# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  9 17:36:46 2020
#   Inital geometry file: a 86 line input string
#   Ligand name: 3-[(E)-2-(4-hydroxyphenyl)ethenyl]benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1cccc(/C=C/c2ccc(O)cc2)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 XOS  XOS  '3-[(E)-2-(4-hydroxyphenyl)ethenyl]benzoic acid'  ligand  29  18  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_XOS
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 XOS  C01  C  C1     0  -0.324  -3.9512  -1.3448   0.0030
 XOS  C02  C  C      0  -0.098  -3.6628   0.0148   0.0638
 XOS  C03  C  C1     0  -0.382  -2.3307   0.4146   0.0498
 XOS  C04  C  C      0   0.198  -1.2800  -0.5039  -0.0192
 XOS  C05  C  C1     0  -0.333  -1.5992  -1.8657  -0.0785
 XOS  C06  C  C1     0  -0.209  -2.9210  -2.2763  -0.0682
 XOS  C07  C  C1     0  -0.297   0.0926  -0.0003  -0.0285
 XOS  C08  C  C1     0  -0.289   1.2141  -0.7331  -0.0381
 XOS  C09  C  CR6    0   0.164   2.5870  -0.2381  -0.0572
 XOS  C10  C  CR16   0  -0.282   3.6374  -1.1568  -0.0422
 XOS  C11  C  CR16   0  -0.345   4.9622  -0.7549  -0.0732
 XOS  C12  C  CR6    0   0.347   5.2742   0.5976  -0.1252
 XOS  C13  C  CR16   0  -0.291   4.2439   1.5365  -0.1283
 XOS  C14  C  CR16   0  -0.307   2.9280   1.1198  -0.0964
 XOS  C15  C  C      0   0.368  -4.7878   1.0539   0.1434
 XOS  O01  O  OH1    0  -0.614   6.5407   1.0567  -0.1798
 XOS  O02  O  O      0  -0.550  -4.4285   2.2420   0.2081
 XOS  O03  O  OC    -1  -0.550  -5.9444   0.6016   0.1406
 XOS  H1   H  H      0   0.261  -4.9857  -1.6642   0.0103
 XOS  H2   H  H      0   0.252  -2.1180   1.4771   0.0949
 XOS  H3   H  H      0   0.220  -0.8192  -2.6139  -0.1367
 XOS  H4   H  H      0   0.228  -3.1479  -3.3342  -0.1170
 XOS  H5   H  H      0   0.221   0.1708   1.0831  -0.0230
 XOS  H6   H  H      0   0.215   1.1323  -1.8160  -0.0314
 XOS  H7   H  HCR6   0   0.231   3.4206  -2.2173  -0.0074
 XOS  H8   H  HCR6   0   0.239   5.7452  -1.5036  -0.0643
 XOS  H9   H  HCR6   0   0.251   4.4791   2.5925  -0.1615
 XOS  H10  H  HCR6   0   0.232   2.1552   1.8770  -0.1059
 XOS  H11  H  HOH1   0   0.445   7.1623   0.3329  -0.0649

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 XOS  O01  C12  single    1.348  0.020  1.348
 XOS  C13  C12  aromatic  1.394  0.020  1.394
 XOS  C13  C14  aromatic  1.381  0.020  1.381
 XOS  C12  C11  aromatic  1.389  0.020  1.389
 XOS  C11  C10  aromatic  1.385  0.020  1.385
 XOS  C14  C09  aromatic  1.401  0.020  1.401
 XOS  C10  C09  aromatic  1.396  0.020  1.396
 XOS  C09  C08  single    1.459  0.020  1.459
 XOS  C08  C07  double    1.340  0.020  1.340
 XOS  C07  C04  single    1.462  0.020  1.462
 XOS  C04  C05  aromatic  1.400  0.020  1.400
 XOS  C04  C03  aromatic  1.397  0.020  1.397
 XOS  C05  C06  aromatic  1.384  0.020  1.384
 XOS  C03  C02  aromatic  1.391  0.020  1.391
 XOS  C06  C01  aromatic  1.391  0.020  1.391
 XOS  C02  C01  aromatic  1.391  0.020  1.391
 XOS  C02  C15  single    1.534  0.020  1.534
 XOS  O02  C15  deloc     1.243  0.020  1.243
 XOS  C15  O03  deloc     1.242  0.020  1.242
 XOS  C01  H1   single    0.930  0.020  1.080
 XOS  C03  H2   single    0.930  0.020  1.080
 XOS  C05  H3   single    0.930  0.020  1.080
 XOS  C06  H4   single    0.930  0.020  1.080
 XOS  C07  H5   single    0.930  0.020  1.080
 XOS  C08  H6   single    0.930  0.020  1.080
 XOS  C10  H7   single    0.930  0.020  1.080
 XOS  C11  H8   single    0.930  0.020  1.080
 XOS  C13  H9   single    0.930  0.020  1.080
 XOS  C14  H10  single    0.930  0.020  1.080
 XOS  O01  H11  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 XOS  H1   C01  C06  120.70  3.000
 XOS  H1   C01  C02  119.09  3.000
 XOS  C06  C01  C02  120.22  3.000
 XOS  C15  C02  C03  120.55  3.000
 XOS  C15  C02  C01  120.83  3.000
 XOS  C03  C02  C01  118.62  3.000
 XOS  H2   C03  C04  119.91  3.000
 XOS  H2   C03  C02  117.97  3.000
 XOS  C04  C03  C02  122.12  3.000
 XOS  C07  C04  C05  123.29  3.000
 XOS  C05  C04  C03  118.04  3.000
 XOS  C07  C04  C03  118.67  3.000
 XOS  H3   C05  C06  118.91  3.000
 XOS  H3   C05  C04  120.69  3.000
 XOS  C06  C05  C04  120.40  3.000
 XOS  H4   C06  C05  119.31  3.000
 XOS  H4   C06  C01  120.09  3.000
 XOS  C05  C06  C01  120.60  3.000
