# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri May  8 05:45:15 2020
#   Inital geometry file: a 70 line input string
#   Ligand name: 4-(thiomorpholin-4-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-2-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1nc2[nH]ccc2c(n1)N3CCSCC3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 W8G  W8G  4-(thiomorpholin-4-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-2-amine  ligand  29  16  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_W8G
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 W8G  N1    N  N     0  -0.536  -0.7706  -1.5207  -0.1718
 W8G  C2    C  CR6   0   0.510  -2.0482  -1.6784   0.1858
 W8G  N3    N  N     0  -0.508  -2.9416  -0.7189   0.3729
 W8G  C4    C  CR56  0   0.483  -2.4381   0.4962   0.1649
 W8G  C5    C  CR56  0  -0.104  -1.1251   0.8223  -0.2277
 W8G  C6    C  CR6   0   0.504  -0.2791  -0.3052  -0.3998
 W8G  NAA   N  NH2   0  -0.827  -2.4713  -2.9655   0.3325
 W8G  CAB   C  CR15  0  -0.028  -2.3058   2.7160   0.0609
 W8G  CAC   C  CR15  0  -0.447  -1.0711   2.2605  -0.2789
 W8G  CAD   C  CH2   0  -0.562   2.5518  -1.2930   0.7979
 W8G  CAE   C  CH2   0  -0.559   2.3430   1.4396   0.3851
 W8G  CAF   C  CH2   0  -0.316   1.8952  -1.3871  -0.5722
 W8G  CAG   C  CH2   0  -0.336   1.7375   0.9976  -0.9387
 W8G  NAJ   N  NR15  0  -0.664  -3.1273   1.6472   0.3251
 W8G  SAK   S  S2    0  -0.033   3.5494   0.2171   0.9823
 W8G  NAP   N  NT    0  -0.472   1.0181  -0.2511  -0.8079
 W8G  HNAA  H  HNH2  0   0.382  -1.7573  -3.6591   0.4778
 W8G  HNAB  H  HNH2  0   0.383  -3.3110  -3.1052   0.8690
 W8G  HAB   H  HCR5  0   0.281  -2.6709   3.7261   0.1423
 W8G  HAC   H  HCR5  0   0.252  -0.2436   2.9034  -0.5245
 W8G  HADA  H  HCH2  0   0.285   3.2393  -2.1268   0.9454
 W8G  HAE   H  HCH2  0   0.286   2.8889   2.3757   0.2645
 W8G  HAEA  H  HCH2  0   0.270   1.5645   1.5973   1.1348
 W8G  HAF   H  HCH2  0   0.253   2.6576  -1.3988  -1.3536
 W8G  HAFA  H  HCH2  0   0.280   1.3259  -2.3098  -0.6431
 W8G  HAG   H  HCH2  0   0.275   1.0952   1.7655  -1.3578
 W8G  HAGA  H  HCH2  0   0.270   2.5353   0.8449  -1.6688
 W8G  HNAJ  H  HNR5  0   0.407  -4.0921   1.7048   0.6067
 W8G  HAD   H  HCH2  0   0.268   1.7948  -1.3392   1.5837

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 W8G  N1   C2    aromatic  1.336  0.020  1.336
 W8G  N1   C6    aromatic  1.331  0.020  1.331
 W8G  C2   N3    aromatic  1.324  0.020  1.324
 W8G  C2   NAA   single    1.363  0.020  1.363
 W8G  N3   C4    aromatic  1.332  0.020  1.332
 W8G  C4   C5    aromatic  1.409  0.020  1.409
 W8G  C4   NAJ   aromatic  1.351  0.020  1.351
 W8G  C5   C6    aromatic  1.420  0.020  1.420
 W8G  C5   CAC   aromatic  1.440  0.020  1.440
 W8G  C6   NAP   single    1.361  0.020  1.361
 W8G  CAB  CAC   aromatic  1.359  0.020  1.359
 W8G  CAB  NAJ   aromatic  1.374  0.020  1.374
 W8G  CAD  CAF   single    1.522  0.020  1.522
 W8G  CAD  SAK   single    1.819  0.020  1.819
 W8G  CAE  CAG   single    1.521  0.020  1.521
 W8G  CAE  SAK   single    1.818  0.020  1.818
 W8G  CAF  NAP   single    1.454  0.020  1.454
 W8G  CAG  NAP   single    1.447  0.020  1.447
 W8G  NAA  HNAA  single    0.890  0.020  1.040
 W8G  NAA  HNAB  single    0.890  0.020  1.040
 W8G  CAB  HAB   single    0.930  0.020  1.080
 W8G  CAC  HAC   single    0.930  0.020  1.080
 W8G  CAD  HAD   single    0.970  0.020  1.090
 W8G  CAD  HADA  single    0.970  0.020  1.090
 W8G  CAE  HAE   single    0.970  0.020  1.090
 W8G  CAE  HAEA  single    0.970  0.020  1.090
 W8G  CAF  HAF   single    0.970  0.020  1.090
 W8G  CAF  HAFA  single    0.970  0.020  1.090
 W8G  CAG  HAG   single    0.970  0.020  1.090
 W8G  CAG  HAGA  single    0.970  0.020  1.090
 W8G  NAJ  HNAJ  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 W8G  C6    N1   C2    120.45  3.000
 W8G  NAA   C2   N3    117.36  3.000
 W8G  NAA   C2   N1    115.92  3.000
 W8G  N3    C2   N1    126.69  3.000
 W8G  C4    N3   C2    112.58  3.000
 W8G  NAJ   C4   C5    108.14  3.000
 W8G  NAJ   C4   N3    124.46  3.000
 W8G  C5    C4   N3    127.39  3.000
 W8G  CAC   C5   C6    140.02  3.000
 W8G  CAC   C5   C4    106.03  3.000
 W8G  C6    C5   C4    113.90  3.000
 W8G  NAP   C6   C5    124.93  3.000
 W8G  NAP   C6   N1    116.08  3.000
 W8G  C5    C6   N1    118.98  3.000
