# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar 23 18:42:51 2022
#   Inital geometry file: a 77 line input string
#   Ligand name: 3-morpholin-4-yl-4-nitro-benzaldehyde
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: [O-][N+](=O)c1ccc(C=O)cc1N2CCOCC2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 V2E  V2E  3-morpholin-4-yl-4-nitro-benzaldehyde  ligand  29  17  .  2022-03-29  2022-03-29
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_V2E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 V2E  C03  C  CR6    0   0.158  -24.1793  -21.1402  -1.1485
 V2E  C04  C  CR6    0   0.439  -22.9273  -20.4929  -1.1302
 V2E  C06  C  C      0  -0.319  -21.3051  -18.9287  -0.2070
 V2E  C07  C  C      0  -0.220  -21.0299  -18.2288   1.1308
 V2E  C09  C  C      0  -0.148  -22.7128  -19.3194   2.3162
 V2E  C10  C  C      0  -0.404  -22.4282  -20.4273   1.2997
 V2E  C11  C  CR16   0  -0.397  -22.2173  -20.5393  -2.3422
 V2E  C12  C  CR6    0   0.029  -22.6902  -21.2251  -3.4479
 V2E  C13  C  C1     0   0.123  -21.8574  -21.2231  -4.6696
 V2E  C14  C  CR16   0  -0.308  -23.8966  -21.9207  -3.4011
 V2E  C15  C  CR16   0  -0.250  -24.6341  -21.8723  -2.2394
 V2E  N02  N  N      1   0.332  -25.1321  -20.9916  -0.0594
 V2E  N05  N  NR6    0  -0.503  -22.4111  -19.8556  -0.0355
 V2E  O01  O  O     -1  -0.366  -25.7530  -21.9694   0.2861
 V2E  O08  O  O      0  -0.475  -22.2152  -18.0753   1.8679
 V2E  O16  O  O      0  -0.364  -25.2889  -19.8854   0.4005
 V2E  H1   H  H      0   0.236  -20.3827  -19.4257  -0.5358
 V2E  H2   H  H      0   0.259  -21.5765  -18.1964  -0.9702
 V2E  H3   H  H      0   0.220  -20.2749  -18.7807   1.7052
 V2E  H4   H  H      0   0.260  -20.6220  -17.2358   0.9409
 V2E  H5   H  H      0   0.232  -23.7850  -19.1949   2.4674
 V2E  H6   H  H      0   0.210  -22.2672  -19.6000   3.2789
 V2E  H7   H  H      0   0.280  -23.1485  -21.2350   1.4061
 V2E  H8   H  H      0   0.265  -21.4526  -20.8880   1.4980
 V2E  H9   H  HCR6   0   0.298  -21.2552  -20.0496  -2.4161
 V2E  H10  H  H      0   0.206  -20.9328  -20.6241  -4.5968
 V2E  H13  H  HCR6   0   0.274  -24.2597  -22.4701  -4.2582
 V2E  H14  H  HCR6   0   0.295  -25.5948  -22.3663  -2.1897
 V2E  O1   O  O      0  -0.361  -22.1390  -21.8187  -5.6796

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 V2E  C13  C12  single    1.479  0.020  1.479
 V2E  C14  C12  aromatic  1.393  0.020  1.393
 V2E  C14  C15  aromatic  1.377  0.020  1.377
 V2E  C12  C11  aromatic  1.384  0.020  1.384
 V2E  C15  C03  aromatic  1.390  0.020  1.390
 V2E  C11  C04  aromatic  1.405  0.020  1.405
 V2E  C03  C04  aromatic  1.410  0.020  1.410
 V2E  C03  N02  single    1.455  0.020  1.455
 V2E  C04  N05  single    1.368  0.020  1.368
 V2E  C06  N05  single    1.453  0.020  1.453
 V2E  C06  C07  single    1.535  0.020  1.535
 V2E  N02  O01  single    1.209  0.020  1.209
 V2E  N02  O16  double    1.208  0.020  1.208
 V2E  N05  C10  single    1.453  0.020  1.453
 V2E  C07  O08  single    1.404  0.020  1.404
 V2E  C10  C09  single    1.530  0.020  1.530
 V2E  O08  C09  single    1.413  0.020  1.413
 V2E  C06  H1   single    0.970  0.020  1.090
 V2E  C06  H2   single    0.970  0.020  1.090
 V2E  C07  H3   single    0.970  0.020  1.090
 V2E  C07  H4   single    0.970  0.020  1.090
 V2E  C09  H5   single    0.970  0.020  1.090
 V2E  C09  H6   single    0.970  0.020  1.090
 V2E  C10  H7   single    0.970  0.020  1.090
 V2E  C10  H8   single    0.970  0.020  1.090
 V2E  C11  H9   single    0.930  0.020  1.080
 V2E  C13  H10  single    0.930  0.020  1.080
 V2E  C14  H13  single    0.930  0.020  1.080
 V2E  C15  H14  single    0.930  0.020  1.080
 V2E  C13  O1   double    1.206  0.020  1.206

