# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 09:29:23 2020
#   Inital geometry file: a 134 line input string
#   Ligand name: (11Z)-octadec-11-en-1-yl acetate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCC\C=C/CCCCCCCCCCOC(C)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 VA  VA  '(11Z)-octadec-11-en-1-yl acetate'  ligand  60  22  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_VA
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 VA  O21   O  O     0  -0.458  -10.1784   0.1826  -1.4446
 VA  C20   C  C     0   0.563   -9.9397   0.8650  -0.4787
 VA  C22   C  CH3   0  -0.770  -10.9388   1.7260   0.2358
 VA  O19   O  O2    0  -0.456   -8.7324   0.9650   0.0647
 VA  C1    C  CH2   0  -0.156   -7.6572   0.2298  -0.5353
 VA  C2    C  CH2   0  -0.465   -6.4059   0.4771   0.2794
 VA  C3    C  CH2   0  -0.426   -5.2181  -0.2934  -0.2859
 VA  C4    C  CH2   0  -0.411   -3.9312  -0.0486   0.4927
 VA  C5    C  CH2   0  -0.412   -2.7332  -0.7873  -0.0901
 VA  C6    C  CH2   0  -0.412   -1.4380  -0.5332   0.6716
 VA  C7    C  CH2   0  -0.411   -0.2409  -1.2616   0.0728
 VA  C8    C  CH2   0  -0.413    1.0422  -1.0807   0.8738
 VA  C9    C  CH2   0  -0.411    2.2261  -1.8321   0.2777
 VA  C10   C  CH2   0  -0.488    3.5127  -1.6690   1.0897
 VA  C11   C  C1    0  -0.223    4.6210  -2.5246   0.5590
 VA  C12   C  C1    0  -0.207    5.6966  -2.1284  -0.1211
 VA  C13   C  CH2   0  -0.484    6.0741  -0.7292  -0.4963
 VA  C14   C  CH2   0  -0.415    7.5020  -0.3756  -0.0792
 VA  C15   C  CH2   0  -0.411    7.9222   1.0167  -0.5325
 VA  C16   C  CH2   0  -0.406    9.3322   1.3940  -0.0949
 VA  C17   C  CH2   0  -0.419    9.7490   2.7890  -0.5449
 VA  C18   C  CH3   0  -0.662   11.1567   3.1630  -0.1006
 VA  H221  H  HCH3  0   0.275  -10.7260   2.7776   0.0362
 VA  H222  H  HCH3  0   0.261  -11.9455   1.5059  -0.1075
 VA  H223  H  HCH3  0   0.268  -10.8835   1.5837   1.3144
 VA  H11A  H  HCH2  0   0.230   -7.5163   0.5585  -1.5685
 VA  H12A  H  HCH2  0   0.229   -7.9009  -0.8354  -0.5540
 VA  H21   H  HCH2  0   0.229   -6.5768   0.1774   1.3175
 VA  H22   H  HCH2  0   0.229   -6.1789   1.5473   0.2880
 VA  H31   H  HCH2  0   0.216   -5.0657  -0.0172  -1.3348
 VA  H32   H  HCH2  0   0.217   -5.4413  -1.3654  -0.2817
 VA  H41   H  HCH2  0   0.211   -4.0755  -0.3583   1.5335
 VA  H42   H  HCH2  0   0.210   -3.7215   1.0261   0.5197
 VA  H51   H  HCH2  0   0.207   -2.6011  -0.4973  -1.1385
 VA  H52   H  HCH2  0   0.208   -2.9396  -1.8631  -0.0984
 VA  H61   H  HCH2  0   0.207   -1.5649  -0.8373   1.7165
 VA  H62   H  HCH2  0   0.207   -1.2363   0.5434   0.6907
 VA  H71   H  HCH2  0   0.208   -0.0797  -0.9075  -0.9514
 VA  H72   H  HCH2  0   0.206   -0.4700  -2.3299  -0.0092
 VA  H81   H  HCH2  0   0.208    0.8806  -1.4184   1.9036
 VA  H82   H  HCH2  0   0.209    1.2829  -0.0139   0.9372
 VA  H91   H  HCH2  0   0.215    2.4029  -1.4844  -0.7451
 VA  H92   H  HCH2  0   0.213    1.9786  -2.8962   0.1978
 VA  H101  H  HCH2  0   0.226    3.3097  -1.9537   2.1277
 VA  H102  H  HCH2  0   0.229    3.7989  -0.6150   1.1087
 VA  H11   H  H     0   0.227    4.5012  -3.5914   0.7305
