# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 25 11:19:02 2022
#   Inital geometry file: a 148 line input string
#   Ligand name: N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-N~2~-{[(1S)-1-phenylethoxy]carbonyl}-L-leucinamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)C[C@H](NC(=O)O[C@@H](C)c1ccccc1)C(=O)N[C@H](CO)C[C@@H]2CCNC2=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 XU4  XU4  N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-N~2~-{[(1S)-1-phenylethoxy]carbonyl}-L-leucinamide  ligand  63  30  .  2022-03-29  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_XU4
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 XU4  C10   C  C     0   0.567  -15.8947  10.3881  -26.9112
 XU4  C15   C  CH2   0  -0.439  -19.7744  16.1448  -24.6313
 XU4  C17   C  CH3   0  -0.660  -19.5512  18.3931  -25.8381
 XU4  C20   C  C     0   0.771  -19.3423  14.8228  -28.0856
 XU4  C22   C  CH1   0  -0.044  -19.8532  14.3416  -30.3554
 XU4  C24   C  CR6   0   0.115  -20.4350  15.1516  -31.4839
 XU4  C26   C  CR16  0  -0.237  -20.1981  16.1310  -33.6798
 XU4  C28   C  CR16  0  -0.238  -22.2836  16.3184  -32.5059
 XU4  C02   C  C     0   0.551  -19.2898  13.8025  -25.3124
 XU4  C04   C  CH1   0  -0.132  -18.1603  11.9435  -24.1398
 XU4  C05   C  CH2   0  -0.422  -16.9954  11.1808  -24.7686
 XU4  C06   C  CH1   0  -0.418  -17.0590  11.1416  -26.2869
 XU4  C07   C  CH2   0  -0.470  -18.2820  10.4513  -26.8903
 XU4  C08   C  CH2   0  -0.262  -17.7781   9.9396  -28.2405
 XU4  C12   C  CH2   0  -0.128  -18.0623  12.0159  -22.6192
 XU4  C14   C  CH1   0  -0.189  -19.1393  15.2715  -25.7203
 XU4  C18   C  CH3   0  -0.652  -19.9271  18.2829  -23.3655
 XU4  C23   C  CH3   0  -0.680  -20.4544  12.9468  -30.2874
 XU4  C25   C  CR16  0  -0.314  -19.6653  15.4229  -32.6094
 XU4  C27   C  CR16  0  -0.264  -21.5084  16.5831  -33.6290
 XU4  C29   C  CR16  0  -0.291  -21.7523  15.6047  -31.4419
 XU4  N03   N  NH1   0  -0.633  -18.2329  13.2932  -24.6599
 XU4  N09   N  NH1   0  -0.630  -16.3710   9.7246  -27.9790
 XU4  N19   N  NH1   0  -0.660  -19.7698  15.4886  -26.9973
 XU4  O01   O  O     0  -0.485  -20.3224  13.1912  -25.5343
 XU4  O11   O  O     0  -0.487  -14.7373  10.3956  -26.5253
 XU4  O13   O  OH1   0  -0.663  -18.0724  10.7094  -22.0974
 XU4  O21   O  O2    0  -0.489  -20.1225  15.0630  -29.1429
 XU4  O30   O  O     0  -0.511  -18.3575  14.1109  -28.1050
 XU4  H151  H  HCH2  0   0.238  -20.8649  16.1162  -24.7366
 XU4  H152  H  HCH2  0   0.255  -19.5547  15.6820  -23.6653
 XU4  H172  H  HCH3  0   0.228  -19.2452  19.4321  -25.7045
 XU4  H173  H  HCH3  0   0.233  -19.0071  18.0016  -26.6970
 XU4  H171  H  HCH3  0   0.214  -20.6154  18.3934  -26.0877
 XU4  H221  H  HCH1  0   0.257  -18.7728  14.2634  -30.4968
 XU4  H261  H  HCR6  0   0.255  -19.5852  16.3338  -34.5486
 XU4  H281  H  HCR6  0   0.255  -23.3066  16.6690  -32.4597
 XU4  H041  H  HCH1  0   0.261  -19.0991  11.4531  -24.4033
 XU4  H052  H  HCH2  0   0.243  -16.9928  10.1608  -24.3788
 XU4  H051  H  HCH2  0   0.232  -16.0529  11.6411  -24.4554
 XU4  H061  H  HCH1  0   0.281  -16.9996  12.1646  -26.6782
 XU4  H071  H  HCH2  0   0.255  -19.1411  11.1102  -26.9953
 XU4  H072  H  HCH2  0   0.242  -18.5817   9.6071  -26.2630
 XU4  H082  H  HCH2  0   0.234  -17.9267  10.6810  -29.0320
 XU4  H081  H  HCH2  0   0.248  -18.2666   9.0162  -28.5507
 XU4  H121  H  HCH2  0   0.194  -17.1441  12.5557  -22.3486
 XU4  H141  H  HCH1  0   0.269  -18.0760  15.5242  -25.7931
 XU4  H161  H  HCH1  0   0.222  -18.2030  17.5658  -24.4028
 XU4  H181  H  HCH3  0   0.228  -19.5540  19.3016  -23.2503
 XU4  H183  H  HCH3  0   0.216  -21.0120  18.3397  -23.4822
