# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 25 03:11:12 2022
#   Inital geometry file: a 92 line input string
#   Ligand name: [6-(3-methoxyphenyl)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1cccc(c1)c2ccc3c(CC(O)=O)coc3c2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 XQ1  XQ1  '[6-(3-methoxyphenyl)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid'  ligand  34  21  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_XQ1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 XQ1  C4   C  CR16   0  -0.338  19.5179  -12.8451   6.6378
 XQ1  C3   C  CR16   0  -0.224  19.2477  -13.7823   7.6274
 XQ1  C7   C  CR16   0  -0.309  18.5749  -11.9584   3.2017
 XQ1  C5   C  CR6    0   0.112  19.2298  -13.1388   5.3081
 XQ1  C8   C  CR16   0  -0.342  18.7907  -11.0433   2.1884
 XQ1  C1   C  CR6    0   0.403  18.4075  -15.3151   5.9798
 XQ1  C2   C  CR16   0  -0.351  18.6972  -15.0105   7.3119
 XQ1  C6   C  CR6    0   0.060  19.5055  -12.1551   4.2403
 XQ1  C    C  CH3    0  -0.437  17.5876  -16.9053   4.4192
 XQ1  O    O  O2     0  -0.469  17.8835  -16.5340   5.7496
 XQ1  C10  C  CR5    0   0.033  20.5580   -9.3018   1.3498
 XQ1  C11  C  CH2    0  -0.636  19.9473   -8.7290   0.1192
 XQ1  C12  C  C      0   0.396  18.6480   -7.9480   0.4599
 XQ1  C13  C  CR15   0  -0.059  21.7394   -9.0020   1.9283
 XQ1  C14  C  CR56   0   0.393  20.8875  -10.5146   3.2353
 XQ1  C15  C  CR16   0  -0.404  20.6873  -11.4173   4.2627
 XQ1  C16  C  CR16   0  -0.451  18.6739  -14.3803   4.9847
 XQ1  C9   C  CR56   0   0.019  19.9749  -10.3076   2.2007
 XQ1  O1   O  O      0  -0.602  17.5748   -8.4307   0.0507
 XQ1  O2   O  OC    -1  -0.597  18.8063   -6.9106   1.1287
 XQ1  O3   O  O      0  -0.443  21.9660   -9.7218   3.0669
 XQ1  H1   H  HCR6   0   0.249  19.9271  -11.8801   6.9075
 XQ1  H2   H  HCR6   0   0.256  19.4634  -13.5469   8.6616
 XQ1  H3   H  HCR6   0   0.250  17.6514  -12.5236   3.2114
 XQ1  H4   H  HCR6   0   0.247  18.0531  -10.8903   1.4115
 XQ1  H5   H  HCR6   0   0.260  18.4874  -15.7384   8.0855
 XQ1  H6   H  HCH3   0   0.259  17.1858  -17.9147   4.4621
 XQ1  H7   H  HCH3   0   0.227  16.8397  -16.2486   3.9667
 XQ1  H8   H  HCH3   0   0.227  18.4799  -16.9089   3.7877
 XQ1  H9   H  HCH2   0   0.220  19.7383   -9.5325  -0.5911
 XQ1  H10  H  HCH2   0   0.234  20.6636   -8.0522  -0.3539
 XQ1  H11  H  HCR5   0   0.278  22.5168   -8.3072   1.6482
 XQ1  H12  H  HCR6   0   0.265  21.4280  -11.5628   5.0389
 XQ1  H13  H  HCR6   0   0.276  18.4789  -14.6077   3.9450

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 XQ1  O1   C12  deloc     1.246  0.020  1.246
 XQ1  C11  C12  single    1.554  0.020  1.554
 XQ1  C11  C10  single    1.488  0.020  1.488
 XQ1  C12  O2   deloc     1.244  0.020  1.244
 XQ1  C10  C13  aromatic  1.349  0.020  1.349
 XQ1  C10  C9   aromatic  1.441  0.020  1.441
 XQ1  C13  O3   aromatic  1.366  0.020  1.366
 XQ1  C8   C9   aromatic  1.394  0.020  1.394
 XQ1  C8   C7   aromatic  1.382  0.020  1.382
 XQ1  C9   C14  aromatic  1.395  0.020  1.395
 XQ1  O3   C14  aromatic  1.349  0.020  1.349
 XQ1  C7   C6   aromatic  1.408  0.020  1.408
 XQ1  C14  C15  aromatic  1.382  0.020  1.382
 XQ1  C6   C15  aromatic  1.393  0.020  1.393
 XQ1  C6   C5   single    1.478  0.020  1.478
 XQ1  C    O    single    1.413  0.020  1.413
 XQ1  C16  C5   aromatic  1.398  0.020  1.398
 XQ1  C16  C1   aromatic  1.391  0.020  1.391
 XQ1  C5   C4   aromatic  1.392  0.020  1.392
 XQ1  O    C1   single    1.347  0.020  1.347
 XQ1  C1   C2   aromatic  1.397  0.020  1.397
 XQ1  C4   C3   aromatic  1.389  0.020  1.389
 XQ1  C2   C3   aromatic  1.382  0.020  1.382
 XQ1  C4   H1   single    0.930  0.020  1.080
 XQ1  C3   H2   single    0.930  0.020  1.080
 XQ1  C7   H3   single    0.930  0.020  1.080
 XQ1  C8   H4   single    0.930  0.020  1.080
 XQ1  C2   H5   single    0.930  0.020  1.080
 XQ1  C    H6   single    0.970  0.020  1.090
 XQ1  C    H7   single    0.970  0.020  1.090
 XQ1  C    H8   single    0.970  0.020  1.090
 XQ1  C11  H9   single    0.970  0.020  1.090
 XQ1  C11  H10  single    0.970  0.020  1.090
 XQ1  C13  H11  single    0.930  0.020  1.080
 XQ1  C15  H12  single    0.930  0.020  1.080
 XQ1  C16  H13  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 XQ1  H1   C4   C5   120.29  3.000
 XQ1  H1   C4   C3   119.83  3.000
 XQ1  C5   C4   C3   119.86  3.000
 XQ1  H2   C3   C2   119.38  3.000
 XQ1  H2   C3   C4   119.68  3.000
 XQ1  C2   C3   C4   120.94  3.000
 XQ1  H3   C7   C6   118.95  3.000
 XQ1  H3   C7   C8   119.03  3.000
 XQ1  C6   C7   C8   122.00  3.000
 XQ1  C16  C5   C6   119.87  3.000
 XQ1  C16  C5   C4   119.38  3.000
 XQ1  C6   C5   C4   120.75  3.000
 XQ1  H4   C8   C9   120.71  3.000
 XQ1  H4   C8   C7   120.90  3.000
