# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 24 08:11:12 2022
#   Inital geometry file: a 127 line input string
#   Ligand name: 5-bromanyl-~{N}4-[2-(1~{H}-imidazol-5-yl)ethyl]-~{N}2-[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]pyrimidine-2,4-diamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Brc1cnc(Nc2cccc(CN3CCOCC3)c2)nc1NCCc4[nH]cnc4
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 V5E  V5E  5-bromanyl-~{N}4-[2-(1~{H}-imidazol-5-yl)ethyl]-~{N}2-[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]pyrimidine-2,4-diamine  ligand  53  29  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_V5E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 V5E  C19  C   CR15  0   0.079   7.6282  15.1089   -5.2429
 V5E  C18  C   CR15  0  -0.265   5.7775  15.8608   -4.5154
 V5E  C17  C   CR5   0   0.305   5.6693  14.4982   -4.4529
 V5E  C16  C   CH2   0  -0.535   4.5551  13.6155   -4.0175
 V5E  C15  C   CH2   0  -0.289   3.9773  12.7835   -5.1681
 V5E  C14  C   CR6   0   0.625   1.5970  12.4604   -4.6763
 V5E  C13  C   CR16  0  -0.387   0.1379  17.5002   -6.6393
 V5E  C12  C   CH2   0  -0.300  -0.1806  18.5352  -10.0154
 V5E  C11  C   CH2   0  -0.184  -1.2348  17.9966  -10.9627
 V5E  C10  C   CH2   0  -0.186  -2.7359  19.6369  -10.2889
 V5E  C9   C   CH2   0  -0.302  -1.7134  20.2160   -9.3294
 V5E  C7   C   CR6   0   0.106   0.8686  18.5300   -7.2147
 V5E  C6   C   CR16  0  -0.330   2.2565  18.5009   -7.1354
 V5E  C5   C   CR16  0  -0.238   2.8836  17.4538   -6.4753
 V5E  C4   C   CR16  0  -0.335   2.1576  16.4266   -5.8919
 V5E  C3   C   CR6   0   0.386   0.7622  16.4413   -5.9759
 V5E  C2   C   CR6   0   0.598   0.1594  14.2061   -5.0067
 V5E  C1   C   CR16  0  -0.011  -0.7321  12.3018   -4.2045
 V5E  N    N   N     0  -0.487  -0.9305  13.5541   -4.5896
 V5E  C    C   CR6   0  -0.307   0.5002  11.6896   -4.2248
 V5E  O    O   O2    0  -0.480  -2.1197  19.0074  -11.3896
 V5E  N1   N   NH1   0  -0.767  -0.0776  15.4816   -5.4158
 V5E  N2   N   NT    0  -0.421  -0.8172  19.1690   -8.8753
 V5E  N3   N   N     0  -0.521   1.3891  13.7220   -5.0527
 V5E  N4   N   NH1   0  -0.664   2.8443  11.9835   -4.7630
 V5E  N5   N   N     0  -0.440   6.9992  16.2302   -5.0064
 V5E  N6   N   NR15  0  -0.610   6.8688  14.0393   -4.9259
 V5E  BR   BR  BR    0  -0.036   0.6876   9.9009   -3.6734
 V5E  H22  H   HCR5  0   0.273   8.6273  15.0099   -5.6393
 V5E  H21  H   HCR5  0   0.247   5.0348  16.5873   -4.2202
 V5E  H19  H   HCH2  0   0.261   3.7691  14.2447   -3.5967
 V5E  H20  H   HCH2  0   0.260   4.8848  12.9438   -3.2197
 V5E  H17  H   HCH2  0   0.263   4.7329  12.0986   -5.5534
 V5E  H18  H   HCH2  0   0.256   3.6851  13.4362   -5.9901
 V5E  H15  H   HCR6  0   0.254  -0.9439  17.5138   -6.7200
 V5E  H14  H   HCH2  0   0.198   0.4782  19.2405  -10.5516
 V5E  H11  H   HCH2  0   0.198  -1.7884  17.1879  -10.4641
 V5E  H12  H   HCH2  0   0.234  -0.7616  17.5799  -11.8531
 V5E  H10  H   HCH2  0   0.234  -3.3746  20.4300  -10.6807
 V5E  H9   H   HCH2  0   0.198  -3.3742  18.9242   -9.7470
 V5E  H8   H   HCH2  0   0.197  -1.1666  21.0384   -9.8220
 V5E  H7   H   HCH2  0   0.241  -2.2353  20.6445   -8.4699
 V5E  H4   H   HCR6  0   0.244   2.8431  19.2893   -7.5910
 V5E  H3   H   HCR6  0   0.253   3.9644  17.4276   -6.4128
