# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Aug  5 18:57:37 2022
#   Inital geometry file: a 231 line input string
#   Ligand name: diethyl ({4-[(2S,3R)-2-[({[(3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl]oxy}carbonyl)amino]-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl][(2S)-2-methylbutyl]amino}butyl]phenoxy}methyl)phosphonate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCO[P](=O)(COc1ccc(C[C@H](NC(=O)O[C@H]2CO[C@H]3OCC[C@@H]23)[C@H](O)CN(C[C@@H](C)CC)[S](=O)(=O)c4ccc(OC)cc4)cc1)OCC
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 XUV  XUV  "diethyl ({4-[(2S,3R)-2-[({[(3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl]oxy}carbonyl)amino]-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl][(2S)-2-methylbutyl]amino}butyl]phenoxy}methyl)phosphonate"  ligand  101  50  .  2022-08-11  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_XUV
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 XUV  C13   C  CH1   0   0.057  71.9905  57.9598  15.0872
 XUV  C15   C  CH1   0  -0.103  71.6218  58.4060  16.5091
 XUV  C17   C  C     0   0.758  73.4209  58.9299  18.0952
 XUV  C20   C  CH1   0   0.016  75.0744  59.7797  19.5749
 XUV  C21   C  CH2   0  -0.202  76.2142  60.7660  19.3960
 XUV  C24   C  CH1   0   0.326  75.0520  61.6421  21.1447
 XUV  C26   C  CH2   0  -0.184  72.8077  61.8723  20.7855
 XUV  C28   C  CH2   0  -0.525  70.2652  59.1153  16.6041
 XUV  C01   C  CR6   0   0.403  67.3064  52.7989  13.3384
 XUV  C02   C  CR16  0  -0.369  68.3722  52.0752  13.8740
 XUV  C03   C  CR16  0  -0.223  69.2695  52.6971  14.7280
 XUV  C04   C  CR6   0  -0.205  69.1144  54.0374  15.0503
 XUV  C05   C  CR16  0  -0.228  68.0507  54.7655  14.5180
 XUV  C06   C  CR16  0  -0.328  67.1583  54.1519  13.6663
 XUV  C11   C  CH2   0  -0.293  72.3033  54.6150  14.4604
 XUV  C12   C  CH2   0  -0.354  71.1399  56.8043  14.5536
 XUV  C23   C  CH1   0  -0.417  74.5080  60.2046  20.9402
 XUV  C25   C  CH2   0  -0.470  72.9967  60.3903  21.0752
 XUV  C29   C  CR6   0   0.121  69.9597  59.5373  18.0146
 XUV  C30   C  CR16  0  -0.288  69.7532  58.6010  19.0214
 XUV  C31   C  CR16  0  -0.357  69.5429  58.9797  20.3415
 XUV  C32   C  CR6   0   0.371  69.5454  60.3290  20.6760
 XUV  C33   C  CR16  0  -0.321  69.7081  61.2833  19.6767
 XUV  C34   C  CR16  0  -0.310  69.9192  60.8840  18.3684
 XUV  C36   C  CH1   0  -0.251  73.7779  55.0076  14.5087
 XUV  C37   C  CH2   0  -0.420  74.5991  54.0703  13.6136
 XUV  C38   C  CH3   0  -0.669  74.3025  55.0567  15.9385
 XUV  C40   C  CH3   0  -0.441  66.4499  50.9118  12.1854
 XUV  C41   C  CH2   0  -0.480  69.4847  59.8888  23.0092
 XUV  C45   C  CH2   0  -0.172  70.8787  59.1000  26.2073
 XUV  C46   C  CH2   0  -0.172  68.5251  62.8280  25.6079
 XUV  C47   C  CH3   0  -0.683  70.3816  58.0853  27.2072
 XUV  C48   C  CH3   0  -0.682  67.2604  63.6143  25.3684
 XUV  C50   C  CH3   0  -0.676  74.7082  52.6259  14.0898
 XUV  N10   N  N     0  -0.563  71.4351  55.5306  15.2101
 XUV  N16   N  NH1   0  -0.666  72.6534  59.2733  17.0453
 XUV  O08   O  OS    0  -0.643  69.5535  55.8942  16.8213
 XUV  O09   O  OS    0  -0.646  70.9132  53.7833  16.9174
 XUV  O14   O  OH1   0  -0.667  71.8558  59.0016  14.1462
 XUV  O18   O  O     0  -0.510  73.4627  57.8306  18.6095
 XUV  O19   O  O2    0  -0.492  74.1590  59.9748  18.4997
 XUV  O22   O  O2    0  -0.497  75.7558  61.9707  19.9679
 XUV  O27   O  O2    0  -0.490  73.9723  62.4889  21.3218
