# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 23 17:18:33 2021
#   Inital geometry file: a 118 line input string
#   Ligand name: 4-{[(2-{[(4-fluorophenyl)carbamoyl]amino}ethyl)sulfonyl]amino}benzene-1-sulfonamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[S](=O)(=O)c1ccc(N[S](=O)(=O)CCNC(=O)Nc2ccc(F)cc2)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VZD  VZD  4-{[(2-{[(4-fluorophenyl)carbamoyl]amino}ethyl)sulfonyl]amino}benzene-1-sulfonamide  ligand  44  27  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_VZD
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VZD  N12  N  NH1   0  -0.778   -2.8320  10.7829  11.5785
 VZD  C15  C  CR16  0  -0.312   -2.5980   9.9007  13.7941
 VZD  C17  C  CR6   0   0.513   -0.7313  10.4497  15.1626
 VZD  C01  C  CR6   0  -0.202  -10.4378  11.4059   7.0126
 VZD  C02  C  CR16  0  -0.218  -10.6608  10.0865   7.3886
 VZD  C03  C  CR16  0  -0.255   -9.6052   9.3349   7.8688
 VZD  C04  C  CR6   0   0.291   -8.3328   9.8948   7.9519
 VZD  C05  C  CR16  0  -0.253   -8.1211  11.2083   7.5581
 VZD  C06  C  CR16  0  -0.234   -9.1782  11.9757   7.0922
 VZD  N07  N  NC1   0  -0.826   -7.2310   9.1309   8.4186
 VZD  C08  C  CH2   0  -0.636   -5.9105  10.6239  10.2538
 VZD  C09  C  CH2   0  -0.342   -4.6394  10.6277   9.4035
 VZD  C11  C  C     0   0.682   -3.0049  11.9057  10.8139
 VZD  O13  O  O     0  -0.514   -2.4733  12.9742  11.0744
 VZD  C14  C  CR6   0   0.362   -2.1092  10.7211  12.7791
 VZD  C16  C  CR16  0  -0.405   -1.9088   9.7512  14.9871
 VZD  C18  C  CR16  0  -0.408   -0.2229  11.2712  14.1765
 VZD  C19  C  CR16  0  -0.269   -0.9082  11.4002  12.9772
 VZD  O22  O  OS    0  -0.664  -12.6384  11.5003   5.5612
 VZD  O23  O  OS    0  -0.648  -11.2551  13.5718   5.8010
 VZD  N24  N  NC2   0  -0.887  -12.6530  12.6285   7.7703
 VZD  S25  S  S     0   1.331   -6.8977   9.1522  10.0596
 VZD  O26  O  OS    0  -0.658   -6.0615   7.9863  10.2984
 VZD  O27  O  OS    0  -0.637   -8.1163   9.3330  10.8313
 VZD  H1   H  HNH1  0   0.406   -3.3429   9.9468  11.3469
 VZD  H2   H  HCR6  0   0.274   -3.5307   9.3680  13.6547
 VZD  H3   H  HCR6  0   0.293  -11.6464   9.6458   7.3210
 VZD  H4   H  HCR6  0   0.287   -9.7687   8.3095   8.1722
 VZD  H5   H  HCR6  0   0.283   -7.1254  11.6300   7.5886
 VZD  H6   H  HCR6  0   0.292   -9.0035  12.9962   6.7819
 VZD  H7   H  HNC1  0   0.430   -7.2077   8.1733   8.0783
 VZD  H8   H  HCH2  0   0.319   -6.5444  11.4834  10.0323
 VZD  H9   H  HCH2  0   0.320   -5.6888  10.6593  11.3239
 VZD  H10  H  HCH2  0   0.304   -4.8987  10.6965   8.3487
 VZD  H11  H  HCH2  0   0.272   -4.0890   9.6909   9.5082
 VZD  H12  H  HNH1  0   0.407   -3.9744  12.6063   9.2117
 VZD  H13  H  HCR6  0   0.283   -2.2941   9.1085  15.7676
 VZD  H14  H  HCR6  0   0.282    0.7090  11.7996  14.3295
 VZD  H15  H  HCR6  0   0.277   -0.4896  12.0220  12.2017
 VZD  H16  H  HNC2  0   0.418  -12.2375  13.3424   8.3597
 VZD  H17  H  HNC2  0   0.422  -13.6243  12.8509   7.5730
 VZD  F20  F  F     0  -0.318   -0.0586  10.3209  16.3191
 VZD  N10  N  NH1   0  -0.653   -3.7945  11.7515   9.7146
 VZD  S21  S  S     0   1.365  -11.7975  12.3545   6.3872

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VZD  O22  S21  double    1.456  0.020  1.456
 VZD  O23  S21  double    1.456  0.020  1.456
 VZD  S21  C01  single    1.772  0.020  1.772
 VZD  S21  N24  single    1.649  0.020  1.649
 VZD  C06  C01  aromatic  1.385  0.020  1.385
 VZD  C06  C05  aromatic  1.387  0.020  1.387
 VZD  C01  C02  aromatic  1.390  0.020  1.390
 VZD  C05  C04  aromatic  1.388  0.020  1.388
 VZD  C02  C03  aromatic  1.382  0.020  1.382
 VZD  C04  C03  aromatic  1.393  0.020  1.393
 VZD  C04  N07  single    1.420  0.020  1.420
 VZD  N07  S25  single    1.675  0.020  1.675
 VZD  O26  S25  double    1.455  0.020  1.455
 VZD  S25  O27  double    1.454  0.020  1.454
 VZD  S25  C08  single    1.783  0.020  1.783
