# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun May 10 05:36:21 2020
#   Inital geometry file: a 99 line input string
#   Ligand name: 2-amino-8-{[2-(4-methoxyphenyl)-2-oxoethyl]sulfanyl}-1,9-dihydro-6H-purin-6-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc(cc1)C(=O)CSc2[nH]c3N=C(N)NC(=O)c3n2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 YH5  YH5  2-amino-8-{[2-(4-methoxyphenyl)-2-oxoethyl]sulfanyl}-1,9-dihydro-6H-purin-6-one  ligand  36  23  .  2021-08-25  2021-08-25  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_YH5
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 YH5  C1   C  CR6   0   0.493   3.9126   1.8699   0.0443
 YH5  O1   O  O     0  -0.477   3.4287   2.9899   0.0769
 YH5  N1   N  N     0  -0.444   1.9129   0.3053   0.1004
 YH5  S1   S  S2    0   0.080   0.4600  -2.0142   0.1082
 YH5  C10  C  CR16  0  -0.326  -4.4109   1.6349   0.0581
 YH5  C11  C  CR6   0   0.399  -5.6706   1.0286  -0.0050
 YH5  C12  C  CR16  0  -0.370  -5.7615  -0.3654  -0.0353
 YH5  C13  C  CR16  0  -0.241  -4.6081  -1.1267  -0.0038
 YH5  C14  C  CH3   0  -0.441  -8.0251   1.2993  -0.1015
 YH5  N2   N  NR15  0  -0.689   3.1192  -1.5599   0.0256
 YH5  C2   C  CR56  0  -0.083   3.2533   0.6097   0.0548
 YH5  O2   O  O     0  -0.395  -2.2188  -2.6055   0.0787
 YH5  N3   N  N     0  -0.503   5.3508  -0.6539  -0.0523
 YH5  C3   C  CR5   0   0.299   1.8729  -0.9917   0.0803
 YH5  O3   O  O2    0  -0.458  -6.7214   1.8521  -0.0333
 YH5  C4   C  CR56  0   0.481   4.0177  -0.5406   0.0075
 YH5  N4   N  NR16  0  -0.722   5.3022   1.6960  -0.0143
 YH5  C5   C  CR6   0   0.687   5.9642   0.5041  -0.0612
 YH5  N5   N  NH2   0  -0.832   7.3053   0.5523  -0.0814
 YH5  C6   C  CH2   0  -0.701  -0.7992  -0.7179   0.1089
 YH5  C7   C  C     0   0.385  -2.1498  -1.3930   0.0816
 YH5  C8   C  CR6   0  -0.029  -3.3463  -0.5349   0.0557
 YH5  C9   C  CR16  0  -0.272  -3.2709   0.8625   0.0863
 YH5  H2   H  HCR6  0   0.275  -4.3395   2.7145   0.0825
 YH5  H3   H  HCR6  0   0.289  -6.7175  -0.8679  -0.0850
 YH5  H4   H  HCR6  0   0.270  -4.6962  -2.2047  -0.0281
 YH5  H5   H  HCH3  0   0.236  -8.2479   0.6805   0.7706
 YH5  H6   H  HCH3  0   0.266  -8.7132   2.1397  -0.1231
 YH5  H7   H  HCH3  0   0.236  -8.1639   0.7037  -1.0064
 YH5  H8   H  HNR5  0   0.426   3.3392  -2.5446  -0.0055
 YH5  H9   H  HNR6  0   0.425   5.8492   2.5473  -0.0241
 YH5  H10  H  HNH2  0   0.414   7.7841   1.4041  -0.3213
 YH5  H11  H  HNH2  0   0.412   7.7939  -0.3019  -0.2905
 YH5  H12  H  HCH2  0   0.321  -0.6977  -0.0924   0.9978
 YH5  H13  H  HCH2  0   0.320  -0.6722  -0.0699  -0.7600
 YH5  H14  H  HCR6  0   0.269  -2.3153   1.3688   0.1351

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 YH5  C14  O3   single    1.418  0.020  1.418
 YH5  O3   C11  single    1.335  0.020  1.335
 YH5  C11  C10  aromatic  1.399  0.020  1.399
 YH5  C11  C12  aromatic  1.397  0.020  1.397
 YH5  C10  C9   aromatic  1.377  0.020  1.377
 YH5  C12  C13  aromatic  1.382  0.020  1.382
 YH5  C9   C8   aromatic  1.400  0.020  1.400
 YH5  C13  C8   aromatic  1.395  0.020  1.395
