# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 24 23:10:24 2022
#   Inital geometry file: a 73 line input string
#   Ligand name: (2E,6E)-2,6-dimethylocta-2,6-dienedial
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C\C(CC\C=C(/C)C=O)=C/C=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 XOG  XOG  (2E,6E)-2,6-dimethylocta-2,6-dienedial  ligand  26  12  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_XOG
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 XOG  O2   O  O     0  -0.418   5.2421  -1.0626   0.0773
 XOG  C8   C  C1    0   0.139   4.3467  -0.2437   0.0080
 XOG  C7   C  C1    0  -0.394   2.9705  -0.5892  -0.3091
 XOG  C6   C  C     0   0.149   1.9558   0.2881  -0.4117
 XOG  C10  C  CH3   0  -0.729   2.0624   1.7691  -0.2386
 XOG  C5   C  CH2   0  -0.499   0.5745  -0.2153  -0.7187
 XOG  C4   C  CH2   0  -0.506  -0.2919  -0.3109   0.5533
 XOG  C3   C  C1    0  -0.218  -1.6585  -0.7984   0.2172
 XOG  C2   C  C     0  -0.008  -2.7850  -0.0736   0.1468
 XOG  C9   C  CH3   0  -0.725  -2.9212   1.3919   0.4083
 XOG  C1   C  C1    0   0.129  -3.9963  -0.8088  -0.2333
 XOG  O1   O  O     0  -0.400  -5.0932  -0.3072  -0.3453
 XOG  H2   H  H     0   0.192   4.5610   0.8210   0.1910
 XOG  H4   H  H     0   0.256   2.7722  -1.6437  -0.4747
 XOG  H5   H  HCH3  0   0.263   1.7873   2.2616  -1.1738
 XOG  H6   H  HCH3  0   0.257   1.3504   2.1174   0.5119
 XOG  H7   H  HCH3  0   0.256   3.0473   2.1227   0.0515
 XOG  H8   H  HCH2  0   0.261   0.0885   0.4611  -1.4268
 XOG  H9   H  HCH2  0   0.266   0.6261  -1.1984  -1.1907
 XOG  H10  H  HCH2  0   0.269   0.1783  -1.0153   1.2434
 XOG  H11  H  HCH2  0   0.257  -0.3302   0.6541   1.0592
 XOG  H12  H  H     0   0.268  -1.7272  -1.8573  -0.0226
 XOG  H13  H  HCH3  0   0.251  -3.2762   1.9127  -0.4825
 XOG  H14  H  HCH3  0   0.249  -3.6488   1.5828   1.1983
 XOG  H15  H  HCH3  0   0.244  -1.9806   1.8502   0.7039
 XOG  H16  H  H     0   0.190  -3.8469  -1.8883  -0.4177

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 XOG  O1   C1   double  1.211  0.020  1.211
 XOG  C1   C2   single  1.467  0.020  1.467
 XOG  C2   C9   single  1.495  0.020  1.495
 XOG  C2   C3   double  1.341  0.020  1.341
 XOG  C3   C4   single  1.489  0.020  1.489
 XOG  C4   C5   single  1.542  0.020  1.542
 XOG  C5   C6   single  1.502  0.020  1.502
 XOG  C6   C7   double  1.345  0.020  1.345
 XOG  C6   C10  single  1.495  0.020  1.495
 XOG  C7   C8   single  1.454  0.020  1.454
 XOG  C8   O2   double  1.215  0.020  1.215
 XOG  C8   H2   single  0.930  0.020  1.080
 XOG  C7   H4   single  0.930  0.020  1.080
 XOG  C10  H5   single  0.970  0.020  1.090
 XOG  C10  H6   single  0.970  0.020  1.090
 XOG  C10  H7   single  0.970  0.020  1.090
 XOG  C5   H8   single  0.970  0.020  1.090
 XOG  C5   H9   single  0.970  0.020  1.090