 V5E  H2   H   HCR6  0   0.293   2.6706  15.6264   -5.3843
 V5E  H    H   HCR6  0   0.282  -1.6063  11.7568   -3.8630
 V5E  H1   H   HNH1  0   0.407  -1.0573  15.7221   -5.4025
 V5E  H16  H   HNH1  0   0.405   3.0347  11.0532   -4.4287
 V5E  H23  H   HNR5  0   0.417   7.1451  13.0733   -5.0154
 V5E  C8   C   CH2   0  -0.330   0.1485  19.6553   -7.9118
 V5E  H13  H   HCH2  0   0.244   0.4428  17.7041   -9.6780
 V5E  H6   H   HCH2  0   0.216   0.8857  20.3333   -8.3727
 V5E  H5   H   HCH2  0   0.252  -0.3924  20.2481   -7.1677

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 V5E  O    C11  single    1.410  0.020  1.410
 V5E  O    C10  single    1.410  0.020  1.410
 V5E  C11  C12  single    1.516  0.020  1.516
 V5E  C10  C9   single    1.517  0.020  1.517
 V5E  C12  N2   single    1.451  0.020  1.451
 V5E  C9   N2   single    1.451  0.020  1.451
 V5E  N2   C8   single    1.448  0.020  1.448
 V5E  C8   C7   single    1.507  0.020  1.507
 V5E  C7   C6   aromatic  1.390  0.020  1.390
 V5E  C7   C13  aromatic  1.388  0.020  1.388
 V5E  C6   C5   aromatic  1.388  0.020  1.388
 V5E  C13  C3   aromatic  1.397  0.020  1.397
 V5E  C5   C4   aromatic  1.387  0.020  1.387
 V5E  C19  N6   aromatic  1.350  0.020  1.350
 V5E  C19  N5   aromatic  1.307  0.020  1.307
 V5E  N6   C17  aromatic  1.369  0.020  1.369
 V5E  C3   C4   aromatic  1.398  0.020  1.398
 V5E  C3   N1   single    1.393  0.020  1.393
 V5E  N1   C2   single    1.360  0.020  1.360
 V5E  C15  N4   single    1.445  0.020  1.445
 V5E  C15  C16  single    1.533  0.020  1.533
 V5E  N5   C18  aromatic  1.367  0.020  1.367
 V5E  N3   C2   aromatic  1.322  0.020  1.322
 V5E  N3   C14  aromatic  1.333  0.020  1.333
 V5E  C17  C16  single    1.487  0.020  1.487
 V5E  C17  C18  aromatic  1.368  0.020  1.368
 V5E  C2   N    aromatic  1.337  0.020  1.337
 V5E  N4   C14  single    1.338  0.020  1.338
 V5E  C14  C    aromatic  1.415  0.020  1.415
 V5E  N    C1   aromatic  1.325  0.020  1.325
 V5E  C    C1   aromatic  1.376  0.020  1.376
 V5E  C    BR   single    1.881  0.020  1.881
 V5E  C19  H22  single    0.930  0.020  1.080
 V5E  C18  H21  single    0.930  0.020  1.080
 V5E  C16  H19  single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C16  H20  single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C15  H17  single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C15  H18  single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C13  H15  single    0.930  0.020  1.080
 V5E  C12  H13  single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C12  H14  single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C11  H11  single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C11  H12  single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C10  H10  single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C10  H9   single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C9   H8   single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C9   H7   single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C8   H6   single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C8   H5   single    0.970  0.020  1.090
 V5E  C6   H4   single    0.930  0.020  1.080
 V5E  C5   H3   single    0.930  0.020  1.080
 V5E  C4   H2   single    0.930  0.020  1.080
 V5E  C1   H    single    0.930  0.020  1.080
