# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 24 09:28:40 2022
#   Inital geometry file: a 154 line input string
#   Ligand name: (4-{2-[({3-[(2-methyl-1,3-benzothiazol-6-yl)amino]-3-oxopropyl}carbamoyl)amino]ethoxy}benzyl)propanedioic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1sc2cc(NC(=O)CCNC(=O)NCCOc3ccc(CC(C(O)=O)C(O)=O)cc3)ccc2n1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 W7E  W7E  '(4-{2-[({3-[(2-methyl-1,3-benzothiazol-6-yl)amino]-3-oxopropyl}carbamoyl)amino]ethoxy}benzyl)propanedioic acid'  ligand  60  36  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_W7E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 W7E  C28   C  CR16   0  -0.340  -4.5798  -0.4668  -1.1854
 W7E  C24   C  CR16   0  -0.387  -3.9820  -1.0041   1.0723
 W7E  C27   C  CR16   0  -0.300  -5.1619   0.7085  -0.7499
 W7E  C25   C  CR16   0  -0.320  -4.5520   0.1952   1.4872
 W7E  C5    C  CR16   0  -0.244   6.2882   3.1371   0.1776
 W7E  C6    C  CR16   0  -0.401   5.1913   2.3463  -0.0812
 W7E  C8    C  CR16   0  -0.331   6.4103   0.3303   0.4852
 W7E  C26   C  CR6    0   0.132  -5.1550   1.0752   0.5973
 W7E  C4    C  CR56   0   0.166   7.4742   2.5388   0.5948
 W7E  C23   C  CR6    0   0.399  -3.9865  -1.3347  -0.2801
 W7E  C7    C  CR6    0   0.422   5.2352   0.9459   0.0653
 W7E  C9    C  CR56   0  -0.137   7.5059   1.1457   0.7411
 W7E  C2    C  CR5    0   0.040   9.5675   2.3652   1.2518
 W7E  C12   C  C      0   0.552   3.8037  -1.0739  -0.2030
 W7E  C31   C  C      0   0.417  -7.8602   3.5319   1.9870
 W7E  C34   C  C      0   0.447  -8.0973   1.7743   0.2479
 W7E  C17   C  C      0   0.737   0.1771  -3.7056  -1.0836
 W7E  C1    C  CH3    0  -0.704  10.9478   2.7438   1.6562
 W7E  C21   C  CH2    0  -0.164  -2.8255  -3.3886   0.0759
 W7E  C29   C  CH2    0  -0.487  -5.7665   2.3645   1.0714
 W7E  C14   C  CH2    0  -0.589   2.3910  -1.4509  -0.5835
 W7E  C20   C  CH2    0  -0.346  -2.1386  -4.4356  -0.7780
 W7E  C15   C  CH2    0  -0.316   2.3631  -2.6828  -1.4914
 W7E  C30   C  CH1    0  -0.474  -7.2417   2.2272   1.4444
 W7E  N3    N  N      0  -0.360   8.6499   3.1891   0.8897
 W7E  N11   N  NH1    0  -0.711   4.0579   0.2591  -0.2420
 W7E  N19   N  NH1    0  -0.652  -1.0683  -3.9156  -1.5920
 W7E  N16   N  NH1    0  -0.719   1.0337  -3.0480  -1.9088
 W7E  O13   O  O      0  -0.576   4.6264  -1.9110   0.1285
 W7E  O32   O  O      0  -0.492  -7.1216   4.5238   2.1432
 W7E  O35   O  O      0  -0.583  -8.0148   2.4845  -0.7778
 W7E  O18   O  O      0  -0.470   0.5183  -4.1226   0.0194
 W7E  O33   O  OC    -1  -0.703  -9.0860   3.4887   2.2305
 W7E  O36   O  OC    -1  -0.778  -8.8121   0.7610   0.3825
 W7E  O22   O  O2     0  -0.515  -3.4394  -2.4566  -0.7955
 W7E  S10   S  S2     0   0.208   9.0916   0.6755   1.2491
 W7E  H25   H  HCR6   0   0.230  -4.5231   0.4423   2.5427
 W7E  H24   H  HCR6   0   0.262  -3.5353  -1.6548   1.8126
 W7E  H27   H  HCR6   0   0.232  -5.6268   1.3662  -1.4737
 W7E  H28   H  HCR6   0   0.258  -4.5881  -0.7217  -2.2383
 W7E  H8    H  HCR6   0   0.288   6.4797  -0.7380   0.6029
 W7E  H291  H  HCH2   0   0.241  -5.2093   2.7233   1.9391
 W7E  H292  H  HCH2   0   0.237  -5.6631   3.1279   0.2992
 W7E  H11   H  HNH1   0   0.428   3.2901   0.8444  -0.5346
 W7E  H11C  H  HCH3   0   0.313  11.0861   2.6025   2.7292
 W7E  H12C  H  HCH3   0   0.250  11.6854   2.1269   1.1485