 XUV  O35   O  O2    0  -0.481  69.4123  60.8011  21.9400
 XUV  O43   O  O2    0  -0.593  69.7434  59.8248  25.6976
 XUV  O44   O  O2    0  -0.583  68.5907  61.7679  24.6344
 XUV  O49   O  O     0  -0.699  71.1989  61.5678  24.4205
 XUV  P42   P  P     0   1.405  69.8953  60.8639  24.4866
 XUV  S07   S  S     0   1.364  70.2630  54.8234  16.1368
 XUV  H131  H  HCH1  0   0.237  73.0317  57.6172  15.1312
 XUV  H151  H  HCH1  0   0.261  71.6061  57.5152  17.1366
 XUV  H201  H  HCH1  0   0.266  75.4283  58.7497  19.5812
 XUV  H212  H  HCH2  0   0.253  76.4824  60.9375  18.3530
 XUV  H211  H  HCH2  0   0.222  77.1019  60.3861  19.9179
 XUV  H241  H  HCH1  0   0.221  75.7117  61.7472  22.0141
 XUV  H261  H  HCH2  0   0.231  71.9392  62.3007  21.2848
 XUV  H262  H  HCH2  0   0.213  72.7132  62.0656  19.7120
 XUV  H282  H  HCH2  0   0.247  70.2682  59.9939  15.9550
 XUV  H281  H  HCH2  0   0.260  69.4848  58.4527  16.2278
 XUV  H021  H  HCR6  0   0.292  68.5162  51.0279  13.6481
 XUV  H031  H  HCR6  0   0.286  70.0811  52.1161  15.1448
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 XUV  H061  H  HCR6  0   0.277  66.3265  54.7109  13.2574
 XUV  H111  H  HCH2  0   0.249  71.9632  54.5693  13.4195
 XUV  H112  H  HCH2  0   0.261  72.1997  53.6114  14.8712
 XUV  H122  H  HCH2  0   0.275  70.0791  57.0506  14.6202
 XUV  H121  H  HCH2  0   0.272  71.3558  56.6889  13.4886
 XUV  H231  H  HCH1  0   0.287  74.8963  59.5263  21.6999
 XUV  H251  H  HCH2  0   0.253  72.6943  60.1758  22.1021
 XUV  H252  H  HCH2  0   0.257  72.3979  59.7523  20.4286
 XUV  H301  H  HCR6  0   0.258  69.7584  57.5451  18.7815
 XUV  H311  H  HCR6  0   0.278  69.3888  58.2101  21.0864
 XUV  H331  H  HCR6  0   0.263  69.6973  62.3354  19.9333
 XUV  H341  H  HCR6  0   0.248  70.0654  61.6415  17.6071
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 XUV  H383  H  HCH3  0   0.235  73.8143  55.8363  16.5226
 XUV  H382  H  HCH3  0   0.221  74.1387  54.1120  16.4601
 XUV  H381  H  HCH3  0   0.227  75.3742  55.2616  15.9503
 XUV  H401  H  HCH3  0   0.264  65.6034  50.7130  11.5337
 XUV  H402  H  HCH3  0   0.235  67.3716  50.6671  11.6524
 XUV  H403  H  HCH3  0   0.235  66.3721  50.2775  13.0715
 XUV  H411  H  HCH2  0   0.275  68.5495  59.3358  23.1479
 XUV  H412  H  HCH2  0   0.271  70.2881  59.1544  22.8739
 XUV  H451  H  HCH2  0   0.232  71.4050  58.6026  25.3887
 XUV  H452  H  HCH2  0   0.236  71.5736  59.7977  26.6776
 XUV  H462  H  HCH2  0   0.235  68.5291  62.3980  26.6120
 XUV  H461  H  HCH2  0   0.234  69.4024  63.4707  25.5117
 XUV  H472  H  HCH3  0   0.238  71.2307  57.5353  27.6124
 XUV  H473  H  HCH3  0   0.236  69.8661  58.5659  28.0386
 XUV  H471  H  HCH3  0   0.236  69.7052  57.3667  26.7452
 XUV  H482  H  HCH3  0   0.238  67.1932  64.4185  26.1008
 XUV  H481  H  HCH3  0   0.237  67.2530  64.0638  24.3756
 XUV  H483  H  HCH3  0   0.236  66.3745  62.9887  25.4756
 XUV  H503  H  HCH3  0   0.232  75.2883  52.0362  13.3795
 XUV  H502  H  HCH3  0   0.224  75.2100  52.5538  15.0550
 XUV  H501  H  HCH3  0   0.221  73.7352  52.1426  14.1878
 XUV  H161  H  HNH1  0   0.398  72.6541  60.2422  16.7621
 XUV  H141  H  HOH1  0   0.454  72.5504  59.6505  14.2971
 XUV  O39   O  O2    0  -0.456  66.3836  52.2873  12.5184

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 XUV  C40  O39   single    1.417  0.020  1.417
 XUV  O39  C01   single    1.336  0.020  1.336
 XUV  C01  C06   aromatic  1.400  0.020  1.400
 XUV  C01  C02   aromatic  1.395  0.020  1.395
