# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 24 20:35:02 2022
#   Inital geometry file: a 159 line input string
#   Ligand name: 3'-[(N-acetyl-O-methyl-L-tyrosyl)amino]-3'-deoxy-N,N-dimethyladenosine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc(C[C@H](NC(C)=O)C(=O)N[C@H]2[C@@H](O)[C@@H](O[C@@H]2CO)n3cnc4c(ncnc34)N(C)C)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VQ1  VQ1  3'-[(N-acetyl-O-methyl-L-tyrosyl)amino]-3'-deoxy-N,N-dimethyladenosine  ligand  68  37  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_VQ1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VQ1  C20  C  CH1   0   0.024  -2.2504  -21.5771  35.8302
 VQ1  C22  C  CH2   0  -0.170  -1.0162  -18.8368  37.2157
 VQ1  C24  C  CH1   0  -0.189  -2.8780  -19.3751  31.6944
 VQ1  C28  C  CH3   0  -0.780  -5.0313  -20.7871  28.9294
 VQ1  C02  C  C     0   0.558  -3.2024  -19.6519  33.1562
 VQ1  N03  N  NH1   0  -0.621  -2.1536  -20.0346  33.8966
 VQ1  C04  C  CH1   0  -0.199  -2.1837  -20.1298  35.3357
 VQ1  C05  C  CH1   0   0.010  -0.8600  -19.6340  35.9412
 VQ1  O06  O  O2    0  -0.488  -0.0645  -20.7976  36.1782
 VQ1  C07  C  CH1   0   0.183  -0.7644  -21.9607  35.8453
 VQ1  N08  N  NR5   0  -0.542  -0.4309  -22.9888  36.7958
 VQ1  C09  C  CR15  0   0.112  -0.4754  -22.8926  38.1600
 VQ1  N10  N  N     0  -0.449  -0.0914  -23.9768  38.7611
 VQ1  C11  C  CR56  0  -0.008   0.2292  -24.8521  37.7491
 VQ1  C12  C  CR56  0   0.480   0.0228  -24.2440  36.5136
 VQ1  N13  N  N     0  -0.455   0.2243  -24.7755  35.3112
 VQ1  C14  C  CR16  0   0.045   0.6690  -26.0159  35.4002
 VQ1  N15  N  N     0  -0.493   0.9119  -26.7240  36.4942
 VQ1  C16  C  CR6   0   0.515   0.7122  -26.1832  37.7068
 VQ1  N17  N  NT    0  -0.472   0.9847  -26.9410  38.7778
 VQ1  C18  C  CH3   0  -0.514   1.4416  -28.3039  38.5769
 VQ1  C19  C  CH3   0  -0.516   0.7725  -26.4484  40.1254
 VQ1  O21  O  OH1   0  -0.643  -3.0293  -22.3821  35.0037
 VQ1  O23  O  OH1   0  -0.660  -1.7617  -19.5782  38.1494
 VQ1  N25  N  NH1   0  -0.624  -3.9456  -19.8855  30.8749
 VQ1  O27  O  O     0  -0.489  -2.6571  -20.4574  29.1117
 VQ1  C29  C  CH2   0  -0.501  -2.6885  -17.8540  31.5002
 VQ1  C30  C  CR6   0   0.082  -1.6489  -17.2715  32.4151
 VQ1  C31  C  CR16  0  -0.278  -2.0116  -16.5752  33.5677
 VQ1  C32  C  CR16  0  -0.327  -1.0614  -16.0824  34.4432
 VQ1  C33  C  CR6   0   0.366   0.2975  -16.2768  34.1885
 VQ1  O34  O  O2    0  -0.467   1.1558  -15.7674  35.0933
 VQ1  C35  C  CH3   0  -0.434   2.5415  -15.9346  34.8774
 VQ1  C36  C  CR16  0  -0.368   0.6789  -16.9671  33.0400
 VQ1  C37  C  CR16  0  -0.290  -0.2932  -17.4527  32.1725
 VQ1  H1   H  HCH1  0   0.254  -2.6262  -21.5653  36.8592
 VQ1  H2   H  HCH2  0   0.222  -0.0183  -18.5833  37.5958
 VQ1  H3   H  HCH2  0   0.212  -1.5083  -17.8920  36.9524
 VQ1  H4   H  HCH1  0   0.276  -1.9567  -19.8846  31.4069
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 VQ1  H6   H  HCH3  0   0.262  -5.5975  -21.4940  29.5364
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 VQ1  H27  H  HCH3  0   0.257   3.0453  -15.4535  35.7122
 VQ1  H28  H  HCH3  0   0.226   2.8290  -16.9894  34.8550