 YH5  C8   C7   single    1.473  0.020  1.473
 YH5  O1   C1   double    1.220  0.020  1.220
 YH5  C7   O2   double    1.214  0.020  1.214
 YH5  C7   C6   single    1.510  0.020  1.510
 YH5  C6   S1   single    1.807  0.020  1.807
 YH5  C1   C2   single    1.422  0.020  1.422
 YH5  C1   N4   single    1.402  0.020  1.402
 YH5  N1   C2   aromatic  1.375  0.020  1.375
 YH5  N1   C3   aromatic  1.298  0.020  1.298
 YH5  C2   C4   aromatic  1.382  0.020  1.382
 YH5  N4   C5   single    1.364  0.020  1.364
 YH5  C3   S1   single    1.744  0.020  1.744
 YH5  C3   N2   aromatic  1.371  0.020  1.371
 YH5  C4   N2   aromatic  1.359  0.020  1.359
 YH5  C4   N3   single    1.339  0.020  1.339
 YH5  C5   N3   double    1.310  0.020  1.310
 YH5  C5   N5   single    1.342  0.020  1.342
 YH5  C10  H2   single    0.930  0.020  1.080
 YH5  C12  H3   single    0.930  0.020  1.080
 YH5  C13  H4   single    0.930  0.020  1.080
 YH5  C14  H5   single    0.970  0.020  1.090
 YH5  C14  H6   single    0.970  0.020  1.090
 YH5  C14  H7   single    0.970  0.020  1.090
 YH5  N2   H8   single    0.860  0.020  1.020
 YH5  N4   H9   single    0.860  0.020  1.020
 YH5  N5   H10  single    0.890  0.020  1.040
 YH5  N5   H11  single    0.890  0.020  1.040
 YH5  C6   H12  single    0.970  0.020  1.090
 YH5  C6   H13  single    0.970  0.020  1.090
 YH5  C9   H14  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 YH5  N4   C1   C2   110.48  3.000
 YH5  N4   C1   O1   120.53  3.000
 YH5  C2   C1   O1   128.99  3.000
 YH5  C3   N1   C2   104.52  3.000
 YH5  C6   S1   C3    98.28  3.000
 YH5  H2   C10  C9   120.29  3.000
 YH5  H2   C10  C11  119.51  3.000
 YH5  C9   C10  C11  120.20  3.000
 YH5  O3   C11  C12  124.30  3.000
 YH5  C12  C11  C10  119.46  3.000
 YH5  O3   C11  C10  116.24  3.000
 YH5  H3   C12  C13  118.88  3.000
 YH5  H3   C12  C11  121.48  3.000
 YH5  C13  C12  C11  119.64  3.000
 YH5  H4   C13  C8   119.83  3.000
 YH5  H4   C13  C12  118.70  3.000
 YH5  C8   C13  C12  121.47  3.000
 YH5  H7   C14  H6   108.95  3.000
 YH5  H7   C14  H5   109.07  3.000
 YH5  H6   C14  H5   108.96  3.000
 YH5  H7   C14  O3   111.68  3.000
 YH5  H6   C14  O3   106.36  3.000
 YH5  H5   C14  O3   111.72  3.000
 YH5  H8   N2   C4   125.95  3.000
 YH5  H8   N2   C3   127.14  3.000
 YH5  C4   N2   C3   106.90  3.000
 YH5  C4   C2   N1   110.85  3.000
 YH5  C4   C2   C1   118.75  3.000
 YH5  N1   C2   C1   130.40  3.000
 YH5  C5   N3   C4   113.05  3.000
 YH5  N2   C3   S1   119.61  3.000
 YH5  N2   C3   N1   112.76  3.000
 YH5  S1   C3   N1   127.63  3.000
 YH5  C14  O3   C11  118.96  3.000
 YH5  N3   C4   C2   128.50  3.000
 YH5  N3   C4   N2   126.53  3.000
 YH5  C2   C4   N2   104.96  3.000
 YH5  H9   N4   C5   118.19  3.000
 YH5  H9   N4   C1   115.59  3.000
 YH5  C5   N4   C1   126.22  3.000
 YH5  N5   C5   N4   117.00  3.000
 YH5  N5   C5   N3   119.97  3.000
 YH5  N4   C5   N3   123.00  3.000
 YH5  H11  N5   H10  115.99  3.000
 YH5  H11  N5   C5   117.25  3.000
 YH5  H10  N5   C5   120.63  3.000
 YH5  H13  C6   H12  107.29  3.000
