# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri May  8 09:10:54 2020
#   Inital geometry file: a 121 line input string
#   Ligand name: 4-methyl-6-[2-(5-{4-[(methylamino)methyl]phenyl}pyridin-3-yl)ethyl]pyridin-2-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CNCc1ccc(cc1)c2cncc(CCc3cc(C)cc(N)n3)c2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 W80  W80  4-methyl-6-[2-(5-{4-[(methylamino)methyl]phenyl}pyridin-3-yl)ethyl]pyridin-2-amine  ligand  49  25  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_W80
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 W80  N02  N  NH2   0  -0.839   7.2655  -0.8279  -0.3904
 W80  C02  C  CR6   0   0.441   6.2525   0.0436  -0.1115
 W80  C03  C  CR16  0  -0.447   6.4587   1.4322  -0.1991
 W80  C04  C  CR6   0   0.205   5.4010   2.2843   0.0406
 W80  C05  C  CR16  0  -0.432   4.1609   1.7198   0.3635
 W80  C07  C  CH3   0  -0.727   5.5601   3.7712  -0.0446
 W80  N01  N  N     0  -0.484   5.0720  -0.4803   0.1989
 W80  C06  C  CR6   0   0.274   4.0472   0.3436   0.4299
 W80  C08  C  CH2   0  -0.488   2.7298  -0.3098   0.7357
 W80  C09  C  CH2   0  -0.516   2.1288  -0.9788  -0.5083
 W80  C13  C  CR6   0   0.053   0.8110  -1.6264  -0.2037
 W80  C12  C  CR16  0  -0.110   0.7418  -2.9438   0.2395
 W80  N11  N  N     0  -0.395  -0.3908  -3.5547   0.5608
 W80  C16  C  CR16  0  -0.114  -1.5229  -2.8757   0.4487
 W80  C14  C  CR16  0  -0.252  -0.3870  -0.9352  -0.3188
 W80  C15  C  CR6   0   0.012  -1.5918  -1.5552   0.0039
 W80  C21  C  CR6   0   0.071  -2.8825  -0.8541  -0.1168
 W80  C26  C  CR16  0  -0.297  -2.9903   0.5043   0.1890
 W80  C22  C  CR16  0  -0.294  -4.0287  -1.5248  -0.5412
 W80  C23  C  CR16  0  -0.297  -5.2401  -0.8579  -0.6534
 W80  C24  C  CR6   0   0.075  -5.3448   0.4967  -0.3568
 W80  C25  C  CR16  0  -0.273  -4.2002   1.1674   0.0712
 W80  C27  C  CH2   0  -0.315  -6.6538   1.2225  -0.5187
 W80  N28  N  NH1   0  -0.587  -6.9197   2.1155   0.5897
 W80  C29  C  CH3   0  -0.518  -8.1498   2.8607   0.4181
 W80  H1   H  HNH2  0   0.379   7.1405  -1.7728  -0.0661
 W80  H2   H  HNH2  0   0.388   8.2096  -0.4885  -0.3119
 W80  H3   H  HCR6  0   0.256   7.4366   1.8202  -0.4577
 W80  H4   H  HCR6  0   0.243   3.3006   2.3484   0.5575
 W80  H5   H  HCH3  0   0.252   4.8880   4.1884  -0.7960
 W80  H6   H  HCH3  0   0.252   5.3080   4.2450   0.9053
 W80  H7   H  HCH3  0   0.247   6.5776   4.0557  -0.3070
 W80  H8   H  HCH2  0   0.250   2.8677  -1.0635   1.5154
 W80  H9   H  HCH2  0   0.250   2.0290   0.4313   1.1257
 W80  H10  H  HCH2  0   0.256   1.9997  -0.2298  -1.2930
 W80  H11  H  HCH2  0   0.255   2.8313  -1.7224  -0.8905
 W80  H12  H  HCR6  0   0.257   1.6514  -3.5297   0.3339
 W80  H13  H  HCR6  0   0.258  -2.4280  -3.3992   0.7398
 W80  H14  H  HCR6  0   0.261  -0.3821   0.0861  -0.6841
 W80  H15  H  HCR6  0   0.252  -2.1220   1.0478   0.5412
 W80  H16  H  HCR6  0   0.253  -3.9784  -2.5746  -0.8019
 W80  H17  H  HCR6  0   0.251  -6.1167  -1.4033  -0.9832
 W80  H18  H  HCR6  0   0.248  -4.2611   2.2184   0.3225
