# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 24 09:49:52 2022
#   Inital geometry file: a 127 line input string
#   Ligand name: 3-[3-(carboxymethyl)-6-(3-methoxyphenyl)-1-benzofuran-2-yl]benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1cccc(c1)c2ccc3c(CC(O)=O)c(oc3c2)c4cccc(c4)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VED  VED  '3-[3-(carboxymethyl)-6-(3-methoxyphenyl)-1-benzofuran-2-yl]benzoic acid'  ligand  46  30  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_VED
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VED  C10   C  CR6    0  -0.074  21.6194   -5.7816   0.5391
 VED  C17   C  CR16   0  -0.416  19.5271  -11.5145   4.3189
 VED  C20   C  CR16   0  -0.456  17.9047  -14.7246   5.0619
 VED  C21   C  CR6    0   0.405  17.7397  -15.6632   6.0754
 VED  C24   C  CR16   0  -0.352  17.9836  -15.3009   7.4022
 VED  C26   C  CR16   0  -0.342  18.5515  -13.0688   6.6864
 VED  C28   C  CR16   0  -0.350  17.6907  -11.4913   2.1634
 VED  C02   C  C      0   0.420  17.3186   -8.2087   0.1539
 VED  C04   C  CR5    0   0.057  19.1864   -9.5028   1.3507
 VED  C05   C  CR5    0   0.323  20.2857   -8.9920   1.9686
 VED  C06   C  CR6    0   0.007  21.2080   -7.9216   1.6160
 VED  C07   C  CR16   0  -0.311  22.5618   -8.0041   1.9570
 VED  C08   C  CR16   0  -0.232  23.4297   -6.9899   1.5862
 VED  C09   C  CR16   0  -0.298  22.9664   -5.8914   0.8737
 VED  C11   C  C      0   0.396  21.0934   -4.5674  -0.2266
 VED  C14   C  CR16   0  -0.384  20.7514   -6.7963   0.9275
 VED  C16   C  CR56   0   0.391  19.6235  -10.6123   3.2781
 VED  C18   C  CR6    0   0.060  18.4776  -12.4316   4.2744
 VED  C19   C  CR6    0   0.118  18.3108  -13.4198   5.3605
 VED  C23   C  CH3    0  -0.437  17.0760  -17.3572   4.5498
 VED  C25   C  CR16   0  -0.224  18.3862  -14.0110   7.6939
 VED  C27   C  CR16   0  -0.309  17.5756  -12.4059   3.1937
 VED  C29   C  CR56   0   0.044  18.7367  -10.5691   2.2033
 VED  O01   O  O      0  -0.602  16.4683   -8.3437  -0.7448
 VED  O12   O  O      0  -0.584  19.8613   -4.5144  -0.4025
 VED  O13   O  OC    -1  -0.587  21.9441   -3.7420  -0.6093
 VED  O15   O  O      0  -0.476  20.5648   -9.6602   3.1334
 VED  O30   O  OC    -1  -0.589  17.3007   -7.3889   1.0917
 VED  H171  H  HCR6   0   0.263  20.2506  -11.5233   5.1244
 VED  H201  H  HCR6   0   0.276  17.7446  -14.9974   4.0273
 VED  H241  H  HCR6   0   0.260  17.8547  -16.0326   8.1899
 VED  H261  H  HCR6   0   0.249  18.8430  -12.0577   6.9393
 VED  H281  H  HCR6   0   0.252  16.9755  -11.4893   1.3506
 VED  H032  H  HCH2   0   0.235  18.2897  -10.0480  -0.4838
 VED  H031  H  HCH2   0   0.252  19.2962   -8.6247  -0.5799
 VED  H071  H  HCR6   0   0.248  22.9424   -8.8624   2.4955
 VED  H081  H  HCR6   0   0.248  24.4775   -7.0610   1.8498
 VED  H091  H  HCR6   0   0.242  23.6554   -5.1102   0.5824
 VED  H141  H  HCR6   0   0.257  19.6952   -6.6969   0.7181
 VED  H233  H  HCH3   0   0.259  16.7800  -18.4015   4.6140
 VED  H231  H  HCH3   0   0.227  16.2559  -16.7855   4.1072
 VED  H232  H  HCH3   0   0.227  17.9498  -17.2804   3.8973
 VED  H251  H  HCR6   0   0.256  18.5657  -13.7313   8.7241
 VED  H271  H  HCR6   0   0.251  16.7505  -13.1067   3.1784
 VED  C03   C  CH2    0  -0.729  18.5627   -9.1359   0.0525
 VED  O22   O  O2     0  -0.469  17.3604  -16.9388   5.8687

