# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Aug  4 19:25:17 2022
#   Inital geometry file: a 181 line input string
#   Ligand name: (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCOc1cc2ncc(C#N)c(Nc3ccc(Oc4ccn5ncnc5c4)c(C)c3)c2cc1NC(=O)/C=C/CN(C)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VOY  VOY  "(2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide"
  ligand  72  42  .  2022-08-11  2022-08-11
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_VOY
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VOY  C01  C  CH3   0  -0.680  71.6332   8.6599  90.2525
 VOY  C02  C  CH2   0  -0.191  70.3529   9.1873  89.6531
 VOY  C04  C  CR6   0   0.358  69.5432   9.7400  87.4733
 VOY  C05  C  CR16  0  -0.449  68.3098  10.1254  87.9273
 VOY  C06  C  CR66  0   0.203  67.3238  10.5925  87.0370
 VOY  C07  C  CR66  0   0.041  67.6130  10.6463  85.6575
 VOY  C08  C  CR6   0   0.469  66.5937  11.1098  84.7643
 VOY  C10  C  CR6   0   0.268  66.1070  11.9190  82.5004
 VOY  C11  C  CR16  0  -0.294  65.4761  11.3159  81.4221
 VOY  C12  C  CR16  0  -0.298  64.7640  12.0986  80.5281
 VOY  C13  C  CR6   0   0.260  64.6918  13.4671  80.7215
 VOY  C15  C  CR6   0   0.485  62.7492  14.6366  80.1074
 VOY  C16  C  CR16  0  -0.522  62.0509  14.2441  81.2188
 VOY  C17  C  CR56  0   0.574  60.7572  14.7656  81.3937
 VOY  C19  C  CR15  0   0.009  58.8322  15.3597  81.9414
 VOY  C22  C  CR16  0   0.066  60.9308  16.0198  79.3597
 VOY  C23  C  CR16  0  -0.457  62.1809  15.5351  79.1651
 VOY  C24  C  CR6   0   0.068  65.3405  14.1019  81.7796
 VOY  C25  C  CH3   0  -0.729  65.2802  15.5888  81.9568
 VOY  C26  C  CR16  0  -0.313  66.0593  13.3005  82.6563
 VOY  C27  C  CR6   0  -0.135  65.3810  11.4983  85.3480
 VOY  C28  C  CSP   0   0.043  64.2263  11.8772  84.6159
 VOY  C30  C  CR16  0  -0.089  65.2306  11.4203  86.7520
 VOY  C32  C  CR16  0  -0.412  68.8987  10.2736  85.2067
 VOY  C33  C  CR6   0   0.312  69.8588   9.8266  86.0801
 VOY  C35  C  C     0   0.565  71.7307   9.4336  84.4967
 VOY  C36  C  C1    0  -0.407  73.1578   9.0406  84.5332
 VOY  C37  C  C1    0  -0.153  73.8979   9.0046  83.4271
 VOY  C38  C  CH2   0  -0.327  75.3548   8.6695  83.4162
 VOY  C40  C  CH3   0  -0.519  76.9867   7.0945  82.6665
 VOY  C41  C  CH3   0  -0.529  75.6748   8.2658  81.0626
 VOY  N09  N  NH1   0  -0.787  66.8211  11.1394  83.4335
 VOY  N18  N  N     0  -0.494  59.8511  14.5855  82.3461
 VOY  N20  N  N     0  -0.282  59.0116  16.0157  80.8153
 VOY  N21  N  N     0  -0.385  60.2494  15.6318  80.4634
 VOY  N29  N  NS    0  -0.256  63.2272  12.1671  84.1150
 VOY  N31  N  N     0  -0.448  66.1384  10.9865  87.5714
 VOY  N34  N  NH1   0  -0.767  71.1544   9.4627  85.7311
 VOY  N39  N  NT    0  -0.405  75.6970   7.6941  82.3932
 VOY  O03  O  O2    0  -0.477  70.5361   9.2851  88.2419
 VOY  O14  O  O2    0  -0.495  63.9971  14.2243  79.8054
 VOY  O42  O  O     0  -0.463  71.1373   9.7072  83.4665
 VOY  H1   H  HCH3  0   0.242  71.5168   8.5828  91.3329
 VOY  H2   H  HCH3  0   0.239  71.8737   7.6685  89.8696
 VOY  H3   H  HCH3  0   0.239  72.4717   9.3264  90.0522
 VOY  H4   H  HCH2  0   0.236  70.1086  10.1726  90.0614
 VOY  H5   H  HCH2  0   0.236  69.5168   8.5159  89.8698
