# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri May  8 04:15:15 2020
#   Inital geometry file: a 116 line input string
#   Ligand name: 2,4-bis(oxidanylidene)-5-[2-(4-phenoxyphenyl)ethyl]-1H-pyrimidine-6-carboxylic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)C1=C(CCc2ccc(Oc3ccccc3)cc2)C(=O)NC(=O)N1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 W70  W70  '2,4-bis(oxidanylidene)-5-[2-(4-phenoxyphenyl)ethyl]-1H-pyrimidine-6-carboxylic acid'  ligand  41  26  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_W70
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 W70  OAJ  O  O      0  -0.540   2.3581   2.4339   0.5569
 W70  CAI  C  C      0   0.416   3.5655   2.2378   0.3803
 W70  OAK  O  OC    -1  -0.585   4.4840   3.0762   0.3328
 W70  C4   C  CR6    0   0.203   4.0328   0.7827   0.1720
 W70  N3   N  NR16   0  -0.707   5.3482   0.7231  -0.1985
 W70  C2   C  CR6    0   0.656   6.0382  -0.4112  -0.4781
 W70  O2   O  O      0  -0.492   7.2105  -0.4308  -0.8054
 W70  N1   N  NR16   0  -0.714   5.2779  -1.5448  -0.3594
 W70  C6   C  CR6    0   0.562   3.9476  -1.6192   0.0103
 W70  O6   O  O      0  -0.466   3.3994  -2.7086   0.0606
 W70  C5   C  CR6    0  -0.159   3.2996  -0.3490   0.3126
 W70  CAL  C  CH2    0  -0.473   1.8551  -0.4158   0.7099
 W70  CAM  C  CH2    0  -0.495   0.9180  -0.3161  -0.5005
 W70  CAN  C  C      0   0.120  -0.5259  -0.3296  -0.0895
 W70  CAS  C  C1     0  -0.312  -1.2427  -1.5195  -0.0002
 W70  CAR  C  C1     0  -0.291  -2.5695  -1.5317   0.4090
 W70  CAO  C  C1     0  -0.305  -1.1708   0.8560   0.2586
 W70  CAP  C  C1     0  -0.287  -2.4961   0.8618   0.6664
 W70  CAQ  C  C      0   0.283  -3.1891  -0.3374   0.7393
 W70  OAT  O  O2     0  -0.515  -4.4936  -0.3481   1.1738
 W70  CAU  C  CR6    0   0.365  -5.4900  -0.1105   0.2759
 W70  CAW  C  CR16   0  -0.343  -5.2810   0.0042  -1.0941
 W70  CAV  C  CR16   0  -0.246  -6.3680   0.2321  -1.9305
 W70  CAZ  C  CR16   0  -0.274  -7.6515   0.3463  -1.4183
 W70  CAY  C  CR16   0  -0.246  -7.8464   0.2295  -0.0466
 W70  CAX  C  CR16   0  -0.329  -6.7747   0.0033   0.8017
 W70  H2   H  HNR6   0   0.417   5.8221   1.6180  -0.2538
 W70  H3   H  HNR6   0   0.419   5.7425  -2.4196  -0.5659
 W70  H4   H  HCH2   0   0.239   1.6739  -1.3635   1.2198
 W70  H5   H  HCH2   0   0.253   1.6187   0.3781   1.4125
 W70  H6   H  HCH2   0   0.248   1.1393   0.6086  -1.0346
 W70  H7   H  HCH2   0   0.240   1.1168  -1.1432  -1.1861
 W70  H8   H  H      0   0.251  -0.7634  -2.4557  -0.2612
 W70  H9   H  H      0   0.268  -3.1173  -2.4639   0.4714
 W70  H10  H  H      0   0.254  -0.6241   1.7903   0.2057
