# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Aug  2 22:00:11 2022
#   Inital geometry file: a 126 line input string
#   Ligand name: 2-[2-(2-chlorophenyl)sulfanylethanoyl-[[4-(1,2,4-triazol-1-yl)phenyl]methyl]amino]-~{N}-methyl-ethanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CNC(=O)CN(Cc1ccc(cc1)n2cncn2)C(=O)CSc3ccccc3Cl
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VFE  VFE  "2-[2-(2-chlorophenyl)sulfanylethanoyl-[[4-(1,2,4-triazol-1-yl)phenyl]methyl]amino]-N-methyl-ethanamide"
  ligand  49  29  .  2022-08-11  2022-08-11
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_VFE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VFE  C25  C   CR16  0  -0.235   -8.1609  37.4359  21.1915
 VFE  C26  C   CR16  0  -0.278   -7.4124  38.3930  21.8599
 VFE  C9   C   CR16  0  -0.290   -9.9590  31.2606  19.2194
 VFE  C13  C   CR16  0  -0.276   -8.4035  32.7141  20.3103
 VFE  C10  C   CR16  0  -0.272   -9.2643  31.3953  18.0266
 VFE  C12  C   CR16  0  -0.292   -7.7071  32.8717  19.1260
 VFE  C24  C   CR16  0  -0.283   -9.2335  36.8153  21.8143
 VFE  C27  C   CR16  0  -0.198   -7.7460  38.7342  23.1616
 VFE  C17  C   CR15  0   0.009   -7.0624  32.4405  14.7366
 VFE  C15  C   CR15  0   0.103   -6.1169  32.5593  16.5878
 VFE  C8   C   CR6   0   0.114   -9.5440  31.9176  20.3710
 VFE  C11  C   CR6   0   0.360   -8.1413  32.2075  17.9842
 VFE  C23  C   CR6   0  -0.033   -9.5818  37.1427  23.1237
 VFE  C28  C   CR6   0  -0.065   -8.8183  38.1118  23.7777
 VFE  C3   C   C     0   0.571  -11.8986  33.8191  19.6511
 VFE  C19  C   C     0   0.594  -10.7069  33.9794  22.7170
 VFE  C1   C   CH3   0  -0.515  -12.3404  33.8630  17.2562
 VFE  C7   C   CH2   0  -0.413  -10.3476  31.8280  21.6425
 VFE  C5   C   CH2   0  -0.468  -12.2840  33.1852  20.9878
 VFE  C21  C   CH2   0  -0.776  -11.5892  35.2163  22.8695
 VFE  N16  N   N     0  -0.449   -5.8506  32.6206  15.3064
 VFE  N18  N   N     0  -0.253   -8.0444  32.2748  15.5865
 VFE  N14  N   NR5   0  -0.392   -7.4311  32.3558  16.7743
 VFE  N2   N   NH1   0  -0.618  -12.5715  33.3646  18.5916
 VFE  N6   N   NT    0  -0.430  -11.1529  33.0229  21.8675
 VFE  O4   O   O     0  -0.477  -11.0602  34.7062  19.5861
 VFE  O20  O   O     0  -0.464   -9.6806  33.8572  23.3600
 VFE  S22  S   S2    0   0.110  -10.9278  36.4360  24.0089
 VFE  CL   CL  CL    0  -0.118   -9.2233  38.5529  25.4051
 VFE  H1   H   HCR6  0   0.263   -7.9133  37.1633  20.1741
 VFE  H2   H   HCR6  0   0.266   -6.5741  38.8755  21.3761
 VFE  H3   H   HCR6  0   0.266  -10.8385  30.6286  19.2482
 VFE  H4   H   HCR6  0   0.261   -8.0637  33.2389  21.1938
 VFE  H5   H   HCR6  0   0.277   -9.5951  30.8706  17.1410
 VFE  H6   H   HCR6  0   0.281   -6.8429  33.5227  19.0943
 VFE  H7   H   HCR6  0   0.281   -9.7988  36.0828  21.2554
 VFE  H8   H   HCR6  0   0.280   -7.1761  39.4799  23.6995
 VFE  H9   H   HCR5  0   0.277   -7.2242  32.4351  13.6694
 VFE  H10  H   HCR5  0   0.309   -5.4069  32.6374  17.3967
 VFE  H11  H   HCH3  0   0.252  -13.0247  33.3616  16.5782
 VFE  H12  H   HCH3  0   0.243  -12.5191  34.9361  17.1927
 VFE  H13  H   HCH3  0   0.238  -11.3195  33.6630  16.9246