 VA  H12   H  H     0   0.225    6.3889  -2.8973  -0.4566
 VA  H131  H  HCH2  0   0.229    5.3809  -0.0075  -0.0583
 VA  H132  H  HCH2  0   0.228    5.9869  -0.6135  -1.5831
 VA  H141  H  HCH2  0   0.212    8.1956  -1.1190  -0.4865
 VA  H142  H  HCH2  0   0.215    7.5865  -0.4456   1.0102
 VA  H151  H  HCH2  0   0.207    7.2116   1.7528  -0.1407
 VA  H152  H  HCH2  0   0.208    7.8536   1.0780  -1.6243
 VA  H161  H  HCH2  0   0.206   10.0434   0.6582  -0.4868
 VA  H162  H  HCH2  0   0.206    9.4026   1.3303   0.9967
 VA  H171  H  HCH2  0   0.210    9.0351   3.5221  -0.1565
 VA  H172  H  HCH2  0   0.210    9.6837   2.8511  -1.6356
 VA  H181  H  HCH3  0   0.226   11.4106   4.1825  -0.3930
 VA  H182  H  HCH3  0   0.215   11.2596   3.0962   0.9842
 VA  H183  H  HCH3  0   0.216   11.9005   2.4976  -0.5427

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 VA  O21  C20   double  1.206  0.020  1.206
 VA  C20  C22   single  1.500  0.020  1.500
 VA  C20  O19   single  1.328  0.020  1.328
 VA  C22  H221  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C22  H222  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C22  H223  single  0.970  0.020  1.090
 VA  O19  C1    single  1.434  0.020  1.434
 VA  C1   C2    single  1.513  0.020  1.513
 VA  C1   H11A  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C1   H12A  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C2   C3    single  1.525  0.020  1.525
 VA  C2   H21   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C2   H22   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C3   C4    single  1.524  0.020  1.524
 VA  C3   H31   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C3   H32   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C4   C5    single  1.523  0.020  1.523
 VA  C4   H41   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C4   H42   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C5   C6    single  1.524  0.020  1.524
 VA  C5   H51   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C5   H52   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C6   C7    single  1.524  0.020  1.524
 VA  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C7   C8    single  1.523  0.020  1.523
 VA  C7   H71   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C7   H72   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C8   C9    single  1.524  0.020  1.524
 VA  C8   H81   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C8   H82   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C9   C10   single  1.530  0.020  1.530
 VA  C9   H91   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C9   H92   single  0.970  0.020  1.090
 VA  C10  C11   single  1.497  0.020  1.497
 VA  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C11  C12   double  1.333  0.020  1.333
 VA  C11  H11   single  0.930  0.020  1.080
 VA  C12  C13   single  1.497  0.020  1.497
 VA  C12  H12   single  0.930  0.020  1.080
 VA  C13  C14   single  1.529  0.020  1.529
 VA  C13  H131  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C13  H132  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C14  C15   single  1.523  0.020  1.523