 W70  H11  H  H      0   0.269  -2.9854   1.7916   0.9285
 W70  H12  H  HCR6   0   0.277  -4.2902  -0.0838  -1.5194
 W70  H13  H  HCR6   0   0.261  -6.1997   0.3176  -2.9963
 W70  H14  H  HCR6   0   0.254  -8.4904   0.5230  -2.0779
 W70  H15  H  HCR6   0   0.259  -8.8418   0.3169   0.3697
 W70  H16  H  HCR6   0   0.267  -6.9256  -0.0854   1.8703

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 W70  CAZ  CAY  aromatic  1.390  0.020  1.390
 W70  CAZ  CAV  aromatic  1.387  0.020  1.387
 W70  CAY  CAX  aromatic  1.385  0.020  1.385
 W70  CAV  CAW  aromatic  1.390  0.020  1.390
 W70  CAX  CAU  aromatic  1.393  0.020  1.393
 W70  CAW  CAU  aromatic  1.391  0.020  1.391
 W70  CAU  OAT  single    1.362  0.020  1.362
 W70  CAR  CAS  aromatic  1.389  0.020  1.389
 W70  CAR  CAQ  aromatic  1.385  0.020  1.385
 W70  OAT  CAQ  single    1.375  0.020  1.375
 W70  CAS  CAN  aromatic  1.392  0.020  1.392
 W70  CAQ  CAP  aromatic  1.387  0.020  1.387
 W70  CAN  CAM  single    1.501  0.020  1.501
 W70  CAN  CAO  aromatic  1.394  0.020  1.394
 W70  CAP  CAO  aromatic  1.387  0.020  1.387
 W70  CAM  CAL  single    1.534  0.020  1.534
 W70  CAL  C5   single    1.500  0.020  1.500
 W70  O6   C6   double    1.221  0.020  1.221
 W70  C5   C6   single    1.458  0.020  1.458
 W70  C5   C4   double    1.356  0.020  1.356
 W70  C6   N1   single    1.383  0.020  1.383
 W70  OAJ  CAI  deloc     1.236  0.020  1.236
 W70  C4   CAI  single    1.542  0.020  1.542
 W70  C4   N3   single    1.368  0.020  1.368
 W70  CAI  OAK  deloc     1.244  0.020  1.244
 W70  N1   C2   single    1.370  0.020  1.370
 W70  N3   C2   single    1.357  0.020  1.357
 W70  C2   O2   double    1.217  0.020  1.217
 W70  N3   H2   single    0.860  0.020  1.020
 W70  N1   H3   single    0.860  0.020  1.020
 W70  CAL  H4   single    0.970  0.020  1.090
 W70  CAL  H5   single    0.970  0.020  1.090
 W70  CAM  H6   single    0.970  0.020  1.090
 W70  CAM  H7   single    0.970  0.020  1.090
 W70  CAS  H8   single    0.930  0.020  1.080
 W70  CAR  H9   single    0.930  0.020  1.080
 W70  CAO  H10  single    0.930  0.020  1.080
 W70  CAP  H11  single    0.930  0.020  1.080
 W70  CAW  H12  single    0.930  0.020  1.080
 W70  CAV  H13  single    0.930  0.020  1.080
 W70  CAZ  H14  single    0.930  0.020  1.080
 W70  CAY  H15  single    0.930  0.020  1.080
 W70  CAX  H16  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 W70  C4   CAI  OAK  114.00  3.000
 W70  OAK  CAI  OAJ  128.29  3.000
 W70  C4   CAI  OAJ  117.71  3.000
 W70  C5   C4   N3   120.78  3.000
 W70  N3   C4   CAI  111.66  3.000
 W70  C5   C4   CAI  127.56  3.000
 W70  H2   N3   C2   119.27  3.000
 W70  H2   N3   C4   115.19  3.000