 W7E  H13C  H  HCH3   0   0.222  11.1294   3.7892   1.4182
 W7E  H141  H  HCH2   0   0.286   1.8477  -1.6717   0.3397
 W7E  H142  H  HCH2   0   0.285   1.8731  -0.6213  -1.0680
 W7E  H30   H  HCH1   0   0.227  -7.3269   1.4736   2.2372
 W7E  H16   H  HNH1   0   0.403   0.6718  -2.5959  -2.7320
 W7E  H19   H  HNH1   0   0.388  -1.3313  -3.4416  -2.4403
 W7E  H151  H  HCH2   0   0.269   2.9436  -2.4893  -2.3934
 W7E  H152  H  HCH2   0   0.273   2.8309  -3.5271  -0.9883
 W7E  H201  H  HCH2   0   0.227  -1.7502  -5.2133  -0.1223
 W7E  H202  H  HCH2   0   0.243  -2.8663  -4.9151  -1.4342
 W7E  H211  H  HCH2   0   0.229  -3.5705  -3.8685   0.7210
 W7E  H212  H  HCH2   0   0.235  -2.0927  -2.8959   0.7236
 W7E  H5    H  HCR6   0   0.283   6.2304   4.2109   0.0589
 W7E  H6    H  HCR6   0   0.272   4.2699   2.8124  -0.4079

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 W7E  C25  C24   aromatic  1.391  0.020  1.391
 W7E  C25  C26   aromatic  1.389  0.020  1.389
 W7E  C27  C28   aromatic  1.382  0.020  1.382
 W7E  C27  C26   aromatic  1.396  0.020  1.396
 W7E  C5   C6    aromatic  1.377  0.020  1.377
 W7E  C5   C4    aromatic  1.392  0.020  1.392
 W7E  C6   C7    aromatic  1.409  0.020  1.409
 W7E  C24  C23   aromatic  1.392  0.020  1.392
 W7E  C28  C23   aromatic  1.387  0.020  1.387
 W7E  C8   C7    aromatic  1.391  0.020  1.391
 W7E  C8   C9    aromatic  1.390  0.020  1.390
 W7E  C26  C29   single    1.504  0.020  1.504
 W7E  C4   C9    aromatic  1.401  0.020  1.401
 W7E  C4   N3    aromatic  1.376  0.020  1.376
 W7E  C7   N11   single    1.397  0.020  1.397
 W7E  C23  O22   single    1.350  0.020  1.350
 W7E  C9   S10   aromatic  1.730  0.020  1.730
 W7E  C2   C1    single    1.487  0.020  1.487
 W7E  C2   N3    aromatic  1.285  0.020  1.285
 W7E  C2   S10   aromatic  1.755  0.020  1.755
 W7E  C12  C14   single    1.511  0.020  1.511
 W7E  C12  N11   single    1.358  0.020  1.358
 W7E  C12  O13   double    1.220  0.020  1.220
 W7E  C31  C30   single    1.542  0.020  1.542
 W7E  C31  O32   deloc     1.246  0.020  1.246
 W7E  C31  O33   deloc     1.251  0.020  1.251
 W7E  C34  C30   single    1.539  0.020  1.539
 W7E  C34  O35   deloc     1.250  0.020  1.250
 W7E  C34  O36   deloc     1.247  0.020  1.247
 W7E  C17  N16   single    1.359  0.020  1.359
 W7E  C17  N19   single    1.361  0.020  1.361
 W7E  C17  O18   double    1.228  0.020  1.228
 W7E  C29  C30   single    1.528  0.020  1.528
 W7E  C14  C15   single    1.531  0.020  1.531
 W7E  C15  N16   single    1.440  0.020  1.440
 W7E  C20  C21   single    1.516  0.020  1.516
 W7E  C20  N19   single    1.442  0.020  1.442
 W7E  C21  O22   single    1.416  0.020  1.416
 W7E  C25  H25   single    0.930  0.020  1.080
 W7E  C24  H24   single    0.930  0.020  1.080
 W7E  C27  H27   single    0.930  0.020  1.080
 W7E  C28  H28   single    0.930  0.020  1.080
 W7E  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 W7E  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 W7E  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 W7E  C29  H291  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C29  H292  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  N11  H11   single    0.860  0.020  1.020