 XU4  H182  H  HCH3  0   0.225  -19.7207  17.7461  -22.4379
 XU4  H233  H  HCH3  0   0.249  -20.0086  12.3589  -29.4847
 XU4  H231  H  HCH3  0   0.236  -21.5329  12.9888  -30.1318
 XU4  H232  H  HCH3  0   0.243  -20.2694  12.4227  -31.2250
 XU4  H251  H  HCR6  0   0.253  -18.6381  15.0794  -32.6527
 XU4  H271  H  HCR6  0   0.255  -21.9253  17.1392  -34.4587
 XU4  H291  H  HCR6  0   0.253  -22.3725  15.4031  -30.5768
 XU4  H031  H  HNH1  0   0.398  -17.4087  13.8686  -24.5666
 XU4  H091  H  HNH1  0   0.392  -15.7634   9.2458  -28.6258
 XU4  H191  H  HNH1  0   0.403  -20.6587  15.9627  -27.0292
 XU4  H1    H  HCH2  0   0.206  -18.9071  12.6095  -22.2460
 XU4  H2    H  HOH1  0   0.456  -17.8736  10.7565  -21.1581
 XU4  C16   C  CH1   0  -0.232  -19.2864  17.5941  -24.5668

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 XU4  C26  C27   aromatic  1.387  0.020  1.387
 XU4  C26  C25   aromatic  1.390  0.020  1.390
 XU4  C27  C28   aromatic  1.390  0.020  1.390
 XU4  C25  C24   aromatic  1.390  0.020  1.390
 XU4  C28  C29   aromatic  1.387  0.020  1.387
 XU4  C24  C29   aromatic  1.394  0.020  1.394
 XU4  C24  C22   single    1.506  0.020  1.506
 XU4  C22  C23   single    1.520  0.020  1.520
 XU4  C22  O21   single    1.436  0.020  1.436
 XU4  O21  C20   single    1.336  0.020  1.336
 XU4  N09  C08   single    1.447  0.020  1.447
 XU4  N09  C10   single    1.344  0.020  1.344
 XU4  O30  C20   double    1.215  0.020  1.215
 XU4  C20  N19   single    1.346  0.020  1.346
 XU4  C08  C07   single    1.529  0.020  1.529
 XU4  O11  C10   double    1.220  0.020  1.220
 XU4  C10  C06   single    1.521  0.020  1.521
 XU4  N19  C14   single    1.441  0.020  1.441
 XU4  C07  C06   single    1.528  0.020  1.528
 XU4  C06  C05   single    1.520  0.020  1.520
 XU4  C14  C02   single    1.532  0.020  1.532
 XU4  C14  C15   single    1.534  0.020  1.534
 XU4  O01  C02   double    1.220  0.020  1.220
 XU4  C02  N03   single    1.342  0.020  1.342
 XU4  C05  C04   single    1.528  0.020  1.528
 XU4  C15  C16   single    1.531  0.020  1.531
 XU4  N03  C04   single    1.448  0.020  1.448
 XU4  C17  C16   single    1.525  0.020  1.525
 XU4  C04  C12   single    1.525  0.020  1.525
 XU4  C16  C18   single    1.526  0.020  1.526
 XU4  C12  O13   single    1.407  0.020  1.407
 XU4  C15  H151  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C15  H152  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C17  H172  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C17  H173  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C17  H171  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C22  H221  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C26  H261  single    0.930  0.020  1.080
 XU4  C28  H281  single    0.930  0.020  1.080
 XU4  C04  H041  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C05  H052  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C05  H051  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C06  H061  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C07  H071  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C07  H072  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C08  H082  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C08  H081  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C12  H121  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C14  H141  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C16  H161  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C18  H181  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C18  H183  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C18  H182  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C23  H233  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C23  H231  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C23  H232  single    0.970  0.020  1.090
