# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 23 10:59:12 2021
#   Inital geometry file: a 67 line input string
#   Ligand name: (3S,4R)-3-methyl-1-(methylsulfonyl)piperidin-4-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@H]1CN(CC[C@H]1N)[S](C)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 WOJ  WOJ  (3S,4R)-3-methyl-1-(methylsulfonyl)piperidin-4-amine  ligand  28  12  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_WOJ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 WOJ  C01  C  CH3   0  -0.655  -31.1006  -8.0045  -18.4411
 WOJ  C02  C  CH1   0  -0.255  -30.8506  -7.0432  -19.5974
 WOJ  C03  C  CH2   0  -0.309  -29.3603  -6.8880  -19.8872
 WOJ  C05  C  CH2   0  -0.312  -29.4519  -8.5426  -21.6816
 WOJ  C06  C  CH2   0  -0.439  -30.9493  -8.7040  -21.4747
 WOJ  C07  C  CH1   0  -0.057  -31.5642  -7.4348  -20.8979
 WOJ  C12  C  CH3   0  -0.805  -26.3729  -7.2863  -21.3210
 WOJ  N04  N  N     0  -0.573  -28.8296  -8.1459  -20.4157
 WOJ  N08  N  NH2   0  -0.800  -32.9868  -7.6222  -20.6749
 WOJ  O10  O  OS    0  -0.670  -26.8589  -8.0862  -18.8700
 WOJ  O11  O  OS    0  -0.671  -26.9488  -9.7750  -20.7157
 WOJ  S09  S  S     0   1.348  -27.2146  -8.4243  -20.2407
 WOJ  H1   H  HCH3  0   0.225  -30.6029  -7.6498  -17.5371
 WOJ  H2   H  HCH3  0   0.233  -32.1640  -8.0896  -18.2244
 WOJ  H3   H  HCH3  0   0.223  -30.7223  -9.0054  -18.6495
 WOJ  H4   H  HCH1  0   0.245  -31.2070  -6.0496  -19.3027
 WOJ  H5   H  HCH2  0   0.272  -28.8332  -6.6222  -18.9729
 WOJ  H6   H  HCH2  0   0.242  -29.2087  -6.0765  -20.6119
 WOJ  H7   H  HCH2  0   0.274  -29.0213  -9.4807  -22.0240
 WOJ  H8   H  HCH2  0   0.231  -29.2668  -7.7835  -22.4536
 WOJ  H9   H  HCH2  0   0.247  -31.4062  -8.9360  -22.4403
 WOJ  H10  H  HCH2  0   0.234  -31.1428  -9.5526  -20.8145
 WOJ  H11  H  HCH1  0   0.201  -31.3598  -6.6246  -21.6195
 WOJ  H12  H  HCH3  0   0.290  -26.6254  -6.2648  -21.0441
 WOJ  H13  H  HCH3  0   0.309  -25.3016  -7.4431  -21.2058
 WOJ  H14  H  HCH3  0   0.290  -26.6626  -7.4783  -22.3521
 WOJ  H15  H  HNH2  0   0.342  -33.3934  -6.7566  -20.3400
 WOJ  H16  H  HNH2  0   0.344  -33.4433  -7.8126  -21.5590

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 WOJ  C05  C06  single  1.520  0.020  1.520
 WOJ  C05  N04  single  1.465  0.020  1.465
 WOJ  C06  C07  single  1.524  0.020  1.524
 WOJ  C12  S09  single  1.781  0.020  1.781
 WOJ  C07  N08  single  1.452  0.020  1.452
 WOJ  C07  C02  single  1.534  0.020  1.534
 WOJ  O11  S09  double  1.456  0.020  1.456
 WOJ  N04  S09  single  1.648  0.020  1.648
 WOJ  N04  C03  single  1.464  0.020  1.464
 WOJ  S09  O10  double  1.456  0.020  1.456
 WOJ  C03  C02  single  1.526  0.020  1.526
 WOJ  C02  C01  single  1.524  0.020  1.524
