# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Mar 26 06:18:33 2022
#   Inital geometry file: a 126 line input string
#   Ligand name: N-{5-[4-(4-chlorophenyl)piperidine-1-sulfonyl]pyridine-2-carbonyl}glycine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)CNC(=O)c1ccc(cn1)[S](=O)(=O)N2CCC(CC2)c3ccc(Cl)cc3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ZQ1  ZQ1  N-{5-[4-(4-chlorophenyl)piperidine-1-sulfonyl]pyridine-2-carbonyl}glycine  ligand  48  29  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_ZQ1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ZQ1  C2   C   CH2    0  -0.314  21.4432  42.0160  -21.6722
 ZQ1  C3   C   CH2    0  -0.410  21.2823  42.3731  -23.1415
 ZQ1  C4   C   CH1    0  -0.359  22.4158  43.2828  -23.6173
 ZQ1  C5   C   CR6    0   0.207  22.2954  43.6450  -25.0743
 ZQ1  C6   C   CR16   0  -0.343  22.2144  44.9769  -25.4679
 ZQ1  C10  C   CR16   0  -0.324  22.2803  42.6660  -26.0668
 ZQ1  C11  C   CR6    0  -0.277  22.8759  41.5548  -18.7366
 ZQ1  O4   O   OS     0  -0.639  21.7794  39.5789  -20.0399
 ZQ1  O3   O   OS     0  -0.639  24.2702  39.8830  -20.1696
 ZQ1  C18  C   CR16   0  -0.029  21.6626  41.8459  -18.1221
 ZQ1  N2   N   N      0  -0.428  21.5767  42.6840  -17.1049
 ZQ1  C14  C   CR6    0   0.128  22.6819  43.2661  -16.6528
 ZQ1  C15  C   C      0   0.540  22.5510  44.2118  -15.4862
 ZQ1  O2   O   O      0  -0.481  23.5382  44.7821  -15.0411
 ZQ1  N1   N   NH1    0  -0.619  21.3186  44.3249  -14.9972
 ZQ1  C16  C   CH2    0  -0.443  20.9716  45.2893  -13.9878
 ZQ1  C17  C   C      0   0.403  20.8410  46.7509  -14.4956
 ZQ1  O1   O   OC    -1  -0.612  20.5680  47.5741  -13.6016
 ZQ1  O    O   O      0  -0.591  21.0053  46.9573  -15.7079
 ZQ1  C13  C   CR16   0  -0.289  23.9342  43.0345  -17.2053
 ZQ1  C12  C   CR16   0  -0.120  24.0349  42.1578  -18.2708
 ZQ1  N    N   N      0  -0.563  22.7522  41.3890  -21.4670
 ZQ1  C1   C   CH2    0  -0.314  23.8687  42.2653  -21.8322
 ZQ1  C    C   CH2    0  -0.408  23.7610  42.6240  -23.3051
 ZQ1  C9   C   CR16   0  -0.193  22.1901  43.0009  -27.4090
 ZQ1  C8   C   CR6    0  -0.060  22.1147  44.3381  -27.7679
 ZQ1  CL   CL  CL     0  -0.135  22.0086  44.7679  -29.4456
 ZQ1  C7   C   CR16   0  -0.190  22.1246  45.3339  -26.8064
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 ZQ1  H2   H   HCH2   0   0.279  20.6543  41.3283  -21.3757
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 ZQ1  H4   H   HCH2   0   0.238  21.2615  41.4526  -23.7300
 ZQ1  H5   H   HCH1   0   0.251  22.3617  44.2106  -23.0358
 ZQ1  H6   H   HCR6   0   0.259  22.2233  45.7581  -24.7173
 ZQ1  H7   H   HCR6   0   0.260  22.3435  41.6177  -25.8003
 ZQ1  H8   H   HCR6   0   0.295  20.7391  41.3864  -18.4536
 ZQ1  H9   H   HNH1   0   0.400  20.5808  43.8540  -15.4979
 ZQ1  H10  H   HCH2   0   0.252  20.0218  44.9808  -13.5476
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 ZQ1  H15  H   HCH2   0   0.279  24.8114  41.7558  -21.6470
 ZQ1  H16  H   HCH2   0   0.240  23.8522  43.1787  -21.2228
 ZQ1  H17  H   HCH2   0   0.238  23.8858  41.7181  -23.9037
 ZQ1  H18  H   HCH2   0   0.255  24.5809  43.2985  -23.5589
 ZQ1  H19  H   HCR6   0   0.276  22.1808  42.2271  -28.1649
 ZQ1  H20  H   HCR6   0   0.275  22.0631  46.3758  -27.0907
 ZQ1  S    S   S      0   1.379  22.9356  40.4521  -20.1257

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