 XU4  C25  H251  single    0.930  0.020  1.080
 XU4  C27  H271  single    0.930  0.020  1.080
 XU4  C29  H291  single    0.930  0.020  1.080
 XU4  N03  H031  single    0.860  0.020  1.020
 XU4  N09  H091  single    0.860  0.020  1.020
 XU4  N19  H191  single    0.860  0.020  1.020
 XU4  C12  H1    single    0.970  0.020  1.090
 XU4  O13  H2    single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 XU4  O11   C10  N09   126.18  3.000
 XU4  O11   C10  C06   126.39  3.000
 XU4  N09   C10  C06   107.42  3.000
 XU4  H152  C15  H151  105.89  3.000
 XU4  H152  C15  C16   107.43  3.000
 XU4  H151  C15  C16   110.24  3.000
 XU4  H152  C15  C14   107.64  3.000
 XU4  H151  C15  C14   109.21  3.000
 XU4  C16   C15  C14   115.91  3.000
 XU4  H171  C17  H173  107.84  3.000
 XU4  H171  C17  H172  107.51  3.000
 XU4  H173  C17  H172  107.37  3.000
 XU4  H171  C17  C16   111.08  3.000
 XU4  H173  C17  C16   112.47  3.000
 XU4  H172  C17  C16   110.37  3.000
 XU4  O30   C20  O21   124.47  3.000
 XU4  O30   C20  N19   124.07  3.000
 XU4  O21   C20  N19   111.45  3.000
 XU4  H221  C22  O21   109.31  3.000
 XU4  H221  C22  C23   109.34  3.000
 XU4  O21   C22  C23   110.42  3.000
 XU4  H221  C22  C24   108.88  3.000
 XU4  O21   C22  C24   106.86  3.000
 XU4  C23   C22  C24   111.97  3.000
 XU4  C29   C24  C25   118.96  3.000
 XU4  C29   C24  C22   121.16  3.000
 XU4  C25   C24  C22   119.85  3.000
 XU4  H261  C26  C27   120.22  3.000
 XU4  H261  C26  C25   119.77  3.000
 XU4  C27   C26  C25   120.01  3.000
 XU4  H281  C28  C29   119.73  3.000
 XU4  H281  C28  C27   119.99  3.000
 XU4  C29   C28  C27   120.28  3.000
 XU4  O01   C02  N03   124.37  3.000
 XU4  N03   C02  C14   114.57  3.000
 XU4  O01   C02  C14   121.00  3.000
 XU4  H041  C04  N03   106.79  3.000
 XU4  H041  C04  C12   108.49  3.000
 XU4  N03   C04  C12   108.48  3.000
 XU4  H041  C04  C05   109.40  3.000
 XU4  C12   C04  C05   112.64  3.000
 XU4  N03   C04  C05   110.83  3.000
 XU4  H051  C05  H052  106.77  3.000
 XU4  H051  C05  C06   109.43  3.000
 XU4  H052  C05  C06   109.43  3.000
 XU4  H051  C05  C04   109.20  3.000
 XU4  H052  C05  C04   108.74  3.000
 XU4  C06   C05  C04   113.08  3.000
 XU4  H061  C06  C07   108.88  3.000
 XU4  H061  C06  C05   109.27  3.000
 XU4  C07   C06  C05   116.07  3.000
 XU4  H061  C06  C10   105.91  3.000
 XU4  C05   C06  C10   113.00  3.000
 XU4  C07   C06  C10   103.10  3.000
 XU4  H072  C07  H071  107.85  3.000
 XU4  H072  C07  C08   109.78  3.000
 XU4  H071  C07  C08   112.19  3.000
 XU4  H072  C07  C06   109.96  3.000
 XU4  H071  C07  C06   113.36  3.000
 XU4  C08   C07  C06   103.66  3.000
 XU4  H081  C08  H082  107.89  3.000
 XU4  H081  C08  N09   111.19  3.000
 XU4  H082  C08  N09   111.30  3.000
 XU4  H081  C08  C07   112.78  3.000
 XU4  H082  C08  C07   111.53  3.000
 XU4  N09   C08  C07   102.16  3.000
 XU4  H1    C12  H121  107.08  3.000
 XU4  H1    C12  O13   111.75  3.000
 XU4  H121  C12  O13   111.77  3.000
 XU4  H1    C12  C04   108.36  3.000
 XU4  H121  C12  C04   108.81  3.000
 XU4  O13   C12  C04   108.98  3.000
 XU4  H141  C14  N19   109.34  3.000
 XU4  H141  C14  C02   109.53  3.000
 XU4  N19   C14  C02   109.73  3.000
 XU4  H141  C14  C15   108.53  3.000
 XU4  C02   C14  C15   108.44  3.000
 XU4  N19   C14  C15   111.25  3.000
 XU4  H182  C18  H183  107.71  3.000
 XU4  H182  C18  H181  107.75  3.000
 XU4  H183  C18  H181  107.59  3.000
 XU4  H182  C18  C16   111.58  3.000
 XU4  H183  C18  C16   110.87  3.000
 XU4  H181  C18  C16   111.16  3.000