 W7E  C1   H11C  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C1   H12C  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C1   H13C  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C14  H141  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C14  H142  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C30  H30   single    0.970  0.020  1.090
 W7E  N16  H16   single    0.860  0.020  1.020
 W7E  N19  H19   single    0.860  0.020  1.020
 W7E  C15  H151  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C15  H152  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C20  H201  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C20  H202  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C21  H211  single    0.970  0.020  1.090
 W7E  C21  H212  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 W7E  H28   C28  C23   119.35  3.000
 W7E  H28   C28  C27   120.21  3.000
 W7E  C23   C28  C27   120.44  3.000
 W7E  H24   C24  C23   121.54  3.000
 W7E  H24   C24  C25   118.91  3.000
 W7E  C23   C24  C25   119.55  3.000
 W7E  H27   C27  C26   119.18  3.000
 W7E  H27   C27  C28   119.13  3.000
 W7E  C26   C27  C28   121.69  3.000
 W7E  H25   C25  C26   119.39  3.000
 W7E  H25   C25  C24   118.41  3.000
 W7E  C26   C25  C24   122.20  3.000
 W7E  H5    C5   C4    120.32  3.000
 W7E  H5    C5   C6    120.46  3.000
 W7E  C4    C5   C6    119.22  3.000
 W7E  H6    C6   C7    119.05  3.000
 W7E  H6    C6   C5    119.17  3.000
 W7E  C7    C6   C5    121.78  3.000
 W7E  H8    C8   C9    120.74  3.000
 W7E  H8    C8   C7    121.76  3.000
 W7E  C9    C8   C7    117.51  3.000
 W7E  C29   C26  C25   121.18  3.000
 W7E  C29   C26  C27   121.83  3.000
 W7E  C25   C26  C27   116.99  3.000
 W7E  N3    C4   C9    115.36  3.000
 W7E  N3    C4   C5    126.10  3.000
 W7E  C9    C4   C5    118.54  3.000
 W7E  O22   C23  C24   124.52  3.000
 W7E  O22   C23  C28   116.36  3.000
 W7E  C24   C23  C28   119.12  3.000
 W7E  N11   C7   C8    124.09  3.000
 W7E  N11   C7   C6    116.08  3.000
 W7E  C8    C7   C6    119.83  3.000
 W7E  S10   C9   C4    108.76  3.000
 W7E  S10   C9   C8    128.11  3.000
 W7E  C4    C9   C8    123.12  3.000
 W7E  S10   C2   N3    115.03  3.000
 W7E  S10   C2   C1    119.80  3.000
 W7E  N3    C2   C1    125.17  3.000
 W7E  O13   C12  N11   123.74  3.000
 W7E  O13   C12  C14   121.87  3.000
 W7E  N11   C12  C14   114.39  3.000
 W7E  O33   C31  O32   125.73  3.000
 W7E  O33   C31  C30   115.61  3.000
 W7E  O32   C31  C30   118.66  3.000
 W7E  O36   C34  O35   126.00  3.000
 W7E  O36   C34  C30   118.28  3.000
 W7E  O35   C34  C30   115.71  3.000
 W7E  O18   C17  N16   122.32  3.000
 W7E  O18   C17  N19   122.51  3.000
 W7E  N16   C17  N19   115.12  3.000
 W7E  H13C  C1   H12C  109.27  3.000
 W7E  H13C  C1   H11C  108.58  3.000
 W7E  H12C  C1   H11C  107.44  3.000
 W7E  H13C  C1   C2    109.89  3.000
 W7E  H12C  C1   C2    110.98  3.000
 W7E  H11C  C1   C2    110.61  3.000
 W7E  H212  C21  H211  107.68  3.000
 W7E  H212  C21  O22   110.97  3.000
 W7E  H211  C21  O22   110.84  3.000
 W7E  H212  C21  C20   109.92  3.000
 W7E  H211  C21  C20   109.71  3.000
 W7E  O22   C21  C20   107.73  3.000
 W7E  H292  C29  H291  106.51  3.000
 W7E  H292  C29  C30   109.10  3.000
 W7E  H291  C29  C30   109.16  3.000
 W7E  H292  C29  C26   109.78  3.000
 W7E  H291  C29  C26   108.95  3.000
 W7E  C30   C29  C26   113.12  3.000
 W7E  H142  C14  H141  107.00  3.000
 W7E  H142  C14  C15   109.87  3.000
 W7E  H141  C14  C15   109.22  3.000