 XQ1  C9   C8   C7   118.39  3.000
 XQ1  C16  C1   O    124.09  3.000
 XQ1  O    C1   C2   116.18  3.000
 XQ1  C16  C1   C2   119.73  3.000
 XQ1  H5   C2   C1   119.64  3.000
 XQ1  H5   C2   C3   120.76  3.000
 XQ1  C1   C2   C3   119.60  3.000
 XQ1  C15  C6   C5   119.94  3.000
 XQ1  C5   C6   C7   120.17  3.000
 XQ1  C15  C6   C7   119.89  3.000
 XQ1  H8   C    H7   108.74  3.000
 XQ1  H8   C    H6   108.75  3.000
 XQ1  H7   C    H6   108.73  3.000
 XQ1  H8   C    O    111.96  3.000
 XQ1  H7   C    O    112.04  3.000
 XQ1  H6   C    O    106.52  3.000
 XQ1  C    O    C1   118.72  3.000
 XQ1  C9   C10  C13  104.85  3.000
 XQ1  C9   C10  C11  126.22  3.000
 XQ1  C13  C10  C11  128.93  3.000
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 XQ1  H10  C11  C12  109.37  3.000
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 XQ1  H10  C11  C10  109.10  3.000
 XQ1  H9   C11  C10  109.45  3.000
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 XQ1  O2   C12  O1   127.52  3.000
 XQ1  O2   C12  C11  115.50  3.000
 XQ1  O1   C12  C11  116.97  3.000
 XQ1  H11  C13  O3   115.85  3.000
 XQ1  H11  C13  C10  131.47  3.000
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 XQ1  H12  C15  C14  121.44  3.000
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 XQ1  C14  C15  C6   117.18  3.000
 XQ1  H13  C16  C1   120.77  3.000
 XQ1  H13  C16  C5   118.72  3.000
 XQ1  C1   C16  C5   120.49  3.000
 XQ1  C14  C9   C10  106.07  3.000
 XQ1  C14  C9   C8   118.94  3.000
 XQ1  C10  C9   C8   134.99  3.000
 XQ1  C14  O3   C13  106.32  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 XQ1  CONST_03  C1   C16  C5   C4      0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_04  C1   C2   C3   C4      0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_05  C6   C5   C4   C3    180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_06  C16  C5   C4   C3      0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_07  C16  C1   C2   C3      0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_08  C10  C9   C8   C7    180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_09  C14  C9   C8   C7      0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_10  C14  C15  C6   C7      0.00   0.0  0
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 XQ1  CONST_14  C2   C1   C16  C5      0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_15  C2   C3   C4   C5      0.00   0.0  0
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 XQ1  CONST_25  O3   C14  C9   C10     0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_26  C15  C14  C9   C10   180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_27  C14  C9   C10  C13     0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_28  C9   C14  O3   C13     0.00   0.0  0
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 XQ1  CONST_31  O3   C13  C10  C9      0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_32  O    C1   C2   C3    180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_33  O    C1   C16  C5    180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_34  C11  C10  C9   C8      0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_35  O3   C13  C10  C11   180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_36  C14  C9   C10  C11   180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_37  H13  C16  C5   C4    180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_38  H5   C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_39  H12  C15  C6   C7    180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_40  H3   C7   C6   C5      0.00   0.0  0
 XQ1  CONST_41  H2   C3   C4   C5    180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_42  H1   C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_43  H4   C8   C7   C6    180.00   0.0  0
 XQ1  CONST_44  H11  C13  O3   C14   180.00   0.0  0
 XQ1  Var_01    C16  C1   O    C       0.40  30.0  2
 XQ1  Var_02    C13  C10  C11  C12  -114.65  30.0  2
 XQ1  Var_03    O1   C12  C11  C10  -112.20  30.0  3
 XQ1  Var_04    H6   C    O    C1    179.65  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 XQ1  plan-1  C4   0.020
 XQ1  plan-1  C3   0.020
 XQ1  plan-1  C5   0.020
 XQ1  plan-1  C1   0.020
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 XQ1  plan-2  C8   0.020
 XQ1  plan-2  C6   0.020
 XQ1  plan-2  C10  0.020
 XQ1  plan-2  C11  0.020
 XQ1  plan-2  C13  0.020
 XQ1  plan-2  C14  0.020
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 XQ1  plan-2  C9   0.020
 XQ1  plan-2  O3   0.020
 XQ1  plan-2  H3   0.020
 XQ1  plan-2  H4   0.020
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 XQ1  plan-3  C11  0.020
 XQ1  plan-3  C12  0.020
 XQ1  plan-3  O1   0.020
 XQ1  plan-3  O2   0.020