 XU4  H232  C23  H231  108.01  3.000
 XU4  H232  C23  H233  107.74  3.000
 XU4  H231  C23  H233  108.67  3.000
 XU4  H232  C23  C22   109.61  3.000
 XU4  H231  C23  C22   111.23  3.000
 XU4  H233  C23  C22   111.46  3.000
 XU4  H251  C25  C26   119.61  3.000
 XU4  H251  C25  C24   119.68  3.000
 XU4  C26   C25  C24   120.71  3.000
 XU4  H271  C27  C28   120.16  3.000
 XU4  H271  C27  C26   120.22  3.000
 XU4  C28   C27  C26   119.63  3.000
 XU4  H291  C29  C28   119.28  3.000
 XU4  H291  C29  C24   120.31  3.000
 XU4  C28   C29  C24   120.41  3.000
 XU4  H031  N03  C04   117.20  3.000
 XU4  H031  N03  C02   118.13  3.000
 XU4  C04   N03  C02   124.59  3.000
 XU4  H091  N09  C08   122.72  3.000
 XU4  H091  N09  C10   122.03  3.000
 XU4  C08   N09  C10   114.50  3.000
 XU4  H191  N19  C14   119.00  3.000
 XU4  H191  N19  C20   119.17  3.000
 XU4  C14   N19  C20   120.22  3.000
 XU4  H2    O13  C12   108.38  3.000
 XU4  C22   O21  C20   117.92  3.000
 XU4  H161  C16  C18   107.99  3.000
 XU4  H161  C16  C17   108.06  3.000
 XU4  C18   C16  C17   110.30  3.000
 XU4  H161  C16  C15   107.28  3.000
 XU4  C18   C16  C15   109.07  3.000
 XU4  C17   C16  C15   113.94  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 XU4  CONST_01  C27   C26  C25  C24    0.00   0.0  0
 XU4  CONST_02  C27   C28  C29  C24    0.00   0.0  0
 XU4  CONST_03  C29   C28  C27  C26    0.00   0.0  0
 XU4  CONST_04  C29   C24  C25  C26    0.00   0.0  0
 XU4  CONST_05  C25   C26  C27  C28    0.00   0.0  0
 XU4  CONST_06  C25   C24  C29  C28    0.00   0.0  0
 XU4  CONST_07  C08   N09  C10  C06    0.00   0.0  0
 XU4  CONST_08  C26   C25  C24  C22  180.00   0.0  0
 XU4  CONST_09  C28   C29  C24  C22  180.00   0.0  0
 XU4  CONST_10  O11   C10  N09  C08  180.00   0.0  0
 XU4  CONST_11  H261  C26  C25  C24  180.00   0.0  0
 XU4  CONST_12  H281  C28  C29  C24  180.00   0.0  0
 XU4  CONST_13  H271  C27  C26  C25  180.00   0.0  0
 XU4  CONST_14  H291  C29  C24  C25  180.00   0.0  0
 XU4  CONST_15  H251  C25  C26  C27  180.00   0.0  0
 XU4  CONST_16  H091  N09  C10  C06  180.00   0.0  0
 XU4  CONST_17  C14   C02  N03  C04  180.00   0.0  0
 XU4  CONST_18  O01   C02  N03  C04    0.00   0.0  0
 XU4  CONST_19  H031  N03  C02  C14    0.00   0.0  0
 XU4  Var_01    C07   C08  N09  C10  -19.80  30.0  1
 XU4  Var_02    N09   C08  C07  C06   28.87  30.0  1
 XU4  Var_03    C14   C15  C16  C17   60.96  30.0  2
 XU4  Var_04    O30   C20  O21  C22    5.80  30.0  3
 XU4  Var_05    O21   C20  N19  C14  174.32  30.0  2
 XU4  Var_06    H172  C17  C16  C15  176.04  30.0  3
 XU4  Var_07    H181  C18  C16  C15  176.44  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 XU4  chir_01  C22  C24  C23  O21  positiv
 XU4  chir_02  C04  C05  N03  C12  positiv
 XU4  chir_03  C06  C05  C07  C10  positiv
 XU4  chir_04  C14  N19  C02  C15  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 XU4  plan-1  C22   0.020
 XU4  plan-1  C24   0.020
 XU4  plan-1  C26   0.020
 XU4  plan-1  C28   0.020
 XU4  plan-1  C25   0.020
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 XU4  plan-1  C29   0.020
 XU4  plan-1  H261  0.020
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 XU4  plan-1  H271  0.020
 XU4  plan-1  H291  0.020
 XU4  plan-2  C02   0.020
 XU4  plan-2  C04   0.020
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 XU4  plan-2  O01   0.020
 XU4  plan-2  H031  0.020
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 XU4  plan-3  C06   0.020
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 XU4  plan-3  N09   0.020
 XU4  plan-3  O11   0.020
 XU4  plan-3  H091  0.020
 XU4  plan-4  C20   0.020
 XU4  plan-4  N19   0.020
 XU4  plan-4  O21   0.020
 XU4  plan-4  O30   0.020