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VED  O01  C02   deloc     1.245  0.020  1.245
 VED  O12  C11   deloc     1.246  0.020  1.246
 VED  C03  C02   single    1.555  0.020  1.555
 VED  C03  C04   single    1.486  0.020  1.486
 VED  C02  O30   deloc     1.246  0.020  1.246
 VED  C11  C10   single    1.529  0.020  1.529
 VED  C11  O13   deloc     1.246  0.020  1.246
 VED  C10  C09   aromatic  1.392  0.020  1.392
 VED  C10  C14   aromatic  1.391  0.020  1.391
 VED  C09  C08   aromatic  1.389  0.020  1.389
 VED  C14  C06   aromatic  1.396  0.020  1.396
 VED  C08  C07   aromatic  1.385  0.020  1.385
 VED  C04  C05   aromatic  1.360  0.020  1.360
 VED  C04  C29   aromatic  1.437  0.020  1.437
 VED  C07  C06   aromatic  1.398  0.020  1.398
 VED  C06  C05   single    1.456  0.020  1.456
 VED  C05  O15   aromatic  1.372  0.020  1.372
 VED  C29  C28   aromatic  1.395  0.020  1.395
 VED  C29  C16   aromatic  1.394  0.020  1.394
 VED  C28  C27   aromatic  1.382  0.020  1.382
 VED  O15  C16   aromatic  1.347  0.020  1.347
 VED  C27  C18   aromatic  1.408  0.020  1.408
 VED  C16  C17   aromatic  1.381  0.020  1.381
 VED  C17  C18   aromatic  1.394  0.020  1.394
 VED  C18  C19   single    1.478  0.020  1.478
 VED  C23  O22   single    1.413  0.020  1.413
 VED  C20  C19   aromatic  1.399  0.020  1.399
 VED  C20  C21   aromatic  1.391  0.020  1.391
 VED  C19  C26   aromatic  1.392  0.020  1.392
 VED  O22  C21   single    1.347  0.020  1.347
 VED  C21  C24   aromatic  1.397  0.020  1.397
 VED  C26  C25   aromatic  1.389  0.020  1.389
 VED  C24  C25   aromatic  1.382  0.020  1.382
 VED  C17  H171  single    0.930  0.020  1.080
 VED  C20  H201  single    0.930  0.020  1.080
 VED  C24  H241  single    0.930  0.020  1.080
 VED  C26  H261  single    0.930  0.020  1.080
 VED  C28  H281  single    0.930  0.020  1.080
 VED  C03  H032  single    0.970  0.020  1.090
 VED  C03  H031  single    0.970  0.020  1.090
 VED  C07  H071  single    0.930  0.020  1.080
 VED  C08  H081  single    0.930  0.020  1.080
 VED  C09  H091  single    0.930  0.020  1.080
 VED  C14  H141  single    0.930  0.020  1.080
 VED  C23  H233  single    0.970  0.020  1.090
 VED  C23  H231  single    0.970  0.020  1.090
 VED  C23  H232  single    0.970  0.020  1.090
 VED  C25  H251  single    0.930  0.020  1.080
 VED  C27  H271  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VED  C14   C10  C11   120.31  3.000
 VED  C14   C10  C09   118.63  3.000
 VED  C11   C10  C09   121.06  3.000
 VED  H171  C17  C18   121.42  3.000
 VED  H171  C17  C16   121.30  3.000
 VED  C18   C17  C16   117.27  3.000
 VED  H201  C20  C19   118.84  3.000
 VED  H201  C20  C21   120.59  3.000
 VED  C19   C20  C21   120.55  3.000
 VED  O22   C21  C24   116.15  3.000
 VED  C24   C21  C20   119.75  3.000
 VED  O22   C21  C20   124.10  3.000
 VED  H241  C24  C25   120.78  3.000
 VED  H241  C24  C21   119.66  3.000
 VED  C25   C24  C21   119.56  3.000
 VED  H261  C26  C25   119.75  3.000
 VED  H261  C26  C19   120.31  3.000
 VED  C25   C26  C19   119.93  3.000
 VED  H281  C28  C29   121.04  3.000
 VED  H281  C28  C27   120.38  3.000
 VED  C29   C28  C27   118.58  3.000
 VED  O30   C02  O01   127.24  3.000
 VED  O30   C02  C03   116.94  3.000
 VED  O01   C02  C03   115.78  3.000
 VED  C29   C04  C05   105.19  3.000
