# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Mar 27 11:32:56 2022
#   Inital geometry file: a 229 line input string
#   Ligand name: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@H](CO)OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Z41  Z41  '(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate'  ligand  108  40  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Z41
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Z41  C1    C  CH3   0  -0.659   9.5466   -5.7341  25.1911
 Z41  C2    C  CH2   0  -0.415   9.1096   -4.7595  26.2760
 Z41  C3    C  CH2   0  -0.410   7.7592   -4.1159  25.9861
 Z41  C4    C  CH2   0  -0.418   7.3156   -3.1420  27.0723
 Z41  C5    C  CH2   0  -0.418   6.0210   -2.3974  26.7582
 Z41  C6    C  CH2   0  -0.420   4.7828   -3.2843  26.6763
 Z41  C7    C  CH2   0  -0.418   3.5170   -2.4907  26.3715
 Z41  C8    C  CH2   0  -0.420   2.2614   -3.3440  26.2142
 Z41  C9    C  CH2   0  -0.412   1.7708   -3.9882  27.5058
 Z41  C10   C  CH2   0  -0.419   0.4816   -4.7790  27.3165
 Z41  C11   C  CH2   0  -0.414  -0.0832   -5.3440  28.6133
 Z41  C12   C  CH2   0  -0.434  -1.4084   -6.0716  28.4120
 Z41  C13   C  CH2   0  -0.423  -2.0745   -6.5382  29.7020
 Z41  C14   C  CH2   0  -0.436  -1.3400   -7.6711  30.4081
 Z41  C15   C  CH2   0  -0.549  -2.0608   -8.0662  31.6996
 Z41  C16   C  C     0   0.584  -1.3930   -9.1768  32.4603
 Z41  O1    O  O     0  -0.443  -0.9934   -9.1018  33.5948
 Z41  O2    O  O2    0  -0.455  -1.2927  -10.2860  31.7300
 Z41  C17   C  CH2   0  -0.167  -0.6750  -11.4204  32.3295
 Z41  C18   C  CH1   0  -0.071  -0.5848  -12.4915  31.2662
 Z41  O3    O  O2    0  -0.466   0.3034  -12.0244  30.2480
 Z41  C19   C  C     0   0.600  -0.1113  -11.9067  28.9863
 Z41  O4    O  O     0  -0.441  -1.2367  -12.1299  28.6218
 Z41  C20   C  CH2   0  -0.594   1.0293  -11.4953  28.0928
 Z41  C21   C  CH2   0  -0.426   0.6217  -11.1253  26.6751
 Z41  C22   C  CH2   0  -0.416  -0.0708   -9.7722  26.5548
 Z41  C23   C  CH2   0  -0.412  -0.4295   -9.4333  25.1132
 Z41  C24   C  CH2   0  -0.439  -1.0508   -8.0497  24.9603
 Z41  C25   C  CH2   0  -0.415  -1.3954   -7.6692  23.5228
 Z41  C26   C  CH2   0  -0.413  -2.5361   -8.4800  22.9179
 Z41  C27   C  CH2   0  -0.414  -2.8977   -8.0476  21.5017
 Z41  C28   C  CH2   0  -0.419  -4.0847   -8.8225  20.9401
 Z41  C29   C  CH2   0  -0.424  -4.4390   -8.4861  19.4949
 Z41  C30   C  CH2   0  -0.424  -4.8530   -7.0321  19.2782
 Z41  C31   C  CH2   0  -0.419  -5.5579   -6.7864  17.9466
 Z41  C32   C  CH2   0  -0.409  -4.7051   -7.0672  16.7150
 Z41  C33   C  CH2   0  -0.414  -5.4433   -6.7941  15.4098
 Z41  C34   C  CH3   0  -0.659  -4.5992   -7.0863  14.1774
 Z41  C35   C  CH2   0  -0.142  -0.0248  -13.7785  31.8382
 Z41  O5    O  OH1   0  -0.660  -0.0070  -14.7414  30.8165
 Z41  H5O   H  HOH1  0   0.458   0.4398  -15.5257  31.1478
 Z41  H11   H  HCH3  0   0.224  10.5142   -6.1825  25.4192
 Z41  H12   H  HCH3  0   0.214   8.8254   -6.5454  25.0766
 Z41  H13   H  HCH3  0   0.215   9.6340   -5.2340  24.2247
 Z41  H21   H  HCH2  0   0.208   9.0635   -5.2792  27.2381
 Z41  H22   H  HCH2  0   0.208   9.8656   -3.9767  26.3919
 Z41  H31   H  HCH2  0   0.203   7.8083   -3.5879  25.0268
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 Z41  H41   H  HCH2  0   0.205   7.2070   -3.6804  28.0203
 Z41  H42   H  HCH2  0   0.213   8.1126   -2.4090  27.2339
 Z41  H51   H  HCH2  0   0.214   5.8553   -1.6340  27.5252
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 Z41  H82   H  HCH2  0   0.205   2.4437   -4.1209  25.4631
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 Z41  H92   H  HCH2  0   0.204   1.6089   -3.2067  28.2567
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 Z41  H132  H  HCH2  0   0.223  -3.0928   -6.8710  29.4785
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 Z41  H332  H  HCH2  0   0.208  -5.7728   -5.7507  15.3913
 Z41  H341  H  HCH3  0   0.224  -5.1488   -6.8879  13.2566
 Z41  H342  H  HCH3  0   0.214  -3.6972   -6.4716  14.1625
 Z41  H343  H  HCH3  0   0.214  -4.2838   -8.1311  14.1550