 W70  C2   N3   C4   125.54  3.000
 W70  N1   C2   O2   122.99  3.000
 W70  O2   C2   N3   123.95  3.000
 W70  N1   C2   N3   113.06  3.000
 W70  H3   N1   C6   116.73  3.000
 W70  H3   N1   C2   116.28  3.000
 W70  C6   N1   C2   126.99  3.000
 W70  C5   C6   O6   124.71  3.000
 W70  C5   C6   N1   115.86  3.000
 W70  O6   C6   N1   119.42  3.000
 W70  CAL  C5   C6   116.38  3.000
 W70  C6   C5   C4   117.74  3.000
 W70  CAL  C5   C4   125.85  3.000
 W70  H5   CAL  H4   107.24  3.000
 W70  H5   CAL  CAM  109.27  3.000
 W70  H4   CAL  CAM  108.88  3.000
 W70  H5   CAL  C5   110.39  3.000
 W70  H4   CAL  C5   108.81  3.000
 W70  CAM  CAL  C5   112.12  3.000
 W70  H7   CAM  H6   107.32  3.000
 W70  H7   CAM  CAN  109.88  3.000
 W70  H6   CAM  CAN  109.68  3.000
 W70  H7   CAM  CAL  109.56  3.000
 W70  H6   CAM  CAL  108.52  3.000
 W70  CAN  CAM  CAL  111.77  3.000
 W70  CAO  CAN  CAS  118.22  3.000
 W70  CAO  CAN  CAM  120.38  3.000
 W70  CAS  CAN  CAM  121.36  3.000
 W70  H8   CAS  CAR  119.08  3.000
 W70  H8   CAS  CAN  119.69  3.000
 W70  CAR  CAS  CAN  121.23  3.000
 W70  H9   CAR  CAQ  120.14  3.000
 W70  H9   CAR  CAS  120.52  3.000
 W70  CAQ  CAR  CAS  119.34  3.000
 W70  H10  CAO  CAP  119.53  3.000
 W70  H10  CAO  CAN  119.20  3.000
 W70  CAP  CAO  CAN  121.28  3.000
 W70  H11  CAP  CAQ  120.26  3.000
 W70  H11  CAP  CAO  120.44  3.000
 W70  CAQ  CAP  CAO  119.30  3.000
 W70  OAT  CAQ  CAP  119.83  3.000
 W70  CAP  CAQ  CAR  120.62  3.000
 W70  OAT  CAQ  CAR  119.53  3.000
 W70  CAU  OAT  CAQ  118.97  3.000
 W70  CAX  CAU  CAW  120.25  3.000
 W70  CAW  CAU  OAT  123.63  3.000
 W70  CAX  CAU  OAT  116.11  3.000
 W70  H12  CAW  CAV  119.53  3.000
 W70  H12  CAW  CAU  121.21  3.000
 W70  CAV  CAW  CAU  119.26  3.000
 W70  H13  CAV  CAZ  120.08  3.000
 W70  H13  CAV  CAW  118.93  3.000
 W70  CAZ  CAV  CAW  120.99  3.000
 W70  H14  CAZ  CAY  120.44  3.000
 W70  H14  CAZ  CAV  120.40  3.000
 W70  CAY  CAZ  CAV  119.16  3.000
 W70  H15  CAY  CAX  119.28  3.000
 W70  H15  CAY  CAZ  120.10  3.000
 W70  CAX  CAY  CAZ  120.62  3.000
 W70  H16  CAX  CAY  120.65  3.000
 W70  H16  CAX  CAU  119.63  3.000
 W70  CAY  CAX  CAU  119.72  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 W70  CONST_01  CAQ  CAR  CAS  CAN     0.00   0.0  0
 W70  CONST_02  CAQ  CAP  CAO  CAN     0.00   0.0  0
 W70  CONST_03  CAP  CAQ  CAR  CAS     0.00   0.0  0
 W70  CONST_04  CAP  CAO  CAN  CAS     0.00   0.0  0
 W70  CONST_05  CAO  CAN  CAS  CAR     0.00   0.0  0
 W70  CONST_06  CAO  CAP  CAQ  CAR     0.00   0.0  0
 W70  CONST_07  CAZ  CAY  CAX  CAU     0.00   0.0  0
 W70  CONST_08  CAZ  CAV  CAW  CAU     0.00   0.0  0
