# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-1137 (Mon Aug 22 05:16:00 2012)
#   - file written: Tue Aug 28 15:35:39 2012
#
#   Inital geometry file: a 70 line input string
#   Ligand name: N-methyl-L-tyrosine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: AM1
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
YNM        YNM 'N-methyl-L-tyrosine      ' L-peptide 27 14 .
2012-08-28 2012-08-28
;
CIF prepared directly in eLBOW
;
#
data_comp_YNM
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
YNM         N      N   NH1   .         -1.6520    1.5569    0.1969
YNM         CA     C   CH1   .         -1.6028    0.1446   -0.1143
YNM         C      C   C     .         -2.9725   -0.5303   -0.1098
YNM         O      O   O     .         -3.9817   -0.2357    0.5362
YNM         CB     C   CH2   .         -0.7051   -0.6485    0.8583
YNM         CG     C   CR6   .          0.7337   -0.5137    0.5117
YNM         CD1    C   CR16  .          1.4721    0.5866    0.9604
YNM         CD2    C   CR16  .          1.3621   -1.4920   -0.2701
YNM         CE1    C   CR16  .          2.8200    0.7156    0.6373
YNM         CE2    C   CR16  .          2.7069   -1.3827   -0.6043
YNM         OH     O   OH1   .          4.7613   -0.2151   -0.5067
YNM         CZ     C   CR6   .          3.4347   -0.2716   -0.1458
YNM         CM     C   CH3   .         -1.9892    2.4057   -0.9165
YNM        H       H   HNH1  .         -2.2669    1.7220    0.9732
YNM        HA      H   HCH1  .         -1.1827    0.0267   -1.1588
YNM        HM1C    H   HCH3  .         -1.2056    2.3010   -1.7127
YNM        HM2C    H   HCH3  .         -2.9921    2.1708   -1.3690
YNM        HM3C    H   HCH3  .         -1.9974    3.4687   -0.5576
YNM        HB1C    H   HCH2  .         -0.8803   -0.3013    1.9108
YNM        HB2C    H   HCH2  .         -1.0136   -1.7276    0.7982
YNM        HD1     H   HCR6  .          0.9827    1.3580    1.5750
YNM        HD2     H   HCR6  .          0.7857   -2.3599   -0.6260
YNM        HE1     H   HCR6  .          3.3962    1.5816    0.9920
YNM        HE2     H   HCR6  .          3.2079   -2.1452   -1.2170
YNM        HH      H   HOH1  .          5.2335    0.2863    0.1734
YNM         OXT    O   OH1   .         -3.0658   -1.6028   -0.9425
YNM        HXT     H   HOH1  .         -3.9591   -1.9824   -0.8904
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
YNM   N       CA    single        1.447 0.020
YNM   N       CM    single        1.440 0.020
YNM   CA      C     single        1.527 0.020
YNM   CA      CB    single        1.543 0.020
YNM   C       O     double        1.234 0.020
YNM   CB      CG    single        1.486 0.020
YNM   CG      CD1   aromatic      1.399 0.020
YNM   CG      CD2   aromatic      1.401 0.020
YNM   CD1     CE1   aromatic      1.392 0.020
YNM   CD2     CE2   aromatic      1.390 0.020
YNM   CE1     CZ    aromatic      1.402 0.020
YNM   CE2     CZ    aromatic      1.405 0.020
YNM   OH      CZ    single        1.376 0.020
YNM   C       OXT   single        1.361 0.020
YNM   N      H      single        1.004 0.020
YNM   CA     HA     single        1.132 0.020
YNM   CM     HM1C   single        1.122 0.020
YNM   CM     HM2C   single        1.125 0.020
YNM   CM     HM3C   single        1.122 0.020
YNM   CB     HB1C   single        1.122 0.020
YNM   CB     HB2C   single        1.124 0.020
YNM   CD1    HD1    single        1.101 0.020
YNM   CD2    HD2    single        1.101 0.020
YNM   CE1    HE1    single        1.099 0.020
YNM   CE2    HE2    single        1.099 0.020
YNM   OH     HH     single        0.968 0.020
YNM   OXT    HXT    single        0.972 0.020
#
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
YNM  H        N       CM          110.95 3.000
YNM  H        N       CA          110.34 3.000