 YH5  H13  C6   C7   110.80  3.000
 YH5  H12  C6   C7   110.73  3.000
 YH5  H13  C6   S1   110.16  3.000
 YH5  H12  C6   S1   110.28  3.000
 YH5  C7   C6   S1   107.61  3.000
 YH5  C8   C7   C6   117.80  3.000
 YH5  C6   C7   O2   119.81  3.000
 YH5  C8   C7   O2   122.38  3.000
 YH5  C9   C8   C7   122.52  3.000
 YH5  C7   C8   C13  119.24  3.000
 YH5  C9   C8   C13  118.24  3.000
 YH5  H14  C9   C8   121.03  3.000
 YH5  H14  C9   C10  117.99  3.000
 YH5  C8   C9   C10  120.99  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 YH5  CONST_01  N2   C4   C2   N1      0.00   0.0  0
 YH5  CONST_02  C4   N2   C3   N1      0.00   0.0  0
 YH5  CONST_03  C13  C12  C11  C10     0.00   0.0  0
 YH5  CONST_04  C13  C8   C9   C10     0.00   0.0  0
 YH5  CONST_05  C8   C9   C10  C11     0.00   0.0  0
 YH5  CONST_06  C8   C13  C12  C11     0.00   0.0  0
 YH5  CONST_07  C9   C10  C11  C12     0.00   0.0  0
 YH5  CONST_08  C9   C8   C13  C12     0.00   0.0  0
 YH5  CONST_09  C2   N1   C3   N2      0.00   0.0  0
 YH5  CONST_10  C3   N2   C4   C2      0.00   0.0  0
 YH5  CONST_11  C4   C2   N1   C3      0.00   0.0  0
 YH5  CONST_12  N3   C5   N4   C1      0.00   0.0  0
 YH5  CONST_13  C5   N4   C1   C2      0.00   0.0  0
 YH5  CONST_14  N4   C5   N3   C4      0.00   0.0  0
 YH5  CONST_15  C2   N1   C3   S1    180.00   0.0  0
 YH5  CONST_16  C4   N2   C3   S1    180.00   0.0  0
 YH5  CONST_17  C7   C8   C9   C10   180.00   0.0  0
 YH5  CONST_18  C7   C8   C13  C12   180.00   0.0  0
 YH5  CONST_19  O3   C11  C12  C13   180.00   0.0  0
 YH5  CONST_20  C9   C10  C11  O3    180.00   0.0  0
 YH5  CONST_21  N5   C5   N4   C1    180.00   0.0  0
 YH5  CONST_22  C5   N4   C1   O1    180.00   0.0  0
 YH5  CONST_23  N5   C5   N3   C4    180.00   0.0  0
 YH5  CONST_24  H8   N2   C3   N1    180.00   0.0  0
 YH5  CONST_25  H3   C12  C11  C10   180.00   0.0  0
 YH5  CONST_26  H14  C9   C10  C11   180.00   0.0  0
 YH5  CONST_27  H4   C13  C12  C11   180.00   0.0  0
 YH5  CONST_28  H2   C10  C11  C12   180.00   0.0  0
 YH5  CONST_29  H9   N4   C1   C2    180.00   0.0  0
 YH5  CONST_31  H11  N5   C5   N3      0.00   0.0  0
 YH5  Var_01    O2   C7   C8   C13    -1.44  30.0  2
 YH5  Var_02    C8   C7   C6   S1   -179.05  30.0  2
 YH5  Var_03    C7   C6   S1   C3    177.98  30.0  1
 YH5  Var_04    H5   C14  O3   C11    61.74  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 YH5  plan-1  C10  0.020
 YH5  plan-1  C11  0.020
 YH5  plan-1  C12  0.020
 YH5  plan-1  C13  0.020
 YH5  plan-1  O3   0.020
 YH5  plan-1  C7   0.020
 YH5  plan-1  C8   0.020
 YH5  plan-1  C9   0.020
 YH5  plan-1  H2   0.020
 YH5  plan-1  H3   0.020
 YH5  plan-1  H4   0.020
 YH5  plan-1  H14  0.020
 YH5  plan-2  C1   0.020
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 YH5  plan-2  S1   0.020
 YH5  plan-2  N2   0.020
 YH5  plan-2  C2   0.020
 YH5  plan-2  N3   0.020
 YH5  plan-2  C3   0.020
 YH5  plan-2  C4   0.020
 YH5  plan-2  N4   0.020
 YH5  plan-2  C5   0.020
 YH5  plan-2  N5   0.020
 YH5  plan-2  H8   0.020
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