# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 23 05:07:09 2021
#   Inital geometry file: a 51 line input string
#   Ligand name: (1R,3S)-3-methylcyclohexan-1-ol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@H]1CCC[C@@H](O)C1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VF4  VF4  (1R,3S)-3-methylcyclohexan-1-ol  ligand  22  8  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_VF4
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VF4  C02   C  CH1   0   0.026  21.3282  -25.1569  -25.4838
 VF4  C03   C  CH2   0  -0.447  20.5680  -24.3567  -26.5302
 VF4  C04   C  CH1   0  -0.221  19.7231  -25.2047  -27.5145
 VF4  C05   C  CH3   0  -0.670  18.2647  -24.7516  -27.4995
 VF4  C06   C  CH2   0  -0.431  19.8378  -26.7055  -27.2283
 VF4  C07   C  CH2   0  -0.440  19.6131  -27.0530  -25.7571
 VF4  C08   C  CH2   0  -0.473  20.3923  -26.1398  -24.7882
 VF4  O01   O  OH1   0  -0.676  22.4274  -25.7960  -26.1118
 VF4  H021  H  HCH1  0   0.204  21.7000  -24.4528  -24.7248
 VF4  H032  H  HCH2  0   0.233  21.2685  -23.7176  -27.0740
 VF4  H031  H  HCH2  0   0.225  19.9113  -23.6744  -25.9822
 VF4  H041  H  HCH1  0   0.224  20.1034  -25.0374  -28.5262
 VF4  H051  H  HCH3  0   0.225  18.1785  -23.6861  -27.7221
 VF4  H052  H  HCH3  0   0.220  17.6722  -25.2932  -28.2397
 VF4  H053  H  HCH3  0   0.216  17.8077  -24.9172  -26.5212
 VF4  H062  H  HCH2  0   0.215  19.1124  -27.2457  -27.8434
 VF4  H061  H  HCH2  0   0.223  20.8230  -27.0562  -27.5369
 VF4  H071  H  HCH2  0   0.219  18.5462  -26.9939  -25.5286
 VF4  H072  H  HCH2  0   0.227  19.8884  -28.0970  -25.5965
 VF4  H082  H  HCH2  0   0.224  19.6936  -25.5461  -24.1926
 VF4  H081  H  HCH2  0   0.232  20.9577  -26.7348  -24.0646
 VF4  H011  H  HOH1  0   0.443  22.8524  -26.3655  -25.4631

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VF4  C05  C04   single  1.527  0.020  1.527
 VF4  C04  C06   single  1.532  0.020  1.532
 VF4  C04  C03   single  1.550  0.020  1.550
 VF4  C06  C07   single  1.528  0.020  1.528
 VF4  C03  C02   single  1.521  0.020  1.521
 VF4  O01  C02   single  1.418  0.020  1.418
 VF4  C07  C08   single  1.543  0.020  1.543
 VF4  C02  C08   single  1.525  0.020  1.525
 VF4  C02  H021  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C03  H032  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C03  H031  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C04  H041  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C05  H051  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C05  H052  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C05  H053  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C06  H062  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C06  H061  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C07  H071  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C07  H072  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C08  H082  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  C08  H081  single  0.970  0.020  1.090
 VF4  O01  H011  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VF4  H021  C02  O01   109.39  3.000
 VF4  H021  C02  C08   107.78  3.000
 VF4  O01   C02  C08   112.78  3.000
 VF4  H021  C02  C03   107.87  3.000
 VF4  C08   C02  C03   110.25  3.000
 VF4  O01   C02  C03   108.65  3.000
 VF4  H031  C03  H032  105.62  3.000
 VF4  H031  C03  C04   109.39  3.000
 VF4  H032  C03  C04   110.69  3.000
 VF4  H031  C03  C02   106.47  3.000
 VF4  H032  C03  C02   109.25  3.000
 VF4  C04   C03  C02   114.93  3.000
 VF4  H041  C04  C06   107.25  3.000
 VF4  H041  C04  C05   107.20  3.000
 VF4  C06   C04  C05   111.12  3.000
 VF4  H041  C04  C03   108.31  3.000
 VF4  C06   C04  C03   112.12  3.000
 VF4  C05   C04  C03   110.61  3.000
 VF4  H053  C05  H052  107.75  3.000
 VF4  H053  C05  H051  107.30  3.000
 VF4  H052  C05  H051  107.64  3.000
 VF4  H053  C05  C04   111.30  3.000
 VF4  H052  C05  C04   111.37  3.000
 VF4  H051  C05  C04   111.28  3.000
 VF4  H061  C06  H062  106.33  3.000
 VF4  H061  C06  C07   109.40  3.000
 VF4  H062  C06  C07   109.36  3.000
 VF4  H061  C06  C04   109.26  3.000
 VF4  H062  C06  C04   109.21  3.000
 VF4  C07   C06  C04   113.05  3.000
 VF4  H072  C07  H071  105.50  3.000
 VF4  H072  C07  C08   110.26  3.000
 VF4  H071  C07  C08   109.26  3.000
 VF4  H072  C07  C06   108.79  3.000
 VF4  H071  C07  C06   109.42  3.000
 VF4  C08   C07  C06   113.31  3.000
 VF4  H081  C08  H082  105.38  3.000
 VF4  H081  C08  C07   110.76  3.000
 VF4  H082  C08  C07   109.93  3.000
 VF4  H081  C08  C02   109.57  3.000
 VF4  H082  C08  C02   106.89  3.000
 VF4  C07   C08  C02   113.89  3.000
 VF4  H011  O01  C02   108.10  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 VF4  Var_01  C06  C07  C08  C02   -5.27  30.0  1
 VF4  Var_02  C08  C07  C06  C04  -46.69  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 VF4  chir_01  C02  C03  O01  C08  positiv
 VF4  chir_02  C04  C05  C06  C03  positiv

