# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 23 12:16:41 2021
#   Inital geometry file: a 47 line input string
#   Ligand name: beta-D-lyxopyranose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O[C@@H]1CO[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Z4W  Z4W  'beta-D-lyxopyranose      '  D-saccharide  20  10  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_Z4W
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Z4W  C1   C  CH1   0   0.297  3.6892   0.3567   -8.9117
 Z4W  C2   C  CH1   0  -0.054  4.1057   0.0209  -10.3432
 Z4W  C3   C  CH1   0  -0.044  4.7749   1.2507  -10.9606
 Z4W  C4   C  CH1   0   0.033  3.8702   2.4689  -10.8385
 Z4W  C5   C  CH2   0  -0.215  3.4514   2.6311   -9.3814
 Z4W  O1   O  OH1   0  -0.658  2.9550  -0.6506   -8.3022
 Z4W  O2   O  OH1   0  -0.667  2.9723  -0.3737  -11.0699
 Z4W  O3   O  OH1   0  -0.670  5.0514   1.0496  -12.3309
 Z4W  O4   O  OH1   0  -0.673  4.5272   3.6565  -11.2116
 Z4W  O5   O  O2    0  -0.482  2.8387   1.4637   -8.8857
 Z4W  H1   H  HCH1  0   0.183  4.6132   0.5813   -8.3455
 Z4W  HO1  H  HOH1  0   0.461  3.5065  -1.4360   -8.2256
 Z4W  H2   H  HCH1  0   0.223  4.8522  -0.7896  -10.2943
 Z4W  HO2  H  HOH1  0   0.448  3.2205  -0.3899  -12.0011
 Z4W  H3   H  HCH1  0   0.225  5.6990   1.4577  -10.4012
 Z4W  HO3  H  HOH1  0   0.461  5.8383   0.5010  -12.4126
 Z4W  H4   H  HCH1  0   0.214  2.9706   2.3078  -11.4491
 Z4W  HO4  H  HOH1  0   0.453  4.7941   3.5750  -12.1326
 Z4W  H51  H  HCH2  0   0.257  2.7253   3.4387   -9.2815
 Z4W  H52  H  HCH2  0   0.211  4.3325   2.8995   -8.7787

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Z4W  C1  H1   single  0.970  0.020  1.090
 Z4W  C1  O1   single  1.388  0.020  1.388
 Z4W  O1  HO1  single  0.850  0.020  0.980
 Z4W  C1  O5   single  1.396  0.020  1.396
 Z4W  C1  C2   single  1.528  0.020  1.528
 Z4W  C2  H2   single  0.970  0.020  1.090
 Z4W  C2  O2   single  1.403  0.020  1.403
 Z4W  O2  HO2  single  0.850  0.020  0.980
 Z4W  C2  C3   single  1.530  0.020  1.530
 Z4W  C3  H3   single  0.970  0.020  1.090
 Z4W  C3  O3   single  1.412  0.020  1.412
 Z4W  O3  HO3  single  0.850  0.020  0.980
 Z4W  C3  C4   single  1.522  0.020  1.522
 Z4W  C4  H4   single  0.970  0.020  1.090
 Z4W  C4  O4   single  1.408  0.020  1.408
 Z4W  O4  HO4  single  0.850  0.020  0.980
 Z4W  C4  C5   single  1.525  0.020  1.525
 Z4W  C5  O5   single  1.408  0.020  1.408
 Z4W  C5  H51  single  0.970  0.020  1.090
 Z4W  C5  H52  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Z4W  H1   C1  O5   109.77  3.000
 Z4W  O5   C1  O1   104.18  3.000
 Z4W  H1   C1  O1   111.37  3.000
 Z4W  O5   C1  C2   110.96  3.000
 Z4W  O1   C1  C2   113.33  3.000
 Z4W  H1   C1  C2   107.24  3.000
 Z4W  H2   C2  O2   111.29  3.000
 Z4W  O2   C2  C3   111.73  3.000
 Z4W  H2   C2  C3   108.21  3.000
 Z4W  C3   C2  C1   108.69  3.000
 Z4W  O2   C2  C1   109.08  3.000
 Z4W  H2   C2  C1   107.72  3.000
 Z4W  H3   C3  O3   110.84  3.000
 Z4W  O3   C3  C4   107.95  3.000
 Z4W  H3   C3  C4   107.94  3.000
 Z4W  C4   C3  C2   110.54  3.000
 Z4W  O3   C3  C2   111.26  3.000
 Z4W  H3   C3  C2   108.26  3.000
 Z4W  H4   C4  O4   111.00  3.000
 Z4W  O4   C4  C5   106.96  3.000
 Z4W  H4   C4  C5   108.77  3.000
 Z4W  C5   C4  C3   108.97  3.000
 Z4W  O4   C4  C3   112.12  3.000
 Z4W  H4   C4  C3   108.94  3.000
 Z4W  H52  C5  H51  107.59  3.000
 Z4W  H52  C5  O5   110.95  3.000
 Z4W  H51  C5  O5   106.97  3.000
 Z4W  H52  C5  C4   109.23  3.000
 Z4W  H51  C5  C4   110.44  3.000
 Z4W  O5   C5  C4   111.57  3.000
 Z4W  HO1  O1  C1   108.91  3.000
 Z4W  HO2  O2  C2   107.28  3.000
 Z4W  HO3  O3  C3   108.88  3.000
 Z4W  HO4  O4  C4   108.16  3.000
 Z4W  C5   O5  C1   112.68  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Z4W  Var_01  C4  C5  O5  C1  61.37  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Z4W  chir_01  C1  O1  O5  C2  positiv
 Z4W  chir_02  C2  O2  C1  C3  positiv
 Z4W  chir_03  C3  O3  C2  C4  positiv
 Z4W  chir_04  C4  O4  C3  C5  negativ