 VA  C14  H141  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C14  H142  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C15  C16   single  1.524  0.020  1.524
 VA  C15  H151  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C15  H152  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C16  C17   single  1.524  0.020  1.524
 VA  C16  H161  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C16  H162  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C17  C18   single  1.523  0.020  1.523
 VA  C17  H171  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C17  H172  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C18  H181  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C18  H182  single  0.970  0.020  1.090
 VA  C18  H183  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 VA  O19   C20  C22   111.56  3.000
 VA  O19   C20  O21   123.38  3.000
 VA  C22   C20  O21   125.04  3.000
 VA  H223  C22  H222  109.48  3.000
 VA  H223  C22  H221  107.28  3.000
 VA  H222  C22  H221  108.55  3.000
 VA  H223  C22  C20   111.27  3.000
 VA  H222  C22  C20   110.52  3.000
 VA  H221  C22  C20   109.64  3.000
 VA  C1    O19  C20   118.16  3.000
 VA  H12A  C1   H11A  107.79  3.000
 VA  H12A  C1   C2    110.66  3.000
 VA  H11A  C1   C2    110.67  3.000
 VA  H12A  C1   O19   109.86  3.000
 VA  H11A  C1   O19   109.75  3.000
 VA  C2    C1   O19   108.12  3.000
 VA  H22   C2   H21   107.03  3.000
 VA  H22   C2   C3    109.61  3.000
 VA  H21   C2   C3    109.58  3.000
 VA  H22   C2   C1    109.61  3.000
 VA  H21   C2   C1    109.69  3.000
 VA  C3    C2   C1    111.22  3.000
 VA  H32   C3   H31   106.19  3.000
 VA  H32   C3   C4    109.12  3.000
 VA  H31   C3   C4    109.35  3.000
 VA  H32   C3   C2    109.54  3.000
 VA  H31   C3   C2    109.64  3.000
 VA  C4    C3   C2    112.79  3.000
 VA  H42   C4   H41   106.21  3.000
 VA  H42   C4   C5    109.55  3.000
 VA  H41   C4   C5    109.27  3.000
 VA  H42   C4   C3    109.38  3.000
 VA  H41   C4   C3    109.19  3.000
 VA  C5    C4   C3    113.00  3.000
 VA  H52   C5   H51   105.98  3.000
 VA  H52   C5   C6    109.13  3.000
 VA  H51   C5   C6    109.36  3.000
 VA  H52   C5   C4    109.33  3.000
 VA  H51   C5   C4    109.43  3.000
 VA  C6    C5   C4    113.35  3.000
 VA  H62   C6   H61   106.11  3.000
 VA  H62   C6   C7    109.39  3.000
 VA  H61   C6   C7    109.45  3.000
 VA  H62   C6   C5    109.21  3.000
 VA  H61   C6   C5    109.38  3.000
 VA  C7    C6   C5    113.05  3.000
 VA  H72   C7   H71   106.01  3.000
 VA  H72   C7   C8    109.35  3.000
 VA  H71   C7   C8    109.22  3.000
 VA  H72   C7   C6    109.34  3.000
 VA  H71   C7   C6    109.17  3.000
 VA  C8    C7   C6    113.47  3.000
 VA  H82   C8   H81   106.15  3.000
 VA  H82   C8   C9    109.41  3.000
 VA  H81   C8   C9    109.29  3.000
 VA  H82   C8   C7    109.33  3.000
 VA  H81   C8   C7    109.47  3.000
 VA  C9    C8   C7    112.96  3.000
 VA  H92   C9   H91   106.08  3.000
 VA  H92   C9   C10   109.40  3.000
 VA  H91   C9   C10   109.04  3.000
 VA  H92   C9   C8    109.40  3.000
