# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 23 23:46:48 2021
#   Inital geometry file: a 87 line input string
#   Ligand name: methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CO[C@H]1O[C@H](CO[S](O)(=O)=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1N[S](O)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ZDO  ZDO  'methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside'  D-saccharide  36  21  .  2023-02-15  2023-02-16
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_ZDO
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ZDO  C1    C  CH1   0   0.298  -83.8397  -21.8102  25.5730
 ZDO  C1M   C  CH3   0  -0.408  -83.5674  -21.8814  27.9171
 ZDO  C2    C  CH1   0  -0.178  -84.9620  -21.7678  24.5290
 ZDO  C3    C  CH1   0   0.048  -85.5683  -23.1541  24.3278
 ZDO  C4    C  CH1   0  -0.012  -84.4498  -24.1438  24.0069
 ZDO  C5    C  CH1   0  -0.001  -83.3889  -24.0948  25.1087
 ZDO  C6    C  CH2   0  -0.261  -82.2078  -25.0057  24.8796
 ZDO  O1    O  O2    0  -0.496  -84.4293  -22.0385  26.8068
 ZDO  N2    N  NC1   0  -0.751  -86.0059  -20.8224  24.8869
 ZDO  S2    S  S     0   1.587  -85.9815  -19.2773  24.3899
 ZDO  OSA   O  OS    0  -0.645  -87.2043  -18.6672  24.8570
 ZDO  OSB   O  OS    0  -0.649  -85.6053  -19.2508  22.9984
 ZDO  OSC   O  OS    0  -0.714  -84.7413  -18.5545  25.1086
 ZDO  O3    O  OH1   0  -0.660  -86.4979  -23.0743  23.2837
 ZDO  O4    O  OH1   0  -0.678  -85.0259  -25.4227  23.9103
 ZDO  O5    O  O2    0  -0.497  -82.8867  -22.7775  25.2376
 ZDO  O6    O  OC2   0  -0.567  -81.5328  -24.6417  23.6486
 ZDO  S6    S  S     0   1.668  -81.4126  -25.6804  22.4651
 ZDO  OS1   O  OS    0  -0.612  -80.7830  -24.9578  21.3967
 ZDO  OS2   O  OS    0  -0.645  -82.6663  -26.3648  22.2615
 ZDO  OS3   O  OS    0  -0.696  -80.4542  -26.7980  23.0433
 ZDO  H1    H  HCH1  0   0.245  -83.2852  -20.8630  25.5728
 ZDO  H1M1  H  HCH3  0   0.243  -84.1837  -21.9172  28.8130
 ZDO  H1M2  H  HCH3  0   0.223  -82.8200  -22.6762  27.9775
 ZDO  H1M3  H  HCH3  0   0.217  -83.0482  -20.9179  27.8887
 ZDO  HSC   H  H     0   0.500  -84.9304  -18.3358  26.0359
 ZDO  H2    H  HCH1  0   0.302  -84.5237  -21.4531  23.5786
 ZDO  HN21  H  HNC1  0   0.424  -86.4265  -20.9516  25.8011
 ZDO  H3    H  HCH1  0   0.224  -86.0515  -23.4771  25.2628
 ZDO  HO3   H  HOH1  0   0.453  -86.8843  -23.9486  23.1661
 ZDO  H4    H  HCH1  0   0.233  -84.0016  -23.8312  23.0540
 ZDO  HO4   H  HOH1  0   0.461  -84.5334  -25.9372  23.2618
 ZDO  H5    H  HCH1  0   0.256  -83.8439  -24.4387  26.0485
 ZDO  H61   H  HCH2  0   0.296  -81.4743  -24.8915  25.6764
 ZDO  H62   H  HCH2  0   0.276  -82.5359  -26.0456  24.8710
 ZDO  HS3   H  H     0   0.516  -79.5271  -26.5070  23.1036

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ZDO  C1   O1    single  1.386  0.020  1.386
 ZDO  O1   C1M   single  1.414  0.020  1.414
 ZDO  C1   H1    single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C1M  H1M1  single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C1M  H1M2  single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C1M  H1M3  single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C1   O5    single  1.399  0.020  1.399
 ZDO  C1   C2    single  1.533  0.020  1.533
 ZDO  C2   N2    single  1.453  0.020  1.453
 ZDO  N2   HN21  single  0.890  0.020  1.040
 ZDO  C2   H2    single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  S2   N2    single  1.623  0.020  1.623
 ZDO  S2   OSA   double  1.444  0.020  1.444
 ZDO  S2   OSB   double  1.442  0.020  1.442
 ZDO  S2   OSC   single  1.605  0.020  1.605
 ZDO  OSC  HSC   single  0.850  0.020  0.980
 ZDO  C2   C3    single  1.526  0.020  1.526
