# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Aug  4 01:56:20 2022
#   Inital geometry file: a 70 line input string
#   Ligand name: 3-methyl-L-tyrosine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1cc(C[C@H](N)C(O)=O)ccc1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ZDJ  ZDJ  "3-methyl-L-tyrosine"  L-peptide  26  14  .  2022-08-11  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND (side chain)
;

data_comp_ZDJ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ZDJ  O    O  O      0  -0.617  -5.3090  -60.5534  -28.5642
 ZDJ  C    C  C      0   0.380  -4.4714  -59.7364  -28.1272
 ZDJ  CA   C  CH1    0  -0.205  -3.3756  -59.2942  -29.1354
 ZDJ  N    N  NH2    0  -0.781  -2.5477  -58.1739  -28.7198
 ZDJ  CB   C  CH2    0  -0.521  -2.4898  -60.5043  -29.4714
 ZDJ  CG   C  CR6    0   0.166  -1.5051  -60.2491  -30.5760
 ZDJ  CD2  C  CR16   0  -0.335  -0.1510  -60.0717  -30.3286
 ZDJ  CE2  C  CR16   0  -0.362   0.7432  -59.8320  -31.3649
 ZDJ  CZ   C  CR6    0   0.292   0.2913  -59.7630  -32.6763
 ZDJ  OH   O  OH1    0  -0.630   1.1179  -59.5363  -33.7239
 ZDJ  CE1  C  CR6    0   0.027  -1.0690  -59.9342  -32.9616
 ZDJ  CME  C  CH3    0  -0.712  -1.5647  -59.8640  -34.3757
 ZDJ  CD1  C  CR16   0  -0.346  -1.9327  -60.1747  -31.9014
 ZDJ  OXT  O  OC    -1  -0.599  -4.4194  -59.2622  -26.9758
 ZDJ  H1   H  HCH1   0   0.212  -3.8857  -58.9991  -30.0605
 ZDJ  H2   H  HNH2   0   0.331  -3.1441  -57.3673  -28.5789
 ZDJ  H    H  HNH2   0   0.320  -2.1851  -58.3796  -27.7953
 ZDJ  H5   H  HCH2   0   0.236  -3.1397  -61.3377  -29.7442
 ZDJ  H6   H  HCH2   0   0.227  -1.9526  -60.8122  -28.5675
 ZDJ  H7   H  HCR6   0   0.239   0.2217  -60.1245  -29.3123
 ZDJ  H8   H  HCR6   0   0.257   1.7977  -59.6990  -31.1469
 ZDJ  H9   H  HOH1   0   0.469   2.0274  -59.4468  -33.4185
 ZDJ  H10  H  HCH3   0   0.239  -1.1067  -60.6288  -35.0058
 ZDJ  H11  H  HCH3   0   0.241  -2.6438  -60.0066  -34.4150
 ZDJ  H12  H  HCH3   0   0.239  -1.3417  -58.8995  -34.8353
 ZDJ  H13  H  HCR6   0   0.232  -2.9873  -60.3134  -32.1204

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ZDJ  CME  CE1  single    1.500  0.020  1.500
 ZDJ  OH   CZ   single    1.354  0.020  1.354
 ZDJ  CE1  CZ   aromatic  1.400  0.020  1.400
 ZDJ  CE1  CD1  aromatic  1.389  0.020  1.389
 ZDJ  CZ   CE2  aromatic  1.389  0.020  1.389
 ZDJ  CD1  CG   aromatic  1.395  0.020  1.395
 ZDJ  CE2  CD2  aromatic  1.390  0.020  1.390
 ZDJ  CG   CD2  aromatic  1.388  0.020  1.388
 ZDJ  CG   CB   single    1.502  0.020  1.502
 ZDJ  N    CA   single    1.458  0.019  1.458
 ZDJ  CA   CB   single    1.530  0.020  1.530
 ZDJ  CA   C    single    1.525  0.021  1.525
 ZDJ  O    C    deloc     1.231  0.020  1.231
 ZDJ  C    OXT  deloc     1.246  0.020  1.246
 ZDJ  CA   H1   single    0.970  0.020  1.090
 ZDJ  N    H2   single    0.890  0.020  1.040
 ZDJ  N    H    single    0.860  0.020  0.860
 ZDJ  CB   H5   single    0.970  0.020  1.090
 ZDJ  CB   H6   single    0.970  0.020  1.090
 ZDJ  CD2  H7   single    0.930  0.020  1.080
 ZDJ  CE2  H8   single    0.930  0.020  1.080
 ZDJ  OH   H9   single    0.850  0.020  0.980
 ZDJ  CME  H10  single    0.970  0.020  1.090
 ZDJ  CME  H11  single    0.970  0.020  1.090
 ZDJ  CME  H12  single    0.970  0.020  1.090
 ZDJ  CD1  H13  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ZDJ  OXT  C    CA   117.51  3.000
 ZDJ  OXT  C    O    126.87  3.000
 ZDJ  CA   C    O    120.80  1.700
 ZDJ  H1   CA   CB   107.19  3.000
 ZDJ  H1   CA   N    107.38  3.000
 ZDJ  CB   CA   N    110.50  1.700
 ZDJ  H1   CA   C    107.21  3.000
 ZDJ  CB   CA   C    110.10  1.900
 ZDJ  N    CA   C    111.00  2.800
 ZDJ  H    N    H2   104.20  3.000
 ZDJ  H    N    CA   114.00  3.000
 ZDJ  H2   N    CA   108.55  3.000
