# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 01:54:13 2020
#   Inital geometry file: a 87 line input string
#   Ligand name: N-hydroxy-2-[(6-oxo-4-phenyl-1,6-dihydropyrimidin-2-yl)sulfanyl]acetamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: ONC(=O)CSC1=NC(=CC(=O)N1)c2ccccc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UUN  UUN  N-hydroxy-2-[(6-oxo-4-phenyl-1,6-dihydropyrimidin-2-yl)sulfanyl]acetamide  ligand  30  19  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_UUN
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UUN  C    C  CH2   0  -0.698   2.2756   0.3976  -0.0943
 UUN  N    N  NH1   0  -0.366   4.1355   1.8856  -0.1635
 UUN  O    O  OH1   0  -0.538   5.4305   2.2227  -0.4111
 UUN  S    S  S2    0   0.105   2.0022  -1.3862  -0.0130
 UUN  C1   C  C     0   0.549   3.7767   0.5933  -0.1681
 UUN  N1   N  NR16  0  -0.693  -0.2941  -2.6436   0.0651
 UUN  O1   O  O     0  -0.460   4.5551  -0.3408  -0.1991
 UUN  C2   C  CR6   0   0.369   0.2539  -1.4100   0.0235
 UUN  N2   N  N     0  -0.470  -0.4411  -0.3243   0.0077
 UUN  C3   C  CR6   0   0.562  -1.6684  -2.8599   0.1109
 UUN  C4   C  CR16  0  -0.506  -2.4288  -1.6436   0.1040
 UUN  C5   C  CR6   0   0.311  -1.8012  -0.4345   0.0407
 UUN  C6   C  CR6   0   0.057  -2.5353   0.8471   0.0190
 UUN  C7   C  CR16  0  -0.280  -1.8627   2.0381   0.2994
 UUN  C8   C  CR16  0  -0.239  -2.5398   3.2481   0.3001
 UUN  C9   C  CR16  0  -0.256  -3.8962   3.2900   0.0078
 UUN  C10  C  CR16  0  -0.236  -4.5723   2.1120  -0.2848
 UUN  C11  C  CR16  0  -0.318  -3.8986   0.9014  -0.2791
 UUN  H    H  HCH2  0   0.330   1.7817   0.8110  -0.9745
 UUN  HA   H  HCH2  0   0.330   1.8566   0.8863   0.7858
 UUN  HN   H  HNH1  0   0.423   3.4671   2.6322  -0.2953
 UUN  HO   H  HOH1  0   0.481   5.8309   2.3980   0.4504
 UUN  HN1  H  HNR6  0   0.432   0.2991  -3.4654   0.0675
 UUN  H4   H  HCR6  0   0.278  -3.5033  -1.7338   0.1626
 UUN  H7   H  HCR6  0   0.265  -0.8053   2.0146   0.5229
 UUN  H8   H  HCR6  0   0.261  -2.0048   4.1607   0.5282
 UUN  H9   H  HCR6  0   0.263  -4.4237   4.2349   0.0022
 UUN  H10  H  HCR6  0   0.263  -5.6274   2.1363  -0.5229
 UUN  H11  H  HCR6  0   0.257  -4.4447   0.0004  -0.5264
 UUN  O2   O  O     0  -0.479  -2.1121  -3.9961   0.1535

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UUN  C    S    single    1.806  0.020  1.806
 UUN  C    C1   single    1.516  0.020  1.516
 UUN  N    O    single    1.361  0.020  1.361
 UUN  N    C1   single    1.341  0.020  1.341
 UUN  S    C2   single    1.749  0.020  1.749
 UUN  C1   O1   double    1.216  0.020  1.216
 UUN  N1   C2   single    1.350  0.020  1.350
 UUN  N1   C3   single    1.392  0.020  1.392
 UUN  C2   N2   double    1.289  0.020  1.289
 UUN  N2   C5   single    1.365  0.020  1.365
 UUN  O2   C3   double    1.220  0.020  1.220
 UUN  C3   C4   single    1.434  0.020  1.434
 UUN  C4   C5   double    1.364  0.020  1.364
 UUN  C5   C6   single    1.477  0.020  1.477
 UUN  C6   C7   aromatic  1.396  0.020  1.396
 UUN  C6   C11  aromatic  1.397  0.020  1.397
 UUN  C7   C8   aromatic  1.387  0.020  1.387
 UUN  C8   C9   aromatic  1.388  0.020  1.388
 UUN  C9   C10  aromatic  1.389  0.020  1.389
 UUN  C10  C11  aromatic  1.385  0.020  1.385
 UUN  C    H    single    0.970  0.020  1.090
 UUN  C    HA   single    0.970  0.020  1.090
 UUN  N    HN   single    0.890  0.020  1.040
 UUN  O    HO   single    0.850  0.020  0.980
 UUN  N1   HN1  single    0.860  0.020  1.020
 UUN  C4   H4   single    0.930  0.020  1.080
 UUN  C7   H7   single    0.930  0.020  1.080
 UUN  C8   H8   single    0.930  0.020  1.080
 UUN  C9   H9   single    0.930  0.020  1.080
 UUN  C10  H10  single    0.930  0.020  1.080
 UUN  C11  H11  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UUN  HA   C    H    107.91  3.000
 UUN  HA   C    C1   111.22  3.000
 UUN  H    C    C1   111.12  3.000
 UUN  HA   C    S    110.37  3.000
 UUN  H    C    S    110.00  3.000
 UUN  C1   C    S    106.24  3.000