 VZD  C09  N10  single    1.440  0.020  1.440
 VZD  C09  C08  single    1.529  0.020  1.529
 VZD  N10  C11  single    1.362  0.020  1.362
 VZD  C11  O13  double    1.222  0.020  1.222
 VZD  C11  N12  single    1.369  0.020  1.369
 VZD  N12  C14  single    1.403  0.020  1.403
 VZD  C14  C19  aromatic  1.394  0.020  1.394
 VZD  C14  C15  aromatic  1.394  0.020  1.394
 VZD  C19  C18  aromatic  1.387  0.020  1.387
 VZD  C15  C16  aromatic  1.386  0.020  1.386
 VZD  C18  C17  aromatic  1.381  0.020  1.381
 VZD  C16  C17  aromatic  1.380  0.020  1.380
 VZD  C17  F20  single    1.344  0.020  1.344
 VZD  N12  H1   single    0.860  0.020  1.020
 VZD  C15  H2   single    0.930  0.020  1.080
 VZD  C02  H3   single    0.930  0.020  1.080
 VZD  C03  H4   single    0.930  0.020  1.080
 VZD  C05  H5   single    0.930  0.020  1.080
 VZD  C06  H6   single    0.930  0.020  1.080
 VZD  N07  H7   single    0.890  0.020  1.040
 VZD  C08  H8   single    0.970  0.020  1.090
 VZD  C08  H9   single    0.970  0.020  1.090
 VZD  C09  H10  single    0.970  0.020  1.090
 VZD  C09  H11  single    0.970  0.020  1.090
 VZD  N10  H12  single    0.860  0.020  1.020
 VZD  C16  H13  single    0.930  0.020  1.080
 VZD  C18  H14  single    0.930  0.020  1.080
 VZD  C19  H15  single    0.930  0.020  1.080
 VZD  N24  H16  single    0.890  0.020  1.040
 VZD  N24  H17  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VZD  H1   N12  C14  114.94  3.000
 VZD  H1   N12  C11  119.24  3.000
 VZD  C14  N12  C11  125.39  3.000
 VZD  H2   C15  C16  119.08  3.000
 VZD  H2   C15  C14  119.86  3.000
 VZD  C16  C15  C14  121.07  3.000
 VZD  F20  C17  C18  119.16  3.000
 VZD  F20  C17  C16  119.20  3.000
 VZD  C18  C17  C16  121.64  3.000
 VZD  S21  C01  C06  119.87  3.000
 VZD  C06  C01  C02  121.40  3.000
 VZD  S21  C01  C02  118.72  3.000
 VZD  H3   C02  C03  119.75  3.000
 VZD  H3   C02  C01  121.06  3.000
 VZD  C03  C02  C01  119.19  3.000
 VZD  H4   C03  C04  120.16  3.000
 VZD  H4   C03  C02  119.83  3.000
 VZD  C04  C03  C02  120.00  3.000
 VZD  N07  C04  C05  118.97  3.000
 VZD  N07  C04  C03  120.83  3.000
 VZD  C05  C04  C03  120.20  3.000
 VZD  H5   C05  C06  119.69  3.000
 VZD  H5   C05  C04  120.10  3.000
 VZD  C06  C05  C04  120.19  3.000
 VZD  H6   C06  C05  119.71  3.000
 VZD  H6   C06  C01  121.27  3.000
 VZD  C05  C06  C01  119.01  3.000
 VZD  H7   N07  S25  109.60  3.000
 VZD  H7   N07  C04  114.49  3.000
 VZD  S25  N07  C04  118.02  3.000
 VZD  H9   C08  H8   106.92  3.000
 VZD  H9   C08  S25  104.22  3.000
 VZD  H8   C08  S25  107.85  3.000
 VZD  H9   C08  C09  112.06  3.000
 VZD  H8   C08  C09  111.61  3.000
 VZD  S25  C08  C09  113.69  3.000
 VZD  H11  C09  H10  105.51  3.000
 VZD  H11  C09  N10  110.68  3.000
 VZD  H10  C09  N10  107.45  3.000
 VZD  H11  C09  C08  111.32  3.000
 VZD  H10  C09  C08  109.93  3.000
 VZD  N10  C09  C08  111.68  3.000
 VZD  O13  C11  N10  121.56  3.000
 VZD  O13  C11  N12  122.90  3.000
 VZD  N10  C11  N12  115.53  3.000
 VZD  C19  C14  C15  119.05  3.000
 VZD  C15  C14  N12  117.94  3.000
 VZD  C19  C14  N12  122.97  3.000
 VZD  H13  C16  C17  120.84  3.000
 VZD  H13  C16  C15  120.53  3.000
 VZD  C17  C16  C15  118.63  3.000
 VZD  H14  C18  C19  120.15  3.000
 VZD  H14  C18  C17  120.45  3.000
 VZD  C19  C18  C17  119.40  3.000
 VZD  H15  C19  C18  118.91  3.000
 VZD  H15  C19  C14  120.87  3.000
 VZD  C18  C19  C14  120.21  3.000
 VZD  H17  N24  H16  110.50  3.000
 VZD  H17  N24  S21  111.69  3.000
 VZD  H16  N24  S21  113.05  3.000
 VZD  O27  S25  O26  119.63  3.000
 VZD  O27  S25  C08  107.68  3.000
 VZD  O26  S25  C08  109.00  3.000
 VZD  C08  S25  N07  103.15  3.000
 VZD  O27  S25  N07  110.79  3.000
 VZD  O26  S25  N07  105.37  3.000
 VZD  H12  N10  C11  114.21  3.000
 VZD  H12  N10  C09  116.69  3.000
 VZD  C11  N10  C09  127.07  3.000
 VZD  N24  S21  O23  113.08  3.000
 VZD  N24  S21  O22  105.88  3.000
 VZD  O23  S21  O22  118.51  3.000
