# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 25 22:19:59 2022
#   Inital geometry file: a 87 line input string
#   Ligand name: methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CO[C@H]1O[C@H](CO[S](O)(=O)=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1N[S](O)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ZDO  ZDO  'methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside'  D-saccharide  34  21  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_ZDO
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ZDO  C1    C  CH1    0   0.292  -83.7760  -21.8158  25.4894
 ZDO  C1M   C  CH3    0  -0.406  -83.3000  -21.8249  27.7863
 ZDO  C2    C  CH1    0  -0.126  -84.9544  -21.8014  24.5084
 ZDO  C3    C  CH1    0   0.020  -85.5266  -23.2096  24.3563
 ZDO  C4    C  CH1    0   0.011  -84.4107  -24.1704  23.9657
 ZDO  C5    C  CH1    0  -0.001  -83.3055  -24.0933  25.0186
 ZDO  C6    C  CH2    0  -0.237  -82.1339  -25.0181  24.7691
 ZDO  O1    O  O2     0  -0.484  -84.2475  -22.0603  26.7690
 ZDO  N2    N  NC1    0  -0.778  -86.0158  -20.9000  24.9261
 ZDO  S2    S  S      0   1.497  -85.7196  -19.2239  24.8526
 ZDO  OSA   O  OS     0  -0.753  -87.0797  -18.6683  24.8640
 ZDO  OSB   O  OS     0  -0.751  -84.9719  -18.9467  23.6134
 ZDO  OSC   O  OS    -1  -0.748  -84.9381  -18.9133  26.0584
 ZDO  O3    O  OH1    0  -0.669  -86.5341  -23.1564  23.3732
 ZDO  O4    O  OH1    0  -0.701  -84.9477  -25.4635  23.8662
 ZDO  O5    O  O2     0  -0.504  -82.8195  -22.7634  25.0865
 ZDO  O6    O  OC2    0  -0.604  -81.5489  -24.7987  23.4904
 ZDO  S6    S  S      0   1.585  -81.5491  -26.0332  22.4146
 ZDO  OS1   O  OS     0  -0.715  -80.8674  -25.4163  21.2846
 ZDO  OS2   O  OS     0  -0.745  -82.9706  -26.3429  22.1594
 ZDO  OS3   O  OS    -1  -0.724  -80.8369  -27.1339  23.0627
 ZDO  H1    H  HCH1   0   0.226  -83.2425  -20.8585  25.4504
 ZDO  H1M1  H  HCH3   0   0.233  -83.8151  -21.9176  28.7410
 ZDO  H1M2  H  HCH3   0   0.212  -82.4742  -22.5419  27.7695
 ZDO  H1M3  H  HCH3   0   0.210  -82.8795  -20.8157  27.7164
 ZDO  H2    H  HCH1   0   0.241  -84.5338  -21.5114  23.5344
 ZDO  HN21  H  HNC1   0   0.376  -86.8508  -21.0909  24.3814
 ZDO  H3    H  HCH1   0   0.211  -85.9479  -23.5315  25.3208
 ZDO  HO3   H  HOH1   0   0.451  -86.9402  -24.0277  23.3173
 ZDO  H4    H  HCH1   0   0.209  -84.0013  -23.8364  23.0013
 ZDO  HO4   H  HOH1   0   0.458  -84.3606  -25.9571  23.2664
 ZDO  H5    H  HCH1   0   0.225  -83.7238  -24.4029  25.9877
 ZDO  H61   H  HCH2   0   0.252  -81.3666  -24.8377  25.5262
 ZDO  H62   H  HCH2   0   0.238  -82.4664  -26.0505  24.9021

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ZDO  C1   O1    single  1.385  0.020  1.385
 ZDO  O1   C1M   single  1.410  0.020  1.410
 ZDO  C1   H1    single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C1M  H1M1  single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C1M  H1M2  single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C1M  H1M3  single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C1   O5    single  1.405  0.020  1.405
 ZDO  C1   C2    single  1.533  0.020  1.533
 ZDO  C2   N2    single  1.454  0.020  1.454
 ZDO  N2   HN21  single  0.890  0.020  1.040
 ZDO  C2   H2    single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  S2   N2    single  1.704  0.020  1.704
 ZDO  S2   OSA   deloc   1.469  0.020  1.469
 ZDO  S2   OSB   deloc   1.474  0.020  1.474
 ZDO  S2   OSC   deloc   1.470  0.020  1.470
 ZDO  C2   C3    single  1.528  0.020  1.528
 ZDO  C3   H3    single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C3   O3    single  1.409  0.020  1.409