 VQ1  H29  H  HCH3  0   0.227   2.8721  -15.4613  33.9489
 VQ1  H30  H  HCR6  0   0.276   1.7205  -17.1347  32.8011
 VQ1  H31  H  HCR6  0   0.252   0.0254  -17.9857  31.2835
 VQ1  C26  C  C     0   0.507  -3.7606  -20.3674  29.6283
 VQ1  O01  O  O     0  -0.480  -4.3260  -19.4664  33.5978

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VQ1  C28  C26  single    1.510  0.020  1.510
 VQ1  O27  C26  double    1.222  0.020  1.222
 VQ1  C26  N25  single    1.349  0.020  1.349
 VQ1  N25  C24  single    1.439  0.020  1.439
 VQ1  C29  C24  single    1.545  0.020  1.545
 VQ1  C29  C30  single    1.502  0.020  1.502
 VQ1  C24  C02  single    1.523  0.020  1.523
 VQ1  C37  C30  aromatic  1.389  0.020  1.389
 VQ1  C37  C36  aromatic  1.390  0.020  1.390
 VQ1  C30  C31  aromatic  1.395  0.020  1.395
 VQ1  C36  C33  aromatic  1.393  0.020  1.393
 VQ1  C02  O01  double    1.221  0.020  1.221
 VQ1  C02  N03  single    1.340  0.020  1.340
 VQ1  C31  C32  aromatic  1.383  0.020  1.383
 VQ1  C33  C32  aromatic  1.396  0.020  1.396
 VQ1  C33  O34  single    1.347  0.020  1.347
 VQ1  N03  C04  single    1.443  0.020  1.443
 VQ1  O34  C35  single    1.412  0.020  1.412
 VQ1  C14  N13  aromatic  1.321  0.020  1.321
 VQ1  C14  N15  aromatic  1.326  0.020  1.326
 VQ1  O21  C20  single    1.392  0.020  1.392
 VQ1  N13  C12  aromatic  1.330  0.020  1.330
 VQ1  C04  C05  single    1.538  0.020  1.538
 VQ1  C04  C20  single    1.531  0.020  1.531
 VQ1  C05  O06  single    1.429  0.020  1.429
 VQ1  C05  C22  single    1.511  0.020  1.511
 VQ1  C07  C20  single    1.535  0.020  1.535
 VQ1  C07  O06  single    1.398  0.020  1.398
 VQ1  C07  N08  single    1.439  0.020  1.439
 VQ1  N15  C16  aromatic  1.343  0.020  1.343
 VQ1  C12  N08  aromatic  1.364  0.020  1.364
 VQ1  C12  C11  aromatic  1.392  0.020  1.392
 VQ1  N08  C09  aromatic  1.368  0.020  1.368
 VQ1  C22  O23  single    1.406  0.020  1.406
 VQ1  C16  C11  aromatic  1.417  0.020  1.417
 VQ1  C16  N17  single    1.340  0.020  1.340
 VQ1  C11  N10  aromatic  1.376  0.020  1.376
 VQ1  C09  N10  aromatic  1.298  0.020  1.298
 VQ1  C18  N17  single    1.451  0.020  1.451
 VQ1  N17  C19  single    1.450  0.020  1.450
 VQ1  C20  H1   single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C22  H2   single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C22  H3   single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C24  H4   single    0.970  0.020  1.090
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 VQ1  C18  H15  single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C18  H16  single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C19  H17  single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C19  H18  single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C19  H19  single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  O21  H20  single    0.850  0.020  0.980
 VQ1  O23  H21  single    0.850  0.020  0.980
 VQ1  N25  H22  single    0.860  0.020  1.020
 VQ1  C29  H23  single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C29  H24  single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C31  H25  single    0.930  0.020  1.080