 ZDO  C3   H3    single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C3   O3    single  1.400  0.020  1.400
 ZDO  O3   HO3   single  0.850  0.020  0.980
 ZDO  C3   C4    single  1.528  0.020  1.528
 ZDO  C4   H4    single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C4   O4    single  1.406  0.020  1.406
 ZDO  O4   HO4   single  0.850  0.020  0.980
 ZDO  C4   C5    single  1.530  0.020  1.530
 ZDO  C5   O5    single  1.416  0.020  1.416
 ZDO  C5   H5    single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C5   C6    single  1.509  0.020  1.509
 ZDO  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C6   O6    single  1.450  0.020  1.450
 ZDO  O6   S6    single  1.579  0.020  1.579
 ZDO  S6   OS2   double  1.443  0.020  1.443
 ZDO  S6   OS3   single  1.582  0.020  1.582
 ZDO  S6   OS1   double  1.435  0.020  1.435
 ZDO  OS3  HS3   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ZDO  H1    C1   O5    104.62  3.000
 ZDO  O5    C1   O1    112.91  3.000
 ZDO  H1    C1   O1    110.93  3.000
 ZDO  O5    C1   C2    110.76  3.000
 ZDO  H1    C1   C2    110.23  3.000
 ZDO  O1    C1   C2    107.41  3.000
 ZDO  H1M3  C1M  H1M2  108.50  3.000
 ZDO  H1M3  C1M  H1M1  108.60  3.000
 ZDO  H1M2  C1M  H1M1  108.54  3.000
 ZDO  H1M3  C1M  O1    111.49  3.000
 ZDO  H1M2  C1M  O1    112.30  3.000
 ZDO  H1M1  C1M  O1    107.31  3.000
 ZDO  H2    C2   N2    108.36  3.000
 ZDO  H2    C2   C3    107.83  3.000
 ZDO  N2    C2   C3    109.75  3.000
 ZDO  C3    C2   C1    110.81  3.000
 ZDO  H2    C2   C1    107.85  3.000
 ZDO  N2    C2   C1    112.09  3.000
 ZDO  H3    C3   O3    111.01  3.000
 ZDO  O3    C3   C4    111.49  3.000
 ZDO  H3    C3   C4    108.04  3.000
 ZDO  C4    C3   C2    108.98  3.000
 ZDO  O3    C3   C2    108.07  3.000
 ZDO  H3    C3   C2    109.20  3.000
 ZDO  H4    C4   O4    111.49  3.000
 ZDO  O4    C4   C5    111.26  3.000
 ZDO  H4    C4   C5    109.43  3.000
 ZDO  C5    C4   C3    109.61  3.000
 ZDO  O4    C4   C3    107.68  3.000
 ZDO  H4    C4   C3    107.26  3.000
 ZDO  H5    C5   O5    111.11  3.000
 ZDO  H5    C5   C6    105.36  3.000
 ZDO  O5    C5   C6    107.33  3.000
 ZDO  C6    C5   C4    114.45  3.000
 ZDO  H5    C5   C4    108.58  3.000
 ZDO  O5    C5   C4    109.95  3.000
 ZDO  H62   C6   H61   107.96  3.000
 ZDO  H62   C6   O6    111.88  3.000
 ZDO  H61   C6   O6    106.33  3.000
 ZDO  O6    C6   C5    109.98  3.000
 ZDO  H62   C6   C5    109.96  3.000
 ZDO  H61   C6   C5    110.66  3.000
 ZDO  C1M   O1   C1    114.91  3.000
 ZDO  HN21  N2   S2    113.78  3.000
 ZDO  S2    N2   C2    122.21  3.000
 ZDO  HN21  N2   C2    115.91  3.000
 ZDO  OSC   S2   OSB   102.84  3.000
 ZDO  OSC   S2   OSA   108.61  3.000
 ZDO  OSB   S2   OSA   121.69  3.000
 ZDO  OSC   S2   N2    107.65  3.000
 ZDO  OSB   S2   N2    108.48  3.000
 ZDO  OSA   S2   N2    106.88  3.000
 ZDO  HSC   OSC  S2    112.23  3.000
 ZDO  HO3   O3   C3    107.80  3.000
 ZDO  HO4   O4   C4    108.82  3.000
 ZDO  C5    O5   C1    115.06  3.000
 ZDO  S6    O6   C6    120.43  3.000
 ZDO  OS3   S6   OS2   104.06  3.000
 ZDO  OS3   S6   OS1   111.22  3.000
 ZDO  OS2   S6   OS1   121.00  3.000
 ZDO  OS1   S6   O6    105.08  3.000
 ZDO  OS3   S6   O6    103.70  3.000
 ZDO  OS2   S6   O6    110.59  3.000
 ZDO  HS3   OS3  S6    112.86  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ZDO  Var_01  OSA   S2   N2  C2  176.36  30.0  2
 ZDO  Var_02  H1M1  C1M  O1  C1  170.42  30.0  3
 ZDO  Var_03  OS2   S6   O6  C6   43.88  30.0  3
 ZDO  Var_04  H61   C6   O6  S6  120.80  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ZDO  chir_01  C1  O1  O5  C2  negativ
 ZDO  chir_02  C2  N2  C3  C1  positiv
 ZDO  chir_03  C3  O3  C2  C4  positiv
 ZDO  chir_04  C4  O4  C5  C3  positiv
 ZDO  chir_05  C5  O5  C4  C6  negativ

