# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 24 04:04:22 2022
#   Inital geometry file: a 98 line input string
#   Ligand name: (2R,3S)-2-(2,4-difluorophenyl)-3-(5-fluoropyrimidin-4-yl)-1-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)butan-2-ol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@@H](c1ncncc1F)[C@](O)(Cn2cncn2)c3ccc(F)cc3F
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VOR  VOR  (2R,3S)-2-(2,4-difluorophenyl)-3-(5-fluoropyrimidin-4-yl)-1-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)butan-2-ol  ligand  39  25  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_VOR
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VOR  F1    F  F     0  -0.311  -1.0377   1.1298  -1.9488
 VOR  F2    F  F     0  -0.284   3.2448   1.6858  -1.7528
 VOR  F3    F  F     0  -0.307  -5.1202   2.1053   0.0626
 VOR  O4    O  OH1   0  -0.669   0.2371  -0.4851   1.7660
 VOR  N5    N  NR5   0  -0.261  -0.7288  -2.1463  -0.4567
 VOR  N6    N  N     0  -0.456   2.9238  -0.2112   1.2392
 VOR  N7    N  N     0  -0.247  -0.7516  -3.0687   0.5100
 VOR  N8    N  N     0  -0.461  -2.5674  -3.2570  -0.7867
 VOR  N9    N  N     0  -0.380   5.1364  -0.3739   0.4529
 VOR  C10   C  CT    0   0.215   0.1141   0.0017   0.4632
 VOR  C11   C  CH1   0  -0.363   1.1680   1.1162   0.1840
 VOR  C12   C  CH2   0  -0.299   0.3145  -1.1570  -0.5459
 VOR  C13   C  CR6   0  -0.141  -1.2935   0.5734   0.3377
 VOR  C14   C  CH3   0  -0.638   1.0625   2.2721   1.1835
 VOR  C15   C  CR6   0   0.182   2.5742   0.5787   0.2243
 VOR  C16   C  CR6   0   0.546  -1.8003   1.1093  -0.8399
 VOR  C17   C  CR16  0  -0.257  -2.1588   0.5794   1.4303
 VOR  C18   C  CR6   0   0.429   3.5389   0.9025  -0.7152
 VOR  C19   C  CR16  0  -0.550  -3.0739   1.6286  -0.9629
 VOR  C20   C  CR16  0  -0.407  -3.4462   1.0886   1.3566
 VOR  C21   C  CR15  0   0.111  -1.8201  -2.2685  -1.2201
 VOR  C22   C  CR6   0   0.537  -3.8817   1.6074   0.1553
 VOR  C23   C  CR16  0  -0.151   4.8195   0.4085  -0.5686
 VOR  C24   C  CR16  0   0.071   4.1679  -0.6525   1.3094
 VOR  C25   C  CR15  0  -0.003  -1.8687  -3.7127   0.2753
 VOR  HO4   H  HOH1  0   0.461   1.1846  -0.6408   1.9282
 VOR  H11   H  HCH1  0   0.285   0.9828   1.5145  -0.8123
 VOR  H12   H  HCH2  0   0.291   1.2639  -1.6579  -0.3595
 VOR  H12A  H  HCH2  0   0.281   0.3404  -0.7940  -1.5711
 VOR  H14   H  HCH3  0   0.238   1.2799   1.9468   2.1997
 VOR  H14A  H  HCH3  0   0.250   1.7685   3.0604   0.9235
 VOR  H14B  H  HCH3  0   0.252   0.0634   2.7059   1.1687
 VOR  H17   H  HCR6  0   0.282  -1.8185   0.1782   2.3724
 VOR  H19   H  HCR6  0   0.306  -3.4183   2.0316  -1.9062
 VOR  H20   H  HCR6  0   0.286  -4.0942   1.0817   2.2225
 VOR  H21   H  HCR5  0   0.299  -2.0161  -1.6414  -2.0765
 VOR  H23   H  HCR6  0   0.308   5.5932   0.6496  -1.2893
 VOR  H24   H  HCR6  0   0.281   4.4118  -1.2975   2.1444
 VOR  H25   H  HCR5  0   0.271  -2.1887  -4.5439   0.8854

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VOR  F1   C16   single    1.346  0.020  1.346
 VOR  F2   C18   single    1.333  0.020  1.333
 VOR  F3   C22   single    1.338  0.020  1.338
 VOR  O4   C10   single    1.396  0.020  1.396
 VOR  N5   N7    aromatic  1.336  0.020  1.336