 VA  H91   C9   C8    109.54  3.000
 VA  C10   C9   C8    113.15  3.000
 VA  H102  C10  H101  106.43  3.000
 VA  H102  C10  C11   111.32  3.000
 VA  H101  C10  C11   108.94  3.000
 VA  H102  C10  C9    109.41  3.000
 VA  H101  C10  C9    108.62  3.000
 VA  C11   C10  C9    111.92  3.000
 VA  H11   C11  C12   117.46  3.000
 VA  H11   C11  C10   115.04  3.000
 VA  C12   C11  C10   127.47  3.000
 VA  H12   C12  C13   115.02  3.000
 VA  H12   C12  C11   117.45  3.000
 VA  C13   C12  C11   127.54  3.000
 VA  H132  C13  H131  106.09  3.000
 VA  H132  C13  C14   108.68  3.000
 VA  H131  C13  C14   109.30  3.000
 VA  H132  C13  C12   109.09  3.000
 VA  H131  C13  C12   110.91  3.000
 VA  C14   C13  C12   112.54  3.000
 VA  H142  C14  H141  106.13  3.000
 VA  H142  C14  C15   109.47  3.000
 VA  H141  C14  C15   109.58  3.000
 VA  H142  C14  C13   109.19  3.000
 VA  H141  C14  C13   109.45  3.000
 VA  C15   C14  C13   112.81  3.000
 VA  H152  C15  H151  106.15  3.000
 VA  H152  C15  C16   109.29  3.000
 VA  H151  C15  C16   109.33  3.000
 VA  H152  C15  C14   109.30  3.000
 VA  H151  C15  C14   109.19  3.000
 VA  C16   C15  C14   113.33  3.000
 VA  H162  C16  H161  106.00  3.000
 VA  H162  C16  C17   109.25  3.000
 VA  H161  C16  C17   109.36  3.000
 VA  H162  C16  C15   109.34  3.000
 VA  H161  C16  C15   109.36  3.000
 VA  C17   C16  C15   113.26  3.000
 VA  H172  C17  H171  106.06  3.000
 VA  H172  C17  C18   109.39  3.000
 VA  H171  C17  C18   109.57  3.000
 VA  H172  C17  C16   109.26  3.000
 VA  H171  C17  C16   109.27  3.000
 VA  C18   C17  C16   113.05  3.000
 VA  H183  C18  H182  107.51  3.000
 VA  H183  C18  H181  107.62  3.000
 VA  H182  C18  H181  107.56  3.000
 VA  H183  C18  C17   111.23  3.000
 VA  H182  C18  C17   111.22  3.000
 VA  H181  C18  C17   111.50  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 VA  Var_01  C13   C12  C11  C10     1.38   0.0  2
 VA  Var_02  C2    C1   O19  C20  -178.52  30.0  3
 VA  Var_03  C3    C2   C1   O19   179.07  30.0  3
 VA  Var_04  C4    C3   C2   C1    178.89  30.0  3
 VA  Var_05  C5    C4   C3   C2   -178.48  30.0  3
 VA  Var_06  C6    C5   C4   C3    179.22  30.0  3
 VA  Var_07  C7    C6   C5   C4   -179.29  30.0  3
 VA  Var_08  C8    C7   C6   C5   -176.59  30.0  3
 VA  Var_09  C9    C8   C7   C6    179.06  30.0  3
 VA  Var_10  C10   C9   C8   C7   -179.21  30.0  3
 VA  Var_11  C11   C10  C9   C8    174.32  30.0  3
 VA  Var_12  C12   C11  C10  C9    106.76  30.0  3
 VA  Var_13  C14   C13  C12  C11   127.87  30.0  3
 VA  Var_14  C15   C14  C13  C12   176.50  30.0  3
 VA  Var_15  C16   C15  C14  C13   178.65  30.0  3
 VA  Var_16  C17   C16  C15  C14  -179.79  30.0  3
 VA  Var_17  C18   C17  C16  C15   179.79  30.0  3
 VA  Var_18  H221  C22  C20  O21  -108.46  30.0  3
 VA  Var_19  H181  C18  C17  C16  -177.20  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 VA  plan-1  O21  0.020
 VA  plan-1  C20  0.020
 VA  plan-1  C22  0.020
 VA  plan-1  O19  0.020
 VA  plan-2  C10  0.020
 VA  plan-2  C11  0.020
 VA  plan-2  C12  0.020
 VA  plan-2  C13  0.020
 VA  plan-2  H11  0.020
 VA  plan-2  H12  0.020

