# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun May 10 04:23:44 2020
#   Inital geometry file: a 54 line input string
#   Ligand name: 6-amino-1,9-dihydro-2H-purine-2-thione
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC1=C2N=CNC2=NC(=S)N1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 YH7  YH7  6-amino-1,9-dihydro-2H-purine-2-thione  ligand  16  11  .  2021-08-25  2021-08-25  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_YH7
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 YH7  C01   C  CR56  0  -0.006   1.2556   0.3745  -0.0121
 YH7  C02   C  CR56  0   0.489   0.6956  -0.8988  -0.0257
 YH7  N03   N  N     0  -0.454  -0.5923  -1.2303  -0.0229
 YH7  C04   C  CR6   0   0.262  -1.4343  -0.2100  -0.0062
 YH7  N05   N  NR16  0  -0.669  -0.9364   1.0936   0.0068
 YH7  C06   C  CR6   0   0.614   0.3671   1.4512   0.0061
 YH7  N07   N  N     0  -0.435   2.6248   0.3207  -0.0191
 YH7  C08   C  CR15  0   0.109   2.8884  -0.9506  -0.0370
 YH7  N09   N  NR15  0  -0.650   1.7660  -1.7303  -0.0417
 YH7  N10   N  NH2   0  -0.809   0.7196   2.7219   0.0201
 YH7  S11   S  S1    0  -0.472  -3.1143  -0.3761   0.0008
 YH7  HN10  H  HNH2  0   0.431   0.0463   3.4699   0.0478
 YH7  HN1A  H  HNH2  0   0.434   1.6948   2.9717   0.0219
 YH7  H3    H  HNR6  0   0.430  -1.6393   1.8213   0.0153
 YH7  H08   H  HCR5  0   0.295   3.8749  -1.3870  -0.0478
 YH7  H5    H  HNR5  0   0.430   1.7423  -2.7391  -0.0535

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 YH7  C01  C02   single  1.391  0.020  1.391
 YH7  C01  N07   single  1.370  0.020  1.370
 YH7  C02  N09   single  1.356  0.020  1.356
 YH7  N03  C02   double  1.330  0.020  1.330
 YH7  C04  N03   single  1.323  0.020  1.323
 YH7  N05  C04   single  1.395  0.020  1.395
 YH7  N05  C06   single  1.352  0.020  1.352
 YH7  C06  C01   double  1.396  0.020  1.396
 YH7  N07  C08   double  1.298  0.020  1.298
 YH7  C08  N09   single  1.367  0.020  1.367
 YH7  N10  C06   single  1.319  0.020  1.319
 YH7  N10  HN10  single  0.860  0.020  1.020
 YH7  N10  HN1A  single  0.860  0.020  1.020
 YH7  S11  C04   double  1.688  0.020  1.688
 YH7  N05  H3    single  0.860  0.020  1.020
 YH7  C08  H08   single  0.930  0.020  1.080
 YH7  N09  H5    single  0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 YH7  N07   C01  C06   131.78  3.000
 YH7  C06   C01  C02   116.74  3.000
 YH7  N07   C01  C02   111.49  3.000
 YH7  N09   C02  N03   127.72  3.000
 YH7  N03   C02  C01   128.17  3.000
 YH7  N09   C02  C01   104.11  3.000
 YH7  C04   N03  C02   115.10  3.000
 YH7  S11   C04  N05   116.55  3.000
 YH7  S11   C04  N03   123.89  3.000
 YH7  N05   C04  N03   119.57  3.000
 YH7  H3    N05  C06   118.66  3.000
 YH7  H3    N05  C04   115.09  3.000
 YH7  C06   N05  C04   126.24  3.000
 YH7  N10   C06  N05   120.84  3.000
 YH7  N10   C06  C01   124.97  3.000
 YH7  N05   C06  C01   114.19  3.000
 YH7  C08   N07  C01   103.97  3.000
 YH7  H08   C08  N09   121.34  3.000
 YH7  H08   C08  N07   125.59  3.000
 YH7  N09   C08  N07   113.07  3.000
 YH7  H5    N09  C08   126.14  3.000
 YH7  H5    N09  C02   126.50  3.000
 YH7  C08   N09  C02   107.37  3.000
 YH7  HN1A  N10  HN10  117.61  3.000
 YH7  HN1A  N10  C06   119.87  3.000
 YH7  HN10  N10  C06   122.51  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 YH7  CONST_01  C08   N09  C02  C01    0.00  0.0  0
 YH7  CONST_02  C04   N03  C02  C01    0.00  0.0  0
 YH7  CONST_03  N09   C08  N07  C01    0.00  0.0  0
 YH7  CONST_04  C04   N05  C06  C01    0.00  0.0  0
 YH7  CONST_05  C08   N07  C01  C02    0.00  0.0  0
 YH7  CONST_06  N07   C08  N09  C02    0.00  0.0  0
 YH7  CONST_07  N05   C04  N03  C02    0.00  0.0  0
 YH7  CONST_08  C08   N09  C02  N03  180.00  0.0  0
 YH7  CONST_09  C06   N05  C04  N03    0.00  0.0  0
 YH7  CONST_10  N09   C02  N03  C04  180.00  0.0  0
 YH7  CONST_11  N09   C02  C01  N07    0.00  0.0  0
 YH7  CONST_12  S11   C04  N03  C02  180.00  0.0  0
 YH7  CONST_13  N10   C06  N05  C04  180.00  0.0  0
 YH7  CONST_14  S11   C04  N05  C06  180.00  0.0  0
 YH7  CONST_15  H5    N09  C02  C01  180.00  0.0  0
 YH7  CONST_16  H08   C08  N07  C01  180.00  0.0  0
 YH7  CONST_17  H3    N05  C06  C01  180.00  0.0  0
 YH7  CONST_18  HN10  N10  C06  C01  180.00  0.0  0
 YH7  CONST_19  HN1A  N10  C06  C01    0.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 YH7  plan-1  C01   0.020
 YH7  plan-1  C02   0.020
 YH7  plan-1  N03   0.020
 YH7  plan-1  C04   0.020
 YH7  plan-1  N05   0.020
 YH7  plan-1  C06   0.020
 YH7  plan-1  N07   0.020
 YH7  plan-1  C08   0.020
 YH7  plan-1  N09   0.020
 YH7  plan-1  N10   0.020
 YH7  plan-1  S11   0.020
 YH7  plan-1  HN10  0.020
 YH7  plan-1  HN1A  0.020
 YH7  plan-1  H3    0.020
 YH7  plan-1  H08   0.020
 YH7  plan-1  H5    0.020