 ZDJ  H6   CB   H5   106.47  3.000
 ZDJ  H6   CB   CG   109.46  3.000
 ZDJ  H5   CB   CG   109.66  3.000
 ZDJ  H6   CB   CA   108.87  3.000
 ZDJ  H5   CB   CA   108.22  3.000
 ZDJ  CG   CB   CA   113.89  3.000
 ZDJ  CD1  CG   CD2  117.50  3.000
 ZDJ  CD2  CG   CB   122.03  3.000
 ZDJ  CD1  CG   CB   120.47  3.000
 ZDJ  H7   CD2  CE2  119.10  3.000
 ZDJ  H7   CD2  CG   119.77  3.000
 ZDJ  CE2  CD2  CG   121.13  3.000
 ZDJ  H8   CE2  CZ   119.99  3.000
 ZDJ  H8   CE2  CD2  119.79  3.000
 ZDJ  CZ   CE2  CD2  120.22  3.000
 ZDJ  CE1  CZ   OH   117.13  3.000
 ZDJ  CE1  CZ   CE2  120.16  3.000
 ZDJ  OH   CZ   CE2  122.72  3.000
 ZDJ  H9   OH   CZ   110.28  3.000
 ZDJ  CD1  CE1  CME  121.48  3.000
 ZDJ  CD1  CE1  CZ   118.03  3.000
 ZDJ  CME  CE1  CZ   120.49  3.000
 ZDJ  H12  CME  H11  107.63  3.000
 ZDJ  H12  CME  H10  106.88  3.000
 ZDJ  H11  CME  H10  107.65  3.000
 ZDJ  H12  CME  CE1  111.76  3.000
 ZDJ  H11  CME  CE1  110.81  3.000
 ZDJ  H10  CME  CE1  111.88  3.000
 ZDJ  H13  CD1  CE1  118.18  3.000
 ZDJ  H13  CD1  CG   118.85  3.000
 ZDJ  CE1  CD1  CG   122.96  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ZDJ  CONST_01  CZ   CE1  CD1  CG      0.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_02  CZ   CE2  CD2  CG      0.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_03  CE1  CZ   CE2  CD2     0.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_04  CE1  CD1  CG   CD2     0.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_05  CD1  CE1  CZ   CE2     0.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_06  CD1  CG   CD2  CE2     0.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_07  CE1  CD1  CG   CB    180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_08  CE2  CD2  CG   CB    180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_09  CME  CE1  CD1  CG    180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_10  OH   CZ   CE2  CD2   180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_11  CME  CE1  CZ   CE2   180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_12  CD1  CE1  CZ   OH    180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_13  H8   CE2  CD2  CG    180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_14  H13  CD1  CG   CD2   180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_15  H13  CD1  CE1  CZ    180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_16  H7   CD2  CE2  CZ    180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_17  H8   CE2  CZ   CE1   180.00   0.0  0
 ZDJ  CONST_18  H7   CD2  CG   CD1   180.00   0.0  0
 ZDJ  Var_01    CD1  CG   CB   CA    -74.07  30.0  2
 ZDJ  Var_02    CD2  CG   CB   CA    105.56  30.0  2
 ZDJ  Var_03    H5   CB   CG   CD2  -133.02  30.0  2
 ZDJ  Var_04    H6   CB   CG   CD2   -16.57  30.0  2
 ZDJ  Var_05    H10  CME  CE1  CZ     60.53  30.0  2
 ZDJ  Var_06    H11  CME  CE1  CZ   -179.33  30.0  2
 ZDJ  Var_07    H12  CME  CE1  CZ    -59.28  30.0  2
 ZDJ  Var_08    H10  CME  CE1  CD1  -119.17  30.0  2
 ZDJ  Var_09    H11  CME  CE1  CD1     0.97  30.0  2
 ZDJ  Var_10    H12  CME  CE1  CD1   121.01  30.0  2
 ZDJ  Var_11    H5   CB   CG   CD1    47.35  30.0  2
 ZDJ  Var_12    H6   CB   CG   CD1   163.81  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ZDJ  chir_01  CA  N  CB  C  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 ZDJ  plan-1  CB   0.020
 ZDJ  plan-1  CG   0.020
 ZDJ  plan-1  CD2  0.020
 ZDJ  plan-1  CE2  0.020
 ZDJ  plan-1  CZ   0.020
 ZDJ  plan-1  OH   0.020
 ZDJ  plan-1  CE1  0.020
 ZDJ  plan-1  CME  0.020
 ZDJ  plan-1  CD1  0.020
 ZDJ  plan-1  H7   0.020
 ZDJ  plan-1  H8   0.020
 ZDJ  plan-1  H13  0.020
 ZDJ  plan-2  O    0.020
 ZDJ  plan-2  C    0.020
 ZDJ  plan-2  CA   0.020
 ZDJ  plan-2  OXT  0.020