 W8G  HNAB  NAA  HNAA  114.81  3.000
 W8G  HNAB  NAA  C2    116.59  3.000
 W8G  HNAA  NAA  C2    116.51  3.000
 W8G  HAB   CAB  NAJ   120.83  3.000
 W8G  HAB   CAB  CAC   129.86  3.000
 W8G  NAJ   CAB  CAC   109.30  3.000
 W8G  HAC   CAC  CAB   123.73  3.000
 W8G  HAC   CAC  C5    129.31  3.000
 W8G  CAB   CAC  C5    106.96  3.000
 W8G  HADA  CAD  HAD   107.89  3.000
 W8G  HADA  CAD  SAK   105.98  3.000
 W8G  HAD   CAD  SAK   110.02  3.000
 W8G  HADA  CAD  CAF   110.26  3.000
 W8G  HAD   CAD  CAF   110.24  3.000
 W8G  SAK   CAD  CAF   112.28  3.000
 W8G  HAEA  CAE  HAE   107.98  3.000
 W8G  HAEA  CAE  SAK   110.16  3.000
 W8G  HAE   CAE  SAK   106.34  3.000
 W8G  HAEA  CAE  CAG   110.82  3.000
 W8G  HAE   CAE  CAG   110.64  3.000
 W8G  SAK   CAE  CAG   110.76  3.000
 W8G  HAFA  CAF  HAF   108.07  3.000
 W8G  HAFA  CAF  NAP   109.68  3.000
 W8G  HAF   CAF  NAP   108.27  3.000
 W8G  HAFA  CAF  CAD   109.71  3.000
 W8G  HAF   CAF  CAD   110.10  3.000
 W8G  NAP   CAF  CAD   110.96  3.000
 W8G  HAGA  CAG  HAG   105.85  3.000
 W8G  HAGA  CAG  NAP   107.64  3.000
 W8G  HAG   CAG  NAP   110.56  3.000
 W8G  HAGA  CAG  CAE   109.36  3.000
 W8G  HAG   CAG  CAE   111.47  3.000
 W8G  NAP   CAG  CAE   111.71  3.000
 W8G  HNAJ  NAJ  CAB   125.62  3.000
 W8G  HNAJ  NAJ  C4    124.81  3.000
 W8G  CAB   NAJ  C4    109.57  3.000
 W8G  CAE   SAK  CAD    99.26  3.000
 W8G  CAG   NAP  CAF   112.88  3.000
 W8G  CAG   NAP  C6    122.36  3.000
 W8G  CAF   NAP  C6    119.68  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 W8G  CONST_01  C4    N3   C2   N1     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_02  C4    C5   C6   N1     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_03  CAC   C5   C6   N1   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_04  C5    C6   N1   C2     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_05  C5    C4   N3   C2     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_06  NAJ   C4   N3   C2   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_07  C6    N1   C2   N3     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_08  C6    C5   C4   N3     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_09  CAC   C5   C4   N3   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_10  CAB   NAJ  C4   N3   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_11  CAB   CAC  C5   C4     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_12  CAC   CAB  NAJ  C4     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_13  CAB   NAJ  C4   C5     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_14  NAJ   CAB  CAC  C5     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_15  NAJ   C4   C5   C6   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_16  CAB   CAC  C5   C6   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_17  NAJ   C4   C5   CAC    0.00   0.0  0
 W8G  CONST_18  NAP   C6   N1   C2   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_19  NAP   C6   C5   C4   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_20  NAP   C6   C5   CAC    0.00   0.0  0
 W8G  CONST_21  NAA   C2   N3   C4   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_22  NAA   C2   N1   C6   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_23  HNAJ  NAJ  C4   N3     0.00   0.0  0
 W8G  CONST_24  HAC   CAC  C5   C4   180.00   0.0  0
 W8G  CONST_25  HAB   CAB  NAJ  C4   180.00   0.0  0
 W8G  Var_01    CAF   NAP  C6   N1   -19.36  30.0  2
 W8G  Var_02    CAD   CAF  NAP  C6   -87.64  30.0  1
 W8G  Var_03    CAE   CAG  NAP  C6    85.03  30.0  1
 W8G  Var_04    CAG   CAE  SAK  CAD  -49.06  30.0  1
 W8G  Var_05    CAF   CAD  SAK  CAE   48.83  30.0  1
 W8G  Var_06    NAP   CAF  CAD  SAK  -59.64  30.0  1
 W8G  Var_07    NAP   CAG  CAE  SAK   61.75  30.0  1

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 W8G  plan-1  N1    0.020
 W8G  plan-1  C2    0.020
 W8G  plan-1  N3    0.020
 W8G  plan-1  C4    0.020
 W8G  plan-1  C5    0.020
 W8G  plan-1  C6    0.020
 W8G  plan-1  NAA   0.020
 W8G  plan-1  CAB   0.020
 W8G  plan-1  CAC   0.020
 W8G  plan-1  NAJ   0.020
 W8G  plan-1  NAP   0.020
 W8G  plan-1  HAB   0.020
 W8G  plan-1  HAC   0.020
 W8G  plan-1  HNAJ  0.020
 W8G  plan-2  C2    0.020
 W8G  plan-2  NAA   0.020
 W8G  plan-2  HNAA  0.020
 W8G  plan-2  HNAB  0.020