 W7E  H142  C14  C12   111.46  3.000
 W7E  H141  C14  C12   107.59  3.000
 W7E  C15   C14  C12   111.55  3.000
 W7E  H202  C20  H201  106.63  3.000
 W7E  H202  C20  N19   108.30  3.000
 W7E  H201  C20  N19   109.44  3.000
 W7E  H202  C20  C21   109.89  3.000
 W7E  H201  C20  C21   108.41  3.000
 W7E  N19   C20  C21   113.92  3.000
 W7E  H152  C15  H151  106.94  3.000
 W7E  H152  C15  N16   109.51  3.000
 W7E  H151  C15  N16   107.26  3.000
 W7E  H152  C15  C14   110.02  3.000
 W7E  H151  C15  C14   109.77  3.000
 W7E  N16   C15  C14   113.13  3.000
 W7E  H30   C30  C29   108.25  3.000
 W7E  H30   C30  C34   108.44  3.000
 W7E  C29   C30  C34   111.92  3.000
 W7E  H30   C30  C31   107.20  3.000
 W7E  C29   C30  C31   113.40  3.000
 W7E  C34   C30  C31   107.43  3.000
 W7E  C2    N3   C4    111.56  3.000
 W7E  H11   N11  C12   115.82  3.000
 W7E  H11   N11  C7    114.83  3.000
 W7E  C12   N11  C7    129.36  3.000
 W7E  H19   N19  C20   116.85  3.000
 W7E  H19   N19  C17   118.75  3.000
 W7E  C20   N19  C17   121.59  3.000
 W7E  H16   N16  C15   117.07  3.000
 W7E  H16   N16  C17   119.16  3.000
 W7E  C15   N16  C17   121.90  3.000
 W7E  C21   O22  C23   119.18  3.000
 W7E  C2    S10  C9     89.27  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 W7E  CONST_01  C25   C26  C27  C28     0.00   0.0  0
 W7E  CONST_02  C25   C24  C23  C28     0.00   0.0  0
 W7E  CONST_03  C27   C26  C25  C24     0.00   0.0  0
 W7E  CONST_04  C27   C28  C23  C24     0.00   0.0  0
 W7E  CONST_05  C8    C7   C6   C5      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_06  C8    C9   C4   C5      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_07  S10   C9   C4   C5    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_08  C2    N3   C4   C5    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_09  C9    C4   C5   C6      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_10  N3    C4   C5   C6    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_11  C9    C8   C7   C6      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_12  N3    C4   C9   C8    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_13  C2    S10  C9   C8    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_14  C23   C24  C25  C26     0.00   0.0  0
 W7E  CONST_15  C23   C28  C27  C26     0.00   0.0  0
 W7E  CONST_16  C7    C6   C5   C4      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_17  C7    C8   C9   C4      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_18  C2    S10  C9   C4      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_19  S10   C2   N3   C4      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_20  S10   C9   C8   C7    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_21  C2    N3   C4   C9      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_22  N3    C2   S10  C9      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_23  S10   C9   C4   N3      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_24  C29   C26  C27  C28   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_25  C29   C26  C25  C24   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_26  O22   C23  C28  C27   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_27  O22   C23  C24  C25   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_28  N11   C7   C6   C5    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_29  