# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 24 18:02:22 2022
#   Inital geometry file: a 133 line input string
#   Ligand name: 4-[(~{E})-2-[1-(7-chloranylheptyl)pyridin-1-ium-4-yl]ethenyl]-~{N},~{N}-dimethyl-aniline
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN(C)c1ccc(\C=C\c2cc[n+](CCCCCCCCl)cc2)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VF2  VF2  4-[(~{E})-2-[1-(7-chloranylheptyl)pyridin-1-ium-4-yl]ethenyl]-~{N},~{N}-dimethyl-aniline  ligand  55  25  .  2022-03-29  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_VF2
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VF2  C10  C   CR6   0   0.309  16.1827  -26.5992   7.5283
 VF2  C15  C   CH2   0  -0.429  17.5984  -22.2573   9.5641
 VF2  C17  C   CH2   0  -0.424  17.9086  -19.7801  10.0028
 VF2  C20  C   CH2   0  -0.449  16.9830  -16.8159  10.2066
 VF2  C22  C   CR16  0   0.087  16.0618  -25.1065   9.4214
 VF2  C24  C   CR16  0  -0.280  16.3476  -29.8542   3.8490
 VF2  C01  C   CH3   0  -0.540  12.7204  -32.8141   2.5697
 VF2  C03  C   CH3   0  -0.540  14.9063  -32.9150   1.3664
 VF2  C04  C   CR6   0   0.403  14.5486  -31.3309   3.1693
 VF2  C05  C   CR16  0  -0.325  13.7548  -30.7431   4.1855
 VF2  C06  C   CR16  0  -0.303  14.2524  -29.7514   4.9946
 VF2  C07  C   CR6   0   0.123  15.5660  -29.2726   4.8579
 VF2  C08  C   C1    0  -0.263  16.1413  -28.2489   5.6875
 VF2  C09  C   C1    0  -0.338  15.5461  -27.5969   6.7131
 VF2  C11  C   CR16  0  -0.432  17.4950  -26.1270   7.3367
 VF2  C12  C   CR16  0   0.086  18.0254  -25.1913   8.1788
 VF2  N13  N   NR6   1  -0.431  17.3233  -24.6941   9.2126
 VF2  C14  C   CH2   0  -0.335  17.9095  -23.6559  10.0724
 VF2  C16  C   CH2   0  -0.422  18.1769  -21.1975  10.4927
 VF2  C18  C   CH2   0  -0.435  18.4657  -18.7240  10.9517
 VF2  C19  C   CH2   0  -0.425  18.4038  -17.2943  10.4147
 VF2  C23  C   CR16  0  -0.417  15.4790  -26.0394   8.6100
 VF2  C25  C   CR16  0  -0.344  15.8693  -30.8487   3.0272
 VF2  CL1  CL  CL    0  -0.184  16.9627  -15.1019   9.6354
 VF2  H1   H   HCH2  0   0.243  18.0074  -22.1357   8.5569
 VF2  H2   H   HCH2  0   0.244  16.5149  -22.1308   9.4860
 VF2  H3   H   HCH2  0   0.218  18.3530  -19.6490   9.0103
 VF2  H4   H   HCH2  0   0.222  16.8301  -19.6464   9.8742
 VF2  H5   H   HCH2  0   0.280  16.4548  -17.3940   9.4519
 VF2  H6   H   HCH2  0   0.275  16.4098  -16.8439  11.1320
 VF2  H7   H   HCR6  0   0.339  15.5419  -24.6709  10.2630
 VF2  H8   H   HCR6  0   0.258  17.3672  -29.5133   3.7102
 VF2  H9   H   HCH3  0   0.241  12.5885  -33.2580   3.5597
 VF2  H10  H   HCH3  0   0.243  11.9695  -32.0302   2.4465
 VF2  H11  H   HCH3  0   0.263  12.5160  -33.5833   1.8311
 VF2  H12  H   HCH3  0   0.243  15.2672  -32.1782   0.6450
 VF2  H13  H   HCH3  0   0.241  15.7748  -33.4156   1.8029
 VF2  H14  H   HCH3  0   0.262  14.3352  -33.6578   0.8180
 VF2  H15  H   HCR6  0   0.274  12.7371  -31.0701   4.3439
 VF2  H16  H   HCR6  0   0.256  13.5980  -29.3422   5.7541
 VF2  H17  H   H     0   0.268  17.1708  -28.0040   5.4430
 VF2  H18  H   H     0   0.265  14.5216  -27.8281   6.9814
 VF2  H19  H   HCR6  0   0.297  18.1189  -26.4850   6.5312
 VF2  H20  H   HCR6  0   0.339  19.0311  -24.8161   8.0548
 VF2  H21  H   HCH2  0   0.288  17.5166  -23.8045  11.0777
