# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 25 19:03:49 2022
#   Inital geometry file: a 67 line input string
#   Ligand name: 2-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O[S](O)(=O)=O)[C@@H](O)[C@@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Z4K  Z4K  2-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose  D-saccharide  27  16  .  2019-10-31  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Z4K
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Z4K  O1   O  OH1    0  -0.680  28.2719  -54.3885  32.9780
 Z4K  O2   O  OC2    0  -0.624  26.2722  -54.7016  30.9995
 Z4K  O3   O  OH1    0  -0.664  26.0786  -52.1594  29.9921
 Z4K  O4   O  OH1    0  -0.672  27.6058  -50.1872  31.3143
 Z4K  O5   O  O2     0  -0.496  27.1206  -52.6781  33.9400
 Z4K  C1   C  CH1    0   0.220  27.0058  -53.8491  33.2019
 Z4K  C2   C  CH1    0  -0.004  26.2499  -53.5858  31.8818
 Z4K  C3   C  CH1    0   0.017  26.8739  -52.4281  31.1184
 Z4K  C4   C  CH1    0  -0.002  26.9714  -51.2170  32.0388
 Z4K  C5   C  CH1    0  -0.009  27.7664  -51.5938  33.2894
 Z4K  C6   C  CH2    0  -0.196  27.9088  -50.4665  34.2887
 Z4K  S1   S  S      0   1.577  25.7158  -56.1673  31.5009
 Z4K  O7   O  OS    -1  -0.738  26.8413  -56.7496  32.2550
 Z4K  O8   O  OS     0  -0.710  25.4567  -56.8365  30.2337
 Z4K  O9   O  OS     0  -0.723  24.5327  -55.8936  32.3166
 Z4K  HO1  H  HOH1   0   0.455  28.1367  -55.3146  32.7228
 Z4K  HO3  H  HOH1   0   0.447  26.4565  -51.3937  29.5460
 Z4K  HO4  H  HOH1   0   0.460  27.3049  -49.3383  31.6513
 Z4K  HO6  H  HOH1   0   0.456  26.7608  -49.2331  35.2432
 Z4K  H1   H  HCH1   0   0.226  26.4023  -54.5150  33.8298
 Z4K  H2   H  HCH1   0   0.236  25.2142  -53.3252  32.1329
 Z4K  H3   H  HCH1   0   0.210  27.8951  -52.7139  30.8199
 Z4K  H4   H  HCH1   0   0.226  25.9547  -50.9257  32.3325
 Z4K  H5   H  HCH1   0   0.230  28.7856  -51.8716  32.9873
 Z4K  H61  H  HCH2   0   0.218  28.4547  -50.8454  35.1627
 Z4K  H62  H  HCH2   0   0.207  28.5441  -49.6950  33.8367
 Z4K  O6   O  OH1    0  -0.667  26.6394  -49.9695  34.6375

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Z4K  O1   C1   single  1.394  0.020  1.394
 Z4K  O2   S1   single  1.646  0.020  1.646
 Z4K  O2   C2   single  1.423  0.020  1.423
 Z4K  O3   C3   single  1.405  0.020  1.405
 Z4K  O4   C4   single  1.410  0.020  1.410
 Z4K  C1   O5   single  1.389  0.020  1.389
 Z4K  C2   C1   single  1.544  0.020  1.544
 Z4K  C3   C2   single  1.521  0.020  1.521
 Z4K  C3   C4   single  1.524  0.020  1.524
 Z4K  C4   C5   single  1.529  0.020  1.529
 Z4K  C5   O5   single  1.420  0.020  1.420
 Z4K  C5   C6   single  1.513  0.020  1.513