 XUV  C06  C05   aromatic  1.378  0.020  1.378
 XUV  C37  C50   single    1.525  0.020  1.525
 XUV  C37  C36   single    1.534  0.020  1.534
 XUV  C02  C03   aromatic  1.386  0.020  1.386
 XUV  O14  C13   single    1.410  0.020  1.410
 XUV  C05  C04   aromatic  1.394  0.020  1.394
 XUV  C11  C36   single    1.527  0.020  1.527
 XUV  C11  N10   single    1.468  0.020  1.468
 XUV  C36  C38   single    1.524  0.020  1.524
 XUV  C12  C13   single    1.531  0.020  1.531
 XUV  C12  N10   single    1.463  0.020  1.463
 XUV  C03  C04   aromatic  1.387  0.020  1.387
 XUV  C04  S07   single    1.766  0.020  1.766
 XUV  C13  C15   single    1.535  0.020  1.535
 XUV  N10  S07   single    1.653  0.020  1.653
 XUV  S07  O08   double    1.456  0.020  1.456
 XUV  S07  O09   double    1.454  0.020  1.454
 XUV  C15  C28   single    1.534  0.020  1.534
 XUV  C15  N16   single    1.451  0.020  1.451
 XUV  C28  C29   single    1.504  0.020  1.504
 XUV  N16  C17   single    1.345  0.020  1.345
 XUV  C29  C34   aromatic  1.393  0.020  1.393
 XUV  C29  C30   aromatic  1.390  0.020  1.390
 XUV  C17  O19   single    1.342  0.020  1.342
 XUV  C17  O18   double    1.214  0.020  1.214
 XUV  C34  C33   aromatic  1.384  0.020  1.384
 XUV  O19  C20   single    1.426  0.020  1.426
 XUV  O22  C21   single    1.410  0.020  1.410
 XUV  O22  C24   single    1.410  0.020  1.410
 XUV  C30  C31   aromatic  1.389  0.020  1.389
 XUV  C21  C20   single    1.518  0.020  1.518
 XUV  C20  C23   single    1.538  0.020  1.538
 XUV  O27  C26   single    1.423  0.020  1.423
 XUV  O27  C24   single    1.384  0.020  1.384
 XUV  C26  C25   single    1.522  0.020  1.522
 XUV  C33  C32   aromatic  1.391  0.020  1.391
 XUV  C24  C23   single    1.551  0.020  1.551
 XUV  C25  C23   single    1.529  0.020  1.529
 XUV  C31  C32   aromatic  1.390  0.020  1.390
 XUV  C32  O35   single    1.356  0.020  1.356
 XUV  O35  C41   single    1.407  0.020  1.407
 XUV  C41  P42   single    1.817  0.020  1.817
 XUV  O44  P42   single    1.594  0.020  1.594
 XUV  O44  C46   single    1.441  0.020  1.441
 XUV  P42  O49   double    1.483  0.020  1.483
 XUV  P42  O43   single    1.603  0.020  1.603
 XUV  C48  C46   single    1.508  0.020  1.508
 XUV  O43  C45   single    1.440  0.020  1.440
 XUV  C45  C47   single    1.509  0.020  1.509
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 XUV  O08   S07  C04   107.44  3.000
 XUV  N10   S07  C04   107.86  3.000
 XUV  C40   O39  C01   118.92  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
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 XUV  Var_10    H251  C25  C26  O27    82.05  30.0  1
 XUV  Var_11    H252  C25  C26  O27  -158.82  30.0  1
 XUV  Var_12    C34   C29  C28  C15   112.04  30.0  2
 XUV  Var_13    C30   C29  C28  C15   -65.72  30.0  2
 XUV  Var_14    C40   O39  C01  C02     1.82  30.0  3
 XUV  Var_15    N10   S07  C04  C03    93.50  30.0  2
 XUV  Var_16    O08   S07  C04  C03  -151.31  30.0  2
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 XUV  Var_22    C41   O35  C32  C31    10.43  30.0  2
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 XUV  Var_29    O18   C17  O19  C20     1.70  30.0  1
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 XUV  Var_34    H402  C40  O39  C01   -62.34  30.0  3
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 XUV  Var_36    H411  C41  O35  C32   -79.01  30.0  3
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 XUV  Var_38    C11   N10  C12  C13  -100.54  30.0  3
