# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 23 15:26:42 2021
#   Inital geometry file: a 61 line input string
#   Ligand name: methyl 2-thio-alpha-D-mannopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CO[C@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1S
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Z5L  Z5L  'methyl 2-thio-alpha-D-mannopyranoside'  D-saccharide  27  13  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_Z5L
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Z5L  S2   S  S2    0  -0.228   2.6983   -5.8756  -0.4617
 Z5L  C2   C  CH1   0  -0.465   2.8149   -7.1295   0.8656
 Z5L  C1   C  CH1   0   0.304   3.9244   -8.0994   0.4604
 Z5L  O1   O  O2    0  -0.494   4.2061   -8.8967   1.5628
 Z5L  C1M  C  CH3   0  -0.411   5.3207   -9.7499   1.3892
 Z5L  O5   O  O2    0  -0.497   3.5499   -8.8372  -0.6650
 Z5L  C3   C  CH1   0   0.070   1.5121   -7.8888   1.0761
 Z5L  O3   O  OH1   0  -0.664   0.4951   -6.9684   1.3699
 Z5L  C4   C  CH1   0  -0.003   1.1822   -8.7388  -0.1465
 Z5L  O4   O  OH1   0  -0.674   0.0477   -9.5168   0.1758
 Z5L  C5   C  CH1   0  -0.018   2.3792   -9.6273  -0.5060
 Z5L  C6   C  CH2   0  -0.162   2.1633  -10.3722  -1.8048
 Z5L  O6   O  OH1   0  -0.668   3.2448  -11.2481  -2.0129
 Z5L  H2   H  HCH1  0   0.310   3.1104   -6.6160   1.7819
 Z5L  H1   H  HCH1  0   0.244   4.8210   -7.5441   0.1518
 Z5L  H31  H  HCH3  0   0.239   5.5436  -10.1912   2.3585
 Z5L  H32  H  HCH3  0   0.220   5.1215  -10.5546   0.6772
 Z5L  H33  H  HCH3  0   0.214   6.2007   -9.1947   1.0478
 Z5L  H3   H  HCH1  0   0.227   1.6690   -8.5708   1.9264
 Z5L  HO3  H  HOH1  0   0.451  -0.3222   -7.4642   1.4875
 Z5L  H4   H  HCH1  0   0.227   0.9698   -8.0675  -0.9890
 Z5L  HO4  H  HOH1  0   0.461  -0.4902   -9.6276  -0.6123
 Z5L  H5   H  HCH1  0   0.227   2.5188  -10.3643   0.2976
 Z5L  H61  H  HCH2  0   0.200   1.2141  -10.9175  -1.7365
 Z5L  H62  H  HCH2  0   0.199   2.0611   -9.6464  -2.6234
 Z5L  HO6  H  HOH1  0   0.456   3.0980  -11.7087  -2.8437
 Z5L  HS2  H  HSH1  0   0.232   2.0667   -4.9397   0.2517

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Z5L  S2   C2   single  1.830  0.020  1.830
 Z5L  C2   C1   single  1.528  0.020  1.528
 Z5L  C2   C3   single  1.522  0.020  1.522
 Z5L  C2   H2   single  0.970  0.020  1.090
 Z5L  C1   O1   single  1.389  0.020  1.389
 Z5L  C1   O5   single  1.397  0.020  1.397
 Z5L  C1   H1   single  0.970  0.020  1.090
 Z5L  O1   C1M  single  1.414  0.020  1.414
 Z5L  C1M  H31  single  0.970  0.020  1.090
 Z5L  C1M  H32  single  0.970  0.020  1.090
 Z5L  C1M  H33  single  0.970  0.020  1.090
 Z5L  O5   C5   single  1.421  0.020  1.421
 Z5L  C3   O3   single  1.403  0.020  1.403