 VOY  H6   H  HCR6  0   0.290  68.0535  10.0889  88.9771
 VOY  H7   H  HCR6  0   0.274  65.5197  10.2422  81.2943
 VOY  H8   H  HCR6  0   0.278  64.2563  11.6454  79.6863
 VOY  H9   H  HCR6  0   0.315  62.4448  13.5612  81.9597
 VOY  H10  H  HCR5  0   0.273  57.9098  15.4513  82.4961
 VOY  H11  H  HCR6  0   0.325  60.4339  16.7052  78.6900
 VOY  H12  H  HCR6  0   0.301  62.7413  15.8362  78.2916
 VOY  H13  H  HCH3  0   0.255  64.2782  15.9184  82.2377
 VOY  H14  H  HCH3  0   0.259  65.9627  15.9101  82.7412
 VOY  H15  H  HCH3  0   0.254  65.5485  16.1150  81.0404
 VOY  H16  H  HCR6  0   0.277  66.5873  13.7619  83.4828
 VOY  H17  H  HCR6  0   0.278  64.2830  11.7292  87.1822
 VOY  H18  H  HCR6  0   0.285  69.1624  10.3553  84.1657
 VOY  H19  H  H     0   0.270  73.5988   8.7919  85.4937
 VOY  H21  H  H     0   0.267  73.4331   9.2615  82.4804
 VOY  H23  H  HCH2  0   0.253  75.6342   8.2660  84.3919
 VOY  H24  H  HCH2  0   0.219  75.9306   9.6051  83.2927
 VOY  H25  H  HCH3  0   0.235  76.9770   6.6045  83.6410
 VOY  H26  H  HCH3  0   0.234  77.2071   6.3363  81.9142
 VOY  H27  H  HCH3  0   0.193  77.8152   7.8198  82.6619
 VOY  H28  H  HCH3  0   0.239  74.6894   8.6635  80.8196
 VOY  H29  H  HCH3  0   0.195  76.4058   9.0794  80.9331
 VOY  H30  H  HCH3  0   0.237  75.9004   7.4936  80.3262
 VOY  H31  H  HNH1  0   0.423  67.5618  10.5643  83.0644
 VOY  H32  H  HNH1  0   0.422  71.7454   9.2053  86.5076

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VOY  C22  C23  aromatic  1.355  0.020  1.355
 VOY  C22  N21  aromatic  1.354  0.020  1.354
 VOY  C23  C15  aromatic  1.421  0.020  1.421
 VOY  N20  N21  aromatic  1.343  0.020  1.343
 VOY  N20  C19  aromatic  1.316  0.020  1.316
 VOY  N21  C17  aromatic  1.369  0.020  1.369
 VOY  C15  O14  single    1.349  0.020  1.349
 VOY  C15  C16  aromatic  1.370  0.020  1.370
 VOY  O14  C13  single    1.377  0.020  1.377
 VOY  C19  N18  aromatic  1.342  0.020  1.342
 VOY  C12  C13  aromatic  1.384  0.020  1.384
 VOY  C12  C11  aromatic  1.385  0.020  1.385
 VOY  C17  C16  aromatic  1.406  0.020  1.406
 VOY  C17  N18  aromatic  1.327  0.020  1.327
 VOY  C41  N39  single    1.448  0.020  1.448
 VOY  C13  C24  aromatic  1.394  0.020  1.394
 VOY  C11  C10  aromatic  1.387  0.020  1.387
 VOY  N39  C40  single    1.448  0.020  1.448
 VOY  N39  C38  single    1.454  0.020  1.454
 VOY  C38  C37  single    1.495  0.020  1.495
 VOY  C24  C26  aromatic  1.388  0.020  1.388
 VOY  C24  C25  single    1.499  0.020  1.499
 VOY  C10  C26  aromatic  1.391  0.020  1.391
 VOY  C10  N09  single    1.410  0.020  1.410
 VOY  C37  C36  double    1.331  0.020  1.331
 VOY  N09  C08  single    1.350  0.020  1.350
 VOY  N29  C28  triple    1.155  0.020  1.155
 VOY  O42  C35  double    1.220  0.020  1.220
 VOY  C36  C35  single    1.481  0.020  1.481
 VOY  C28  C27  single    1.419  0.020  1.419
 VOY  C35  N34  single    1.363  0.020  1.363
 VOY  C08  C27  aromatic  1.401  0.020  1.401
 VOY  C08  C07  aromatic  1.432  0.020  1.432
 VOY  C27  C30  aromatic  1.414  0.020  1.414
 VOY  C32  C07  aromatic  1.413  0.020  1.413
 VOY  C32  C33  aromatic  1.373  0.020  1.373
 VOY  C07  C06  aromatic  1.411  0.020  1.411
 VOY  N34  C33  single    1.390  0.020  1.390