 W80  H19  H  HCH2  0   0.239  -6.6135   1.8280  -1.4315
 W80  H20  H  HCH2  0   0.212  -7.4565   0.4865  -0.6834
 W80  H21  H  HNH1  0   0.346  -6.9740   1.5735   1.4430
 W80  H23  H  HCH3  0   0.233  -8.3266   3.4854   1.2936
 W80  H24  H  HCH3  0   0.223  -8.0633   3.5206  -0.4472
 W80  H25  H  HCH3  0   0.194  -9.0403   2.2351   0.2652

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 W80  C07  C04  single    1.498  0.020  1.498
 W80  C04  C03  aromatic  1.379  0.020  1.379
 W80  C04  C05  aromatic  1.400  0.020  1.400
 W80  C03  C02  aromatic  1.407  0.020  1.407
 W80  C05  C06  aromatic  1.382  0.020  1.382
 W80  N11  C12  aromatic  1.326  0.020  1.326
 W80  N11  C16  aromatic  1.325  0.020  1.325
 W80  C02  N02  single    1.365  0.020  1.365
 W80  C02  N01  aromatic  1.328  0.020  1.328
 W80  C12  C13  aromatic  1.392  0.020  1.392
 W80  C06  N01  aromatic  1.335  0.020  1.335
 W80  C06  C08  single    1.502  0.020  1.502
 W80  C16  C15  aromatic  1.395  0.020  1.395
 W80  C08  C09  single    1.535  0.020  1.535
 W80  C13  C09  single    1.500  0.020  1.500
 W80  C13  C14  aromatic  1.388  0.020  1.388
 W80  C15  C14  aromatic  1.393  0.020  1.393
 W80  C15  C21  single    1.474  0.020  1.474
 W80  C26  C21  aromatic  1.397  0.020  1.397
 W80  C26  C25  aromatic  1.385  0.020  1.385
 W80  C21  C22  aromatic  1.394  0.020  1.394
 W80  C25  C24  aromatic  1.394  0.020  1.394
 W80  C22  C23  aromatic  1.387  0.020  1.387
 W80  C24  C23  aromatic  1.391  0.020  1.391
 W80  C24  C27  single    1.505  0.020  1.505
 W80  C27  N28  single    1.448  0.020  1.448
 W80  N28  C29  single    1.448  0.020  1.448
 W80  N02  H1   single    0.890  0.020  1.040
 W80  N02  H2   single    0.890  0.020  1.040
 W80  C03  H3   single    0.930  0.020  1.080
 W80  C05  H4   single    0.930  0.020  1.080
 W80  C07  H5   single    0.970  0.020  1.090
 W80  C07  H6   single    0.970  0.020  1.090
 W80  C07  H7   single    0.970  0.020  1.090
 W80  C08  H8   single    0.970  0.020  1.090
 W80  C08  H9   single    0.970  0.020  1.090
 W80  C09  H10  single    0.970  0.020  1.090
 W80  C09  H11  single    0.970  0.020  1.090
 W80  C12  H12  single    0.930  0.020  1.080
 W80  C16  H13  single    0.930  0.020  1.080
 W80  C14  H14  single    0.930  0.020  1.080
 W80  C26  H15  single    0.930  0.020  1.080
 W80  C22  H16  single    0.930  0.020  1.080
 W80  C23  H17  single    0.930  0.020  1.080
 W80  C25  H18  single    0.930  0.020  1.080
 W80  C27  H19  single    0.970  0.020  1.090
 W80  C27  H20  single    0.970  0.020  1.090
 W80  N28  H21  single    0.890  0.020  1.040
 W80  C29  H23  single    0.970  0.020  1.090
 W80  C29  H24  single    0.970  0.020  1.090
 W80  C29  H25  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 W80  H2   N02  H1   114.07  3.000
 W80  H2   N02  C02  117.71  3.000
 W80  H1   N02  C02  116.18  3.000
 W80  N01  C02  C03  122.29  3.000
 W80  N01  C02  N02  117.10  3.000
 W80  C03  C02  N02  120.58  3.000
 W80  H3   C03  C04  120.83  3.000