 Z5L  C3   C4   single  1.525  0.020  1.525
 Z5L  C3   H3   single  0.970  0.020  1.090
 Z5L  O3   HO3  single  0.850  0.020  0.980
 Z5L  C4   O4   single  1.413  0.020  1.413
 Z5L  C4   C5   single  1.533  0.020  1.533
 Z5L  C4   H4   single  0.970  0.020  1.090
 Z5L  O4   HO4  single  0.850  0.020  0.980
 Z5L  C5   C6   single  1.513  0.020  1.513
 Z5L  C5   H5   single  0.970  0.020  1.090
 Z5L  C6   O6   single  1.407  0.020  1.407
 Z5L  C6   H61  single  0.970  0.020  1.090
 Z5L  C6   H62  single  0.970  0.020  1.090
 Z5L  O6   HO6  single  0.850  0.020  0.980
 Z5L  S2   HS2  single  1.200  0.020  1.300

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Z5L  HS2  S2   C2    97.06  3.000
 Z5L  H2   C2   C3   110.50  3.000
 Z5L  H2   C2   C1   108.94  3.000
 Z5L  C3   C2   C1   109.96  3.000
 Z5L  H2   C2   S2   107.69  3.000
 Z5L  C3   C2   S2   112.80  3.000
 Z5L  C1   C2   S2   106.79  3.000
 Z5L  H1   C1   O5   105.04  3.000
 Z5L  H1   C1   O1   110.33  3.000
 Z5L  O5   C1   O1   112.98  3.000
 Z5L  H1   C1   C2   110.25  3.000
 Z5L  O5   C1   C2   110.74  3.000
 Z5L  O1   C1   C2   107.52  3.000
 Z5L  C1M  O1   C1   114.11  3.000
 Z5L  H33  C1M  H32  108.46  3.000
 Z5L  H33  C1M  H31  108.58  3.000
 Z5L  H32  C1M  H31  108.61  3.000
 Z5L  H33  C1M  O1   111.45  3.000
 Z5L  H32  C1M  O1   112.37  3.000
 Z5L  H31  C1M  O1   107.27  3.000
 Z5L  C5   O5   C1   115.11  3.000
 Z5L  H3   C3   C4   107.73  3.000
 Z5L  H3   C3   O3   110.36  3.000
 Z5L  C4   C3   O3   112.13  3.000
 Z5L  H3   C3   C2   107.08  3.000
 Z5L  C4   C3   C2   110.62  3.000
 Z5L  O3   C3   C2   108.79  3.000
 Z5L  HO3  O3   C3   107.64  3.000
 Z5L  H4   C4   C5   108.99  3.000
 Z5L  H4   C4   O4   110.88  3.000
 Z5L  C5   C4   O4   111.17  3.000
 Z5L  H4   C4   C3   108.43  3.000
 Z5L  C5   C4   C3   110.00  3.000
 Z5L  O4   C4   C3   107.32  3.000
 Z5L  HO4  O4   C4   109.02  3.000
 Z5L  H5   C5   C6   108.40  3.000
 Z5L  H5   C5   C4   108.44  3.000
 Z5L  C6   C5   C4   112.04  3.000
 Z5L  H5   C5   O5   110.48  3.000
 Z5L  C6   C5   O5   107.17  3.000
 Z5L  C4   C5   O5   110.31  3.000
 Z5L  H62  C6   H61  107.12  3.000
 Z5L  H62  C6   O6   111.87  3.000
 Z5L  H61  C6   O6   111.40  3.000
 Z5L  H62  C6   C5   109.13  3.000
 Z5L  H61  C6   C5   108.35  3.000
 Z5L  O6   C6   C5   108.89  3.000
 Z5L  HO6  O6   C6   107.98  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Z5L  Var_01  H31  C1M  O1  C1  170.57  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Z5L  chir_01  C2  S2  C1  C3  positiv
 Z5L  chir_02  C1  O1  O5  C2  negativ
 Z5L  chir_03  C3  O3  C2  C4  positiv
 Z5L  chir_04  C4  O4  C5  C3  positiv
 Z5L  chir_05  C5  O5  C4  C6  negativ