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 V2E  N02  C03  C15  115.28  3.000
 V2E  N02  C03  C04  121.68  3.000
 V2E  C15  C03  C04  122.86  3.000
 V2E  N05  C04  C11  120.99  3.000
 V2E  N05  C04  C03  124.03  3.000
 V2E  C11  C04  C03  114.98  3.000
 V2E  H2   C06  H1   107.64  3.000
 V2E  H2   C06  N05  108.73  3.000
 V2E  H1   C06  N05  112.70  3.000
 V2E  H2   C06  C07  110.36  3.000
 V2E  H1   C06  C07  108.47  3.000
 V2E  N05  C06  C07  108.93  3.000
 V2E  H4   C07  H3   106.97  3.000
 V2E  H4   C07  O08  107.92  3.000
 V2E  H3   C07  O08  111.15  3.000
 V2E  H4   C07  C06  109.31  3.000
 V2E  H3   C07  C06  110.50  3.000
 V2E  O08  C07  C06  110.85  3.000
 V2E  H6   C09  H5   107.88  3.000
 V2E  H6   C09  O08  111.13  3.000
 V2E  H5   C09  O08  106.85  3.000
 V2E  H6   C09  C10  108.79  3.000
 V2E  H5   C09  C10  110.97  3.000
 V2E  O08  C09  C10  111.17  3.000
 V2E  H8   C10  H7   105.04  3.000
 V2E  H8   C10  N05  108.72  3.000
 V2E  H7   C10  N05  112.96  3.000
 V2E  H8   C10  C09  110.45  3.000
 V2E  H7   C10  C09  110.46  3.000
 V2E  N05  C10  C09  109.14  3.000
 V2E  H9   C11  C12  118.25  3.000
 V2E  H9   C11  C04  119.55  3.000
 V2E  C12  C11  C04  122.18  3.000
 V2E  C14  C12  C13  121.07  3.000
 V2E  C14  C12  C11  121.08  3.000
 V2E  C13  C12  C11  117.83  3.000
 V2E  O1   C13  H10  121.25  3.000
 V2E  O1   C13  C12  124.04  3.000
 V2E  H10  C13  C12  114.70  3.000
 V2E  H13  C14  C15  120.45  3.000
 V2E  H13  C14  C12  121.20  3.000
 V2E  C15  C14  C12  118.33  3.000
 V2E  H14  C15  C14  119.91  3.000
 V2E  H14  C15  C03  119.68  3.000
 V2E  C14  C15  C03  120.35  3.000
 V2E  O16  N02  O01  124.41  3.000
 V2E  O16  N02  C03  117.62  3.000
 V2E  O01  N02  C03  117.90  3.000
 V2E  C10  N05  C06  111.63  3.000
 V2E  C10  N05  C04  123.22  3.000
 V2E  C06  N05  C04  119.33  3.000
 V2E  C09  O08  C07  111.57  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 V2E  CONST_01  C12  C14  C15  C03     0.00   0.0  0
 V2E  CONST_02  C12  C11  C04  C03     0.00   0.0  0
 V2E  CONST_03  C14  C12  C11  C04     0.00   0.0  0
 V2E  CONST_04  C14  C15  C03  C04     0.00   0.0  0
 V2E  CONST_05  C15  C14  C12  C11     0.00   0.0  0
 V2E  CONST_06  C15  C03  C04  C11     0.00   0.0  0
 V2E  CONST_07  N05  C04  C11  C12   180.00   0.0  0
 V2E  CONST_08  N05  C04  C03  C15   180.00   0.0  0
 V2E  CONST_09  C13  C12  C11  C04   180.00   0.0  0
 V2E  CONST_10  N02  C03  C04  C11   180.00   0.0  0
 V2E  CONST_11  C15  C14  C12  C13   180.00   0.0  0
 V2E  CONST_12  N02  C03  C15  C14   180.00   0.0  0
 V2E  CONST_13  N05  C04  C03  N02     0.00   0.0  0
 V2E  CONST_14  H13  C14  C15  C03   180.00   0.0  0
 V2E  CONST_15  H9   C11  C04  C03   180.00   0.0  0
 V2E  CONST_16  H14  C15  C03  C04   180.00   0.0  0
 V2E  Var_01    C06  N05  C04  C03  -163.64  30.0  2
 V2E  Var_02    C07  C06  N05  C04   173.22  30.0  1
 V2E  Var_03    C09  C10  N05  C04  -141.57  30.0  1
 V2E  Var_04    C10  C09  O08  C07   -34.16  30.0  1
 V2E  Var_05    O08  C07  C06  N05   -31.92  30.0  1
 V2E  Var_06    O08  C09  C10  N05   -30.28  30.0  1
 V2E  Var_07    H3   C07  O08  C09   -54.86  30.0  1
 V2E  Var_08    O1   C13  C12  C11   177.46  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 V2E  plan-1  C03  0.020
 V2E  plan-1  C04  0.020
 V2E  plan-1  C11  0.020
 V2E  plan-1  C12  0.020
 V2E  plan-1  C13  0.020
 V2E  plan-1  C14  0.020
 V2E  plan-1  C15  0.020
 V2E  plan-1  N02  0.020
 V2E  plan-1  N05  0.020
 V2E  plan-1  H9   0.020
 V2E  plan-1  H13  0.020
 V2E  plan-1  H14  0.020
 V2E  plan-2  C03  0.020
 V2E  plan-2  N02  0.020
 V2E  plan-2  O01  0.020
 V2E  plan-2  O16  0.020
 V2E  plan-3  C12  0.020
 V2E  plan-3  C13  0.020
 V2E  plan-3  H10  0.020
 V2E  plan-3  O1   0.020

