# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Aug  3 15:25:10 2022
#   Inital geometry file: a 156 line input string
#   Ligand name: (3R)-3-{4-[(3R)-4-(3,4-difluorobenzene-1-carbonyl)morpholin-3-yl]-1H-1,2,3-triazol-1-yl}-N-hydroxy-4-(naphthalen-2-yl)butanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: ONC(=O)C[C@@H](Cc1ccc2ccccc2c1)n3cc(nn3)[C@@H]4COCCN4C(=O)c5ccc(F)c(F)c5
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VQD  VQD  "(3R)-3-{4-[(3R)-4-(3,4-difluorobenzene-1-carbonyl)morpholin-3-yl]-1H-1,2,3-triazol-1-yl}-N-hydroxy-4-(naphthalen-2-yl)butanamide"
  ligand  63  38  .  2022-08-11  2022-08-11
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_VQD
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VQD  C10  C  CR16  0  -0.322  -79.9620  -73.3054   9.3203
 VQD  C11  C  CR16  0  -0.256  -78.7827  -73.2068   8.6321
 VQD  C12  C  CR16  0  -0.257  -77.5596  -73.1031   9.3262
 VQD  C13  C  CR16  0  -0.307  -77.5416  -73.1033  10.6948
 VQD  C14  C  CR66  0   0.097  -78.7446  -73.2015  11.4308
 VQD  C15  C  CR16  0  -0.296  -78.7625  -73.2140  12.8458
 VQD  C16  C  CR16  0  -0.288  -79.9415  -73.3132  13.5268
 VQD  C18  C  CR15  0  -0.066  -83.8812  -70.8324  12.5120
 VQD  C19  C  CR5   0   0.186  -83.4646  -69.7177  11.8266
 VQD  C20  C  CH1   0  -0.246  -84.1296  -68.9198  10.7502
 VQD  C21  C  CH2   0  -0.189  -85.6430  -68.8483  10.9100
 VQD  C04  C  CH2   0  -0.605  -84.0213  -72.2376  15.2070
 VQD  C05  C  CH1   0  -0.088  -82.7641  -72.1534  14.3471
 VQD  C07  C  CR6   0   0.143  -81.1787  -73.3976  12.8413
 VQD  C08  C  CR16  0  -0.397  -81.1810  -73.3870  11.4720
 VQD  C09  C  CR66  0   0.145  -79.9759  -73.2982  10.7342
 VQD  C23  C  CH2   0  -0.176  -85.9915  -70.5376   9.3671
 VQD  C24  C  CH2   0  -0.339  -84.5029  -70.6878   9.0987
 VQD  C27  C  CR6   0  -0.070  -82.5733  -69.3943   7.3186
 VQD  C28  C  CR16  0  -0.265  -82.6860  -68.6643   6.1410
 VQD  C29  C  CR16  0  -0.396  -82.2438  -69.1961   4.9390
 VQD  C30  C  CR6   0   0.407  -81.6655  -70.4480   4.9273
 VQD  C32  C  CR6   0   0.414  -81.5315  -71.1695   6.1022
 VQD  C34  C  CR16  0  -0.412  -81.9789  -70.6528   7.2983
 VQD  F31  F  F     0  -0.299  -81.2279  -70.9799   3.7853
 VQD  F33  F  F     0  -0.302  -80.9663  -72.3797   6.0585
 VQD  N02  N  NH1   0  -0.373  -84.8044  -73.9567  16.6711
 VQD  N17  N  NR5   0  -0.266  -82.8851  -71.0741  13.3808
 VQD  N25  N  NT    0  -0.458  -83.8078  -69.4531   9.4258
 VQD  N36  N  N     0  -0.311  -82.2525  -69.3689  12.3120
 VQD  N37  N  N     0  -0.091  -81.9130  -70.1892  13.2435
 VQD  O01  O  OH1   0  -0.537  -84.7089  -74.8762  17.6686
 VQD  O22  O  O2    0  -0.471  -86.2492  -70.0959  10.6800
 VQD  O35  O  O     0  -0.469  -82.5912  -67.6293   8.8645
 VQD  O38  O  O     0  -0.463  -82.7809  -73.0393  17.1017
 VQD  H1   H  HCR6  0   0.251  -80.9007  -73.3997   8.7877