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 ZQ1  C8   C7   aromatic  1.384  0.020  1.384
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 ZQ1  C10  C5   aromatic  1.394  0.020  1.394
 ZQ1  C6   C5   aromatic  1.391  0.020  1.391
 ZQ1  C5   C4   single    1.506  0.020  1.506
 ZQ1  C4   C    single    1.530  0.020  1.530
 ZQ1  C4   C3   single    1.529  0.020  1.529
 ZQ1  C    C1   single    1.520  0.020  1.520
 ZQ1  C3   C2   single    1.521  0.020  1.521
 ZQ1  C1   N    single    1.466  0.020  1.466
 ZQ1  C2   N    single    1.466  0.020  1.466
 ZQ1  N    S    single    1.646  0.020  1.646
 ZQ1  S    O3   double    1.452  0.020  1.452
 ZQ1  S    O4   double    1.451  0.020  1.451
 ZQ1  S    C11  single    1.775  0.020  1.775
 ZQ1  C11  C12  aromatic  1.387  0.020  1.387
 ZQ1  C11  C18  aromatic  1.391  0.020  1.391
 ZQ1  C12  C13  aromatic  1.383  0.020  1.383
 ZQ1  C18  N2   aromatic  1.321  0.020  1.321
 ZQ1  C13  C14  aromatic  1.388  0.020  1.388
 ZQ1  N2   C14  aromatic  1.328  0.020  1.328
 ZQ1  C14  C15  single    1.508  0.020  1.508
 ZQ1  C15  N1   single    1.331  0.020  1.331
 ZQ1  C15  O2   double    1.224  0.020  1.224
 ZQ1  O    C17  deloc     1.241  0.020  1.241
 ZQ1  N1   C16  single    1.438  0.020  1.438
 ZQ1  C17  C16  single    1.553  0.020  1.553
 ZQ1  C17  O1   deloc     1.245  0.020  1.245
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 ZQ1  C2   H2   single    0.970  0.020  1.090
 ZQ1  C3   H3   single    0.970  0.020  1.090
 ZQ1  C3   H4   single    0.970  0.020  1.090
 ZQ1  C4   H5   single    0.970  0.020  1.090
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 ZQ1  N1   H9   single    0.860  0.020  1.020
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 ZQ1  C16  H11  single    0.970  0.020  1.090
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 ZQ1  C9   H19  single    0.930  0.020  1.080
 ZQ1  C7   H20  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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 ZQ1  H16  C1   C    109.91  3.000
 ZQ1  H15  C1   C    109.70  3.000
 ZQ1  H16  C1   N    110.34  3.000
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 ZQ1  H18  C    H17  107.40  3.000
 ZQ1  H18  C    C1   108.54  3.000
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 ZQ1  H18  C    C4   110.29  3.000
 ZQ1  H17  C    C4   110.21  3.000
 ZQ1  C1   C    C4   111.20  3.000
 ZQ1  H19  C9   C8   120.56  3.000
 ZQ1  H19  C9   C10  120.29  3.000
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 ZQ1  C7   C8   CL   119.59  3.000
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 ZQ1  C8   C7   C6   119.02  3.000
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 ZQ1  N    S    C11  106.29  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
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_chem_comp_tor.atom_id_4