 VFE  H14  H   HCH2  0   0.278  -11.0223  30.9711  21.5974
 VFE  H15  H   HCH2  0   0.285   -9.6953  31.6818  22.5001
 VFE  H16  H   HCH2  0   0.312  -13.0527  33.8079  21.4478
 VFE  H17  H   HCH2  0   0.295  -12.7479  32.2080  20.8408
 VFE  H18  H   HCH2  0   0.318  -11.8251  35.6770  21.9106
 VFE  H19  H   HCH2  0   0.344  -12.5466  34.9308  23.3156
 VFE  H20  H   HNH1  0   0.408  -13.2104  32.5953  18.7074

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VFE  C17  N16  aromatic  1.351  0.020  1.351
 VFE  C17  N18  aromatic  1.309  0.020  1.309
 VFE  N16  C15  aromatic  1.310  0.020  1.310
 VFE  N18  N14  aromatic  1.339  0.020  1.339
 VFE  C15  N14  aromatic  1.343  0.020  1.343
 VFE  N14  C11  single    1.411  0.020  1.411
 VFE  C1   N2   single    1.444  0.020  1.444
 VFE  C11  C10  aromatic  1.387  0.020  1.387
 VFE  C11  C12  aromatic  1.390  0.020  1.390
 VFE  C10  C9   aromatic  1.387  0.020  1.387
 VFE  N2   C3   single    1.335  0.020  1.335
 VFE  C12  C13  aromatic  1.383  0.020  1.383
 VFE  C9   C8   aromatic  1.389  0.020  1.389
 VFE  C3   O4   double    1.222  0.020  1.222
 VFE  C3   C5   single    1.529  0.020  1.529
 VFE  C13  C8   aromatic  1.392  0.020  1.392
 VFE  C8   C7   single    1.507  0.020  1.507
 VFE  C5   N6   single    1.442  0.020  1.442
 VFE  C25  C26  aromatic  1.387  0.020  1.387
 VFE  C25  C24  aromatic  1.387  0.020  1.387
 VFE  C7   N6   single    1.458  0.020  1.458
 VFE  N6   C19  single    1.355  0.020  1.355
 VFE  C26  C27  aromatic  1.386  0.020  1.386
 VFE  C24  C23  aromatic  1.394  0.020  1.394
 VFE  C19  C21  single    1.527  0.020  1.527
 VFE  C19  O20  double    1.217  0.020  1.217
 VFE  C21  S22  single    1.795  0.020  1.795
 VFE  C27  C28  aromatic  1.384  0.020  1.384
 VFE  C23  C28  aromatic  1.396  0.020  1.396
 VFE  C23  S22  single    1.759  0.020  1.759
 VFE  C28  CL   single    1.734  0.020  1.734
 VFE  C25  H1   single    0.930  0.020  1.080
 VFE  C26  H2   single    0.930  0.020  1.080
 VFE  C9   H3   single    0.930  0.020  1.080
 VFE  C13  H4   single    0.930  0.020  1.080
 VFE  C10  H5   single    0.930  0.020  1.080
 VFE  C12  H6   single    0.930  0.020  1.080
 VFE  C24  H7   single    0.930  0.020  1.080
 VFE  C27  H8   single    0.930  0.020  1.080
 VFE  C17  H9   single    0.930  0.020  1.080
 VFE  C15  H10  single    0.930  0.020  1.080
 VFE  C1   H11  single    0.970  0.020  1.090
 VFE  C1   H12  single    0.970  0.020  1.090
 VFE  C1   H13  single    0.970  0.020  1.090
 VFE  C7   H14  single    0.970  0.020  1.090
 VFE  C7   H15  single    0.970  0.020  1.090
 VFE  C5   H16  single    0.970  0.020  1.090
 VFE  C5   H17  single    0.970  0.020  1.090
 VFE  C21  H18  single    0.970  0.020  1.090
 VFE  C21  H19  single    0.970  0.020  1.090
 VFE  N2   H20  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VFE  H1   C25  C24  119.11  3.000
 VFE  H1   C25  C26  120.24  3.000
 VFE  C24  C25  C26  120.65  3.000
 VFE  H2   C26  C27  119.79  3.000
 VFE  H2   C26  C25  120.71  3.000
 VFE  C27  C26  C25  119.50  3.000
 VFE  H3   C9   C8   119.76  3.000
 VFE  H3   C9   C10  119.08  3.000
 VFE  C8   C9   C10  121.16  3.000
 VFE  H4   C13  C8   119.93  3.000