 VED  C29   C04  C03   124.74  3.000
 VED  C05   C04  C03   130.02  3.000
 VED  O15   C05  C06   115.77  3.000
 VED  O15   C05  C04   111.54  3.000
 VED  C06   C05  C04   132.67  3.000
 VED  C14   C06  C07   118.98  3.000
 VED  C07   C06  C05   120.71  3.000
 VED  C14   C06  C05   120.31  3.000
 VED  H071  C07  C08   119.57  3.000
 VED  H071  C07  C06   120.56  3.000
 VED  C08   C07  C06   119.87  3.000
 VED  H081  C08  C09   119.98  3.000
 VED  H081  C08  C07   119.53  3.000
 VED  C09   C08  C07   120.49  3.000
 VED  H091  C09  C08   119.80  3.000
 VED  H091  C09  C10   119.64  3.000
 VED  C08   C09  C10   120.56  3.000
 VED  O13   C11  O12   127.15  3.000
 VED  O13   C11  C10   116.43  3.000
 VED  O12   C11  C10   116.41  3.000
 VED  H141  C14  C06   119.28  3.000
 VED  H141  C14  C10   119.24  3.000
 VED  C06   C14  C10   121.45  3.000
 VED  O15   C16  C29   109.87  3.000
 VED  O15   C16  C17   126.28  3.000
 VED  C29   C16  C17   123.85  3.000
 VED  C27   C18  C19   120.27  3.000
 VED  C19   C18  C17   120.08  3.000
 VED  C27   C18  C17   119.65  3.000
 VED  C18   C19  C26   120.77  3.000
 VED  C26   C19  C20   119.25  3.000
 VED  C18   C19  C20   119.97  3.000
 VED  H232  C23  H231  108.73  3.000
 VED  H232  C23  H233  108.69  3.000
 VED  H231  C23  H233  108.78  3.000
 VED  H232  C23  O22   112.06  3.000
 VED  H231  C23  O22   111.97  3.000
 VED  H233  C23  O22   106.51  3.000
 VED  H251  C25  C26   119.68  3.000
 VED  H251  C25  C24   119.36  3.000
 VED  C26   C25  C24   120.96  3.000
 VED  H271  C27  C18   119.16  3.000
 VED  H271  C27  C28   118.76  3.000
 VED  C18   C27  C28   122.06  3.000
 VED  C16   C29  C04   106.33  3.000
 VED  C16   C29  C28   118.59  3.000
 VED  C04   C29  C28   135.08  3.000
 VED  C16   O15  C05   107.07  3.000
 VED  H031  C03  H032  105.87  3.000
 VED  H031  C03  C04   109.79  3.000
 VED  H032  C03  C04   109.11  3.000
 VED  H031  C03  C02   107.17  3.000
 VED  H032  C03  C02   109.26  3.000
 VED  C04   C03  C02   115.22  3.000
 VED  C23   O22  C21   118.72  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 VED  CONST_01  C07   C08  C09  C10     0.00   0.0  0
 VED  CONST_02  C07   C06  C14  C10     0.00   0.0  0
 VED  CONST_03  C05   C06  C14  C10   180.00   0.0  0
 VED  CONST_04  C04   C29  C16  C17   180.00   0.0  0
 VED  CONST_05  C28   C29  C16  C17     0.00   0.0  0
 VED  CONST_06  C05   O15  C16  C17   180.00   0.0  0
 VED  CONST_07  C28   C27  C18  C17     0.00   0.0  0
 VED  CONST_11  C25   C26  C19  C20     0.00   0.0  0
 VED  CONST_12  C25   C24  C21  C20     0.00   0.0  0
 VED  CONST_13  C18   C19  C20  C21   180.00   0.0  0
 VED  CONST_14  C26   C19  C20  C21     0.00   0.0  0
 VED  CONST_15  C26   C25  C24  C21     0.00   0.0  0
 VED  CONST_16  C19   C20  C21  C24     0.00   0.0  0
 VED  CONST_17  C19   C26  C25  C24     0.00   0.0  0
 VED  CONST_19  C05   C04  C29  C28   180.00   0.0  0
 VED  CONST_20  O15   C16  C29  C28   180.00   0.0  0
 VED  CONST_21  C19   C18  C27  C28   180.00   0.0  0
 VED  CONST_24  C16   O15  C05  C04     0.00   0.0  0
 VED  CONST_25  C27   C28  C29  C04   180.00   0.0  0
 VED  CONST_26  O15   C16  C29  C04     0.00   0.0  0
 VED  CONST_27  C16   C29  C04  C05     0.00   0.0  0
 VED  CONST_28  C08   C07  C06  C05   180.00   0.0  0
 VED  CONST_29  C29   C16  O15  C05     0.00   0.0  0