C1    C2   N3   C4    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_30  N11   C7   C8   C9    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_31  C1    C2   S10  C9    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_32  H24   C24  C23  C28   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_33  H28   C28  C23  C24   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_34  H25   C25  C26  C27   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_35  H27   C27  C26  C25   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_36  H8    C8   C7   C6    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_37  H6    C6   C7   C8    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_38  H5    C5   C6   C7    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_39  C12   N11  C7   C6    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_40  C12   N11  C7   C8      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_41  H11   N11  C7   C6      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_42  C14   C12  N11  C7    180.00   0.0  0
 W7E  CONST_43  O13   C12  N11  C7      0.00   0.0  0
 W7E  CONST_44  O18   C17  N19  C20     0.00   0.0  0
 W7E  CONST_45  O18   C17  N16  C15     0.00   0.0  0
 W7E  CONST_46  N16   C17  N19  C20   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_47  N19   C17  N16  C15   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_48  H16   N16  C17  O18   180.00   0.0  0
 W7E  CONST_49  H19   N19  C17  O18   180.00   0.0  0
 W7E  Var_01    C30   C29  C26  C27    90.01  30.0  2
 W7E  Var_02    H11C  C1   C2   N3    108.90  30.0  2
 W7E  Var_03    C31   C30  C29  C26   177.60  30.0  3
 W7E  Var_04    C20   C21  O22  C23  -172.28  30.0  1
 W7E  Var_05    N16   C15  C14  C12  -178.20  30.0  3
 W7E  Var_06    O35   C34  C30  C31    69.90  30.0  2
 W7E  Var_07    O32   C31  C30  C34  -128.17  30.0  2
 W7E  Var_08    C14   C15  N16  C17   -77.67  30.0  2
 W7E  Var_09    C21   C20  N19  C17    81.53  30.0  2
 W7E  Var_10    N11   C12  C14  C15   137.54  30.0  2
 W7E  Var_11    O22   C21  C20  N19    63.65  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 W7E  plan-1  C28  0.020
 W7E  plan-1  C24  0.020
 W7E  plan-1  C27  0.020
 W7E  plan-1  C25  0.020
 W7E  plan-1  C26  0.020
 W7E  plan-1  C23  0.020
 W7E  plan-1  C29  0.020
 W7E  plan-1  O22  0.020
 W7E  plan-1  H25  0.020
 W7E  plan-1  H24  0.020
 W7E  plan-1  H27  0.020
 W7E  plan-1  H28  0.020
 W7E  plan-2  C31  0.020
 W7E  plan-2  C30  0.020
 W7E  plan-2  O32  0.020
 W7E  plan-2  O33  0.020
 W7E  plan-3  C34  0.020
 W7E  plan-3  C30  0.020
 W7E  plan-3  O35  0.020
 W7E  plan-3  O36  0.020
 W7E  plan-4  C5   0.020
 W7E  plan-4  C6   0.020
 W7E  plan-4  C8   0.020
 W7E  plan-4  C4   0.020
 W7E  plan-4  C7   0.020
 W7E  plan-4  C9   0.020
 W7E  plan-4  C2   0.020
 W7E  plan-4  C1   0.020
 W7E  plan-4  N3   0.020
 W7E  plan-4  N11  0.020
 W7E  plan-4  S10  0.020
 W7E  plan-4  H8   0.020
 W7E  plan-4  H5   0.020
 W7E  plan-4  H6   0.020
 W7E  plan-5  C7   0.020
 W7E  plan-5  C12  0.020
 W7E  plan-5  C14  0.020
 W7E  plan-5  N11  0.020
 W7E  plan-5  O13  0.020
 W7E  plan-5  H11  0.020
 W7E  plan-6  C17  0.020
 W7E  plan-6  C20  0.020
 W7E  plan-6  C15  0.020
 W7E  plan-6  N19  0.020
 W7E  plan-6  N16  0.020
 W7E  plan-6  O18  0.020
 W7E  plan-6  H16  0.020
 W7E  plan-6  H19  0.020