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ZQ1  CONST_01  C8   C9   C10  C5     0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_02  C8   C7   C6   C5     0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_03  C9   C8   C7   C6     0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_04  C9   C10  C5   C6     0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_05  C7   C8   C9   C10    0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_06  C7   C6   C5   C10    0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_07  C14  C13  C12  C11    0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_08  C14  N2   C18  C11    0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_09  C13  C12  C11  C18    0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_10  C13  C14  N2   C18    0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_11  C12  C11  C18  N2     0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_12  C12  C13  C14  N2     0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_13  C9   C10  C5   C4   180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_14  C7   C6   C5   C4   180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_15  CL   C8   C7   C6   180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_16  CL   C8   C9   C10  180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_17  C13  C12  C11  S    180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_18  N2   C18  C11  S    180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_19  C15  C14  N2   C18  180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_20  C12  C13  C14  C15  180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_21  H7   C10  C5   C4     0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_22  H6   C6   C5   C4     0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_23  H19  C9   C10  C5   180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_24  H20  C7   C6   C5   180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_25  H13  C13  C12  C11  180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_26  H14  C12  C11  C18  180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_27  H8   C18  N2   C14  180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_28  C16  N1   C15  C14  180.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_29  H9   N1   C15  C14    0.00   0.0  0
 ZQ1  CONST_30  C16  N1   C15  O2     0.00   0.0  0
 ZQ1  Var_01    C    C1   N    C2   -60.53  30.0  1
 ZQ1  Var_02    C1   N    C2   C3    60.41  30.0  1
 ZQ1  Var_03    N    C1   C    C4    56.94  30.0  1
 ZQ1  Var_04    N    C2   C3   C4   -56.68  30.0  1
 ZQ1  Var_05    C11  S    N    C2   -68.39  30.0  3
 ZQ1  Var_06    N    S    C11  C18   90.14  30.0  1
 ZQ1  Var_07    N1   C15  C14  N2     2.30  30.0  2
 ZQ1  Var_08    C17  C16  N1   C15   75.65  30.0  3
 ZQ1  Var_09    O    C17  C16  N1     1.95  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ZQ1  chir_01  C4  C5  C  C3  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 ZQ1  plan-1  C11  0.020
 ZQ1  plan-1  C18  0.020
 ZQ1  plan-1  N2   0.020
 ZQ1  plan-1  C14  0.020
 ZQ1  plan-1  C15  0.020
 ZQ1  plan-1  C13  0.020
 ZQ1  plan-1  C12  0.020
 ZQ1  plan-1  H8   0.020
 ZQ1  plan-1  H13  0.020
 ZQ1  plan-1  H14  0.020
 ZQ1  plan-1  S    0.020
 ZQ1  plan-2  C4   0.020
 ZQ1  plan-2  C5   0.020
 ZQ1  plan-2  C6   0.020
 ZQ1  plan-2  C10  0.020
 ZQ1  plan-2  C9   0.020
 ZQ1  plan-2  C8   0.020
 ZQ1  plan-2  CL   0.020
 ZQ1  plan-2  C7   0.020
 ZQ1  plan-2  H6   0.020
 ZQ1  plan-2  H7   0.020
 ZQ1  plan-2  H19  0.020
 ZQ1  plan-2  H20  0.020
 ZQ1  plan-3  C14  0.020
 ZQ1  plan-3  C15  0.020
 ZQ1  plan-3  O2   0.020
 ZQ1  plan-3  N1   0.020
 ZQ1  plan-3  C16  0.020
 ZQ1  plan-3  H9   0.020
 ZQ1  plan-4  C16  0.020
 ZQ1  plan-4  C17  0.020
 ZQ1  plan-4  O1   0.020
 ZQ1  plan-4  O    0.020