 Z41  H351  H  HCH2  0   0.209   0.9771  -13.5924  32.2461
 Z41  H352  H  HCH2  0   0.210  -0.6631  -14.0808  32.6787

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Z41  C1   C2    single  1.522  0.020  1.522
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 Z41  C1   H12   single  0.970  0.020  1.090
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 Z41  C2   C3    single  1.524  0.020  1.524
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 Z41  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
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 Z41  C15  H152  single  0.970  0.020  1.090
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 Z41  C16  O2    single  1.332  0.020  1.332
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 Z41  H301  C30  C29   108.68  3.000
 Z41  C31   C30  C29   113.72  3.000
 Z41  H312  C31  H311  106.02  3.000
 Z41  H312  C31  C32   108.87  3.000
 Z41  H311  C31  C32   109.09  3.000
 Z41  H312  C31  C30   109.10  3.000
 Z41  H311  C31  C30   108.78  3.000
 Z41  C32   C31  C30   114.63  3.000
 Z41  H322  C32  H321  106.03  3.000
 Z41  H322  C32  C33   108.86  3.000
 Z41  H321  C32  C33   109.38  3.000
 Z41  H322  C32  C31   110.05  3.000
 Z41  H321  C32  C31   109.46  3.000
 Z41  C33   C32  C31   112.83  3.000
 Z41  H332  C33  H331  106.02  3.000
 Z41  H332  C33  C34   109.65  3.000
 Z41  H331  C33  C34   109.53  3.000
 Z41  H332  C33  C32   109.34  3.000
 Z41  H331  C33  C32   109.09  3.000
 Z41  C34   C33  C32   112.98  3.000
 Z41  H343  C34  H342  107.46  3.000
 Z41  H343  C34  H341  107.60  3.000
 Z41  H342  C34  H341  107.60  3.000
 Z41  H343  C34  C33   111.14  3.000
 Z41  H342  C34  C33   111.18  3.000
 Z41  H341  C34  C33   111.67  3.000
 Z41  H352  C35  H351  107.03  3.000
 Z41  H352  C35  O5    112.07  3.000
 Z41  H351  C35  O5    112.03  3.000
 Z41  H352  C35  C18   107.94  3.000
 Z41  H351  C35  C18   109.48  3.000
 Z41  O5    C35  C18   108.21  3.000
 Z41  H5O   O5   C35   108.33  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Z41  Var_01  C4    C3   C2   C1    179.83  30.0  3
 Z41  Var_02  C5    C4   C3   C2    175.35  30.0  3
 Z41  Var_03  C6    C5   C4   C3     65.42  30.0  3
 Z41  Var_04  C7    C6   C5   C4    179.55  30.0  3
 Z41  Var_05  C8    C7   C6   C5    177.24  30.0  3
 Z41  Var_06  C9    C8   C7   C6     69.33  30.0  3
 Z41  Var_07  C10   C9   C8   C7    177.42  30.0  3
 Z41  Var_08  C11   C10  C9   C8   -175.66  30.0  3
 Z41  Var_09  C12   C11  C10  C9    177.13  30.0  3
 Z41  Var_10  C13   C12  C11  C10  -174.50  30.0  3
 Z41  Var_11  C14   C13  C12  C11   -69.24  30.0  3
 Z41  Var_12  C15   C14  C13  C12   179.23  30.0  3
 Z41  Var_13  C16   C15  C14  C13  -179.73  30.0  3
 Z41  Var_14  O1    C16  C15  C14   121.20  30.0  3
 Z41  Var_15  C18   C17  O2   C16  -175.40  30.0  3
 Z41  Var_16  O4    C19  O3   C18     2.64  30.0  3
 Z41  Var_17  C21   C20  C19  O3   -171.02  30.0  3
 Z41  Var_18  C22   C21  C20  C19    74.18  30.0  3
 Z41  Var_19  C23   C22  C21  C20   178.66  30.0  3
 Z41  Var_20  C24   C23  C22  C21  -176.70  30.0  3
 Z41  Var_21  C25   C24  C23  C22   178.82  30.0  3
 Z41  Var_22  C26   C25  C24  C23    68.30  30.0  3
 Z41  Var_23  C27   C26  C25  C24   177.81  30.0  3
 Z41  Var_24  C28   C27  C26  C25  -177.15  30.0  3
 Z41  Var_25  C29   C28  C27  C26  -176.63  30.0  3
 Z41  Var_26  C30   C29  C28  C27   -61.91  30.0  3
 Z41  Var_27  C31   C30  C29  C28  -164.37  30.0  3
 Z41  Var_28  C32   C31  C30  C29   -62.83  30.0  3
 Z41  Var_29  C33   C32  C31  C30  -179.37  30.0  3
 Z41  Var_30  C34   C33  C32  C31  -179.44  30.0  3
 Z41  Var_31  H11   C1   C2   C3   -179.98  30.0  3
 Z41  Var_32  H341  C34  C33  C32   179.76  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Z41  chir_01  C18  C17  O3  C35  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Z41  plan-1  C15  0.020
 Z41  plan-1  C16  0.020
 Z41  plan-1  O1   0.020
 Z41  plan-1  O2   0.020
 Z41  plan-2  O3   0.020
 Z41  plan-2  C19  0.020
 Z41  plan-2  O4   0.020
 Z41  plan-2  C20  0.020