 XOS  H5   C07  C08  119.03  3.000
 XOS  H5   C07  C04  114.28  3.000
 XOS  C08  C07  C04  126.69  3.000
 XOS  H6   C08  C09  114.15  3.000
 XOS  H6   C08  C07  118.83  3.000
 XOS  C09  C08  C07  127.01  3.000
 XOS  C14  C09  C10  117.08  3.000
 XOS  C10  C09  C08  118.99  3.000
 XOS  C14  C09  C08  123.93  3.000
 XOS  H7   C10  C11  118.45  3.000
 XOS  H7   C10  C09  119.62  3.000
 XOS  C11  C10  C09  121.92  3.000
 XOS  H8   C11  C12  120.72  3.000
 XOS  H8   C11  C10  119.39  3.000
 XOS  C12  C11  C10  119.89  3.000
 XOS  O01  C12  C13  117.70  3.000
 XOS  C13  C12  C11  119.34  3.000
 XOS  O01  C12  C11  122.96  3.000
 XOS  H9   C13  C14  120.15  3.000
 XOS  H9   C13  C12  119.77  3.000
 XOS  C14  C13  C12  120.07  3.000
 XOS  H10  C14  C13  117.99  3.000
 XOS  H10  C14  C09  120.33  3.000
 XOS  C13  C14  C09  121.69  3.000
 XOS  O03  C15  O02  128.13  3.000
 XOS  O03  C15  C02  115.87  3.000
 XOS  O02  C15  C02  116.00  3.000
 XOS  H11  O01  C12  110.26  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 XOS  CONST_01  C04  C05  C06  C01    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_02  C04  C03  C02  C01    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_03  C05  C04  C03  C02    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_04  C05  C06  C01  C02    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_05  C06  C05  C04  C03    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_06  C06  C01  C02  C03    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_07  C12  C13  C14  C09    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_08  C12  C11  C10  C09    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_09  C13  C12  C11  C10    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_10  C13  C14  C09  C10    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_11  C14  C13  C12  C11    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_12  C14  C09  C10  C11    0.00   0.0  0
 XOS  CONST_13  C07  C04  C03  C02  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_14  C15  C02  C03  C04  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_15  C07  C04  C05  C06  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_16  C15  C02  C01  C06  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_17  C13  C14  C09  C08  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_18  C11  C10  C09  C08  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_19  O01  C12  C11  C10  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_20  O01  C12  C13  C14  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_21  H3   C05  C06  C01  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_22  H2   C03  C02  C01  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_23  H4   C06  C01  C02  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_24  H1   C01  C02  C03  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_25  H9   C13  C14  C09  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_26  H8   C11  C10  C09  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_27  H10  C14  C09  C10  180.00   0.0  0
 XOS  CONST_28  H7   C10  C11  C12  180.00   0.0  0
 XOS  Var_01    C09  C08  C07  C04  179.52   0.0  2
 XOS  Var_02    O02  C15  C02  C01  179.27  30.0  2
 XOS  Var_03    C08  C07  C04  C03  177.21  30.0  2
 XOS  Var_04    C14  C09  C08  C07   -1.38  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 XOS  plan-1  C01  0.020
 XOS  plan-1  C02  0.020
 XOS  plan-1  C03  0.020
 XOS  plan-1  C04  0.020
 XOS  plan-1  C05  0.020
 XOS  plan-1  C06  0.020
 XOS  plan-1  C07  0.020
 XOS  plan-1  C15  0.020
 XOS  plan-1  H1   0.020
 XOS  plan-1  H2   0.020
 XOS  plan-1  H3   0.020
 XOS  plan-1  H4   0.020
 XOS  plan-2  C08  0.020
 XOS  plan-2  C09  0.020
 XOS  plan-2  C10  0.020
 XOS  plan-2  C11  0.020
 XOS  plan-2  C12  0.020
 XOS  plan-2  C13  0.020
 XOS  plan-2  C14  0.020
 XOS  plan-2  O01  0.020
 XOS  plan-2  H7   0.020
 XOS  plan-2  H8   0.020
 XOS  plan-2  H9   0.020
 XOS  plan-2  H10  0.020
 XOS  plan-3  C02  0.020
 XOS  plan-3  C15  0.020
 XOS  plan-3  O02  0.020
 XOS  plan-3  O03  0.020
 XOS  plan-4  C04  0.020
 XOS  plan-4  C07  0.020
 XOS  plan-4  C08  0.020
 XOS  plan-4  C09  0.020
 XOS  plan-4  H5   0.020
 XOS  plan-4  H6   0.020

