# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 25 20:58:32 2022
#   Inital geometry file: a 55 line input string
#   Ligand name: alpha-L-altropyranose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Z6H  Z6H  'alpha-L-altropyranose    '  L-saccharide  24  12  .  2019-10-31  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_Z6H
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Z6H  O1   O  OH1   0  -0.673   4.1124  6.6192  2.5073
 Z6H  C1   C  CH1   0   0.213   3.0491  7.0903  3.2706
 Z6H  O5   O  O2    0  -0.497   2.7711  6.2805  4.3827
 Z6H  C5   C  CH1   0  -0.015   2.2593  4.9880  4.1065
 Z6H  C6   C  CH2   0  -0.155   2.0223  4.3044  5.4379
 Z6H  O6   O  OH1   0  -0.667   3.2557  4.1557  6.1013
 Z6H  C4   C  CH1   0   0.048   0.9647  5.0998  3.2982
 Z6H  O4   O  OH1   0  -0.666   0.5332  3.8005  2.9811
 Z6H  C3   C  CH1   0  -0.070   1.1798  5.9522  2.0465
 Z6H  O3   O  OH1   0  -0.666   2.0585  5.2572  1.1790
 Z6H  C2   C  CH1   0  -0.025   1.7812  7.3071  2.4303
 Z6H  O2   O  OH1   0  -0.663   0.7995  8.0063  3.1519
 Z6H  HO1  H  HOH1  0   0.446   3.7681  5.9792  1.8670
 Z6H  H1   H  HCH1  0   0.237   3.3693  8.0455  3.7004
 Z6H  H5   H  HCH1  0   0.219   2.9898  4.3902  3.5416
 Z6H  H61  H  HCH2  0   0.191   1.3124  4.9036  6.0258
 Z6H  H62  H  HCH2  0   0.209   1.5479  3.3359  5.2495
 Z6H  HO6  H  HOH1  0   0.452   3.1043  3.6405  6.8982
 Z6H  H4   H  HCH1  0   0.222   0.2243  5.6195  3.9211
 Z6H  HO4  H  HOH1  0   0.453  -0.3662  3.8509  2.6426
 Z6H  H3   H  HCH1  0   0.253   0.2102  6.1151  1.5571
 Z6H  HO3  H  HOH1  0   0.466   1.9797  5.6325  0.2954
 Z6H  H2   H  HCH1  0   0.232   2.0621  7.8478  1.5146
 Z6H  HO2  H  HOH1  0   0.456   1.1291  8.8884  3.3520

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Z6H  C1  C2   single  1.536  0.020  1.536
 Z6H  C1  O1   single  1.391  0.020  1.391
 Z6H  C1  O5   single  1.403  0.020  1.403
 Z6H  C1  H1   single  0.970  0.020  1.090
 Z6H  C2  C3   single  1.531  0.020  1.531
 Z6H  C2  O2   single  1.405  0.020  1.405
 Z6H  C2  H2   single  0.970  0.020  1.090
 Z6H  C3  C4   single  1.530  0.020  1.530
 Z6H  C3  O3   single  1.417  0.020  1.417
 Z6H  C3  H3   single  0.970  0.020  1.090
 Z6H  C4  C5   single  1.530  0.020  1.530
 Z6H  C4  O4   single  1.405  0.020  1.405
 Z6H  C4  H4   single  0.970  0.020  1.090
 Z6H  C5  C6   single  1.515  0.020  1.515
 Z6H  C5  O5   single  1.417  0.020  1.417
 Z6H  C5  H5   single  0.970  0.020  1.090
 Z6H  C6  O6   single  1.408  0.020  1.408
 Z6H  C6  H61  single  0.970  0.020  1.090
 Z6H  C6  H62  single  0.970  0.020  1.090
 Z6H  O1  HO1  single  0.850  0.020  0.980
 Z6H  O2  HO2  single  0.850  0.020  0.980
 Z6H  O3  HO3  single  0.850  0.020  0.980
 Z6H  O4  HO4  single  0.850  0.020  0.980
 Z6H  O6  HO6  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Z6H  HO1  O1  C1   108.35  3.000
 Z6H  H1   C1  C2   109.44  3.000
 Z6H  H1   C1  O5   104.49  3.000
 Z6H  C2   C1  O5   110.57  3.000
 Z6H  H1   C1  O1   106.69  3.000
 Z6H  O5   C1  O1   113.00  3.000
 Z6H  C2   C1  O1   112.24  3.000
 Z6H  C5   O5  C1   116.32  3.000
 Z6H  H5   C5  C4   109.28  3.000
 Z6H  H5   C5  C6   108.05  3.000
 Z6H  C4   C5  C6   111.39  3.000
 Z6H  H5   C5  O5   110.85  3.000
 Z6H  C6   C5  O5   107.26  3.000
 Z6H  C4   C5  O5   109.98  3.000
 Z6H  H62  C6  H61  107.12  3.000
 Z6H  H62  C6  O6   111.54  3.000
 Z6H  H61  C6  O6   111.78  3.000
 Z6H  H62  C6  C5   108.40  3.000
 Z6H  H61  C6  C5   108.96  3.000
 Z6H  O6   C6  C5   108.94  3.000
 Z6H  HO6  O6  C6   108.02  3.000
 Z6H  H4   C4  C3   107.18  3.000
 Z6H  H4   C4  O4   111.01  3.000
 Z6H  C3   C4  O4   111.95  3.000
 Z6H  H4   C4  C5   107.78  3.000
 Z6H  O4   C4  C5   108.14  3.000
 Z6H  C3   C4  C5   110.73  3.000
 Z6H  HO4  O4  C4   108.53  3.000
 Z6H  H3   C3  C2   109.10  3.000
 Z6H  H3   C3  O3   110.33  3.000
 Z6H  C2   C3  O3   110.12  3.000
 Z6H  H3   C3  C4   108.85  3.000
 Z6H  O3   C3  C4   108.36  3.000
 Z6H  C2   C3  C4   110.07  3.000
 Z6H  HO3  O3  C3   108.65  3.000
 Z6H  H2   C2  O2   111.19  3.000
 Z6H  H2   C2  C3   109.06  3.000
 Z6H  O2   C2  C3   107.14  3.000
 Z6H  H2   C2  C1   108.29  3.000
 Z6H  O2   C2  C1   111.47  3.000
 Z6H  C3   C2  C1   109.65  3.000
 Z6H  HO2  O2  C2   108.88  3.000

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Z6H  chir_01  C1  C2  O1  O5  positiv
 Z6H  chir_02  C5  O5  C6  C4  negativ
 Z6H  chir_03  C4  O4  C5  C3  negativ
 Z6H  chir_04  C3  O3  C4  C2  negativ
 Z6H  chir_05  C2  O2  C3  C1  positiv