 VQD  H2   H  HCR6  0   0.254  -78.7835  -73.2091   7.5504
 VQD  H3   H  HCR6  0   0.256  -76.6340  -73.0261   8.7707
 VQD  H4   H  HCR6  0   0.254  -76.6032  -73.0284  11.2313
 VQD  H5   H  HCR6  0   0.253  -77.8248  -73.1489  13.3848
 VQD  H6   H  HCR6  0   0.252  -79.9354  -73.3309  14.6108
 VQD  H7   H  HCR5  0   0.317  -84.7707  -71.4356  12.4549
 VQD  H8   H  HCH1  0   0.301  -83.7422  -67.9029  10.8044
 VQD  H9   H  HCH2  0   0.234  -86.0345  -68.0936  10.2137
 VQD  H10  H  HCH2  0   0.254  -85.8956  -68.5355  11.9237
 VQD  H11  H  HCH2  0   0.307  -84.2752  -71.2412  15.5788
 VQD  H12  H  HCH2  0   0.277  -84.8718  -72.5862  14.6172
 VQD  H13  H  HCH1  0   0.295  -81.9229  -71.8727  14.9819
 VQD  H14  H  HCH2  0   0.268  -83.2910  -73.7461  12.9899
 VQD  H15  H  HCH2  0   0.276  -82.3628  -74.2551  14.3908
 VQD  H16  H  HCR6  0   0.251  -82.1184  -73.4548  10.9293
 VQD  H17  H  HCH2  0   0.215  -86.4236  -69.8394   8.6369
 VQD  H18  H  HCH2  0   0.251  -86.4799  -71.5044   9.2411
 VQD  H19  H  HCH2  0   0.258  -84.0904  -71.5154   9.6848
 VQD  H20  H  HCH2  0   0.286  -84.3718  -70.9350   8.0485
 VQD  H21  H  HCR6  0   0.277  -83.1335  -67.6800   6.1516
 VQD  H22  H  HCR6  0   0.297  -82.3427  -68.6422   4.0148
 VQD  H23  H  HCR6  0   0.305  -81.8580  -71.2317   8.2055
 VQD  H24  H  HNH1  0   0.418  -85.5614  -74.1088  16.0198
 VQD  H25  H  HOH1  0   0.477  -85.1408  -74.4857  18.4403
 VQD  C06  C  CH2   0  -0.520  -82.4512  -73.4723  13.6328
 VQD  C03  C  C     0   0.533  -83.7837  -73.1213  16.4160
 VQD  C26  C  C     0   0.531  -82.9962  -68.7522   8.6035

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VQD  F31  C30  single    1.334  0.020  1.334
 VQD  C30  C29  aromatic  1.379  0.020  1.379
 VQD  C30  C32  aromatic  1.385  0.020  1.385
 VQD  C29  C28  aromatic  1.387  0.020  1.387
 VQD  F33  C32  single    1.336  0.020  1.336
 VQD  C32  C34  aromatic  1.378  0.020  1.378
 VQD  C28  C27  aromatic  1.390  0.020  1.390
 VQD  C34  C27  aromatic  1.392  0.020  1.392
 VQD  C27  C26  single    1.497  0.020  1.497
 VQD  C26  O35  double    1.222  0.020  1.222
 VQD  C26  N25  single    1.351  0.020  1.351
 VQD  C23  C24  single    1.520  0.020  1.520
 VQD  C23  O22  single    1.409  0.020  1.409
 VQD  C24  N25  single    1.454  0.020  1.454
 VQD  C11  C10  aromatic  1.369  0.020  1.369
 VQD  C11  C12  aromatic  1.410  0.020  1.410
 VQD  N25  C20  single    1.463  0.020  1.463
 VQD  C10  C09  aromatic  1.414  0.020  1.414
 VQD  C12  C13  aromatic  1.369  0.020  1.369
 VQD  O22  C21  single    1.406  0.020  1.406
 VQD  C20  C21  single    1.524  0.020  1.524
 VQD  C20  C19  single    1.496  0.020  1.496
 VQD  C09  C08  aromatic  1.416  0.020  1.416
 VQD  C09  C14  aromatic  1.418  0.020  1.418
 VQD  C13  C14  aromatic  1.414  0.020  1.414
 VQD  C08  C07  aromatic  1.369  0.020  1.369