 VFE  H4   C13  C12  119.06  3.000
 VFE  C8   C13  C12  121.00  3.000
 VFE  H5   C10  C11  120.47  3.000
 VFE  H5   C10  C9   120.27  3.000
 VFE  C11  C10  C9   119.26  3.000
 VFE  H6   C12  C11  120.83  3.000
 VFE  H6   C12  C13  119.71  3.000
 VFE  C11  C12  C13  119.44  3.000
 VFE  H7   C24  C23  120.94  3.000
 VFE  H7   C24  C25  118.39  3.000
 VFE  C23  C24  C25  120.66  3.000
 VFE  H8   C27  C28  119.78  3.000
 VFE  H8   C27  C26  120.64  3.000
 VFE  C28  C27  C26  119.58  3.000
 VFE  H9   C17  N18  121.92  3.000
 VFE  H9   C17  N16  123.51  3.000
 VFE  N18  C17  N16  114.57  3.000
 VFE  H10  C15  N14  123.42  3.000
 VFE  H10  C15  N16  126.59  3.000
 VFE  N14  C15  N16  109.99  3.000
 VFE  C7   C8   C13  120.51  3.000
 VFE  C7   C8   C9   120.80  3.000
 VFE  C13  C8   C9   118.62  3.000
 VFE  N14  C11  C12  119.79  3.000
 VFE  C12  C11  C10  120.51  3.000
 VFE  N14  C11  C10  119.70  3.000
 VFE  S22  C23  C28  117.48  3.000
 VFE  S22  C23  C24  124.71  3.000
 VFE  C28  C23  C24  117.80  3.000
 VFE  CL   C28  C23  119.23  3.000
 VFE  CL   C28  C27  118.96  3.000
 VFE  C23  C28  C27  121.81  3.000
 VFE  O4   C3   N2   123.41  3.000
 VFE  O4   C3   C5   121.36  3.000
 VFE  N2   C3   C5   115.19  3.000
 VFE  O20  C19  N6   122.54  3.000
 VFE  O20  C19  C21  121.05  3.000
 VFE  N6   C19  C21  116.38  3.000
 VFE  H13  C1   H12  108.42  3.000
 VFE  H13  C1   H11  108.36  3.000
 VFE  H12  C1   H11  108.36  3.000
 VFE  H13  C1   N2   111.55  3.000
 VFE  H12  C1   N2   111.57  3.000
 VFE  H11  C1   N2   108.49  3.000
 VFE  H15  C7   H14  107.32  3.000
 VFE  H15  C7   N6   108.64  3.000
 VFE  H14  C7   N6   107.96  3.000
 VFE  H15  C7   C8   110.71  3.000
 VFE  H14  C7   C8   109.97  3.000
 VFE  N6   C7   C8   112.08  3.000
 VFE  H17  C5   H16  105.56  3.000
 VFE  H17  C5   N6   108.34  3.000
 VFE  H16  C5   N6   111.08  3.000
 VFE  H17  C5   C3   111.14  3.000
 VFE  H16  C5   C3   108.03  3.000
 VFE  N6   C5   C3   112.48  3.000
 VFE  H19  C21  H18  106.24  3.000
 VFE  H19  C21  S22  103.94  3.000
 VFE  H18  C21  S22  110.55  3.000
 VFE  H19  C21  C19  109.57  3.000
 VFE  H18  C21  C19  112.32  3.000
 VFE  S22  C21  C19  113.63  3.000
 VFE  C15  N16  C17  102.94  3.000
 VFE  N14  N18  C17  102.98  3.000
 VFE  N18  N14  C11  121.59  3.000
 VFE  C11  N14  C15  128.88  3.000
 VFE  N18  N14  C15  109.52  3.000
 VFE  H20  N2   C1   118.15  3.000
 VFE  H20  N2   C3   119.26  3.000
 VFE  C1   N2   C3   122.40  3.000
 VFE  C5   N6   C7   115.54  3.000
 VFE  C7   N6   C19  119.57  3.000
 VFE  C5   N6   C19  124.14  3.000
 VFE  C21  S22  C23  103.62  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 VFE  CONST_01  C28  C27  C26  C25     0.00   0.0  0
 VFE  CONST_02  C28  C23  C24  C25     0.00   0.0  0
 VFE  CONST_03  C23  C24  C25  C26     0.00   0.0  0
 VFE  CONST_04  C23  C28  C27  C26     0.00   0.0  0
 VFE  CONST_05  N14  C11  C10  C9    180.00   0.0  0
 VFE  CONST_06  C12  C11  C10  C9      0.00   0.0  0
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 VFE  Var_27    H16  C5   N6   C7    155.60  30.0  2
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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