YNM   CM      N       CA          114.64 3.000
YNM  HA       CA      CB          108.19 3.000
YNM  HA       CA      C           106.83 3.000
YNM   CB      CA      C           107.03 3.000
YNM  HA       CA      N           108.23 3.000
YNM   CB      CA      N           112.70 3.000
YNM   C       CA      N           113.60 3.000
YNM   OXT     C       O           116.90 3.000
YNM   OXT     C       CA          114.08 3.000
YNM   O       C       CA          129.02 3.000
YNM  HB2C     CB     HB1C         107.72 3.000
YNM  HB2C     CB      CG          109.90 3.000
YNM  HB1C     CB      CG          110.00 3.000
YNM  HB2C     CB      CA          107.46 3.000
YNM  HB1C     CB      CA          109.96 3.000
YNM   CG      CB      CA          111.69 3.000
YNM   CD2     CG      CD1         119.43 3.000
YNM   CD2     CG      CB          120.07 3.000
YNM   CD1     CG      CB          120.50 3.000
YNM  HD1      CD1     CE1         119.67 3.000
YNM  HD1      CD1     CG          119.70 3.000
YNM   CE1     CD1     CG          120.63 3.000
YNM  HD2      CD2     CE2         119.39 3.000
YNM  HD2      CD2     CG          119.73 3.000
YNM   CE2     CD2     CG          120.88 3.000
YNM  HE1      CE1     CZ          120.35 3.000
YNM  HE1      CE1     CD1         120.39 3.000
YNM   CZ      CE1     CD1         119.27 3.000
YNM  HE2      CE2     CZ          119.63 3.000
YNM  HE2      CE2     CD2         121.36 3.000
YNM   CZ      CE2     CD2         119.00 3.000
YNM  HH       OH      CZ          107.90 3.000
YNM   OH      CZ      CE2         116.50 3.000
YNM   OH      CZ      CE1         122.70 3.000
YNM   CE2     CZ      CE1         120.80 3.000
YNM  HM3C     CM     HM2C         108.66 3.000
YNM  HM3C     CM     HM1C         108.69 3.000
YNM  HM2C     CM     HM1C         108.52 3.000
YNM  HM3C     CM      N           108.23 3.000
YNM  HM2C     CM      N           113.37 3.000
YNM  HM1C     CM      N           109.27 3.000
YNM  HXT      OXT     C           109.75 3.000
#
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
YNM CONST_01       CZ      CE1     CD1     CG            0.00   0.0 0
YNM CONST_02       CZ      CE2     CD2     CG           -0.00   0.0 0
YNM CONST_03       CE2     CD2     CG      CD1           0.00   0.0 0
YNM CONST_04       CE2     CZ      CE1     CD1          -0.00   0.0 0
YNM CONST_05       CE1     CD1     CG      CD2          -0.00   0.0 0
YNM CONST_06       CE1     CZ      CE2     CD2           0.00   0.0 0
YNM CONST_07       CE1     CD1     CG      CB         -180.00   0.0 0
YNM CONST_08       CE2     CD2     CG      CB          180.00   0.0 0
YNM CONST_09       OH      CZ      CE1     CD1         180.00   0.0 0
YNM CONST_10       OH      CZ      CE2     CD2        -180.00   0.0 0
YNM CONST_11      HE1      CE1     CD1     CG         -180.00   0.0 0
YNM CONST_12      HE2      CE2     CD2     CG          180.00   0.0 0
YNM CONST_13      HD2      CD2     CG      CD1        -180.00   0.0 0
YNM CONST_14      HD1      CD1     CG      CD2         180.00   0.0 0
YNM CONST_15       HXT     OXT     C       CA         -180.00   0.0 0
YNM Var_01         CD1     CG      CB      CA           84.08  30.0 2
YNM Var_02        HM1C     CM      N       CA          -61.83  30.0 3
#
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
YNM chir_01   CA      N       C       CB    positiv
#
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
YNM plan-1     CB 0.020
YNM plan-1     CG 0.020
YNM plan-1    CD1 0.020
YNM plan-1    CD2 0.020
YNM plan-1    CE1 0.020
YNM plan-1    CE2 0.020
YNM plan-1     OH 0.020
YNM plan-1     CZ 0.020
YNM plan-1    HD1 0.020
YNM plan-1    HD2 0.020
YNM plan-1    HE1 0.020
YNM plan-1    HE2 0.020
YNM plan-2     CA 0.020
YNM plan-2      C 0.020
YNM plan-2      O 0.020
YNM plan-2    OXT 0.020
YNM plan-2    HXT 0.020
