# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun May 10 04:50:19 2020
#   Inital geometry file: a 58 line input string
#   Ligand name: 4-nitroquinoline 1-oxide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: [O-][N+](=O)c1cc[n+]([O-])c2ccccc12
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 YHX  YHX  '4-nitroquinoline 1-oxide '  ligand  20  14  .  2021-08-25  2021-08-25  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_YHX
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 YHX  O01  O  O     -1  -0.372  -2.8310   0.8345   0.6076
 YHX  N02  N  N      1   0.328  -2.5113  -0.1725   0.0196
 YHX  O03  O  O      0  -0.369  -3.2932  -0.9211  -0.5176
 YHX  C04  C  CR6    0   0.336  -1.1090  -0.5300  -0.0159
 YHX  C05  C  CR16   0  -0.387  -0.8079  -1.8628  -0.0155
 YHX  C06  C  CR16   0  -0.042   0.5114  -2.2853   0.0288
 YHX  N07  N  NR6    1  -0.083   1.5251  -1.4160   0.0513
 YHX  O08  O  O     -1  -0.500   2.7120  -1.8168   0.1047
 YHX  C09  C  CR66   0   0.290   1.2607  -0.0444   0.0057
 YHX  C10  C  CR66   0   0.060  -0.0702   0.4387  -0.0234
 YHX  C11  C  CR16   0  -0.304  -0.2456   1.8400  -0.1119
 YHX  C12  C  CR16   0  -0.221   0.8339   2.6806  -0.1472
 YHX  C13  C  CR16   0  -0.252   2.1435   2.1787  -0.0903
 YHX  C14  C  CR16   0  -0.279   2.3584   0.8299  -0.0189
 YHX  H05  H  HCR6   0   0.326  -1.5766  -2.6211  -0.0184
 YHX  H06  H  HCR6   0   0.332   0.7829  -3.3292   0.0584
 YHX  H14  H  HCR6   0   0.296   3.3605   0.4308   0.0119
 YHX  H11  H  HCR6   0   0.279  -1.2349   2.2629  -0.1661
 YHX  H12  H  HCR6   0   0.281   0.6717   3.7473  -0.2204
 YHX  H13  H  HCR6   0   0.281   2.9840   2.8580  -0.1130

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 YHX  O01  N02  single    1.209  0.020  1.209
 YHX  N02  O03  double    1.208  0.020  1.208
 YHX  N02  C04  single    1.448  0.020  1.448
 YHX  C04  C05  aromatic  1.366  0.020  1.366
 YHX  C04  C10  aromatic  1.420  0.020  1.420
 YHX  C05  C06  aromatic  1.386  0.020  1.386
 YHX  C06  N07  aromatic  1.336  0.020  1.336
 YHX  N07  O08  single    1.254  0.020  1.254
 YHX  N07  C09  aromatic  1.398  0.020  1.398
 YHX  C09  C10  aromatic  1.416  0.020  1.416
 YHX  C09  C14  aromatic  1.404  0.020  1.404
 YHX  C10  C11  aromatic  1.415  0.020  1.415
 YHX  C11  C12  aromatic  1.369  0.020  1.369
 YHX  C12  C13  aromatic  1.404  0.020  1.404
 YHX  C13  C14  aromatic  1.368  0.020  1.368
 YHX  C05  H05  single    0.930  0.020  1.080
 YHX  C06  H06  single    0.930  0.020  1.080
 YHX  C14  H14  single    0.930  0.020  1.080
 YHX  C11  H11  single    0.930  0.020  1.080
 YHX  C12  H12  single    0.930  0.020  1.080
 YHX  C13  H13  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 YHX  C04  N02  O03  117.57  3.000
 YHX  C04  N02  O01  118.27  3.000
 YHX  O03  N02  O01  124.13  3.000
 YHX  C10  C04  C05  120.27  3.000
 YHX  C10  C04  N02  122.70  3.000
 YHX  C05  C04  N02  117.02  3.000
 YHX  H05  C05  C06  117.62  3.000
 YHX  H05  C05  C04  121.88  3.000
 YHX  C06  C05  C04  120.47  3.000
 YHX  H06  C06  N07  115.99  3.000
 YHX  H06  C06  C05  122.36  3.000
 YHX  N07  C06  C05  121.64  3.000
 YHX  C09  N07  O08  119.61  3.000
 YHX  C09  N07  C06  119.65  3.000
 YHX  O08  N07  C06  120.74  3.000
 YHX  C14  C09  C10  121.48  3.000
 YHX  C14  C09  N07  117.64  3.000
 YHX  C10  C09  N07  120.88  3.000
 YHX  C11  C10  C09  117.11  3.000
 YHX  C11  C10  C04  125.80  3.000
 YHX  C09  C10  C04  117.04  3.000
 YHX  H11  C11  C12  118.81  3.000
 YHX  H11  C11  C10  120.38  3.000
 YHX  C12  C11  C10  120.80  3.000
 YHX  H12  C12  C13  119.69  3.000
 YHX  H12  C12  C11  119.29  3.000
 YHX  C13  C12  C11  121.01  3.000
 YHX  H13  C13  C14  119.91  3.000
 YHX  H13  C13  C12  120.00  3.000
 YHX  C14  C13  C12  120.09  3.000
 YHX  H14  C14  C13  120.80  3.000
 YHX  H14  C14  C09  119.70  3.000
 YHX  C13  C14  C09  119.49  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 YHX  CONST_01  N07  C06  C05  C04    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_02  N07  C09  C10  C04    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_03  C14  C09  C10  C04  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_04  C12  C11  C10  C04  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_05  C09  C10  C04  C05    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_06  C11  C10  C04  C05  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_07  C09  N07  C06  C05    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_08  C10  C04  C05  C06    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_09  C10  C09  N07  C06    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_10  C14  C09  N07  C06  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_11  C11  C10  C09  N07  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_12  C13  C14  C09  N07  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_13  C12  C11  C10  C09    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_14  C12  C13  C14  C09    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_15  C13  C14  C09  C10    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_16  C13  C12  C11  C10    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_17  C14  C09  C10  C11    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_18  C14  C13  C12  C11    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_19  C06  C05  C04  N02  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_20  C09  C10  C04  N02  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_21  C11  C10  C04  N02    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_22  O08  N07  C06  C05  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_23  C10  C09  N07  O08  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_24  C14  C09  N07  O08    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_25  H06  C06  C05  C04  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_26  H11  C11  C10  C04    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_27  H05  C05  C06  N07  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_28  H14  C14  C09  N07    0.00  0.0  0
 YHX  CONST_29  H13  C13  C14  C09  180.00  0.0  0
 YHX  CONST_30  H12  C12  C11  C10  180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 YHX  plan-1  N02  0.020
 YHX  plan-1  C04  0.020
 YHX  plan-1  C05  0.020
 YHX  plan-1  C06  0.020
 YHX  plan-1  N07  0.020
 YHX  plan-1  O08  0.020
 YHX  plan-1  C09  0.020
 YHX  plan-1  C10  0.020
 YHX  plan-1  C11  0.020
 YHX  plan-1  C12  0.020
 YHX  plan-1  C13  0.020
 YHX  plan-1  C14  0.020
 YHX  plan-1  H05  0.020
 YHX  plan-1  H06  0.020
 YHX  plan-1  H14  0.020
 YHX  plan-1  H11  0.020
 YHX  plan-1  H12  0.020
 YHX  plan-1  H13  0.020
 YHX  plan-2  O01  0.020
 YHX  plan-2  N02  0.020
 YHX  plan-2  O03  0.020
 YHX  plan-2  C04  0.020