 VQ1  C32  H26  single    0.930  0.020  1.080
 VQ1  C35  H27  single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C35  H28  single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C35  H29  single    0.970  0.020  1.090
 VQ1  C36  H30  single    0.930  0.020  1.080
 VQ1  C37  H31  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VQ1  H1   C20  O21  111.84  3.000
 VQ1  H1   C20  C07  109.00  3.000
 VQ1  O21  C20  C07  113.77  3.000
 VQ1  H1   C20  C04  107.94  3.000
 VQ1  C07  C20  C04  101.38  3.000
 VQ1  O21  C20  C04  112.29  3.000
 VQ1  H3   C22  H2   106.97  3.000
 VQ1  H3   C22  O23  112.06  3.000
 VQ1  H2   C22  O23  111.96  3.000
 VQ1  H3   C22  C05  107.34  3.000
 VQ1  H2   C22  C05  108.66  3.000
 VQ1  O23  C22  C05  109.67  3.000
 VQ1  H4   C24  C29  108.84  3.000
 VQ1  H4   C24  N25  108.09  3.000
 VQ1  C29  C24  N25  111.62  3.000
 VQ1  H4   C24  C02  110.36  3.000
 VQ1  C29  C24  C02  109.01  3.000
 VQ1  N25  C24  C02  108.91  3.000
 VQ1  H7   C28  H6   107.27  3.000
 VQ1  H7   C28  H5   108.61  3.000
 VQ1  H6   C28  H5   108.93  3.000
 VQ1  H7   C28  C26  110.47  3.000
 VQ1  H6   C28  C26  111.07  3.000
 VQ1  H5   C28  C26  110.38  3.000
 VQ1  N03  C02  O01  124.32  3.000
 VQ1  N03  C02  C24  114.56  3.000
 VQ1  O01  C02  C24  121.03  3.000
 VQ1  H8   N03  C04  118.26  3.000
 VQ1  H8   N03  C02  117.79  3.000
 VQ1  C04  N03  C02  123.63  3.000
 VQ1  H9   C04  C05  111.72  3.000
 VQ1  H9   C04  N03  108.04  3.000
 VQ1  C05  C04  N03  110.71  3.000
 VQ1  H9   C04  C20  111.28  3.000
 VQ1  C05  C04  C20  102.42  3.000
 VQ1  N03  C04  C20  112.67  3.000
 VQ1  H10  C05  O06  108.81  3.000
 VQ1  H10  C05  C04  109.82  3.000
 VQ1  O06  C05  C04  106.38  3.000
 VQ1  H10  C05  C22  107.04  3.000
 VQ1  O06  C05  C22  110.31  3.000
 VQ1  C04  C05  C22  114.40  3.000
 VQ1  C07  O06  C05  111.06  3.000
 VQ1  H11  C07  N08  106.25  3.000
 VQ1  H11  C07  O06  111.94  3.000
 VQ1  N08  C07  O06  108.73  3.000
 VQ1  H11  C07  C20  109.64  3.000
 VQ1  N08  C07  C20  114.17  3.000
 VQ1  O06  C07  C20  106.22  3.000
 VQ1  C12  N08  C09  106.36  3.000
 VQ1  C09  N08  C07  126.91  3.000
 VQ1  C12  N08  C07  126.71  3.000
 VQ1  H12  C09  N10  125.32  3.000
 VQ1  H12  C09  N08  121.51  3.000
 VQ1  N10  C09  N08  113.17  3.000
 VQ1  C11  N10  C09  105.05  3.000
 VQ1  C16  C11  C12  115.74  3.000
 VQ1  C16  C11  N10  134.36  3.000
 VQ1  C12  C11  N10  109.90  3.000
 VQ1  N13  C12  C11  127.25  3.000
 VQ1  C11  C12  N08  105.52  3.000
 VQ1  N13  C12  N08  127.23  3.000
 VQ1  C14  N13  C12  111.43  3.000
 VQ1  H13  C14  N15  115.53  3.000
 VQ1  H13  C14  N13  116.23  3.000
 VQ1  N15  C14  N13  128.24  3.000
 VQ1  C16  N15  C14  120.19  3.000
 VQ1  N17  C16  N15  117.63  3.000
 VQ1  N17  C16  C11  125.23  3.000
 VQ1  N15  C16  C11  117.14  3.000
 VQ1  C19  N17  C18  119.58  3.000
 VQ1  C19  N17  C16  121.38  3.000
 VQ1  C18  N17  C16  118.98  3.000
 VQ1  H16  C18  H15  107.93  3.000
 VQ1  H16  C18  H14  108.33  3.000
 VQ1  H15  C18  H14  108.33  3.000
 VQ1  H16  C18  N17  111.56  3.000
 VQ1  H15  C18  N17  111.94  3.000
 VQ1  H14  C18  N17  108.63  3.000
 VQ1  H19  C19  H18  108.11  3.000