 VQD  C14  C15  aromatic  1.415  0.020  1.415
 VQD  C19  N36  aromatic  1.351  0.020  1.351
 VQD  C19  C18  aromatic  1.373  0.020  1.373
 VQD  N36  N37  aromatic  1.287  0.020  1.287
 VQD  C18  N17  aromatic  1.344  0.020  1.344
 VQD  C07  C06  single    1.500  0.020  1.500
 VQD  C07  C16  aromatic  1.417  0.020  1.417
 VQD  C15  C16  aromatic  1.365  0.020  1.365
 VQD  N37  N17  aromatic  1.322  0.020  1.322
 VQD  N17  C05  single    1.454  0.020  1.454
 VQD  C06  C05  single    1.532  0.020  1.532
 VQD  C05  C04  single    1.525  0.020  1.525
 VQD  C04  C03  single    1.516  0.020  1.516
 VQD  C03  O38  double    1.218  0.020  1.218
 VQD  C03  N02  single    1.343  0.020  1.343
 VQD  N02  O01  single    1.360  0.020  1.360
 VQD  C10  H1   single    0.930  0.020  1.080
 VQD  C11  H2   single    0.930  0.020  1.080
 VQD  C12  H3   single    0.930  0.020  1.080
 VQD  C13  H4   single    0.930  0.020  1.080
 VQD  C15  H5   single    0.930  0.020  1.080
 VQD  C16  H6   single    0.930  0.020  1.080
 VQD  C18  H7   single    0.930  0.020  1.080
 VQD  C20  H8   single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C21  H9   single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C21  H10  single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C04  H11  single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C04  H12  single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C05  H13  single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C06  H14  single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C06  H15  single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C08  H16  single    0.930  0.020  1.080
 VQD  C23  H17  single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C23  H18  single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C24  H19  single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C24  H20  single    0.970  0.020  1.090
 VQD  C28  H21  single    0.930  0.020  1.080
 VQD  C29  H22  single    0.930  0.020  1.080
 VQD  C34  H23  single    0.930  0.020  1.080
 VQD  N02  H24  single    0.860  0.020  1.020
 VQD  O01  H25  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VQD  H1   C10  C09  118.92  3.000
 VQD  H1   C10  C11  120.36  3.000
 VQD  C09  C10  C11  120.71  3.000
 VQD  H2   C11  C12  119.54  3.000
 VQD  H2   C11  C10  120.13  3.000
 VQD  C12  C11  C10  120.33  3.000
 VQD  H3   C12  C13  120.13  3.000
 VQD  H3   C12  C11  119.63  3.000
 VQD  C13  C12  C11  120.24  3.000
 VQD  H4   C13  C14  118.95  3.000
 VQD  H4   C13  C12  120.43  3.000
 VQD  C14  C13  C12  120.62  3.000
 VQD  C09  C14  C15  118.66  3.000
 VQD  C15  C14  C13  122.13  3.000
 VQD  C09  C14  C13  119.20  3.000
 VQD  H5   C15  C16  120.24  3.000
 VQD  H5   C15  C14  119.07  3.000
 VQD  C16  C15  C14  120.68  3.000
 VQD  H6   C16  C07  119.19  3.000