 WOJ  C01  H1   single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C01  H2   single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C01  H3   single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C02  H4   single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C03  H5   single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C03  H6   single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C05  H7   single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C05  H8   single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C06  H9   single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C06  H10  single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C07  H11  single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C12  H12  single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C12  H13  single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  C12  H14  single  0.970  0.020  1.090
 WOJ  N08  H15  single  0.890  0.020  1.040
 WOJ  N08  H16  single  0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 WOJ  H3   C01  H2   107.77  3.000
 WOJ  H3   C01  H1   107.37  3.000
 WOJ  H2   C01  H1   107.83  3.000
 WOJ  H3   C01  C02  112.15  3.000
 WOJ  H2   C01  C02  111.13  3.000
 WOJ  H1   C01  C02  110.41  3.000
 WOJ  H4   C02  C07  107.94  3.000
 WOJ  H4   C02  C03  106.04  3.000
 WOJ  C07  C02  C03  108.62  3.000
 WOJ  H4   C02  C01  108.32  3.000
 WOJ  C03  C02  C01  111.61  3.000
 WOJ  C07  C02  C01  113.94  3.000
 WOJ  H6   C03  H5   107.88  3.000
 WOJ  H6   C03  N04  110.28  3.000
 WOJ  H5   C03  N04  109.73  3.000
 WOJ  H6   C03  C02  109.59  3.000
 WOJ  H5   C03  C02  109.77  3.000
 WOJ  N04  C03  C02  109.58  3.000
 WOJ  H8   C05  H7   107.95  3.000
 WOJ  H8   C05  N04  110.39  3.000
 WOJ  H7   C05  N04  109.72  3.000
 WOJ  H8   C05  C06  109.57  3.000
 WOJ  H7   C05  C06  109.96  3.000
 WOJ  N04  C05  C06  109.24  3.000
 WOJ  H10  C06  H9   107.15  3.000
 WOJ  H10  C06  C07  110.30  3.000
 WOJ  H9   C06  C07  110.03  3.000
 WOJ  H10  C06  C05  109.83  3.000
 WOJ  H9   C06  C05  108.30  3.000
 WOJ  C07  C06  C05  111.14  3.000
 WOJ  H11  C07  N08  112.11  3.000
 WOJ  H11  C07  C06  106.81  3.000
 WOJ  N08  C07  C06  110.24  3.000
 WOJ  H11  C07  C02  106.30  3.000
 WOJ  N08  C07  C02  111.00  3.000
 WOJ  C06  C07  C02  110.23  3.000
 WOJ  H14  C12  H13  109.68  3.000
 WOJ  H14  C12  H12  110.18  3.000
 WOJ  H13  C12  H12  109.67  3.000
 WOJ  H14  C12  S09  109.65  3.000
 WOJ  H13  C12  S09  107.99  3.000
 WOJ  H12  C12  S09  109.63  3.000
 WOJ  S09  N04  C05  117.52  3.000
 WOJ  S09  N04  C03  117.52  3.000
 WOJ  C05  N04  C03  112.99  3.000
 WOJ  H16  N08  H15  105.56  3.000
 WOJ  H16  N08  C07  109.37  3.000
 WOJ  H15  N08  C07  109.49  3.000
 WOJ  O11  S09  O10  118.55  3.000
 WOJ  O10  S09  N04  107.47  3.000
 WOJ  O11  S09  N04  107.51  3.000
 WOJ  O10  S09  C12  107.89  3.000
 WOJ  N04  S09  C12  106.91  3.000
 WOJ  O11  S09  C12  107.98  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 WOJ  Var_01  C05  N04  C03  C02   61.86  30.0  1
 WOJ  Var_02  C06  C05  N04  C03  -59.31  30.0  1
 WOJ  Var_03  N04  C05  C06  C07   55.41  30.0  1
 WOJ  Var_04  C12  S09  N04  C03  -69.79  30.0  3
 WOJ  Var_05  H12  C12  S09  N04   59.55  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 WOJ  chir_01  C02  C07  C03  C01  positiv
 WOJ  chir_02  C07  N08  C06  C02  positiv

