# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar 23 22:45:13 2022
#   Inital geometry file: a 49 line input string
#   Ligand name: (2S)-2-amino-3-methylbutane-1,1-diol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)[C@H](N)C(O)O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VAI  VAI  (2S)-2-amino-3-methylbutane-1,1-diol  peptide  21  8  .  2016-04-26  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT (side chain)
;

data_comp_VAI
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VAI  C     C  CH1   0   0.280  -7.5355  32.6946  -0.7414
 VAI  N     N  NH2   0  -0.813  -7.4388  34.8385  -1.8465
 VAI  O     O  OH1   0  -0.664  -7.2937  32.0423   0.4698
 VAI  CA    C  CH1   0  -0.116  -7.1315  34.1603  -0.5942
 VAI  CB    C  CH1   0  -0.225  -7.8257  34.8562   0.5882
 VAI  CG1   C  CH3   0  -0.669  -7.3277  36.2923   0.7433
 VAI  CG2   C  CH3   0  -0.661  -9.3500  34.8328   0.5089
 VAI  H1    H  HCH1  0   0.186  -8.6011  32.6348  -1.0028
 VAI  OXT   O  OH1   0  -0.672  -6.7688  32.1545  -1.7852
 VAI  H     H  HNH2  0   0.347  -7.0776  35.7827  -1.8177
 VAI  H2    H  HNH2  0   0.343  -6.9459  34.3825  -2.6032
 VAI  HO    H  HOH1  0   0.454  -7.7907  31.2184   0.4900
 VAI  HA    H  HCH1  0   0.203  -6.0498  34.1689  -0.3701
 VAI  HB    H  HCH1  0   0.224  -7.5243  34.3149   1.4885
 VAI  HG11  H  HCH3  0   0.231  -7.6908  36.7244   1.6770
 VAI  HG12  H  HCH3  0   0.224  -6.2369  36.3426   0.7591
 VAI  HG13  H  HCH3  0   0.214  -7.6823  36.9382  -0.0633
 VAI  HG21  H  HCH3  0   0.222  -9.7813  35.3641   1.3590
 VAI  HG22  H  HCH3  0   0.215  -9.7065  35.3188  -0.3999
 VAI  HG23  H  HCH3  0   0.223  -9.7515  33.8190   0.5270
 VAI  HXT   H  HOH1  0   0.453  -7.2081  31.3713  -2.1313

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VAI  C    CA    single  1.525  0.021  1.525
 VAI  C    O     single  1.231  0.020  1.231
 VAI  C    H1    single  0.970  0.020  1.090
 VAI  C    OXT   single  1.403  0.020  1.403
 VAI  N    CA    single  1.458  0.019  1.458
 VAI  N    H     single  0.860  0.020  0.860
 VAI  N    H2    single  0.890  0.020  1.040
 VAI  O    HO    single  0.850  0.020  0.980
 VAI  CA   CB    single  1.540  0.027  1.540
 VAI  CA   HA    single  0.970  0.020  0.970
 VAI  CB   CG1   single  1.528  0.020  1.528
 VAI  CB   HB    single  0.970  0.020  1.090
 VAI  CG1  HG11  single  0.970  0.020  1.090
 VAI  CG1  HG12  single  0.970  0.020  1.090
 VAI  CG1  HG13  single  0.970  0.020  1.090
 VAI  CG2  CB    single  1.527  0.020  1.527
 VAI  CG2  HG21  single  0.970  0.020  1.090
 VAI  CG2  HG22  single  0.970  0.020  1.090
 VAI  CG2  HG23  single  0.970  0.020  1.090
 VAI  OXT  HXT   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VAI  OXT   C    H1    109.39  3.000
 VAI  OXT   C    CA    107.25  3.000
 VAI  H1    C    CA    109.37  3.000
 VAI  OXT   C    O     111.76  3.000
 VAI  H1    C    O     110.41  3.000
 VAI  CA    C    O     120.80  1.700
 VAI  H2    N    H     105.55  3.000
 VAI  H2    N    CA    109.29  3.000
 VAI  H     N    CA    114.00  3.000
 VAI  HO    O    C     109.18  3.000
 VAI  HA    CA   CB    109.00  3.000
 VAI  HA    CA   N     110.00  3.000
 VAI  CB    CA   N     111.50  1.700
 VAI  HA    CA   C     109.00  3.000
 VAI  CB    CA   C     111.40  1.900
 VAI  N     CA   C     111.00  2.800
 VAI  HB    CB   CG2   108.10  3.000
 VAI  CG2   CB   CG1   110.19  3.000
 VAI  HB    CB   CG1   106.98  3.000
 VAI  CG2   CB   CA    113.83  3.000
 VAI  HB    CB   CA    106.54  3.000
 VAI  CG1   CB   CA    110.87  3.000
 VAI  HG13  CG1  HG12  107.91  3.000
 VAI  HG13  CG1  HG11  106.84  3.000
 VAI  HG12  CG1  HG11  107.56  3.000
 VAI  HG13  CG1  CB    112.02  3.000
 VAI  HG12  CG1  CB    111.74  3.000
 VAI  HG11  CG1  CB    110.53  3.000
 VAI  HG23  CG2  HG22  107.92  3.000
 VAI  HG23  CG2  HG21  107.11  3.000
 VAI  HG22  CG2  HG21  107.64  3.000
 VAI  HG23  CG2  CB    112.39  3.000
 VAI  HG22  CG2  CB    111.28  3.000
 VAI  HG21  CG2  CB    110.29  3.000
 VAI  HXT   OXT  C     109.35  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 VAI  Var_01  HG11  CG1  CB  CA  -170.34  30.0  3
 VAI  Var_02  HG21  CG2  CB  CA  -178.45  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 VAI  chir_01  CA  C  N  CB  negativ

