# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun May 10 05:30:05 2020
#   Inital geometry file: a 91 line input string
#   Ligand name: 2-amino-8-[(2-oxo-2-phenylethyl)sulfanyl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC1=Nc2[nH]c(SCC(=O)c3ccccc3)nc2C(=O)N1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 YH1  YH1  2-amino-8-[(2-oxo-2-phenylethyl)sulfanyl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one  ligand  32  21  .  2021-08-25  2021-08-25  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_YH1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 YH1  N01  N  NR16  0  -0.722   4.7045   1.4016   0.0226
 YH1  C02  C  CR6   0   0.687   5.2571   0.1548  -0.0181
 YH1  N03  N  N     0  -0.503   4.5415  -0.9431  -0.0277
 YH1  C04  C  CR56  0   0.481   3.2233  -0.7099   0.0088
 YH1  C05  C  CR56  0  -0.082   2.5652   0.5045   0.0491
 YH1  C06  C  CR6   0   0.493   3.3357   1.7000   0.0585
 YH1  O07  O  O     0  -0.477   2.9541   2.8588   0.0911
 YH1  N08  N  NH2   0  -0.832   6.5973   0.0819  -0.0114
 YH1  N09  N  NR15  0  -0.689   2.2358  -1.6439   0.0067
 YH1  C10  C  CR5   0   0.299   1.0458  -0.9651   0.0437
 YH1  N11  N  N     0  -0.442   1.2025   0.3228   0.0708
 YH1  S12  S  S2    0   0.083  -0.4571  -1.8507   0.0480
 YH1  C13  C  CH2   0  -0.703  -1.5827  -0.4378   0.0536
 YH1  C14  C  C     0   0.391  -2.9948  -0.9673   0.0391
 YH1  C15  C  CR6   0  -0.001  -4.1023   0.0188   0.0241
 YH1  O16  O  O     0  -0.384  -3.1985  -2.1619   0.0380
 YH1  C17  C  CR16  0  -0.256  -5.4185  -0.4462  -0.0193
 YH1  C18  C  CR16  0  -0.241  -6.4742   0.4487  -0.0358
 YH1  C19  C  CR16  0  -0.243  -6.2269   1.8167  -0.0078
 YH1  C20  C  CR16  0  -0.237  -4.9218   2.2876   0.0359
 YH1  C21  C  CR16  0  -0.289  -3.8628   1.3931   0.0512
 YH1  H1   H  HNR6  0   0.425   5.3256   2.2004   0.0341
 YH1  H2   H  HNH2  0   0.414   7.1544   0.8877  -0.2412
 YH1  H3   H  HNH2  0   0.411   7.0109  -0.8125  -0.2144
 YH1  H4   H  HNR5  0   0.426   2.3665  -2.6444  -0.0233
 YH1  H6   H  HCH2  0   0.323  -1.4139   0.1770   0.9400
 YH1  H7   H  HCH2  0   0.323  -1.4006   0.1943  -0.8176
 YH1  H8   H  HCR6  0   0.267  -5.6133  -1.5101  -0.0417
 YH1  H9   H  HCR6  0   0.267  -7.4914   0.0819  -0.0713
 YH1  H10  H  HCR6  0   0.271  -7.0523   2.5162  -0.0208
 YH1  H11  H  HCR6  0   0.270  -4.7280   3.3515   0.0574
 YH1  H12  H  HCR6  0   0.270  -2.8529   1.7808   0.0851

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 YH1  N08  C02  single    1.342  0.020  1.342
 YH1  N03  C02  double    1.311  0.020  1.311
 YH1  N03  C04  single    1.339  0.020  1.339
 YH1  C02  N01  single    1.364  0.020  1.364
 YH1  N01  C06  single    1.401  0.020  1.401
 YH1  C04  N09  aromatic  1.359  0.020  1.359
 YH1  C04  C05  aromatic  1.382  0.020  1.382
 YH1  N09  C10  aromatic  1.371  0.020  1.371
 YH1  C06  C05  single    1.422  0.020  1.422
 YH1  C06  O07  double    1.220  0.020  1.220
 YH1  C05  N11  aromatic  1.375  0.020  1.375
 YH1  C10  N11  aromatic  1.298  0.020  1.298
 YH1  C10  S12  single    1.744  0.020  1.744
 YH1  C13  S12  single    1.807  0.020  1.807
 YH1  C13  C14  single    1.508  0.020  1.508
 YH1  C21  C20  aromatic  1.386  0.020  1.386
 YH1  C21  C15  aromatic  1.395  0.020  1.395
 YH1  C20  C19  aromatic  1.388  0.020  1.388
 YH1  C14  C15  single    1.483  0.020  1.483
 YH1  C14  O16  double    1.212  0.020  1.212
 YH1  C15  C17  aromatic  1.397  0.020  1.397
 YH1  C19  C18  aromatic  1.391  0.020  1.391
 YH1  C17  C18  aromatic  1.384  0.020  1.384
 YH1  N01  H1   single    0.860  0.020  1.020
 YH1  N08  H2   single    0.890  0.020  1.040
 YH1  N08  H3   single    0.890  0.020  1.040
 YH1  N09  H4   single    0.860  0.020  1.020
 YH1  C13  H6   single    0.970  0.020  1.090
 YH1  C13  H7   single    0.970  0.020  1.090
 YH1  C17  H8   single    0.930  0.020  1.080
 YH1  C18  H9   single    0.930  0.020  1.080
 YH1  C19  H10  single    0.930  0.020  1.080
 YH1  C20  H11  single    0.930  0.020  1.080
 YH1  C21  H12  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 YH1  H1   N01  C06  115.54  3.000
 YH1  H1   N01  C02  118.24  3.000
 YH1  C06  N01  C02  126.22  3.000
 YH1  N08  C02  N03  119.98  3.000
 YH1  N03  C02  N01  123.00  3.000
 YH1  N08  C02  N01  116.99  3.000
 YH1  C04  N03  C02  113.04  3.000
 YH1  N09  C04  C05  104.95  3.000
 YH1  C05  C04  N03  128.51  3.000
 YH1  N09  C04  N03  126.54  3.000
 YH1  N11  C05  C06  130.38  3.000
 YH1  N11  C05  C04  110.88  3.000
 YH1  C06  C05  C04  118.75  3.000
 YH1  O07  C06  C05  128.97  3.000
 YH1  O07  C06  N01  120.55  3.000
 YH1  C05  C06  N01  110.48  3.000