 W80  H3   C03  C02  120.05  3.000
 W80  C04  C03  C02  119.12  3.000
 W80  C07  C04  C05  120.48  3.000
 W80  C05  C04  C03  118.05  3.000
 W80  C07  C04  C03  121.47  3.000
 W80  H4   C05  C06  120.26  3.000
 W80  H4   C05  C04  120.72  3.000
 W80  C06  C05  C04  119.03  3.000
 W80  H7   C07  H6   108.20  3.000
 W80  H7   C07  H5   108.05  3.000
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 W80  H5   C07  C04  110.69  3.000
 W80  C06  N01  C02  118.64  3.000
 W80  C08  C06  N01  116.11  3.000
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 W80  N01  C06  C05  122.88  3.000
 W80  H9   C08  H8   107.11  3.000
 W80  H9   C08  C09  109.51  3.000
 W80  H8   C08  C09  109.08  3.000
 W80  H9   C08  C06  109.90  3.000
 W80  H8   C08  C06  109.54  3.000
 W80  C09  C08  C06  111.59  3.000
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 W80  H11  C09  C13  110.02  3.000
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 W80  H11  C09  C08  109.18  3.000
 W80  H10  C09  C08  109.24  3.000
 W80  C13  C09  C08  111.57  3.000
 W80  C14  C13  C12  117.06  3.000
 W80  C14  C13  C09  121.78  3.000
 W80  C12  C13  C09  121.14  3.000
 W80  H12  C12  N11  116.47  3.000
 W80  H12  C12  C13  119.78  3.000
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 W80  C16  N11  C12  118.24  3.000
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 W80  H13  C16  N11  116.28  3.000
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 W80  H14  C14  C15  120.07  3.000
 W80  H14  C14  C13  119.54  3.000
 W80  C15  C14  C13  120.38  3.000
 W80  C21  C15  C14  121.79  3.000
 W80  C21  C15  C16  121.31  3.000
 W80  C14  C15  C16  116.90  3.000
 W80  C22  C21  C26  118.11  3.000
 W80  C22  C21  C15  121.07  3.000
 W80  C26  C21  C15  120.83  3.000
 W80  H15  C26  C25  119.19  3.000
 W80  H15  C26  C21  119.83  3.000
 W80  C25  C26  C21  120.97  3.000
 W80  H16  C22  C23  119.15  3.000
 W80  H16  C22  C21  120.10  3.000
 W80  C23  C22  C21  120.75  3.000
 W80  H17  C23  C24  119.61  3.000
 W80  H17  C23  C22  119.28  3.000
 W80  C24  C23  C22  121.11  3.000
 W80  C27  C24  C25  121.00  3.000
 W80  C27  C24  C23  120.81  3.000
 W80  C25  C24  C23  118.19  3.000
 W80  H18  C25  C24  119.49  3.000
 W80  H18  C25  C26  119.63  3.000
 W80  C24  C25  C26  120.88  3.000
 W80  H20  C27  H19  105.75  3.000
 W80  H20  C27  N28  113.12  3.000
 W80  H19  C27  N28  107.67  3.000
 W80  H20  C27  C24  109.12  3.000
 W80  H19  C27  C24  108.91  3.000
 W80  N28  C27  C24  112.00  3.000
 W80  H21  N28  C29  109.25  3.000
 W80  H21  N28  C27  108.96  3.000
 W80  C29  N28  C27  112.49  3.000
 W80  H25  C29  H24  107.34  3.000
 W80  H25  C29  H23  107.85  3.000
 W80  H24  C29  H23  107.64  3.000
 W80  H25  C29  N28  114.32  3.000
 W80  H24  C29  N28  109.73  3.000
 W80  H23  C29  N28  109.72  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 W80  CONST_01  C05  C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 W80  CONST_02  C05  C06  N01  C02     0.00   0.0  0
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