 ZDO  O3   HO3   single  0.850  0.020  0.980
 ZDO  C3   C4    single  1.523  0.020  1.523
 ZDO  C4   H4    single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C4   O4    single  1.404  0.020  1.404
 ZDO  O4   HO4   single  0.850  0.020  0.980
 ZDO  C4   C5    single  1.528  0.020  1.528
 ZDO  C5   O5    single  1.418  0.020  1.418
 ZDO  C5   H5    single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C5   C6    single  1.513  0.020  1.513
 ZDO  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 ZDO  C6   O6    single  1.423  0.020  1.423
 ZDO  O6   S6    single  1.637  0.020  1.637
 ZDO  S6   OS2   deloc   1.477  0.020  1.477
 ZDO  S6   OS3   deloc   1.462  0.020  1.462
 ZDO  S6   OS1   deloc   1.457  0.020  1.457

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ZDO  H1    C1   O5    104.32  3.000
 ZDO  O5    C1   O1    112.17  3.000
 ZDO  H1    C1   O1    110.64  3.000
 ZDO  O5    C1   C2    110.24  3.000
 ZDO  H1    C1   C2    110.06  3.000
 ZDO  O1    C1   C2    109.33  3.000
 ZDO  H1M3  C1M  H1M2  108.24  3.000
 ZDO  H1M3  C1M  H1M1  108.42  3.000
 ZDO  H1M2  C1M  H1M1  108.36  3.000
 ZDO  H1M3  C1M  O1    111.45  3.000
 ZDO  H1M2  C1M  O1    112.76  3.000
 ZDO  H1M1  C1M  O1    107.49  3.000
 ZDO  H2    C2   N2    111.73  3.000
 ZDO  H2    C2   C3    107.34  3.000
 ZDO  N2    C2   C3    109.06  3.000
 ZDO  C3    C2   C1    110.06  3.000
 ZDO  H2    C2   C1    105.97  3.000
 ZDO  N2    C2   C1    112.52  3.000
 ZDO  H3    C3   O3    110.42  3.000
 ZDO  O3    C3   C4    111.64  3.000
 ZDO  H3    C3   C4    108.70  3.000
 ZDO  C4    C3   C2    109.42  3.000
 ZDO  O3    C3   C2    107.62  3.000
 ZDO  H3    C3   C2    109.01  3.000
 ZDO  H4    C4   O4    111.10  3.000
 ZDO  O4    C4   C5    111.83  3.000
 ZDO  H4    C4   C5    108.64  3.000
 ZDO  C5    C4   C3    108.74  3.000
 ZDO  O4    C4   C3    108.60  3.000
 ZDO  H4    C4   C3    107.82  3.000
 ZDO  H5    C5   O5    110.62  3.000
 ZDO  H5    C5   C6    105.52  3.000
 ZDO  O5    C5   C6    108.41  3.000
 ZDO  C6    C5   C4    114.55  3.000
 ZDO  H5    C5   C4    108.53  3.000
 ZDO  O5    C5   C4    109.16  3.000
 ZDO  H62   C6   H61   106.58  3.000
 ZDO  H62   C6   O6    112.33  3.000
 ZDO  H61   C6   O6    107.96  3.000
 ZDO  O6    C6   C5    111.85  3.000
 ZDO  H62   C6   C5    108.77  3.000
 ZDO  H61   C6   C5    109.18  3.000
 ZDO  C1M   O1   C1    114.10  3.000
 ZDO  HN21  N2   S2    107.75  3.000
 ZDO  S2    N2   C2    118.07  3.000
 ZDO  HN21  N2   C2    109.25  3.000
 ZDO  OSC   S2   OSB   112.35  3.000
 ZDO  OSC   S2   OSA   113.94  3.000
 ZDO  OSB   S2   OSA   113.90  3.000
 ZDO  OSC   S2   N2    105.36  3.000
 ZDO  OSB   S2   N2    108.03  3.000
 ZDO  OSA   S2   N2    102.17  3.000
 ZDO  HO3   O3   C3    107.94  3.000
 ZDO  HO4   O4   C4    106.26  3.000
 ZDO  C5    O5   C1    114.40  3.000
 ZDO  S6    O6   C6    118.30  3.000
 ZDO  OS3   S6   OS2   112.79  3.000
 ZDO  OS3   S6   OS1   115.76  3.000
 ZDO  OS2   S6   OS1   113.90  3.000
 ZDO  OS1   S6   O6    100.97  3.000
 ZDO  OS3   S6   O6    106.03  3.000
 ZDO  OS2   S6   O6    105.77  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ZDO  Var_01  OSA   S2   N2  C2  160.56  30.0  3
 ZDO  Var_02  H1M1  C1M  O1  C1  172.50  30.0  3
 ZDO  Var_03  OS2   S6   O6  C6   61.71  30.0  3
 ZDO  Var_04  H61   C6   O6  S6  121.17  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ZDO  chir_01  C1  O1  O5  C2  negativ
 ZDO  chir_02  C2  N2  C3  C1  positiv
 ZDO  chir_03  C3  O3  C2  C4  positiv
 ZDO  chir_04  C4  O4  C5  C3  positiv
 ZDO  chir_05  C5  O5  C4  C6  negativ

