: O ", " C ", NULL}, {"GLY: OXT", " C ", NULL}, {"GLY: OT1", " C ", NULL}, {"GLY: OT2", " C ", NULL}, {"GLY: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, /* note CA-CB for gly is to support mutations gracefully */ /* where a gly MC is attached to some other SC */ {"HIS: N ", " CA ", NULL}, {"HIS: NT ", " CA ", NULL}, {"HIS: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"HIS: O ", " C ", NULL}, {"HIS: OXT", " C ", NULL}, {"HIS: OT1", " C ", NULL}, {"HIS: OT2", " C ", NULL}, {"HIS: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"HIS: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"HIS: CG ", " CB : ND1: CD2", NULL}, {"HIS: ND1", " CG : CE1", NULL}, {"HIS: CD2", " CG : NE2", NULL}, {"HIS: CE1", " ND1: NE2", NULL}, {"HIS: NE2", " CD2: CE1", NULL}, {"ILE: N ", " CA ", NULL}, {"ILE: NT ", " CA ", NULL}, {"ILE: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"ILE: O ", " C ", NULL}, {"ILE: OXT", " C ", NULL}, {"ILE: OT1", " C ", NULL}, {"ILE: OT2", " C ", NULL}, {"ILE: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"ILE: CB ", " CA : CG1: CG2", NULL}, {"ILE: CG1", " CB : CD1", NULL}, {"ILE: CG2", " CB ", NULL}, {"ILE: CD1", " CG1", NULL}, {"LYS: N ", " CA ", NULL}, {"LYS: NT ", " CA ", NULL}, {"LYS: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"LYS: O ", " C ", NULL}, {"LYS: OXT", " C ", NULL}, {"LYS: OT1", " C ", NULL}, {"LYS: OT2", " C ", NULL}, {"LYS: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"LYS: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"LYS: CG ", " CB : CD ", NULL}, {"LYS: CD ", " CG : CE ", NULL}, {"LYS: CE ", " CD : NZ ", NULL}, {"LYS: NZ ", " CE ", NULL}, {"LEU: N ", " CA ", NULL}, {"LEU: NT ", " CA ", NULL}, {"LEU: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"LEU: O ", " C ", NULL}, {"LEU: OXT", " C ", NULL}, {"LEU: OT1", " C ", NULL}, {"LEU: OT2", " C ", NULL}, {"LEU: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"LEU: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"LEU: CG ", " CB : CD1: CD2", NULL}, {"LEU: CD1", " CG ", NULL}, {"LEU: CD2", " CG ", NULL}, {"MET: N ", " CA ", NULL}, {"MET: NT ", " CA ", NULL}, {"MET: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"MET: O ", " C ", NULL}, {"MET: OXT", " C ", NULL}, {"MET: OT1", " C ", NULL}, {"MET: OT2", " C ", NULL}, {"MET: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"MET: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"MET: CG ", " CB : SD ", NULL}, {"MET: SD ", " CG : CE ", NULL}, {"MET: CE ", " SD ", NULL}, {"ASN: N ", " CA ", NULL}, {"ASN: NT ", " CA ", NULL}, {"ASN: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"ASN: O ", " C ", NULL}, {"ASN: OXT", " C ", NULL}, {"ASN: OT1", " C ", NULL}, {"ASN: OT2", " C ", NULL}, {"ASN: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"ASN: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"ASN: CG ", " CB : OD1: ND2", NULL}, {"ASN: OD1", " CG ", NULL}, {"ASN: ND2", " CG ", NULL}, {"PRO: N ", " CA : CD ", NULL}, {"PRO: NT ", " CA : CD ", NULL}, {"PRO: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"PRO: O ", " C ", NULL}, {"PRO: OXT", " C ", NULL}, {"PRO: OT1", " C ", NULL}, {"PRO: OT2", " C ", NULL}, {"PRO: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"PRO: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"PRO: CG ", " CB : CD ", NULL}, {"PRO: CD ", " CG : N : NT ", NULL}, {"GLN: N ", " CA ", NULL}, {"GLN: NT ", " CA ", NULL}, {"GLN: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"GLN: O ", " C ", NULL}, {"GLN: OXT", " C ", NULL}, {"GLN: OT1", " C ", NULL}, {"GLN: OT2", " C ", NULL}, {"GLN: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"GLN: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"GLN: CG ", " CB : CD ", NULL}, {"GLN: CD ", " CG : OE1: NE2", NULL}, {"GLN: OE1", " CD ", NULL}, {"GLN: NE2", " CD ", NULL}, {"ARG: N ", " CA ", NULL}, {"ARG: NT ", " CA ", NULL}, {"ARG: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"ARG: O ", " C ", NULL}, {"ARG: OXT", " C ", NULL}, {"ARG: OT1", " C ", NULL}, {"ARG: OT2", " C ", NULL}, {"ARG: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"ARG: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"ARG: CG ", " CB : CD ", NULL}, {"ARG: CD ", " CG : NE ", NULL}, {"ARG: NE ", " CD : CZ ", NULL}, {"ARG: CZ ", " NE : NH1: NH2", NULL}, {"ARG: NH1", " CZ ", NULL}, {"ARG: NH2", " CZ ", NULL}, {"SER: N ", " CA ", NULL}, {"SER: NT ", " CA ", NULL}, {"SER: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"SER: O ", " C ", NULL}, {"SER: OXT", " C ", NULL}, {"SER: OT1", " C ", NULL}, {"SER: OT2", " C ", NULL}, {"SER: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"SER: CB ", " CA : OG ", NULL}, {"SER: OG ", " CB ", NULL}, {"THR: N ", " CA ", NULL}, {"THR: NT ", " CA ", NULL}, {"THR: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"THR: O ", " C ", NULL}, {"THR: OXT", " C ", NULL}, {"THR: OT1", " C ", NULL}, {"THR: OT2", " C ", NULL}, {"THR: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"THR: CB ", " CA : OG1: CG2", NULL}, {"THR: OG1", " CB ", NULL}, {"THR: CG2", " CB ", NULL}, {"VAL: N ", " CA ", NULL}, {"VAL: NT ", " CA ", NULL}, {"VAL: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"VAL: O ", " C ", NULL}, {"VAL: OXT", " C ", NULL}, {"VAL: OT1", " C ", NULL}, {"VAL: OT2", " C ", NULL}, {"VAL: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"VAL: CB ", " CA : CG1: CG2", NULL}, {"VAL: CG1", " CB ", NULL}, {"VAL: CG2", " CB ", NULL}, {"TRP: N ", " CA ", NULL}, {"TRP: NT ", " CA ", NULL}, {"TRP: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"TRP: O ", " C ", NULL}, {"TRP: OXT", " C ", NULL}, {"TRP: OT1", " C ", NULL}, {"TRP: OT2", " C ", NULL}, {"TRP: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"TRP: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"TRP: CG ", " CB : CD1: CD2", NULL}, {"TRP: CD1", " CG : NE1", NULL}, {"TRP: CD2", " CG : CE2: CE3", NULL}, {"TRP: NE1", " CD1: CE2", NULL}, {"TRP: CE2", " NE1: CD2: CZ2", NULL}, {"TRP: CZ2", " CE2: CH2", NULL}, {"TRP: CE3", " CD2: CZ3", NULL}, {"TRP: CZ3", " CE3: CH2", NULL}, {"TRP: CH2", " CZ2: CZ3", NULL}, {"TYR: N ", " CA ", NULL}, {"TYR: NT ", " CA ", NULL}, {"TYR: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"TYR: O ", " C ", NULL}, {"TYR: OXT", " C ", NULL}, {"TYR: OT1", " C ", NULL}, {"TYR: OT2", " C ", NULL}, {"TYR: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"TYR: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"TYR: CG ", " CB : CD1: CD2", NULL}, {"TYR: CD1", " CG : CE1", NULL}, {"TYR: CD2", " CG : CE2", NULL}, {"TYR: CE1", " CD1: CZ ", NULL}, {"TYR: CE2", " CD2: CZ ", NULL}, {"TYR: CZ ", " CE1: CE2: OH ", NULL}, {"TYR: OH ", " CZ ", NULL}, {"ASX: N ", " CA ", NULL}, {"ASX: NT ", " CA ", NULL}, {"ASX: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"ASX: O ", " C ", NULL}, {"ASX: OXT", " C ", NULL}, {"ASX: OT1", " C ", NULL}, {"ASX: OT2", " C ", NULL}, {"ASX: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"ASX: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"ASX: CG ", " CB : OD1: ND2: AD1: AD2: XD1: XD2", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {"ASX: OD1", " CG ", NULL}, {"ASX: AD1", " CG ", NULL}, {"ASX: XD1", " CG ", NULL}, /* */ {"ASX: ND2", " CG ", NULL}, {"ASX: AD2", " CG ", NULL}, {"ASX: XD2", " CG ", NULL}, /* */ {"GLX: N ", " CA ", NULL}, {"GLX: NT ", " CA ", NULL}, {"GLX: C ", " CA : O : OXT: OT1: OT2", NULL}, {"GLX: O ", " C ", NULL}, {"GLX: OXT", " C ", NULL}, {"GLX: OT1", " C ", NULL}, {"GLX: OT2", " C ", NULL}, {"GLX: CA ", " N : NT : C : CB ", NULL}, {"GLX: CB ", " CA : CG ", NULL}, {"GLX: CG ", " CB : CD ", NULL}, {"GLX: CD ", " CG : OE1: NE2: AE1: AE2: XE1: XE2", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {"GLX: OE1", " CD ", NULL}, {"GLX: AE1", " CD ", NULL}, {"GLX: XE1", " CD ", NULL}, /* */ {"GLX: NE2", " CD ", NULL}, {"GLX: AE2", " CD ", NULL}, {"GLX: XE2", " CD ", NULL}, /* */ {" U: C1*", " N1 : C2*: O4*", NULL}, {" U: C1'", " N1 : C2': O4'", NULL}, {" U: C2*", " C3*: O2*: C1*", NULL}, {" U: O2*", " C2*", NULL}, {" U: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" U: O3*", " C3*", NULL}, {" U: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" U: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" U: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" U: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" U: C2'", " C3': O2': C1'", NULL}, {" U: O2'", " C2'", NULL}, {" U: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" U: O3'", " C3'", NULL}, {" U: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" U: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" U: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" U: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" U: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" U: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" U: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" U: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" U: OP1", " P ", NULL}, {" U: OP2", " P ", NULL}, {" U: OP3", " P ", NULL}, {" U: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" U: O1A", " PA ", NULL}, {" U: O2A", " PA ", NULL}, {" U: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" U: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" U: O1B", " PB ", NULL}, {" U: O2B", " PB ", NULL}, {" U: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" U: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" U: O1G", " PG ", NULL}, {" U: O2G", " PG ", NULL}, {" U: O3G", " PG ", NULL}, {" U: S1G", " PG ", NULL}, {" U: N1 ", " C2 : C6 : C1*: C1'", NULL}, {" U: C2 ", " N1 : N3 : O2 ", NULL}, {" U: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" U: C4 ", " N3 : C5 : O4 ", NULL}, {" U: C5 ", " C4 : C6 ", NULL}, {" U: C6 ", " C5 : N1 ", NULL}, {" U: O2 ", " C2 ", NULL}, {" U: O4 ", " C4 ", NULL}, {" T: C1*", " N1 : C2*: O4*", NULL}, {" T: C1'", " N1 : C2': O4'", NULL}, {" T: C2*", " C3*: O2*: C1*", NULL}, {" T: O2*", " C2*", NULL}, {" T: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" T: O3*", " C3*", NULL}, {" T: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" T: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" T: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" T: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" T: C2'", " C3': O2': C1'", NULL}, {" T: O2'", " C2'", NULL}, {" T: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" T: O3'", " C3'", NULL}, {" T: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" T: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" T: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" T: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" T: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" T: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" T: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" T: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" T: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" T: O1A", " PA ", NULL}, {" T: O2A", " PA ", NULL}, {" T: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" T: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" T: O1B", " PB ", NULL}, {" T: O2B", " PB ", NULL}, {" T: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" T: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" T: O1G", " PG ", NULL}, {" T: O2G", " PG ", NULL}, {" T: O3G", " PG ", NULL}, {" T: S1G", " PG ", NULL}, {" T: N1 ", " C2 : C6 : C1*: C1'", NULL}, {" T: C2 ", " N1 : N3 : O2 ", NULL}, {" T: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" T: C4 ", " N3 : C5 : O4 ", NULL}, {" T: C5 ", " C4 : C6 : C5M: C5A: CM5: CA5: C7 ", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" T: C6 ", " C5 : N1 ", NULL}, {" T: O2 ", " C2 ", NULL}, {" T: O4 ", " C4 ", NULL}, {" T: C5M", " C5 ", NULL}, {" T: C5A", " C5 ", NULL}, {" T: CM5", " C5 ", NULL}, {" T: CA5", " C5 ", NULL}, {" T: C7 ", " C5 ", NULL}, /* */ {" C: C1*", " N1 : C2*: O4*", NULL}, {" C: C1'", " N1 : C2': O4'", NULL}, {" C: C2*", " C3*: O2*: C1*", NULL}, {" C: O2*", " C2*", NULL}, {" C: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" C: O3*", " C3*", NULL}, {" C: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" C: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" C: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" C: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" C: C2'", " C3': O2': C1'", NULL}, {" C: O2'", " C2'", NULL}, {" C: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" C: O3'", " C3'", NULL}, {" C: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" C: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" C: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" C: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" C: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" C: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" C: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" C: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" C: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" C: O1A", " PA ", NULL}, {" C: O2A", " PA ", NULL}, {" C: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" C: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" C: O1B", " PB ", NULL}, {" C: O2B", " PB ", NULL}, {" C: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" C: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" C: O1G", " PG ", NULL}, {" C: O2G", " PG ", NULL}, {" C: O3G", " PG ", NULL}, {" C: S1G", " PG ", NULL}, {" C: N1 ", " C2 : C6 : C1*: C1'", NULL}, {" C: C2 ", " N1 : N3 : O2 ", NULL}, {" C: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" C: C4 ", " N3 : C5 : N4 ", NULL}, {" C: C5 ", " C4 : C6 ", NULL}, {" C: C6 ", " C5 : N1 ", NULL}, {" C: O2 ", " C2 ", NULL}, {" C: N4 ", " C4 ", NULL}, {" A: C1*", " N9 : C2*: O4*", NULL}, {" A: C1'", " N9 : C2': O4'", NULL}, {" A: C2*", " C3*: O2*: C1*", NULL}, {" A: O2*", " C2*", NULL}, {" A: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" A: O3*", " C3*", NULL}, {" A: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" A: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" A: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" A: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" A: C2'", " C3': O2': C1'", NULL}, {" A: O2'", " C2'", NULL}, {" A: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" A: O3'", " C3'", NULL}, {" A: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" A: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" A: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" A: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" A: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" A: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" A: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" A: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" A: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" A: O1A", " PA ", NULL}, {" A: O2A", " PA ", NULL}, {" A: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" A: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" A: O1B", " PB ", NULL}, {" A: O2B", " PB ", NULL}, {" A: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" A: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" A: O1G", " PG ", NULL}, {" A: O2G", " PG ", NULL}, {" A: O3G", " PG ", NULL}, {" A: S1G", " PG ", NULL}, {" A: N9 ", " C8 : C4 : C1*: C1'", NULL}, {" A: C8 ", " N9 : N7 ", NULL}, {" A: N7 ", " C8 : C5 ", NULL}, {" A: C5 ", " N7 : C6 : C4 ", NULL}, {" A: C6 ", " C5 : N6 : N1 ", NULL}, {" A: N6 ", " C6 ", NULL}, {" A: N1 ", " C6 : C2 ", NULL}, {" A: C2 ", " N1 : N3 ", NULL}, {" A: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" A: C4 ", " N9 : C5 : N3 ", NULL}, {" G: C1*", " N9 : C2*: O4*", NULL}, {" G: C1'", " N9 : C2': O4'", NULL}, {" G: C2*", " C3*: O2*: C1*", NULL}, {" G: O2*", " C2*", NULL}, {" G: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" G: O3*", " C3*", NULL}, {" G: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" G: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" G: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" G: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" G: C2'", " C3': O2': C1'", NULL}, {" G: O2'", " C2'", NULL}, {" G: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" G: O3'", " C3'", NULL}, {" G: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" G: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" G: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" G: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" G: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" G: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" G: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" G: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" G: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" G: O1A", " PA ", NULL}, {" G: O2A", " PA ", NULL}, {" G: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" G: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" G: O1B", " PB ", NULL}, {" G: O2B", " PB ", NULL}, {" G: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" G: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" G: O1G", " PG ", NULL}, {" G: O2G", " PG ", NULL}, {" G: O3G", " PG ", NULL}, {" G: S1G", " PG ", NULL}, {" G: N9 ", " C8 : C4 : C1*: C1'", NULL}, {" G: C8 ", " N9 : N7 ", NULL}, {" G: N7 ", " C8 : C5 ", NULL}, {" G: C5 ", " N7 : C6 : C4 ", NULL}, {" G: C6 ", " C5 : O6 : N1 ", NULL}, {" G: O6 ", " C6 ", NULL}, {" G: N1 ", " C6 : C2 ", NULL}, {" G: C2 ", " N1 : N2 : N3 ", NULL}, {" G: N2 ", " C2 ", NULL}, {" G: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" G: C4 ", " N9 : C5 : N3 ", NULL}, /* DNA in the remediated system is DA, DT, DG, DC */ {" DT: C1*", " N1 : C2*: O4*", NULL}, {" DT: C1'", " N1 : C2': O4'", NULL}, {" DT: C2*", " C3*: C1*", NULL}, {" DT: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" DT: O3*", " C3*", NULL}, {" DT: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" DT: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" DT: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" DT: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" DT: C2'", " C3': C1'", NULL}, {" DT: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" DT: O3'", " C3'", NULL}, {" DT: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" DT: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" DT: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" DT: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" DT: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" DT: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" DT: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" DT: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" DT: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" DT: O1A", " PA ", NULL}, {" DT: O2A", " PA ", NULL}, {" DT: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" DT: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" DT: O1B", " PB ", NULL}, {" DT: O2B", " PB ", NULL}, {" DT: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" DT: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" DT: O1G", " PG ", NULL}, {" DT: O2G", " PG ", NULL}, {" DT: O3G", " PG ", NULL}, {" DT: S1G", " PG ", NULL}, {" DT: N1 ", " C2 : C6 : C1*: C1'", NULL}, {" DT: C2 ", " N1 : N3 ", NULL}, {" DT: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" DT: C4 ", " N3 : C5 : O4 ", NULL}, {" DT: C5 ", " C4 : C6 : C5M: C5A: CM5: CA5: C7 ", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" DT: C6 ", " C5 : N1 ", NULL}, {" DT: O4 ", " C4 ", NULL}, {" DT: C5M", " C5 ", NULL}, {" DT: C5A", " C5 ", NULL}, {" DT: CM5", " C5 ", NULL}, {" DT: CA5", " C5 ", NULL}, {" DT: C7 ", " C5 ", NULL}, /* */ {" DC: C1*", " N1 : C2*: O4*", NULL}, {" DC: C1'", " N1 : C2': O4'", NULL}, {" DC: C2*", " C3*: C1*", NULL}, {" DC: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" DC: O3*", " C3*", NULL}, {" DC: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" DC: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" DC: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" DC: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" DC: C2'", " C3': C1'", NULL}, {" DC: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" DC: O3'", " C3'", NULL}, {" DC: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" DC: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" DC: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" DC: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" DC: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" DC: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" DC: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" DC: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" DC: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" DC: O1A", " PA ", NULL}, {" DC: O2A", " PA ", NULL}, {" DC: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" DC: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" DC: O1B", " PB ", NULL}, {" DC: O2B", " PB ", NULL}, {" DC: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" DC: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" DC: O1G", " PG ", NULL}, {" DC: O2G", " PG ", NULL}, {" DC: O3G", " PG ", NULL}, {" DC: S1G", " PG ", NULL}, {" DC: N1 ", " C2 : C6 : C1*: C1'", NULL}, {" DC: C2 ", " N1 : N3 ", NULL}, {" DC: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" DC: C4 ", " N3 : C5 : N4 ", NULL}, {" DC: C5 ", " C4 : C6 ", NULL}, {" DC: C6 ", " C5 : N1 ", NULL}, {" DC: N4 ", " C4 ", NULL}, {" DA: C1*", " N9 : C2*: O4*", NULL}, {" DA: C1'", " N9 : C2': O4'", NULL}, {" DA: C2*", " C3*: C1*", NULL}, {" DA: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" DA: O3*", " C3*", NULL}, {" DA: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" DA: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" DA: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" DA: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" DA: C2'", " C3': C1'", NULL}, {" DA: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" DA: O3'", " C3'", NULL}, {" DA: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" DA: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" DA: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" DA: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" DA: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" DA: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" DA: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" DA: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" DA: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" DA: O1A", " PA ", NULL}, {" DA: O2A", " PA ", NULL}, {" DA: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" DA: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" DA: O1B", " PB ", NULL}, {" DA: O2B", " PB ", NULL}, {" DA: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" DA: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" DA: O1G", " PG ", NULL}, {" DA: O2G", " PG ", NULL}, {" DA: O3G", " PG ", NULL}, {" DA: S1G", " PG ", NULL}, {" DA: N9 ", " C8 : C4 : C1*: C1'", NULL}, {" DA: C8 ", " N9 : N7 ", NULL}, {" DA: N7 ", " C8 : C5 ", NULL}, {" DA: C5 ", " N7 : C6 : C4 ", NULL}, {" DA: C6 ", " C5 : N6 : N1 ", NULL}, {" DA: N6 ", " C6 ", NULL}, {" DA: N1 ", " C6 : C2 ", NULL}, {" DA: C2 ", " N1 : N3 ", NULL}, {" DA: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" DA: C4 ", " N9 : C5 : N3 ", NULL}, {" DG: C1*", " N9 : C2*: O4*", NULL}, {" DG: C1'", " N9 : C2': O4'", NULL}, {" DG: C2*", " C3*: C1*", NULL}, {" DG: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" DG: O3*", " C3*", NULL}, {" DG: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" DG: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" DG: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" DG: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" DG: C2'", " C3': C1'", NULL}, {" DG: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" DG: O3'", " C3'", NULL}, {" DG: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" DG: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" DG: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" DG: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" DG: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" DG: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" DG: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" DG: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" DG: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" DG: O1A", " PA ", NULL}, {" DG: O2A", " PA ", NULL}, {" DG: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" DG: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" DG: O1B", " PB ", NULL}, {" DG: O2B", " PB ", NULL}, {" DG: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" DG: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" DG: O1G", " PG ", NULL}, {" DG: O2G", " PG ", NULL}, {" DG: O3G", " PG ", NULL}, {" DG: S1G", " PG ", NULL}, {" DG: N9 ", " C8 : C4 : C1*: C1'", NULL}, {" DG: C8 ", " N9 : N7 ", NULL}, {" DG: N7 ", " C8 : C5 ", NULL}, {" DG: C5 ", " N7 : C6 : C4 ", NULL}, {" DG: C6 ", " C5 : O6 : N1 ", NULL}, {" DG: O6 ", " C6 ", NULL}, {" DG: N1 ", " C6 : C2 ", NULL}, {" DG: C2 ", " N1 : N2 : N3 ", NULL}, {" DG: N2 ", " C2 ", NULL}, {" DG: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" DG: C4 ", " N9 : C5 : N3 ", NULL}, /* RNA for Coot and CCP4 Ar, Ur, Tr, Cr, Gr */ {" UR: C1*", " N1 : C2*: O4*", NULL}, {" UR: C1'", " N1 : C2': O4'", NULL}, {" UR: C2*", " C3*: O2*: C1*", NULL}, {" UR: O2*", " C2*", NULL}, {" UR: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" UR: O3*", " C3*", NULL}, {" UR: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" UR: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" UR: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" UR: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" UR: C2'", " C3': O2': C1'", NULL}, {" UR: O2'", " C2'", NULL}, {" UR: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" UR: O3'", " C3'", NULL}, {" UR: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" UR: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" UR: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" UR: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" UR: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" UR: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" UR: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" UR: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" UR: OP1", " P ", NULL}, {" UR: OP2", " P ", NULL}, {" UR: OP3", " P ", NULL}, {" UR: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" UR: O1A", " PA ", NULL}, {" UR: O2A", " PA ", NULL}, {" UR: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" UR: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" UR: O1B", " PB ", NULL}, {" UR: O2B", " PB ", NULL}, {" UR: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" UR: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" UR: O1G", " PG ", NULL}, {" UR: O2G", " PG ", NULL}, {" UR: O3G", " PG ", NULL}, {" UR: S1G", " PG ", NULL}, {" UR: N1 ", " C2 : C6 : C1*: C1'", NULL}, {" UR: C2 ", " N1 : N3 : O2 ", NULL}, {" UR: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" UR: C4 ", " N3 : C5 : O4 ", NULL}, {" UR: C5 ", " C4 : C6 ", NULL}, {" UR: C6 ", " C5 : N1 ", NULL}, {" UR: O2 ", " C2 ", NULL}, {" UR: O4 ", " C4 ", NULL}, {" TR: C1*", " N1 : C2*: O4*", NULL}, {" TR: C1'", " N1 : C2': O4'", NULL}, {" TR: C2*", " C3*: O2*: C1*", NULL}, {" TR: O2*", " C2*", NULL}, {" TR: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" TR: O3*", " C3*", NULL}, {" TR: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" TR: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" TR: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" TR: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" TR: C2'", " C3': O2': C1'", NULL}, {" TR: O2'", " C2'", NULL}, {" TR: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" TR: O3'", " C3'", NULL}, {" TR: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" TR: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" TR: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" TR: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" TR: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" TR: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" TR: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" TR: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" TR: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" TR: O1A", " PA ", NULL}, {" TR: O2A", " PA ", NULL}, {" TR: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" TR: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" TR: O1B", " PB ", NULL}, {" TR: O2B", " PB ", NULL}, {" TR: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" TR: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" TR: O1G", " PG ", NULL}, {" TR: O2G", " PG ", NULL}, {" TR: O3G", " PG ", NULL}, {" TR: S1G", " PG ", NULL}, {" TR: N1 ", " C2 : C6 : C1*: C1'", NULL}, {" TR: C2 ", " N1 : N3 : O2 ", NULL}, {" TR: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" TR: C4 ", " N3 : C5 : O4 ", NULL}, {" TR: C5 ", " C4 : C6 : C5M: C5A: CM5: CA5: C7 ", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" TR: C6 ", " C5 : N1 ", NULL}, {" TR: O2 ", " C2 ", NULL}, {" TR: O4 ", " C4 ", NULL}, {" TR: C5M", " C5 ", NULL}, {" TR: C5A", " C5 ", NULL}, {" TR: CM5", " C5 ", NULL}, {" TR: CA5", " C5 ", NULL}, {" TR: C7 ", " C5 ", NULL}, /* */ {" CR: C1*", " N1 : C2*: O4*", NULL}, {" CR: C1'", " N1 : C2': O4'", NULL}, {" CR: C2*", " C3*: O2*: C1*", NULL}, {" CR: O2*", " C2*", NULL}, {" CR: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" CR: O3*", " C3*", NULL}, {" CR: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" CR: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" CR: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" CR: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" CR: C2'", " C3': O2': C1'", NULL}, {" CR: O2'", " C2'", NULL}, {" CR: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" CR: O3'", " C3'", NULL}, {" CR: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" CR: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" CR: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" CR: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" CR: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" CR: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" CR: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" CR: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" CR: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" CR: O1A", " PA ", NULL}, {" CR: O2A", " PA ", NULL}, {" CR: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" CR: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" CR: O1B", " PB ", NULL}, {" CR: O2B", " PB ", NULL}, {" CR: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" CR: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" CR: O1G", " PG ", NULL}, {" CR: O2G", " PG ", NULL}, {" CR: O3G", " PG ", NULL}, {" CR: S1G", " PG ", NULL}, {" CR: N1 ", " C2 : C6 : C1*: C1'", NULL}, {" CR: C2 ", " N1 : N3 : O2 ", NULL}, {" CR: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" CR: C4 ", " N3 : C5 : N4 ", NULL}, {" CR: C5 ", " C4 : C6 ", NULL}, {" CR: C6 ", " C5 : N1 ", NULL}, {" CR: O2 ", " C2 ", NULL}, {" CR: N4 ", " C4 ", NULL}, {" AR: C1*", " N9 : C2*: O4*", NULL}, {" AR: C1'", " N9 : C2': O4'", NULL}, {" AR: C2*", " C3*: O2*: C1*", NULL}, {" AR: O2*", " C2*", NULL}, {" AR: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" AR: O3*", " C3*", NULL}, {" AR: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" AR: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" AR: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" AR: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" AR: C2'", " C3': O2': C1'", NULL}, {" AR: O2'", " C2'", NULL}, {" AR: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" AR: O3'", " C3'", NULL}, {" AR: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" AR: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" AR: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" AR: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" AR: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" AR: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" AR: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" AR: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" AR: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" AR: O1A", " PA ", NULL}, {" AR: O2A", " PA ", NULL}, {" AR: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" AR: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" AR: O1B", " PB ", NULL}, {" AR: O2B", " PB ", NULL}, {" AR: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" AR: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" AR: O1G", " PG ", NULL}, {" AR: O2G", " PG ", NULL}, {" AR: O3G", " PG ", NULL}, {" AR: S1G", " PG ", NULL}, {" AR: N9 ", " C8 : C4 : C1*: C1'", NULL}, {" AR: C8 ", " N9 : N7 ", NULL}, {" AR: N7 ", " C8 : C5 ", NULL}, {" AR: C5 ", " N7 : C6 : C4 ", NULL}, {" AR: C6 ", " C5 : N6 : N1 ", NULL}, {" AR: N6 ", " C6 ", NULL}, {" AR: N1 ", " C6 : C2 ", NULL}, {" AR: C2 ", " N1 : N3 ", NULL}, {" AR: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" AR: C4 ", " N9 : C5 : N3 ", NULL}, {" GR: C1*", " N9 : C2*: O4*", NULL}, {" GR: C1'", " N9 : C2': O4'", NULL}, {" GR: C2*", " C3*: O2*: C1*", NULL}, {" GR: O2*", " C2*", NULL}, {" GR: C3*", " C4*: O3*: C2*", NULL}, {" GR: O3*", " C3*", NULL}, {" GR: C4*", " C5*: O4*: C3*", NULL}, {" GR: O4*", " C4*: C1*", NULL}, {" GR: C5*", " C4*: O5*", NULL}, {" GR: O5*", " C5*: P : PA ", NULL}, {" GR: C2'", " C3': O2': C1'", NULL}, {" GR: O2'", " C2'", NULL}, {" GR: C3'", " C4': O3': C2'", NULL}, {" GR: O3'", " C3'", NULL}, {" GR: C4'", " C5': O4': C3'", NULL}, {" GR: O4'", " C4': C1'", NULL}, {" GR: C5'", " C4': O5'", NULL}, {" GR: O5'", " C5': P : PA ", NULL}, {" GR: P ", " O5*: O5': O1P: O2P: O3P: OP1: OP2: OP3", NULL}, /* remediated RMI 070718 */ {" GR: O1P", " P ", NULL}, /* */ {" GR: O2P", " P ", NULL}, /* */ {" GR: O3P", " P ", NULL}, /* */ {" GR: PA ", " O5*: O5': O1A: O2A: O3A", NULL}, {" GR: O1A", " PA ", NULL}, {" GR: O2A", " PA ", NULL}, {" GR: O3A", " PA : PB ", NULL}, {" GR: PB ", " O5*: O5': O1B: O2B: O3B", NULL}, {" GR: O1B", " PB ", NULL}, {" GR: O2B", " PB ", NULL}, {" GR: O3B", " PB : PG ", NULL}, {" GR: PG ", " O5*: O5': O1G: O2G: O3G : S1G", NULL}, {" GR: O1G", " PG ", NULL}, {" GR: O2G", " PG ", NULL}, {" GR: O3G", " PG ", NULL}, {" GR: S1G", " PG ", NULL}, {" GR: N9 ", " C8 : C4 : C1*: C1'", NULL}, {" GR: C8 ", " N9 : N7 ", NULL}, {" GR: N7 ", " C8 : C5 ", NULL}, {" GR: C5 ", " N7 : C6 : C4 ", NULL}, {" GR: C6 ", " C5 : O6 : N1 ", NULL}, {" GR: O6 ", " C6 ", NULL}, {" GR: N1 ", " C6 : C2 ", NULL}, {" GR: C2 ", " N1 : N2 : N3 ", NULL}, {" GR: N2 ", " C2 ", NULL}, {" GR: N3 ", " C2 : C4 ", NULL}, {" GR: C4 ", " N9 : C5 : N3 ", NULL}, {NULL, NULL, NULL} }; /* initStdConnTable() - we have to do this once to setup the hash table */ void initStdConnTable() { StdResConnTableEntry_t *r; int i; for (i = 0; i < M; i++) { /* empty all the buckets */ StdResTblBucket[i] = NULL; } for( r = StandardResAtomConnRec; r->key != NULL; r++) { InsertInStdResConnTable(r); } } /* searchForStdBondingPartner() - given a residue name and atom name find the bonded atom */ char * searchForStdBondingPartner(char *resname, char *atomname, int isAhydrogen) { char querystring[10], *p; /* a large part of this routine is devoted to converting residue names */ /* and atom names into a search pattern. This pattern is 8 chars long */ /* and all uppercase. It has a colon as the forth character, separating*/ /* residue name from atom name. Deuterum is converted to hydrogen. */ if (resname && atomname) { if (resname[0]) { querystring[0] = toupper(resname[0]); if (resname[1]) { querystring[1] = toupper(resname[1]); querystring[2] = resname[2] ? toupper(resname[2]) : ' '; } else { querystring[1] = querystring[2] = ' '; } } else { querystring[0] = querystring[1] = querystring[2] = ' '; } querystring[3] = ':'; if (atomname[0]) { querystring[4] = toupper(atomname[0]); if (atomname[1]) { querystring[5] = toupper(atomname[1]); if (atomname[2]) { querystring[6] = toupper(atomname[2]); querystring[7] = atomname[3] ? toupper(atomname[3]) : ' '; } else { querystring[6] = querystring[7] = ' '; } } else { querystring[5] = querystring[6] = querystring[7] = ' '; } } else { querystring[4] = querystring[5] = ' '; querystring[6] = querystring[7] = ' '; } querystring[8] = '\0'; if (isAhydrogen) { /* because we know atomname is for a hydrogen atom we can */ /* make the following fixup for deuterium atoms */ if ((querystring[4] == 'D') && (querystring[7] != ' ')) { querystring[4] = 'H'; } else if ((querystring[4] != 'H') && (querystring[5] == 'D')) { querystring[5] = 'H'; } } p = SearchStdResConnTable(querystring); if (p == NULL) { /* if failed because of a non-std nucleic acid residue name */ /* convert to "..X" and retry */ char *naALTlist = ":GUA:GTP:GDP:GMP:GSP:ADE:ATP:ADP:AMP:CYT:CTP:CDP:CMP:URA:UTP:UDP:UMP:THY:TTP:TDP:TMP: DA: DT: DC: DG: AR: UR: TR: CR: GR:"; querystring[3] = '\0'; /* temporarily look at just the first three chars */ if (strstr(naALTlist, querystring)) { /* fixup common alternate nucleic acid residue names */ if(strstr(":GUA:GTP:GDP:GMP:GSP: DG: GR:", querystring)) { querystring[2] = 'G'; } else if(strstr(":ADE:ATP:ADP:AMP: DA: AR:", querystring)) { querystring[2] = 'A'; } else if(strstr(":CYT:CTP:CDP:CMP: DC: CR:", querystring)) { querystring[2] = 'C'; } else if(strstr(":URA:UTP:UDP:UMP: UR:", querystring)) { querystring[2] = 'U'; } else if(strstr(":THY:TTP:TDP:TMP: DT: TR:", querystring)) { querystring[2] = 'T'; } else { querystring[2] = ' '; } querystring[0] = querystring[1] = ' '; /* i.e., blank-blank-[GACUT] */ /* put the string back together */ querystring[3] = ':'; p = SearchStdResConnTable(querystring); /* second time is a charm */ } } } else { p = NULL; } return p; } /* Hash function from PJ Weinberger's compiler as described */ /* in Aho, Sethi & Ullman, Compilers, Principles, Techniques & Tools */ /* 1986, Addison Wesley, pg 436 */ int HashInStdResTbl(char *s) { unsigned h, g; for (h = 0; *s != '\0'; s++) { h = (h<<4) + *s; if ( (g = h & 0xf0000000) ) { h ^= g >> 24; h ^= g; } } return h % M; } /* InsertInStdResConnTable() - add an entry into the has table */ int InsertInStdResConnTable(StdResConnTableEntry_t *elem) { int r = 0, h = 0, rc = 1; StdResConnTableEntry_t *t = NULL; h = HashInStdResTbl(elem->key); t = StdResTblBucket[h]; if (t == NULL) { /* nothing else stored at this h value yet */ elem->next = NULL; /* the cdr of the new list is Z */ StdResTblBucket[h] = elem; /* store the element at the head of the list */ } else if ((r = strcmp(elem->key, t->key)) > 0) { /* key(e) > key(t), look further down list */ while (t->next && (r = strcmp(elem->key, t->next->key)) > 0) { t = t->next; } if ((t->next == NULL) || (r != 0)) { /* hook elem in after t and before t->next */ elem->next = t->next; t->next = elem; } else { fprintf(stderr, "ERROR duplicate key: InsertInStdResConnTable(\"%s\", \"%s\") -- old(\"%s\" @%d)\n", elem->key, elem->value, t->next->value, h); rc = 0; } } else if (r < 0) { /* the element comes ahead of the first list element */ elem->next = t; /* the cdr of the new list is the old list */ StdResTblBucket[h] = elem; /* store the element at the head of the list */ } else { /* duplicate */ fprintf(stderr, "ERROR duplicate key: InsertInStdResConnTable(\"%s\", \"%s\") - old(\"%s\" @%d)\n", elem->key, elem->value, t->value, h); rc = 0; } return rc; } /* SearchStdResConnTable() - given a formatted search key, return the value in the hash table */ char *SearchStdResConnTable(char *key) { int r = 0; StdResConnTableEntry_t *t; t = StdResTblBucket[HashInStdResTbl(key)]; while (t && (r = strcmp(key, t->key)) > 0) { t = t->next; } return (t ? (r ? NULL : t->value) : NULL); } /* dumpStdConnTable() - dump dictionary contents for debugging purposes */ void dumpStdConnTable(FILE * outf) { int h; StdResConnTableEntry_t *t; for (h = 0; h < M; h++) { fprintf(outf, "%5d] ", h); for (t = StdResTblBucket[h]; t; t = t->next) { fprintf(outf, "(\"%s\" --> \"%s\") ", t->key, t->value); } fprintf(outf, "\n"); } }