 VQD  H6   C16  C15  119.67  3.000
 VQD  C07  C16  C15  121.14  3.000
 VQD  H7   C18  N17  123.11  3.000
 VQD  H7   C18  C19  132.77  3.000
 VQD  N17  C18  C19  104.12  3.000
 VQD  N36  C19  C20  121.30  3.000
 VQD  N36  C19  C18  107.59  3.000
 VQD  C20  C19  C18  131.09  3.000
 VQD  H8   C20  N25  107.87  3.000
 VQD  H8   C20  C21  107.71  3.000
 VQD  N25  C20  C21  109.29  3.000
 VQD  H8   C20  C19  107.70  3.000
 VQD  C21  C20  C19  113.03  3.000
 VQD  N25  C20  C19  111.04  3.000
 VQD  H10  C21  H9   108.03  3.000
 VQD  H10  C21  O22  107.86  3.000
 VQD  H9   C21  O22  110.62  3.000
 VQD  H10  C21  C20  109.94  3.000
 VQD  H9   C21  C20  108.64  3.000
 VQD  O22  C21  C20  111.68  3.000
 VQD  H12  C04  H11  107.07  3.000
 VQD  H12  C04  C05  110.79  3.000
 VQD  H11  C04  C05  109.43  3.000
 VQD  H12  C04  C03  111.51  3.000
 VQD  H11  C04  C03  107.24  3.000
 VQD  C05  C04  C03  110.64  3.000
 VQD  H13  C05  N17  105.07  3.000
 VQD  H13  C05  C06  109.60  3.000
 VQD  N17  C05  C06  110.25  3.000
 VQD  H13  C05  C04  108.77  3.000
 VQD  C06  C05  C04  112.55  3.000
 VQD  N17  C05  C04  110.31  3.000
 VQD  C08  C07  C06  121.77  3.000
 VQD  C06  C07  C16  119.23  3.000
 VQD  C08  C07  C16  119.00  3.000
 VQD  H16  C08  C09  118.59  3.000
 VQD  H16  C08  C07  120.06  3.000
 VQD  C09  C08  C07  121.34  3.000
 VQD  C08  C09  C14  119.17  3.000
 VQD  C14  C09  C10  118.89  3.000
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 VQD  F33  C32  C30  119.00  3.000
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 VQD  N25  C26  C27  118.00  3.000
 VQD  O35  C26  C27  118.93  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 VQD  CONST_54  H4   C13  C14  C15     0.00   0.0  0
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 VQD  CONST_60  H2   C11  C10  C09   180.00   0.0  0
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 VQD  CONST_63  H22  C29  C28  C27   180.00   0.0  0
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 VQD  CONST_67  H22  C29  C30  C32   180.00   0.0  0
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 VQD  CONST_69  H7   C18  C19  N36   180.00   0.0  0
 VQD  CONST_70  H7   C18  N17  N37   180.00   0.0  0
 VQD  CONST_71  O35  C26  N25  C20     0.00   0.0  0
 VQD  CONST_72  O35  C26  N25  C24   180.00   0.0  0
 VQD  CONST_73  O01  N02  C03  C04   180.00   0.0  0
 VQD  CONST_74  O38  C03  N02  O01     0.00   0.0  0
 VQD  CONST_75  H24  N02  C03  C04     0.00   0.0  0
 VQD  CONST_76  H24  N02  C03  O38   180.00   0.0  0
 VQD  Var_01    C23  C24  N25  C20    49.94  30.0  1
 VQD  Var_02    C23  O22  C21  C20   -60.82  30.0  1
 VQD  Var_03    C24  C23  O22  C21    59.74  30.0  1
 VQD  Var_04    O22  C23  C24  N25   -53.52  30.0  1
 VQD  Var_05    C26  N25  C24  C23  -125.60  30.0  1
 VQD  Var_06    N25  C26  C27  C28   131.57  30.0  2
 VQD  Var_07    N25  C26  C27  C34   -53.53  30.0  2