 Z4K  C6   O6   single  1.407  0.020  1.407
 Z4K  S1   O9   deloc   1.463  0.020  1.463
 Z4K  S1   O7   deloc   1.475  0.020  1.475
 Z4K  O8   S1   deloc   1.456  0.020  1.456
 Z4K  O3   HO3  single  0.850  0.020  0.980
 Z4K  O4   HO4  single  0.850  0.020  0.980
 Z4K  O6   HO6  single  0.850  0.020  0.980
 Z4K  C1   H1   single  0.970  0.020  1.090
 Z4K  C2   H2   single  0.970  0.020  1.090
 Z4K  C3   H3   single  0.970  0.020  1.090
 Z4K  C4   H4   single  0.970  0.020  1.090
 Z4K  C5   H5   single  0.970  0.020  1.090
 Z4K  C6   H61  single  0.970  0.020  1.090
 Z4K  C6   H62  single  0.970  0.020  1.090
 Z4K  HO1  O1   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Z4K  HO1  O1  C1   106.56  3.000
 Z4K  S1   O2  C2   120.27  3.000
 Z4K  HO3  O3  C3   107.53  3.000
 Z4K  HO4  O4  C4   108.90  3.000
 Z4K  C5   O5  C1   115.97  3.000
 Z4K  H1   C1  C2   108.90  3.000
 Z4K  H1   C1  O5   104.67  3.000
 Z4K  C2   C1  O5   110.55  3.000
 Z4K  H1   C1  O1   110.90  3.000
 Z4K  C2   C1  O1   111.91  3.000
 Z4K  O5   C1  O1   109.66  3.000
 Z4K  H2   C2  C3   108.75  3.000
 Z4K  H2   C2  C1   107.88  3.000
 Z4K  C3   C2  C1   110.99  3.000
 Z4K  H2   C2  O2   110.06  3.000
 Z4K  C3   C2  O2   106.22  3.000
 Z4K  C1   C2  O2   112.89  3.000
 Z4K  H3   C3  C4   108.09  3.000
 Z4K  H3   C3  C2   108.60  3.000
 Z4K  C4   C3  C2   109.15  3.000
 Z4K  H3   C3  O3   110.93  3.000
 Z4K  C4   C3  O3   111.61  3.000
 Z4K  C2   C3  O3   108.41  3.000
 Z4K  H4   C4  C5   109.15  3.000
 Z4K  H4   C4  C3   108.25  3.000
 Z4K  C5   C4  C3   109.35  3.000
 Z4K  H4   C4  O4   111.13  3.000
 Z4K  C5   C4  O4   111.49  3.000
 Z4K  C3   C4  O4   107.39  3.000
 Z4K  H5   C5  C6   106.42  3.000
 Z4K  H5   C5  C4   108.65  3.000
 Z4K  C6   C5  C4   113.92  3.000
 Z4K  H5   C5  O5   110.78  3.000
 Z4K  C6   C5  O5   108.01  3.000
 Z4K  C4   C5  O5   109.05  3.000
 Z4K  H62  C6  H61  106.42  3.000
 Z4K  H62  C6  C5   107.84  3.000
 Z4K  H61  C6  C5   108.38  3.000
 Z4K  H62  C6  O6   112.10  3.000
 Z4K  H61  C6  O6   111.91  3.000
 Z4K  C5   C6  O6   110.00  3.000
 Z4K  O9   S1  O8   115.29  3.000
 Z4K  O8   S1  O7   113.54  3.000
 Z4K  O9   S1  O7   113.96  3.000
 Z4K  O8   S1  O2   101.79  3.000
 Z4K  O7   S1  O2   104.44  3.000
 Z4K  O9   S1  O2   106.06  3.000
 Z4K  HO6  O6  C6   108.23  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Z4K  Var_01  O9  S1  O2  C2  39.03  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Z4K  chir_01  C1  O1  O5  C2  negativ
 Z4K  chir_02  C2  O2  C3  C1  positiv
 Z4K  chir_03  C3  O3  C2  C4  positiv
 Z4K  chir_04  C4  O4  C5  C3  positiv
 Z4K  chir_05  C5  O5  C4  C6  negativ