 VF2  H22  H   HCH2  0   0.289  18.9841  -23.8301  10.1105
 VF2  H23  H   HCH2  0   0.225  17.7564  -21.3234  11.4957
 VF2  H24  H   HCH2  0   0.225  19.2569  -21.3467  10.5916
 VF2  H25  H   HCH2  0   0.222  17.9430  -18.7796  11.9117
 VF2  H26  H   HCH2  0   0.232  19.5135  -18.9541  11.1642
 VF2  H27  H   HCH2  0   0.243  18.9037  -16.6254  11.1181
 VF2  H28  H   HCH2  0   0.233  18.9515  -17.2322   9.4710
 VF2  H29  H   HCR6  0   0.299  14.4647  -26.3475   8.8224
 VF2  H30  H   HCR6  0   0.272  16.5275  -31.2561   2.2735
 VF2  N02  N   NT    0  -0.493  14.0622  -32.3107   2.3736

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VF2  C03  N02  single    1.446  0.020  1.446
 VF2  C01  N02  single    1.446  0.020  1.446
 VF2  N02  C04  single    1.353  0.020  1.353
 VF2  C25  C04  aromatic  1.413  0.020  1.413
 VF2  C25  C24  aromatic  1.376  0.020  1.376
 VF2  C04  C05  aromatic  1.417  0.020  1.417
 VF2  C24  C07  aromatic  1.402  0.020  1.402
 VF2  C05  C06  aromatic  1.373  0.020  1.373
 VF2  C07  C06  aromatic  1.405  0.020  1.405
 VF2  C07  C08  single    1.438  0.020  1.438
 VF2  C08  C09  double    1.353  0.020  1.353
 VF2  C09  C10  single    1.437  0.020  1.437
 VF2  C11  C10  aromatic  1.408  0.020  1.408
 VF2  C11  C12  aromatic  1.366  0.020  1.366
 VF2  C10  C23  aromatic  1.407  0.020  1.407
 VF2  C12  N13  aromatic  1.345  0.020  1.345
 VF2  C23  C22  aromatic  1.367  0.020  1.367
 VF2  N13  C22  aromatic  1.344  0.020  1.344
 VF2  N13  C14  single    1.470  0.020  1.470
 VF2  C15  C14  single    1.520  0.020  1.520
 VF2  C15  C16  single    1.523  0.020  1.523
 VF2  C17  C16  single    1.523  0.020  1.523
 VF2  C17  C18  single    1.525  0.020  1.525
 VF2  C19  C18  single    1.528  0.020  1.528
 VF2  C19  C20  single    1.514  0.020  1.514
 VF2  C20  CL1  single    1.807  0.020  1.807
 VF2  C15  H1   single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C15  H2   single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C17  H3   single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C17  H4   single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C20  H5   single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C20  H6   single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C22  H7   single    0.930  0.020  1.080
 VF2  C24  H8   single    0.930  0.020  1.080
 VF2  C01  H9   single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C01  H10  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C01  H11  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C03  H12  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C03  H13  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C03  H14  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C05  H15  single    0.930  0.020  1.080
 VF2  C06  H16  single    0.930  0.020  1.080
 VF2  C08  H17  single    0.930  0.020  1.080
 VF2  C09  H18  single    0.930  0.020  1.080
 VF2  C11  H19  single    0.930  0.020  1.080
 VF2  C12  H20  single    0.930  0.020  1.080
 VF2  C14  H21  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C14  H22  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C16  H23  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C16  H24  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C18  H25  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C18  H26  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C19  H27  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C19  H28  single    0.970  0.020  1.090
