# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 25 02:47:31 2022
#   Inital geometry file: a 50 line input string
#   Ligand name: D-xylulose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@@H](O)[C@H](O)C(=O)CO
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 XUL  XUL  'D-xylulose               '  D-saccharide  20  10  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_XUL
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 XUL  C1   C  CH2   0  -0.247  37.1326  33.5930  56.6608
 XUL  C2   C  C     0   0.353  35.7115  33.5700  56.1630
 XUL  C3   C  CH1   0  -0.081  34.8282  32.4130  56.6122
 XUL  C4   C  CH1   0   0.006  33.7087  32.9800  57.4901
 XUL  C5   C  CH2   0  -0.190  32.7773  31.8996  58.0240
 XUL  O1   O  OH1   0  -0.657  37.7546  34.7645  56.2220
 XUL  O2   O  O     0  -0.394  35.2677  34.4278  55.4393
 XUL  O3   O  OH1   0  -0.667  35.6001  31.4566  57.2926
 XUL  O4   O  OH1   0  -0.671  34.3309  33.6655  58.5532
 XUL  O5   O  OH1   0  -0.669  32.1853  31.2391  56.9301
 XUL  H11  H  HCH2  0   0.232  37.1082  33.5066  57.7561
 XUL  H12  H  HCH2  0   0.238  37.6314  32.6834  56.2978
 XUL  H3   H  HCH1  0   0.274  34.3737  31.9938  55.7072
 XUL  H4   H  HCH1  0   0.221  33.1218  33.6644  56.8630
 XUL  H51  H  HCH2  0   0.203  33.3435  31.2139  58.6661
 XUL  H52  H  HCH2  0   0.210  32.0221  32.3813  58.6614
 XUL  HO1  H  HOH1  0   0.458  38.6705  34.7359  56.5125
 XUL  HO3  H  HOH1  0   0.464  35.2783  30.5790  57.0696
 XUL  HO4  H  HOH1  0   0.456  33.6681  34.1840  59.0199
 XUL  HO5  H  HOH1  0   0.458  31.6747  30.4964  57.2637

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 XUL  C1  C2   single  1.506  0.020  1.506
 XUL  C1  O1   single  1.397  0.020  1.397
 XUL  C1  H11  single  0.970  0.020  1.090
 XUL  C1  H12  single  0.970  0.020  1.090
 XUL  C2  C3   single  1.523  0.020  1.523
 XUL  C2  O2   double  1.207  0.020  1.207
 XUL  C3  C4   single  1.532  0.020  1.532
 XUL  C3  O3   single  1.405  0.020  1.405
 XUL  C3  H3   single  0.970  0.020  1.090
 XUL  C4  C5   single  1.523  0.020  1.523
 XUL  C4  O4   single  1.410  0.020  1.410
 XUL  C4  H4   single  0.970  0.020  1.090
 XUL  C5  O5   single  1.408  0.020  1.408
 XUL  C5  H51  single  0.970  0.020  1.090
 XUL  C5  H52  single  0.970  0.020  1.090
 XUL  O1  HO1  single  0.850  0.020  0.980
 XUL  O3  HO3  single  0.850  0.020  0.980
 XUL  O4  HO4  single  0.850  0.020  0.980
 XUL  O5  HO5  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 XUL  H12  C1  H11  105.91  3.000
 XUL  H12  C1  O1   112.84  3.000
 XUL  H11  C1  O1   112.88  3.000
 XUL  H12  C1  C2   107.85  3.000
 XUL  H11  C1  C2   107.89  3.000
 XUL  O1   C1  C2   109.21  3.000
 XUL  O2   C2  C3   120.23  3.000
 XUL  O2   C2  C1   122.30  3.000
 XUL  C3   C2  C1   117.47  3.000
 XUL  H3   C3  O3   111.56  3.000
 XUL  H3   C3  C4   108.17  3.000
 XUL  O3   C3  C4   112.09  3.000
 XUL  H3   C3  C2   106.71  3.000
 XUL  O3   C3  C2   109.95  3.000
 XUL  C4   C3  C2   108.16  3.000
 XUL  H4   C4  O4   111.31  3.000
 XUL  H4   C4  C5   108.38  3.000
 XUL  O4   C4  C5   110.52  3.000
 XUL  H4   C4  C3   107.10  3.000
 XUL  O4   C4  C3   106.84  3.000
 XUL  C5   C4  C3   112.67  3.000
 XUL  H52  C5  H51  106.81  3.000
 XUL  H52  C5  O5   111.54  3.000
 XUL  H51  C5  O5   112.25  3.000
 XUL  H52  C5  C4   108.21  3.000
 XUL  H51  C5  C4   109.45  3.000
 XUL  O5   C5  C4   108.51  3.000
 XUL  HO1  O1  C1   107.72  3.000
 XUL  HO3  O3  C3   108.98  3.000
 XUL  HO4  O4  C4   108.89  3.000
 XUL  HO5  O5  C5   108.43  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 XUL  Var_01  O1  C1  C2  C3  -176.04  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 XUL  chir_01  C3  C2  C4  O3  positiv
 XUL  chir_02  C4  O4  C3  C5  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 XUL  plan-1  C1  0.020
 XUL  plan-1  C2  0.020
 XUL  plan-1  C3  0.020
 XUL  plan-1  O2  0.020