 VQ1  H19  C19  H17  108.13  3.000
 VQ1  H18  C19  H17  107.98  3.000
 VQ1  H19  C19  N17  112.03  3.000
 VQ1  H18  C19  N17  111.73  3.000
 VQ1  H17  C19  N17  108.72  3.000
 VQ1  H20  O21  C20  108.71  3.000
 VQ1  H21  O23  C22  108.72  3.000
 VQ1  H22  N25  C26  119.19  3.000
 VQ1  H22  N25  C24  117.02  3.000
 VQ1  C26  N25  C24  123.44  3.000
 VQ1  H24  C29  H23  107.12  3.000
 VQ1  H24  C29  C30  110.15  3.000
 VQ1  H23  C29  C30  110.64  3.000
 VQ1  H24  C29  C24  108.36  3.000
 VQ1  H23  C29  C24  107.39  3.000
 VQ1  C30  C29  C24  112.96  3.000
 VQ1  C37  C30  C31  117.61  3.000
 VQ1  C31  C30  C29  121.12  3.000
 VQ1  C37  C30  C29  121.22  3.000
 VQ1  H25  C31  C32  118.91  3.000
 VQ1  H25  C31  C30  119.60  3.000
 VQ1  C32  C31  C30  121.49  3.000
 VQ1  H26  C32  C33  119.46  3.000
 VQ1  H26  C32  C31  120.30  3.000
 VQ1  C33  C32  C31  120.24  3.000
 VQ1  C36  C33  O34  124.51  3.000
 VQ1  O34  C33  C32  116.42  3.000
 VQ1  C36  C33  C32  119.07  3.000
 VQ1  C35  O34  C33  118.53  3.000
 VQ1  H29  C35  H28  108.70  3.000
 VQ1  H29  C35  H27  108.69  3.000
 VQ1  H28  C35  H27  108.70  3.000
 VQ1  H29  C35  O34  112.04  3.000
 VQ1  H28  C35  O34  112.04  3.000
 VQ1  H27  C35  O34  106.55  3.000
 VQ1  H30  C36  C37  118.77  3.000
 VQ1  H30  C36  C33  121.50  3.000
 VQ1  C37  C36  C33  119.73  3.000
 VQ1  H31  C37  C36  118.53  3.000
 VQ1  H31  C37  C30  119.61  3.000
 VQ1  C36  C37  C30  121.86  3.000
 VQ1  O27  C26  N25  122.74  3.000
 VQ1  N25  C26  C28  114.31  3.000
 VQ1  O27  C26  C28  122.96  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 VQ1  CONST_01  C14  N13  C12  N08   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_02  C16  C11  C12  N08   180.00   0.0  0
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 VQ1  CONST_04  C11  N10  C09  N08     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_05  N13  C12  N08  C09   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_06  C11  C12  N08  C09     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_07  C12  C11  N10  C09     0.00   0.0  0
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 VQ1  CONST_10  N15  C16  C11  N10   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_11  C12  N08  C09  N10     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_12  C14  N13  C12  C11     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_13  C14  N15  C16  C11     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_14  N15  C14  N13  C12     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_15  N15  C16  C11  C12     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_16  C16  N15  C14  N13     0.00   0.0  0
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 VQ1  CONST_21  C36  C33  C32  C31     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_22  C37  C30  C31  C32     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_23  C37  C36  C33  C32     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_24  N13  C12  N08  C07     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_25  C11  C12  N08  C07   180.00   0.0  0