 VOY  C33  C04  aromatic  1.431  0.020  1.431
 VOY  C30  N31  aromatic  1.298  0.020  1.298
 VOY  C06  N31  aromatic  1.359  0.020  1.359
 VOY  C06  C05  aromatic  1.408  0.020  1.408
 VOY  C04  C05  aromatic  1.370  0.020  1.370
 VOY  C04  O03  single    1.335  0.020  1.335
 VOY  O03  C02  single    1.426  0.020  1.426
 VOY  C02  C01  single    1.509  0.020  1.509
 VOY  C01  H1   single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C01  H2   single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C01  H3   single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C02  H4   single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C02  H5   single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C05  H6   single    0.930  0.020  1.080
 VOY  C11  H7   single    0.930  0.020  1.080
 VOY  C12  H8   single    0.930  0.020  1.080
 VOY  C16  H9   single    0.930  0.020  1.080
 VOY  C19  H10  single    0.930  0.020  1.080
 VOY  C22  H11  single    0.930  0.020  1.080
 VOY  C23  H12  single    0.930  0.020  1.080
 VOY  C25  H13  single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C25  H14  single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C25  H15  single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C26  H16  single    0.930  0.020  1.080
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 VOY  C32  H18  single    0.930  0.020  1.080
 VOY  C36  H19  single    0.930  0.020  1.080
 VOY  C37  H21  single    0.930  0.020  1.080
 VOY  C38  H23  single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C38  H24  single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C40  H25  single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C40  H26  single    0.970  0.020  1.090
 VOY  C40  H27  single    0.970  0.020  1.090
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 VOY  C41  H30  single    0.970  0.020  1.090
 VOY  N09  H31  single    0.860  0.020  1.020
 VOY  N34  H32  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VOY  H3   C01  H2   108.78  3.000
 VOY  H3   C01  H1   107.93  3.000
 VOY  H2   C01  H1   107.92  3.000
 VOY  H3   C01  C02  111.47  3.000
 VOY  H2   C01  C02  111.45  3.000
 VOY  H1   C01  C02  109.15  3.000
 VOY  H5   C02  H4   107.95  3.000
 VOY  H5   C02  O03  109.65  3.000
 VOY  H4   C02  O03  109.64  3.000
 VOY  H5   C02  C01  110.80  3.000
 VOY  H4   C02  C01  110.85  3.000
 VOY  O03  C02  C01  107.94  3.000
 VOY  O03  C04  C33  114.64  3.000
 VOY  O03  C04  C05  125.07  3.000
 VOY  C33  C04  C05  120.28  3.000
 VOY  H6   C05  C06  117.32  3.000
 VOY  H6   C05  C04  121.73  3.000
 VOY  C06  C05  C04  120.95  3.000
 VOY  N31  C06  C07  123.54  3.000
 VOY  N31  C06  C05  117.28  3.000
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 VOY  C32  C07  C08  122.29  3.000
 VOY  C32  C07  C06  119.25  3.000
 VOY  C08  C07  C06  118.45  3.000
 VOY  N09  C08  C27  123.39  3.000
 VOY  C27  C08  C07  116.48  3.000
 VOY  N09  C08  C07  120.12  3.000
 VOY  N09  C10  C26  119.49  3.000
 VOY  N09  C10  C11  120.29  3.000
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 VOY  H7   C11  C12  120.34  3.000
 VOY  H7   C11  C10  120.32  3.000
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