 VF2  C23  H29  single    0.930  0.020  1.080
 VF2  C25  H30  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VF2  C23  C10  C11  115.95  3.000
 VF2  C23  C10  C09  119.40  3.000
 VF2  C11  C10  C09  124.65  3.000
 VF2  H2   C15  H1   106.97  3.000
 VF2  H2   C15  C16  109.84  3.000
 VF2  H1   C15  C16  110.00  3.000
 VF2  H2   C15  C14  109.45  3.000
 VF2  H1   C15  C14  109.49  3.000
 VF2  C16  C15  C14  111.01  3.000
 VF2  H4   C17  H3   106.19  3.000
 VF2  H4   C17  C18  110.40  3.000
 VF2  H3   C17  C18  109.43  3.000
 VF2  H4   C17  C16  108.97  3.000
 VF2  H3   C17  C16  109.34  3.000
 VF2  C18  C17  C16  112.32  3.000
 VF2  H6   C20  H5   108.69  3.000
 VF2  H6   C20  CL1  106.68  3.000
 VF2  H5   C20  CL1  106.22  3.000
 VF2  H6   C20  C19  111.66  3.000
 VF2  H5   C20  C19  112.54  3.000
 VF2  CL1  C20  C19  110.73  3.000
 VF2  H7   C22  C23  122.15  3.000
 VF2  H7   C22  N13  116.68  3.000
 VF2  C23  C22  N13  121.17  3.000
 VF2  H8   C24  C25  118.54  3.000
 VF2  H8   C24  C07  119.07  3.000
 VF2  C25  C24  C07  122.39  3.000
 VF2  H11  C01  H10  107.59  3.000
 VF2  H11  C01  H9   107.80  3.000
 VF2  H10  C01  H9   108.09  3.000
 VF2  H11  C01  N02  109.21  3.000
 VF2  H10  C01  N02  111.88  3.000
 VF2  H9   C01  N02  112.09  3.000
 VF2  H14  C03  H13  107.83  3.000
 VF2  H14  C03  H12  107.56  3.000
 VF2  H13  C03  H12  108.06  3.000
 VF2  H14  C03  N02  109.31  3.000
 VF2  H13  C03  N02  112.14  3.000
 VF2  H12  C03  N02  111.77  3.000
 VF2  C25  C04  C05  117.00  3.000
 VF2  C05  C04  N02  121.39  3.000
 VF2  C25  C04  N02  121.61  3.000
 VF2  H15  C05  C06  118.26  3.000
 VF2  H15  C05  C04  120.47  3.000
 VF2  C06  C05  C04  121.27  3.000
 VF2  H16  C06  C07  120.30  3.000
 VF2  H16  C06  C05  117.86  3.000
 VF2  C07  C06  C05  121.84  3.000
 VF2  C08  C07  C06  124.10  3.000
 VF2  C08  C07  C24  119.17  3.000
 VF2  C06  C07  C24  116.73  3.000
 VF2  H17  C08  C09  118.62  3.000
 VF2  H17  C08  C07  114.20  3.000
 VF2  C09  C08  C07  127.18  3.000
 VF2  H18  C09  C08  120.04  3.000
 VF2  H18  C09  C10  115.23  3.000
 VF2  C08  C09  C10  124.72  3.000
 VF2  H19  C11  C12  117.56  3.000
 VF2  H19  C11  C10  121.93  3.000
 VF2  C12  C11  C10  120.51  3.000
 VF2  H20  C12  N13  116.47  3.000
 VF2  H20  C12  C11  121.90  3.000
 VF2  N13  C12  C11  121.63  3.000
 VF2  C14  N13  C12  120.17  3.000
 VF2  C14  N13  C22  120.02  3.000
 VF2  C12  N13  C22  119.74  3.000
 VF2  H22  C14  H21  107.55  3.000
 VF2  H22  C14  N13  107.51  3.000
 VF2  H21  C14  N13  107.43  3.000
 VF2  H22  C14  C15  111.14  3.000
 VF2  H21  C14  C15  111.11  3.000
 VF2  N13  C14  C15  111.88  3.000
 VF2  H24  C16  H23  106.29  3.000
 VF2  H24  C16  C17  109.25  3.000
 VF2  H23  C16  C17  109.51  3.000
 VF2  H24  C16  C15  109.57  3.000
 VF2  H23  C16  C15  109.42  3.000
 VF2  C17  C16  C15  112.60  3.000
 VF2  H26  C18  H25  106.04  3.000
 VF2  H26  C18  C19  107.69  3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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