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 VQ1  CONST_29  N17  C16  N15  C14   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_30  C36  C37  C30  C29   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_31  C32  C31  C30  C29   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_32  O34  C33  C32  C31   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_33  C37  C36  C33  O34   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_34  H12  C09  N08  C07     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_35  H13  C14  N13  C12   180.00   0.0  0
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 VQ1  CONST_37  H26  C32  C31  C30   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_38  H31  C37  C30  C31   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_39  H25  C31  C32  C33   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_40  C18  N17  C16  C11   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_41  C19  N17  C16  C11     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_42  C18  N17  C16  N15     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_43  C19  N17  C16  N15   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_44  C04  N03  C02  C24   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_45  C04  N03  C02  O01     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_46  C28  C26  N25  C24   180.00   0.0  0
 VQ1  CONST_47  O27  C26  N25  C24     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_48  H8   N03  C02  C24     0.00   0.0  0
 VQ1  CONST_49  H22  N25  C26  C28     0.00   0.0  0
 VQ1  Var_01    C37  C30  C29  C24    76.12  30.0  2
 VQ1  Var_02    C36  C33  O34  C35     0.07  30.0  1
 VQ1  Var_03    H14  C18  N17  C16   176.37  30.0  3
 VQ1  Var_04    H17  C19  N17  C16  -177.81  30.0  3
 VQ1  Var_05    H27  C35  O34  C33   179.87  30.0  3
 VQ1  Var_06    H5   C28  C26  N25  -174.76  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 VQ1  chir_01  C20  O21  C04  C07  positiv
 VQ1  chir_02  C24  N25  C29  C02  negativ
 VQ1  chir_03  C04  N03  C05  C20  positiv
 VQ1  chir_04  C05  O06  C04  C22  negativ
 VQ1  chir_05  C07  O06  N08  C20  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 VQ1  plan-1  C29  0.020
 VQ1  plan-1  C30  0.020
 VQ1  plan-1  C31  0.020
 VQ1  plan-1  C32  0.020
 VQ1  plan-1  C33  0.020
 VQ1  plan-1  O34  0.020
 VQ1  plan-1  C36  0.020
 VQ1  plan-1  C37  0.020
 VQ1  plan-1  H25  0.020
 VQ1  plan-1  H26  0.020
 VQ1  plan-1  H30  0.020
 VQ1  plan-1  H31  0.020
 VQ1  plan-2  C07  0.020
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 VQ1  plan-2  C09  0.020
 VQ1  plan-2  N10  0.020
 VQ1  plan-2  C11  0.020
 VQ1  plan-2  C12  0.020
 VQ1  plan-2  N13  0.020
 VQ1  plan-2  C14  0.020
 VQ1  plan-2  N15  0.020
 VQ1  plan-2  C16  0.020
 VQ1  plan-2  N17  0.020
 VQ1  plan-2  H12  0.020
 VQ1  plan-2  H13  0.020
 VQ1  plan-3  C24  0.020
 VQ1  plan-3  C28  0.020
 VQ1  plan-3  N25  0.020
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 VQ1  plan-4  C16  0.020
 VQ1  plan-4  N17  0.020
 VQ1  plan-4  C18  0.020
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 VQ1  plan-5  C24  0.020
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 VQ1  plan-5  O01  0.020