 VED  CONST_30  C09   C10  C14  C06     0.00   0.0  0
 VED  CONST_31  C09   C08  C07  C06     0.00   0.0  0
 VED  CONST_32  C29   C04  C05  C06   180.00   0.0  0
 VED  CONST_33  C16   O15  C05  C06   180.00   0.0  0
 VED  CONST_35  C14   C10  C09  C08     0.00   0.0  0
 VED  CONST_36  C14   C06  C07  C08     0.00   0.0  0
 VED  CONST_38  C27   C28  C29  C16     0.00   0.0  0
 VED  CONST_39  C27   C18  C17  C16     0.00   0.0  0
 VED  CONST_40  C19   C18  C17  C16   180.00   0.0  0
 VED  CONST_41  C29   C28  C27  C18     0.00   0.0  0
 VED  CONST_42  C29   C16  C17  C18     0.00   0.0  0
 VED  CONST_43  O15   C16  C17  C18   180.00   0.0  0
 VED  CONST_44  C25   C26  C19  C18   180.00   0.0  0
 VED  CONST_45  O15   C05  C04  C29     0.00   0.0  0
 VED  CONST_46  C03   C04  C29  C28     0.00   0.0  0
 VED  CONST_47  C06   C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 VED  CONST_48  O15   C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 VED  CONST_49  C16   C29  C04  C03   180.00   0.0  0
 VED  CONST_50  C11   C10  C14  C06   180.00   0.0  0
 VED  CONST_51  C11   C10  C09  C08   180.00   0.0  0
 VED  CONST_52  O22   C21  C20  C19   180.00   0.0  0
 VED  CONST_53  O22   C21  C24  C25   180.00   0.0  0
 VED  CONST_54  H081  C08  C09  C10   180.00   0.0  0
 VED  CONST_55  H271  C27  C18  C17   180.00   0.0  0
 VED  CONST_56  H261  C26  C19  C20   180.00   0.0  0
 VED  CONST_57  H241  C24  C21  C20   180.00   0.0  0
 VED  CONST_58  H251  C25  C24  C21   180.00   0.0  0
 VED  CONST_59  H201  C20  C21  C24   180.00   0.0  0
 VED  CONST_60  H281  C28  C29  C04     0.00   0.0  0
 VED  CONST_61  H141  C14  C06  C05     0.00   0.0  0
 VED  CONST_62  H071  C07  C06  C05     0.00   0.0  0
 VED  CONST_63  H091  C09  C08  C07   180.00   0.0  0
 VED  CONST_64  H171  C17  C18  C19     0.00   0.0  0
 VED  Var_01    C05   C04  C03  C02   -99.89  30.0  2
 VED  Var_02    O12   C11  C10  C09  -175.36  30.0  2
 VED  Var_03    O01   C02  C03  C04  -149.98  30.0  3
 VED  Var_04    H233  C23  O22  C21  -179.19  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 VED  plan-1  C10   0.020
 VED  plan-1  C05   0.020
 VED  plan-1  C06   0.020
 VED  plan-1  C07   0.020
 VED  plan-1  C08   0.020
 VED  plan-1  C09   0.020
 VED  plan-1  C11   0.020
 VED  plan-1  C14   0.020
 VED  plan-1  H071  0.020
 VED  plan-1  H081  0.020
 VED  plan-1  H091  0.020
 VED  plan-1  H141  0.020
 VED  plan-2  C20   0.020
 VED  plan-2  C21   0.020
 VED  plan-2  C24   0.020
 VED  plan-2  C26   0.020
 VED  plan-2  C18   0.020
 VED  plan-2  C19   0.020
 VED  plan-2  C25   0.020
 VED  plan-2  H201  0.020
 VED  plan-2  H241  0.020
 VED  plan-2  H261  0.020
 VED  plan-2  H251  0.020
 VED  plan-2  O22   0.020
 VED  plan-3  C17   0.020
 VED  plan-3  C28   0.020
 VED  plan-3  C04   0.020
 VED  plan-3  C05   0.020
 VED  plan-3  C06   0.020
 VED  plan-3  C16   0.020
 VED  plan-3  C18   0.020
 VED  plan-3  C19   0.020
 VED  plan-3  C27   0.020
 VED  plan-3  C29   0.020
 VED  plan-3  O15   0.020
 VED  plan-3  H171  0.020
 VED  plan-3  H281  0.020
 VED  plan-3  H271  0.020
 VED  plan-3  C03   0.020
 VED  plan-4  C02   0.020
 VED  plan-4  O01   0.020
 VED  plan-4  O30   0.020
 VED  plan-4  C03   0.020
 VED  plan-5  C10   0.020
 VED  plan-5  C11   0.020
 VED  plan-5  O12   0.020
 VED  plan-5  O13   0.020