 XUV  Var_39    S07   N10  C12  C13   114.47  30.0  3
 XUV  Var_40    O19   C17  N16  C15  -171.45  30.0  2
 XUV  Var_41    O18   C17  N16  C15     9.22  30.0  2
 XUV  Var_42    O08   S07  N10  C11   178.17  30.0  3
 XUV  Var_43    O09   S07  N10  C11    49.03  30.0  3
 XUV  Var_44    C36   C11  N10  C12    77.04  30.0  2
 XUV  Var_45    O08   S07  N10  C12   -36.96  30.0  3
 XUV  Var_46    O09   S07  N10  C12  -166.10  30.0  3
 XUV  Var_47    S07   N10  C11  C36  -137.00  30.0  3
 XUV  Var_48    C46   O44  P42  C41  -172.95  30.0  1
 XUV  Var_49    C45   O43  P42  C41    94.75  30.0  3
 XUV  Var_50    O44   P42  O43  C45  -160.00  30.0  2
 XUV  Var_51    O49   P42  O43  C45   -31.66  30.0  2
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 XUV  Var_56    O44   P42  C41  O35    65.24  30.0  3
 XUV  Var_57    O49   P42  C41  O35   -61.68  30.0  3
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 XUV  Var_59    H122  C12  N10  C11   134.57  30.0  2
 XUV  Var_60    H121  C12  N10  C11    18.69  30.0  2
 XUV  Var_61    H111  C11  N10  C12   -45.73  30.0  2
 XUV  Var_62    H112  C11  N10  C12  -162.12  30.0  2
 XUV  Var_63    H503  C50  C37  C36   178.69  30.0  3
 XUV  Var_64    H502  C50  C37  C36   -62.07  30.0  3
 XUV  Var_65    H501  C50  C37  C36    59.17  30.0  3
 XUV  Var_66    H161  N16  C17  O18   174.96  30.0  2
 XUV  Var_67    H161  N16  C17  O19    -5.71  30.0  2
 XUV  Var_68    H411  C41  P42  O43    49.08  30.0  2
 XUV  Var_69    H412  C41  P42  O43   -68.24  30.0  2
 XUV  Var_70    H472  C47  C45  O43  -179.32  30.0  3
 XUV  Var_71    H473  C47  C45  O43   -60.22  30.0  3
 XUV  Var_72    H471  C47  C45  O43    61.43  30.0  3
 XUV  Var_73    H411  C41  P42  O44   -57.27  30.0  2
 XUV  Var_74    H412  C41  P42  O44  -174.60  30.0  2
 XUV  Var_75    H482  C48  C46  O44   179.73  30.0  3
 XUV  Var_76    H481  C48  C46  O44   -61.13  30.0  3
 XUV  Var_77    H483  C48  C46  O44    60.54  30.0  3
 XUV  Var_78    H411  C41  P42  O49   175.80  30.0  2
 XUV  Var_79    H412  C41  P42  O49    58.48  30.0  2
 XUV  Var_80    H462  C46  O44  P42   -67.24  30.0  3
 XUV  Var_81    H461  C46  O44  P42    51.07  30.0  3
 XUV  Var_82    H451  C45  O43  P42   -51.95  30.0  3
 XUV  Var_83    H452  C45  O43  P42    66.46  30.0  3
 XUV  Var_84    H111  C11  N10  S07   100.23  30.0  2
 XUV  Var_85    H112  C11  N10  S07   -16.16  30.0  2
 XUV  Var_86    H122  C12  N10  S07   -10.42  30.0  2
 XUV  Var_87    H121  C12  N10  S07  -126.30  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 XUV  chir_01  C13  O14  C12  C15  positiv
 XUV  chir_02  C15  N16  C28  C13  negativ
 XUV  chir_03  C20  O19  C21  C23  negativ
 XUV  chir_04  C24  O22  O27  C23  negativ
 XUV  chir_05  C23  C20  C24  C25  negativ
 XUV  chir_06  C36  C37  C11  C38  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 XUV  plan-1  C01   0.020
 XUV  plan-1  C02   0.020
 XUV  plan-1  C03   0.020
 XUV  plan-1  C04   0.020
 XUV  plan-1  C05   0.020
 XUV  plan-1  C06   0.020
 XUV  plan-1  S07   0.020
 XUV  plan-1  H021  0.020
 XUV  plan-1  H031  0.020
 XUV  plan-1  H051  0.020
 XUV  plan-1  H061  0.020
 XUV  plan-1  O39   0.020
 XUV  plan-2  C28   0.020
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 XUV  plan-2  C31   0.020
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 XUV  plan-3  C17   0.020
 XUV  plan-3  N16   0.020
 XUV  plan-3  O18   0.020
 XUV  plan-3  O19   0.020