 VQD  Var_08    H19  C24  N25  C20   -71.98  30.0  1
 VQD  Var_09    H20  C24  N25  C20   169.46  30.0  1
 VQD  Var_10    H17  C23  O22  C21   -62.29  30.0  1
 VQD  Var_11    H18  C23  O22  C21   179.94  30.0  1
 VQD  Var_12    H9   C21  O22  C23    60.32  30.0  1
 VQD  Var_13    H10  C21  O22  C23   178.27  30.0  1
 VQD  Var_14    H17  C23  C24  N25    69.11  30.0  1
 VQD  Var_15    H18  C23  C24  N25  -172.78  30.0  1
 VQD  Var_16    H19  C24  C23  O22    68.12  30.0  1
 VQD  Var_17    H20  C24  C23  O22  -174.57  30.0  1
 VQD  Var_18    C05  C06  C07  C16    69.57  30.0  2
 VQD  Var_19    C08  C07  C06  C05  -109.36  30.0  2
 VQD  Var_20    O35  C26  C27  C28   -48.76  30.0  2
 VQD  Var_21    O35  C26  C27  C34   126.13  30.0  2
 VQD  Var_22    H14  C06  C07  C16  -167.87  30.0  2
 VQD  Var_23    H15  C06  C07  C16   -50.28  30.0  2
 VQD  Var_24    H14  C06  C07  C08    13.20  30.0  2
 VQD  Var_25    H15  C06  C07  C08   130.79  30.0  2
 VQD  Var_26    H19  C24  N25  C26   112.48  30.0  1
 VQD  Var_27    H20  C24  N25  C26    -6.08  30.0  1
 VQD  Var_28    O38  C03  C04  C05    45.26  30.0  3
 VQD  Var_29    N02  C03  C04  C05  -136.96  30.0  3
 VQD  Var_30    H11  C04  C03  N02   103.76  30.0  2
 VQD  Var_31    H12  C04  C03  N02   -13.16  30.0  2
 VQD  Var_32    H11  C04  C03  O38   -74.03  30.0  2
 VQD  Var_33    H12  C04  C03  O38   169.05  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 VQD  chir_01  C20  N25  C21  C19  negativ
 VQD  chir_02  C05  N17  C06  C04  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 VQD  plan-1  C18  0.020
 VQD  plan-1  C19  0.020
 VQD  plan-1  C20  0.020
 VQD  plan-1  C05  0.020
 VQD  plan-1  N17  0.020
 VQD  plan-1  N36  0.020
 VQD  plan-1  N37  0.020
 VQD  plan-1  H7   0.020
 VQD  plan-2  C27  0.020
 VQD  plan-2  C28  0.020
 VQD  plan-2  C29  0.020
 VQD  plan-2  C30  0.020
 VQD  plan-2  C32  0.020
 VQD  plan-2  C34  0.020
 VQD  plan-2  F31  0.020
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 VQD  plan-2  H21  0.020
 VQD  plan-2  H22  0.020
 VQD  plan-2  H23  0.020
 VQD  plan-2  C26  0.020
 VQD  plan-3  C10  0.020
 VQD  plan-3  C11  0.020
 VQD  plan-3  C12  0.020
 VQD  plan-3  C13  0.020
 VQD  plan-3  C14  0.020
 VQD  plan-3  C15  0.020
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 VQD  plan-3  H1   0.020
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 VQD  plan-3  H3   0.020
 VQD  plan-3  H4   0.020
 VQD  plan-3  H5   0.020
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 VQD  plan-3  H16  0.020
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 VQD  plan-4  C20  0.020
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 VQD  plan-4  C26  0.020
 VQD  plan-5  C04  0.020
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 VQD  plan-5  O38  0.020
 VQD  plan-5  H24  0.020
 VQD  plan-5  C03  0.020