 YH1  H3   N08  H2   115.99  3.000
 YH1  H3   N08  C02  117.24  3.000
 YH1  H2   N08  C02  120.55  3.000
 YH1  H4   N09  C10  127.17  3.000
 YH1  H4   N09  C04  125.94  3.000
 YH1  C10  N09  C04  106.88  3.000
 YH1  S12  C10  N11  127.44  3.000
 YH1  S12  C10  N09  119.78  3.000
 YH1  N11  C10  N09  112.79  3.000
 YH1  C10  N11  C05  104.51  3.000
 YH1  C13  S12  C10   98.03  3.000
 YH1  H7   C13  H6   107.22  3.000
 YH1  H7   C13  C14  110.60  3.000
 YH1  H6   C13  C14  110.50  3.000
 YH1  H7   C13  S12  110.27  3.000
 YH1  H6   C13  S12  110.28  3.000
 YH1  C14  C13  S12  107.98  3.000
 YH1  O16  C14  C15  122.00  3.000
 YH1  O16  C14  C13  120.23  3.000
 YH1  C15  C14  C13  117.77  3.000
 YH1  C21  C15  C17  119.36  3.000
 YH1  C17  C15  C14  118.87  3.000
 YH1  C21  C15  C14  121.78  3.000
 YH1  H8   C17  C18  119.89  3.000
 YH1  H8   C17  C15  119.85  3.000
 YH1  C18  C17  C15  120.26  3.000
 YH1  H9   C18  C19  120.09  3.000
 YH1  H9   C18  C17  119.89  3.000
 YH1  C19  C18  C17  120.01  3.000
 YH1  H10  C19  C20  119.89  3.000
 YH1  H10  C19  C18  120.01  3.000
 YH1  C20  C19  C18  120.11  3.000
 YH1  H11  C20  C21  119.85  3.000
 YH1  H11  C20  C19  120.18  3.000
 YH1  C21  C20  C19  119.98  3.000
 YH1  H12  C21  C20  118.82  3.000
 YH1  H12  C21  C15  120.90  3.000
 YH1  C20  C21  C15  120.28  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 YH1  CONST_01  N11  C10  N09  C04     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_02  C10  N11  C05  C04     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_03  C10  N09  C04  C05     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_04  N09  C10  N11  C05     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_05  N11  C05  C04  N09     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_06  C19  C20  C21  C15     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_07  C19  C18  C17  C15     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_08  C20  C21  C15  C17     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_09  C20  C19  C18  C17     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_10  C21  C20  C19  C18     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_11  C21  C15  C17  C18     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_12  C04  N03  C02  N01     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_13  C05  C06  N01  C02     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_14  C06  N01  C02  N03     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_15  S12  C10  N09  C04   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_16  S12  C10  N11  C05   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_17  C20  C21  C15  C14   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_18  C18  C17  C15  C14   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_19  O07  C06  N01  C02   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_20  N08  C02  N03  C04   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_21  N08  C02  N01  C06   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_22  H4   N09  C04  N03     0.00   0.0  0
 YH1  CONST_23  H11  C20  C21  C15   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_24  H9   C18  C17  C15   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_25  H12  C21  C15  C17   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_26  H10  C19  C18  C17   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_27  H8   C17  C18  C19   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_28  H1   N01  C02  N03   180.00   0.0  0
 YH1  CONST_30  H3   N08  C02  N01   180.00   0.0  0
 YH1  Var_01    C21  C15  C14  C13    -1.35  30.0  2
 YH1  Var_02    C14  C13  S12  C10   179.24  30.0  2
 YH1  Var_03    C15  C14  C13  S12  -179.27  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 YH1  plan-1  C14  0.020
 YH1  plan-1  C15  0.020
 YH1  plan-1  C17  0.020
 YH1  plan-1  C18  0.020
 YH1  plan-1  C19  0.020
 YH1  plan-1  C20  0.020
 YH1  plan-1  C21  0.020
 YH1  plan-1  H8   0.020
 YH1  plan-1  H9   0.020
 YH1  plan-1  H10  0.020
 YH1  plan-1  H11  0.020
 YH1  plan-1  H12  0.020
 YH1  plan-2  N01  0.020
 YH1  plan-2  C02  0.020
 YH1  plan-2  N03  0.020
 YH1  plan-2  C04  0.020
 YH1  plan-2  C05  0.020
 YH1  plan-2  C06  0.020
 YH1  plan-2  O07  0.020
 YH1  plan-2  N08  0.020
 YH1  plan-2  N09  0.020
 YH1  plan-2  C10  0.020
 YH1  plan-2  N11  0.020
 YH1  plan-2  S12  0.020
 YH1  plan-2  H1   0.020
 YH1  plan-2  H2   0.020
 YH1  plan-2  H3   0.020
 YH1  plan-2  H4   0.020
 YH1  plan-3  C13  0.020
 YH1  plan-3  C14  0.020
 YH1  plan-3  C15  0.020
 YH1  plan-3  O16  0.020