 XOG  C4   H10  single  0.970  0.020  1.090
 XOG  C4   H11  single  0.970  0.020  1.090
 XOG  C3   H12  single  0.930  0.020  1.080
 XOG  C9   H13  single  0.970  0.020  1.090
 XOG  C9   H14  single  0.970  0.020  1.090
 XOG  C9   H15  single  0.970  0.020  1.090
 XOG  C1   H16  single  0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 XOG  H2   C8   C7   116.75  3.000
 XOG  H2   C8   O2   119.91  3.000
 XOG  C7   C8   O2   123.34  3.000
 XOG  H4   C7   C6   118.95  3.000
 XOG  H4   C7   C8   115.91  3.000
 XOG  C6   C7   C8   125.14  3.000
 XOG  C5   C6   C10  114.92  3.000
 XOG  C10  C6   C7   125.70  3.000
 XOG  C5   C6   C7   119.38  3.000
 XOG  H7   C10  H6   107.70  3.000
 XOG  H7   C10  H5   108.08  3.000
 XOG  H6   C10  H5   106.30  3.000
 XOG  H7   C10  C6   114.72  3.000
 XOG  H6   C10  C6   110.43  3.000
 XOG  H5   C10  C6   109.25  3.000
 XOG  H9   C5   H8   107.35  3.000
 XOG  H9   C5   C4   109.10  3.000
 XOG  H8   C5   C4   108.84  3.000
 XOG  H9   C5   C6   110.29  3.000
 XOG  H8   C5   C6   109.51  3.000
 XOG  C4   C5   C6   111.65  3.000
 XOG  H11  C4   H10  107.02  3.000
 XOG  H11  C4   C3   111.23  3.000
 XOG  H10  C4   C3   109.06  3.000
 XOG  H11  C4   C5   110.34  3.000
 XOG  H10  C4   C5   108.62  3.000
 XOG  C3   C4   C5   110.47  3.000
 XOG  H12  C3   C2   117.47  3.000
 XOG  H12  C3   C4   115.23  3.000
 XOG  C2   C3   C4   127.27  3.000
 XOG  C1   C2   C9   117.47  3.000
 XOG  C9   C2   C3   126.66  3.000
 XOG  C1   C2   C3   115.86  3.000
 XOG  H15  C9   H14  107.84  3.000
 XOG  H15  C9   H13  107.59  3.000
 XOG  H14  C9   H13  106.90  3.000
 XOG  H15  C9   C2   112.46  3.000
 XOG  H14  C9   C2   111.04  3.000
 XOG  H13  C9   C2   110.78  3.000
 XOG  H16  C1   O1   120.76  3.000
 XOG  H16  C1   C2   114.90  3.000
 XOG  O1   C1   C2   124.34  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 XOG  Var_01  C5   C6   C7  C8  -178.75   0.0  2
 XOG  Var_02  C1   C2   C3  C4   178.88   0.0  2
 XOG  Var_03  C6   C7   C8  O2  -179.12  30.0  2
 XOG  Var_04  C4   C5   C6  C7    99.91  30.0  2
 XOG  Var_05  C3   C4   C5  C6   179.41  30.0  1
 XOG  Var_06  C2   C3   C4  C5  -104.23  30.0  1
 XOG  Var_07  O1   C1   C2  C3  -179.87  30.0  2
 XOG  Var_08  H5   C10  C6  C7   117.75  30.0  3
 XOG  Var_09  H13  C9   C2  C3   118.87  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 XOG  plan-1  C2   0.020
 XOG  plan-1  C1   0.020
 XOG  plan-1  O1   0.020
 XOG  plan-1  H16  0.020
 XOG  plan-2  C4   0.020
 XOG  plan-2  C3   0.020
 XOG  plan-2  C2   0.020
 XOG  plan-2  C9   0.020
 XOG  plan-2  C1   0.020
 XOG  plan-2  H12  0.020
 XOG  plan-3  C8   0.020
 XOG  plan-3  C7   0.020
 XOG  plan-3  C6   0.020
 XOG  plan-3  C10  0.020
 XOG  plan-3  C5   0.020
 XOG  plan-3  H4   0.020
 XOG  plan-4  O2   0.020
 XOG  plan-4  C8   0.020
 XOG  plan-4  C7   0.020
 XOG  plan-4  H2   0.020