 VZD  N24  S21  C01  101.01  3.000
 VZD  O23  S21  C01  107.69  3.000
 VZD  O22  S21  C01  109.23  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 VZD  CONST_01  C18  C19  C14  C15     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_02  C18  C17  C16  C15     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_03  C14  C19  C18  C17     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_04  C14  C15  C16  C17     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_05  C04  C05  C06  C01     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_06  C04  C03  C02  C01     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_07  C05  C06  C01  C02     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_08  C05  C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_09  C06  C01  C02  C03     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_10  C06  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_11  C19  C14  C15  C16     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_12  C19  C18  C17  C16     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_13  C18  C19  C14  N12   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_14  C16  C15  C14  N12   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_15  F20  C17  C16  C15   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_16  N07  C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_17  S21  C01  C02  C03   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_18  S21  C01  C06  C05   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_19  N07  C04  C05  C06   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_20  F20  C17  C18  C19   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_21  H15  C19  C14  C15   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_22  H2   C15  C16  C17   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_23  H5   C05  C06  C01   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_24  H4   C03  C02  C01   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_25  H6   C06  C01  C02   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_26  H3   C02  C03  C04   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_27  H14  C18  C19  C14   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_28  H13  C16  C15  C14   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_35  C14  N12  C11  O13     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_36  C14  N12  C11  N10   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_37  O13  C11  N10  C09   180.00   0.0  0
 VZD  CONST_38  C09  N10  C11  N12     0.00   0.0  0
 VZD  CONST_39  H12  N10  C11  O13     0.00   0.0  0
 VZD  Var_01    O22  S21  C01  C02   -37.77  30.0  2
 VZD  Var_02    O26  S25  N07  C04   161.44  30.0  3
 VZD  Var_03    H16  N24  S21  C01    76.08  30.0  3
 VZD  Var_04    C09  C08  S25  N07   -58.14  30.0  3
 VZD  Var_05    C11  N10  C09  C08    75.20  30.0  3
 VZD  Var_06    S25  C08  C09  N10  -172.81  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 VZD  plan-1  C01  0.020
 VZD  plan-1  C02  0.020
 VZD  plan-1  C03  0.020
 VZD  plan-1  C04  0.020
 VZD  plan-1  C05  0.020
 VZD  plan-1  C06  0.020
 VZD  plan-1  N07  0.020
 VZD  plan-1  H3   0.020
 VZD  plan-1  H4   0.020
 VZD  plan-1  H5   0.020
 VZD  plan-1  H6   0.020
 VZD  plan-1  S21  0.020
 VZD  plan-2  N12  0.020
 VZD  plan-2  C15  0.020
 VZD  plan-2  C17  0.020
 VZD  plan-2  C14  0.020
 VZD  plan-2  C16  0.020
 VZD  plan-2  C18  0.020
 VZD  plan-2  C19  0.020
 VZD  plan-2  H2   0.020
 VZD  plan-2  H13  0.020
 VZD  plan-2  H14  0.020
 VZD  plan-2  H15  0.020
 VZD  plan-2  F20  0.020
 VZD  plan-3  N12  0.020
 VZD  plan-3  C09  0.020
 VZD  plan-3  C11  0.020
 VZD  plan-3  O13  0.020
 VZD  plan-3  C14  0.020
 VZD  plan-3  H1   0.020
 VZD  plan-3  H12  0.020
 VZD  plan-3  N10  0.020
 VZD  plan-4  C04  0.020
 VZD  plan-4  N07  0.020
 VZD  plan-4  S25  0.020
 VZD  plan-4  H7   0.020