 UUN  HN   N    C1   122.31  3.000
 UUN  HN   N    O    114.99  3.000
 UUN  C1   N    O    119.52  3.000
 UUN  HO   O    N    106.09  3.000
 UUN  C2   S    C     99.54  3.000
 UUN  O1   C1   N    124.67  3.000
 UUN  O1   C1   C    122.41  3.000
 UUN  N    C1   C    112.91  3.000
 UUN  HN1  N1   C3   116.85  3.000
 UUN  HN1  N1   C2   120.22  3.000
 UUN  C3   N1   C2   122.93  3.000
 UUN  N2   C2   N1   123.43  3.000
 UUN  N2   C2   S    121.82  3.000
 UUN  N1   C2   S    114.75  3.000
 UUN  C5   N2   C2   117.96  3.000
 UUN  C4   C3   O2   126.64  3.000
 UUN  C4   C3   N1   113.04  3.000
 UUN  O2   C3   N1   120.31  3.000
 UUN  H4   C4   C5   122.31  3.000
 UUN  H4   C4   C3   117.15  3.000
 UUN  C5   C4   C3   120.53  3.000
 UUN  C6   C5   C4   122.77  3.000
 UUN  C6   C5   N2   115.14  3.000
 UUN  C4   C5   N2   122.09  3.000
 UUN  C11  C6   C7   118.68  3.000
 UUN  C11  C6   C5   121.47  3.000
 UUN  C7   C6   C5   119.85  3.000
 UUN  H7   C7   C8   119.77  3.000
 UUN  H7   C7   C6   119.61  3.000
 UUN  C8   C7   C6   120.62  3.000
 UUN  H8   C8   C9   120.13  3.000
 UUN  H8   C8   C7   119.65  3.000
 UUN  C9   C8   C7   120.22  3.000
 UUN  H9   C9   C10  120.13  3.000
 UUN  H9   C9   C8   120.25  3.000
 UUN  C10  C9   C8   119.62  3.000
 UUN  H10  C10  C11  119.65  3.000
 UUN  H10  C10  C9   120.13  3.000
 UUN  C11  C10  C9   120.23  3.000
 UUN  H11  C11  C10  118.76  3.000
 UUN  H11  C11  C6   120.60  3.000
 UUN  C10  C11  C6   120.63  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UUN  CONST_01  C9   C8   C7   C6     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_02  C9   C10  C11  C6     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_03  C10  C11  C6   C7     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_04  C10  C9   C8   C7     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_05  C11  C6   C7   C8     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_06  C11  C10  C9   C8     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_07  C8   C7   C6   C5   180.00   0.0  0
 UUN  CONST_08  C10  C11  C6   C5   180.00   0.0  0
 UUN  CONST_09  C5   N2   C2   N1     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_10  C4   C3   N1   C2     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_11  C3   N1   C2   N2     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_12  C3   N1   C2   S    180.00   0.0  0
 UUN  CONST_13  C5   N2   C2   S    180.00   0.0  0
 UUN  CONST_14  O2   C3   N1   C2   180.00   0.0  0
 UUN  CONST_15  H7   C7   C6   C5     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_16  H11  C11  C6   C5     0.00   0.0  0
 UUN  CONST_17  H8   C8   C7   C6   180.00   0.0  0
 UUN  CONST_18  H10  C10  C11  C6   180.00   0.0  0
 UUN  CONST_19  H9   C9   C8   C7   180.00   0.0  0
 UUN  CONST_20  HN1  N1   C2   N2   180.00   0.0  0
 UUN  CONST_21  O    N    C1   C    180.00   0.0  0
 UUN  CONST_22  O1   C1   N    O      0.00   0.0  0
 UUN  CONST_23  HN   N    C1   C      0.00   0.0  0
 UUN  Var_01    C7   C6   C5   N2   -15.81  30.0  2
 UUN  Var_02    N1   C2   S    C    178.98  30.0  3
 UUN  Var_03    H    C    S    C2   -58.27  30.0  1
 UUN  Var_04    S    C    C1   N   -176.73  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UUN  plan-1  S    0.020
 UUN  plan-1  N1   0.020
 UUN  plan-1  C2   0.020
 UUN  plan-1  N2   0.020
 UUN  plan-1  C3   0.020
 UUN  plan-1  C4   0.020
 UUN  plan-1  C5   0.020
 UUN  plan-1  C6   0.020
 UUN  plan-1  HN1  0.020
 UUN  plan-1  H4   0.020
 UUN  plan-1  O2   0.020
 UUN  plan-2  C5   0.020
 UUN  plan-2  C6   0.020
 UUN  plan-2  C7   0.020
 UUN  plan-2  C8   0.020
 UUN  plan-2  C9   0.020
 UUN  plan-2  C10  0.020
 UUN  plan-2  C11  0.020
 UUN  plan-2  H7   0.020
 UUN  plan-2  H8   0.020
 UUN  plan-2  H9   0.020
 UUN  plan-2  H10  0.020
 UUN  plan-2  H11  0.020
 UUN  plan-3  C    0.020
 UUN  plan-3  N    0.020
 UUN  plan-3  O    0.020
 UUN  plan-3  C1   0.020
 UUN  plan-3  O1   0.020
 UUN  plan-3  HN   0.020