 VOR  N5   C12   single    1.441  0.020  1.441
 VOR  N5   C21   aromatic  1.337  0.020  1.337
 VOR  N6   C15   aromatic  1.333  0.020  1.333
 VOR  N6   C24   aromatic  1.322  0.020  1.322
 VOR  N7   C25   aromatic  1.311  0.020  1.311
 VOR  N8   C21   aromatic  1.313  0.020  1.313
 VOR  N8   C25   aromatic  1.350  0.020  1.350
 VOR  N9   C23   aromatic  1.325  0.020  1.325
 VOR  N9   C24   aromatic  1.323  0.020  1.323
 VOR  C10  C11   single    1.559  0.020  1.559
 VOR  C10  C12   single    1.550  0.020  1.550
 VOR  C10  C13   single    1.524  0.020  1.524
 VOR  C11  C14   single    1.532  0.020  1.532
 VOR  C11  C15   single    1.506  0.020  1.506
 VOR  C13  C16   aromatic  1.390  0.020  1.390
 VOR  C13  C17   aromatic  1.394  0.020  1.394
 VOR  C15  C18   aromatic  1.385  0.020  1.385
 VOR  C16  C19   aromatic  1.381  0.020  1.381
 VOR  C17  C20   aromatic  1.386  0.020  1.386
 VOR  C18  C23   aromatic  1.380  0.020  1.380
 VOR  C19  C22   aromatic  1.380  0.020  1.380
 VOR  C20  C22   aromatic  1.379  0.020  1.379
 VOR  O4   HO4   single    0.850  0.020  0.980
 VOR  C11  H11   single    0.970  0.020  1.090
 VOR  C12  H12   single    0.970  0.020  1.090
 VOR  C12  H12A  single    0.970  0.020  1.090
 VOR  C14  H14   single    0.970  0.020  1.090
 VOR  C14  H14A  single    0.970  0.020  1.090
 VOR  C14  H14B  single    0.970  0.020  1.090
 VOR  C17  H17   single    0.930  0.020  1.080
 VOR  C19  H19   single    0.930  0.020  1.080
 VOR  C20  H20   single    0.930  0.020  1.080
 VOR  C21  H21   single    0.930  0.020  1.080
 VOR  C23  H23   single    0.930  0.020  1.080
 VOR  C24  H24   single    0.930  0.020  1.080
 VOR  C25  H25   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VOR  HO4   O4   C10   107.27  3.000
 VOR  C21   N5   C12   128.19  3.000
 VOR  C21   N5   N7    109.64  3.000
 VOR  C12   N5   N7    122.08  3.000
 VOR  C24   N6   C15   119.02  3.000
 VOR  C25   N7   N5    102.95  3.000
 VOR  C25   N8   C21   102.67  3.000
 VOR  C24   N9   C23   116.65  3.000
 VOR  C13   C10  C12   110.26  3.000
 VOR  C13   C10  C11   109.96  3.000
 VOR  C12   C10  C11   109.30  3.000
 VOR  C13   C10  O4    106.79  3.000
 VOR  C12   C10  O4    109.61  3.000
 VOR  C11   C10  O4    110.90  3.000
 VOR  H11   C11  C15   108.30  3.000
 VOR  H11   C11  C14   108.02  3.000
 VOR  C15   C11  C14   108.44  3.000
 VOR  H11   C11  C10   108.08  3.000
 VOR  C15   C11  C10   111.79  3.000
 VOR  C14   C11  C10   112.08  3.000
 VOR  H12A  C12  H12   107.10  3.000
 VOR  H12A  C12  C10   111.55  3.000
 VOR  H12   C12  C10   110.19  3.000
 VOR  H12A  C12  N5    107.74  3.000
 VOR  H12   C12  N5    107.74  3.000
 VOR  C10   C12  N5    112.30  3.000
 VOR  C17   C13  C16   115.86  3.000
 VOR  C17   C13  C10   120.69  3.000
 VOR  C16   C13  C10   123.45  3.000
 VOR  H14B  C14  H14A  107.63  3.000
 VOR  H14B  C14  H14   108.35  3.000
 VOR  H14A  C14  H14   108.02  3.000
 VOR  H14B  C14  C11   110.78  3.000
 VOR  H14A  C14  C11   110.22  3.000
 VOR  H14   C14  C11   111.70  3.000
 VOR  C18   C15  C11   123.29  3.000
 VOR  C18   C15  N6    118.19  3.000
 VOR  C11   C15  N6    118.48  3.000
 VOR  C19   C16  C13   123.84  3.000
 VOR  C19   C16  F1    116.33  3.000
