# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 23 12:14:20 2021
#   Inital geometry file: a 51 line input string
#   Ligand name: 2,6-dideoxy-beta-D-ribo-hexopyranose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@H]1O[C@@H](O)C[C@H](O)[C@@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Z3U  Z3U  2,6-dideoxy-beta-D-ribo-hexopyranose  D-saccharide  22  10  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Z3U
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Z3U  C1   C  CH1   0   0.296  38.7123  19.8701  -6.4070
 Z3U  C2   C  CH2   0  -0.513  39.7002  20.0058  -7.5512
 Z3U  C3   C  CH1   0  -0.016  41.0859  20.3658  -7.0409
 Z3U  C4   C  CH1   0   0.030  40.9950  21.5724  -6.1075
 Z3U  C5   C  CH1   0   0.018  39.9461  21.3306  -5.0150
 Z3U  C6   C  CH3   0  -0.698  39.7519  22.5270  -4.1057
 Z3U  O1   O  OH1   0  -0.662  37.4450  19.6902  -6.9306
 Z3U  O3   O  OH1   0  -0.673  41.6131  19.2375  -6.3741
 Z3U  O4   O  OH1   0  -0.677  42.2838  21.7811  -5.5767
 Z3U  O5   O  O2    0  -0.507  38.7016  21.0509  -5.6304
 Z3U  H1   H  HCH1  0   0.184  38.9973  19.0264  -5.7578
 Z3U  HO1  H  HOH1  0   0.459  36.8549  19.3880  -6.2319
 Z3U  H21  H  HCH2  0   0.254  39.7447  19.0784  -8.1273
 Z3U  H22  H  HCH2  0   0.244  39.3551  20.7917  -8.2290
 Z3U  H3   H  HCH1  0   0.230  41.7221  20.6394  -7.8949
 Z3U  HO3  H  HOH1  0   0.449  42.4567  19.4875  -5.9829
 Z3U  H4   H  HCH1  0   0.210  40.6679  22.4355  -6.7068
 Z3U  HO4  H  HOH1  0   0.458  42.2967  22.6076  -5.0851
 Z3U  H5   H  HCH1  0   0.208  40.2671  20.4709  -4.4078
 Z3U  H62  H  HCH3  0   0.229  40.6635  22.7528  -3.5516
 Z3U  H61  H  HCH3  0   0.248  38.9757  22.3267  -3.3668
 Z3U  H63  H  HCH3  0   0.230  39.4654  23.4156  -4.6714

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Z3U  C1  C2   single  1.518  0.020  1.518
 Z3U  C1  O1   single  1.383  0.020  1.383
 Z3U  C1  O5   single  1.413  0.020  1.413
 Z3U  C1  H1   single  0.970  0.020  1.090
 Z3U  C2  C3   single  1.520  0.020  1.520
 Z3U  C2  H21  single  0.970  0.020  1.090
 Z3U  C2  H22  single  0.970  0.020  1.090
 Z3U  C3  O3   single  1.413  0.020  1.413
 Z3U  C3  C4   single  1.528  0.020  1.528
 Z3U  C3  H3   single  0.970  0.020  1.090
 Z3U  C4  O4   single  1.409  0.020  1.409
 Z3U  C4  H4   single  0.970  0.020  1.090
 Z3U  C4  C5   single  1.534  0.020  1.534
 Z3U  C5  H5   single  0.970  0.020  1.090
 Z3U  C5  C6   single  1.515  0.020  1.515
 Z3U  C5  O5   single  1.416  0.020  1.416
 Z3U  C6  H61  single  0.970  0.020  1.090
 Z3U  C6  H62  single  0.970  0.020  1.090
 Z3U  C6  H63  single  0.970  0.020  1.090
 Z3U  O1  HO1  single  0.850  0.020  0.980
 Z3U  O3  HO3  single  0.850  0.020  0.980
 Z3U  O4  HO4  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Z3U  H1   C1  O5   108.54  3.000
 Z3U  H1   C1  O1   111.13  3.000
 Z3U  O5   C1  O1   108.04  3.000
 Z3U  H1   C1  C2   110.14  3.000
 Z3U  O5   C1  C2   110.15  3.000
 Z3U  O1   C1  C2   108.82  3.000
 Z3U  H22  C2  H21  107.23  3.000
 Z3U  H22  C2  C3   109.00  3.000
 Z3U  H21  C2  C3   109.93  3.000
 Z3U  H22  C2  C1   109.03  3.000
 Z3U  H21  C2  C1   110.37  3.000
 Z3U  C3   C2  C1   111.19  3.000
 Z3U  H3   C3  O3   110.45  3.000
 Z3U  H3   C3  C4   108.21  3.000
 Z3U  O3   C3  C4   111.38  3.000
 Z3U  H3   C3  C2   109.00  3.000
 Z3U  C4   C3  C2   109.74  3.000
 Z3U  O3   C3  C2   108.03  3.000
 Z3U  H4   C4  O4   111.15  3.000
 Z3U  H4   C4  C5   107.96  3.000
 Z3U  O4   C4  C5   112.36  3.000
 Z3U  C5   C4  C3   110.57  3.000
 Z3U  H4   C4  C3   107.71  3.000
 Z3U  O4   C4  C3   107.01  3.000
 Z3U  H5   C5  O5   109.99  3.000
 Z3U  O5   C5  C6   107.71  3.000
 Z3U  H5   C5  C6   108.85  3.000
 Z3U  O5   C5  C4   108.82  3.000
 Z3U  C6   C5  C4   112.99  3.000
 Z3U  H5   C5  C4   108.46  3.000
 Z3U  H63  C6  H61  108.30  3.000
 Z3U  H63  C6  H62  108.32  3.000
 Z3U  H61  C6  H62  106.79  3.000
 Z3U  H63  C6  C5   111.43  3.000
 Z3U  H62  C6  C5   111.18  3.000
 Z3U  H61  C6  C5   110.66  3.000
 Z3U  HO1  O1  C1   109.12  3.000
 Z3U  HO3  O3  C3   108.14  3.000
 Z3U  HO4  O4  C4   109.39  3.000
 Z3U  C5   O5  C1   113.40  3.000

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Z3U  chir_01  C1  C2  O1  O5  positiv
 Z3U  chir_02  C3  O3  C4  C2  positiv
 Z3U  chir_03  C4  O4  C3  C5  negativ
 Z3U  chir_04  C5  O5  C4  C6  negativ