 W70  CONST_09  CAY  CAZ  CAV  CAW     0.00   0.0  0
 W70  CONST_10  CAY  CAX  CAU  CAW     0.00   0.0  0
 W70  CONST_11  CAX  CAY  CAZ  CAV     0.00   0.0  0
 W70  CONST_12  CAX  CAU  CAW  CAV     0.00   0.0  0
 W70  CONST_13  N1   C2   N3   C4      0.00   0.0  0
 W70  CONST_14  C6   N1   C2   N3      0.00   0.0  0
 W70  CONST_15  C5   C6   N1   C2      0.00   0.0  0
 W70  CONST_16  CAR  CAS  CAN  CAM   180.00   0.0  0
 W70  CONST_17  CAP  CAO  CAN  CAM   180.00   0.0  0
 W70  CONST_18  OAT  CAQ  CAR  CAS   180.00   0.0  0
 W70  CONST_19  OAT  CAQ  CAP  CAO   180.00   0.0  0
 W70  CONST_20  CAY  CAX  CAU  OAT   180.00   0.0  0
 W70  CONST_21  CAV  CAW  CAU  OAT   180.00   0.0  0
 W70  CONST_22  O2   C2   N3   C4    180.00   0.0  0
 W70  CONST_23  O6   C6   N1   C2    180.00   0.0  0
 W70  CONST_24  C6   N1   C2   O2    180.00   0.0  0
 W70  CONST_25  H9   CAR  CAS  CAN   180.00   0.0  0
 W70  CONST_26  H11  CAP  CAO  CAN   180.00   0.0  0
 W70  CONST_27  H10  CAO  CAN  CAS   180.00   0.0  0
 W70  CONST_28  H8   CAS  CAN  CAO   180.00   0.0  0
 W70  CONST_29  H15  CAY  CAX  CAU   180.00   0.0  0
 W70  CONST_30  H13  CAV  CAW  CAU   180.00   0.0  0
 W70  CONST_31  H14  CAZ  CAV  CAW   180.00   0.0  0
 W70  CONST_32  H16  CAX  CAU  CAW   180.00   0.0  0
 W70  CONST_33  H12  CAW  CAV  CAZ   180.00   0.0  0
 W70  CONST_34  H3   N1   C2   N3    180.00   0.0  0
 W70  CONST_35  H2   N3   C2   N1    180.00   0.0  0
 W70  Var_01    CAX  CAU  OAT  CAQ  -173.53  30.0  3
 W70  Var_02    C5   C4   CAI  OAJ    -8.46  30.0  2
 W70  Var_03    CAM  CAL  C5   C4     88.00  30.0  3
 W70  Var_04    CAN  CAM  CAL  C5   -177.77  30.0  1
 W70  Var_05    CAS  CAN  CAM  CAL   -91.11  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
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 W70  plan-1  N3   0.020
 W70  plan-1  C2   0.020
 W70  plan-1  O2   0.020
 W70  plan-1  N1   0.020
 W70  plan-1  C6   0.020
 W70  plan-1  O6   0.020
 W70  plan-1  C5   0.020
 W70  plan-1  CAL  0.020
 W70  plan-1  H2   0.020
 W70  plan-1  H3   0.020
 W70  plan-2  CAM  0.020
 W70  plan-2  CAN  0.020
 W70  plan-2  CAS  0.020
 W70  plan-2  CAR  0.020
 W70  plan-2  CAO  0.020
 W70  plan-2  CAP  0.020
 W70  plan-2  CAQ  0.020
 W70  plan-2  OAT  0.020
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 W70  plan-3  OAT  0.020
 W70  plan-3  CAU  0.020
 W70  plan-3  CAW  0.020
 W70  plan-3  CAV  0.020
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 W70  plan-3  CAY  0.020
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 W70  plan-4  OAJ  0.020
 W70  plan-4  CAI  0.020
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 W70  plan-4  C4   0.020