 VOR  C13   C16  F1    119.83  3.000
 VOR  H17   C17  C20   118.41  3.000
 VOR  H17   C17  C13   119.15  3.000
 VOR  C20   C17  C13   122.44  3.000
 VOR  C23   C18  C15   119.37  3.000
 VOR  C23   C18  F2    119.85  3.000
 VOR  C15   C18  F2    120.78  3.000
 VOR  H19   C19  C22   121.73  3.000
 VOR  H19   C19  C16   120.75  3.000
 VOR  C22   C19  C16   117.52  3.000
 VOR  H20   C20  C22   120.70  3.000
 VOR  H20   C20  C17   120.77  3.000
 VOR  C22   C20  C17   118.53  3.000
 VOR  H21   C21  N8    126.59  3.000
 VOR  H21   C21  N5    123.23  3.000
 VOR  N8    C21  N5    110.17  3.000
 VOR  C20   C22  C19   121.80  3.000
 VOR  C20   C22  F3    119.51  3.000
 VOR  C19   C22  F3    118.69  3.000
 VOR  H23   C23  C18   120.78  3.000
 VOR  H23   C23  N9    118.22  3.000
 VOR  C18   C23  N9    121.00  3.000
 VOR  H24   C24  N9    117.38  3.000
 VOR  H24   C24  N6    116.86  3.000
 VOR  N9    C24  N6    125.76  3.000
 VOR  H25   C25  N8    123.42  3.000
 VOR  H25   C25  N7    122.00  3.000
 VOR  N8    C25  N7    114.58  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 VOR  CONST_01  N8   C25  N7   N5     0.00   0.0  0
 VOR  CONST_02  C25  N8   C21  N5     0.00   0.0  0
 VOR  CONST_03  C23  C18  C15  N6     0.00   0.0  0
 VOR  CONST_04  C23  N9   C24  N6     0.00   0.0  0
 VOR  CONST_05  N8   C21  N5   N7     0.00   0.0  0
 VOR  CONST_06  C21  N8   C25  N7     0.00   0.0  0
 VOR  CONST_07  C15  C18  C23  N9     0.00   0.0  0
 VOR  CONST_08  C15  N6   C24  N9     0.00   0.0  0
 VOR  CONST_09  C22  C19  C16  C13    0.00   0.0  0
 VOR  CONST_10  C22  C20  C17  C13    0.00   0.0  0
 VOR  CONST_11  C20  C17  C13  C16    0.00   0.0  0
 VOR  CONST_12  C20  C22  C19  C16    0.00   0.0  0
 VOR  CONST_13  C19  C16  C13  C17    0.00   0.0  0
 VOR  CONST_14  C19  C22  C20  C17    0.00   0.0  0
 VOR  CONST_15  C24  N6   C15  C18    0.00   0.0  0
 VOR  CONST_16  C24  N9   C23  C18    0.00   0.0  0
 VOR  CONST_17  C25  N7   N5   C21    0.00   0.0  0
 VOR  CONST_18  C17  C13  C16  F1   180.00   0.0  0
 VOR  CONST_19  C22  C19  C16  F1   180.00   0.0  0
 VOR  CONST_20  N6   C15  C18  F2   180.00   0.0  0
 VOR  CONST_21  N9   C23  C18  F2   180.00   0.0  0
 VOR  CONST_22  C16  C19  C22  F3   180.00   0.0  0
 VOR  CONST_23  C17  C20  C22  F3   180.00   0.0  0
 VOR  CONST_24  C12  N5   C21  N8   180.00   0.0  0
 VOR  CONST_25  C19  C16  C13  C10  180.00   0.0  0
 VOR  CONST_26  C20  C17  C13  C10  180.00   0.0  0
 VOR  CONST_27  C24  N6   C15  C11  180.00   0.0  0
 VOR  CONST_28  C23  C18  C15  C11  180.00   0.0  0
 VOR  CONST_29  C25  N7   N5   C12  180.00   0.0  0
 VOR  CONST_30  H25  C25  N7   N5   180.00   0.0  0
 VOR  CONST_31  H21  C21  N5   N7   180.00   0.0  0
 VOR  CONST_32  H19  C19  C16  C13  180.00   0.0  0
 VOR  CONST_33  H20  C20  C17  C13  180.00   0.0  0
 VOR  CONST_34  H24  C24  N6   C15  180.00   0.0  0
 VOR  CONST_35  H23  C23  C18  C15  180.00   0.0  0
 VOR  CONST_36  H17  C17  C13  C16  180.00   0.0  0
 VOR  Var_01    C10  C12  N5   N7   -78.32  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 VOR  chir_01  C10  C11  C12  C13  positiv
 VOR  chir_02  C11  C10  C14  C15  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
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