 V5E  N1   H1   single    0.860  0.020  1.020
 V5E  N4   H16  single    0.860  0.020  1.020
 V5E  N6   H23  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 V5E  H22  C19  N6   122.30  3.000
 V5E  H22  C19  N5   126.19  3.000
 V5E  N6   C19  N5   111.50  3.000
 V5E  H21  C18  N5   122.05  3.000
 V5E  H21  C18  C17  127.08  3.000
 V5E  N5   C18  C17  110.86  3.000
 V5E  N6   C17  C16  123.99  3.000
 V5E  C16  C17  C18  131.60  3.000
 V5E  N6   C17  C18  104.40  3.000
 V5E  H20  C16  H19  106.85  3.000
 V5E  H20  C16  C15  109.13  3.000
 V5E  H19  C16  C15  109.33  3.000
 V5E  H20  C16  C17  110.63  3.000
 V5E  H19  C16  C17  108.08  3.000
 V5E  C15  C16  C17  112.64  3.000
 V5E  H18  C15  H17  107.19  3.000
 V5E  H18  C15  N4   109.44  3.000
 V5E  H17  C15  N4   107.14  3.000
 V5E  H18  C15  C16  110.01  3.000
 V5E  H17  C15  C16  110.19  3.000
 V5E  N4   C15  C16  112.68  3.000
 V5E  N4   C14  N3   117.67  3.000
 V5E  N4   C14  C    123.31  3.000
 V5E  N3   C14  C    119.01  3.000
 V5E  H15  C13  C3   119.37  3.000
 V5E  H15  C13  C7   119.01  3.000
 V5E  C3   C13  C7   121.61  3.000
 V5E  H14  C12  H13  107.18  3.000
 V5E  H14  C12  N2   111.36  3.000
 V5E  H13  C12  N2   109.87  3.000
 V5E  H14  C12  C11  109.78  3.000
 V5E  H13  C12  C11  108.64  3.000
 V5E  N2   C12  C11  109.94  3.000
 V5E  H12  C11  H11  107.91  3.000
 V5E  H12  C11  O    107.40  3.000
 V5E  H11  C11  O    110.41  3.000
 V5E  H12  C11  C12  110.12  3.000
 V5E  H11  C11  C12  109.14  3.000
 V5E  O    C11  C12  111.77  3.000
 V5E  H9   C10  H10  107.95  3.000
 V5E  H9   C10  O    110.43  3.000
 V5E  H10  C10  O    107.46  3.000
 V5E  H9   C10  C9   109.09  3.000
 V5E  H10  C10  C9   110.13  3.000
 V5E  O    C10  C9   111.70  3.000
 V5E  H7   C9   H8   107.18  3.000
 V5E  H7   C9   N2   109.37  3.000
 V5E  H8   C9   N2   111.80  3.000
 V5E  H7   C9   C10  108.98  3.000
 V5E  H8   C9   C10  109.64  3.000
 V5E  N2   C9   C10  109.80  3.000
 V5E  C6   C7   C8   121.27  3.000
 V5E  C6   C7   C13  119.11  3.000
 V5E  C8   C7   C13  119.63  3.000
 V5E  H4   C6   C5   120.30  3.000
 V5E  H4   C6   C7   120.09  3.000
 V5E  C5   C6   C7   119.61  3.000
 V5E  H3   C5   C4   118.71  3.000
 V5E  H3   C5   C6   119.79  3.000
 V5E  C4   C5   C6   121.51  3.000
 V5E  H2   C4   C3   120.75  3.000
 V5E  H2   C4   C5   119.94  3.000
 V5E  C3   C4   C5   119.31  3.000
 V5E  N1   C3   C4   124.78  3.000
 V5E  N1   C3   C13  116.35  3.000
 V5E  C4   C3   C13  118.86  3.000
 V5E  N3   C2   N1   119.66  3.000
 V5E  N3   C2   N    126.18  3.000
 V5E  N1   C2   N    114.16  3.000
 V5E  H    C1   C    120.17  3.000
 V5E  H    C1   N    116.45  3.000
 V5E  C    C1   N    123.38  3.000
 V5E  C1   N    C2   115.45  3.000
 V5E  BR   C    C1   120.52  3.000
 V5E  BR   C    C14  122.31  3.000
 V5E  C1   C    C14  117.17  3.000
 V5E  C10  O    C11  110.99  3.000
 V5E  H1   N1   C2   112.87  3.000
 V5E  H1   N1   C3   115.25  3.000
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 V5E  H6   C8   C7   109.45  3.000
 V5E  N2   C8   C7   112.06  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
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 V5E  Var_13    C14  N4   C15  C16    82.27  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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