# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 00:47:35 2020
#   Inital geometry file: a 97 line input string
#   Ligand name: 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-(3-methylbut-2-en-1-yl)cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COC1=C(OC)C(=O)C(=C(C)C1=O)CC=C(C)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UQ1  UQ1  2,3-dimethoxy-5-methyl-6-(3-methylbut-2-en-1-yl)cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione  ligand  36  18  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_UQ1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UQ1  C1    C  CR6   0   0.359   0.7620  -0.4319  -0.1808
 UQ1  O1    O  O     0  -0.361   1.7387  -0.5041  -0.8942
 UQ1  C2    C  CR6   0   0.194   0.9220  -0.0096   1.2338
 UQ1  O2    O  O2    0  -0.467   2.1548   0.3380   1.6319
 UQ1  CM2   C  CH3   0  -0.414   2.9649  -0.7349   2.1111
 UQ1  C3    C  CR6   0   0.195  -0.1355   0.0232   2.0547
 UQ1  O3    O  O2    0  -0.467  -0.0147   0.3157   3.3584
 UQ1  CM3   C  CH3   0  -0.415  -0.3160   1.6651   3.7130
 UQ1  C4    C  CR6   0   0.352  -1.4933  -0.3075   1.5503
 UQ1  O4    O  O     0  -0.370  -2.4299  -0.2896   2.3198
 UQ1  C5    C  CR6   0  -0.090  -1.6677  -0.6686   0.1180
 UQ1  CM5   C  CH3   0  -0.745  -3.0620  -0.9590  -0.3456
 UQ1  C6    C  CR6   0  -0.021  -0.5960  -0.7509  -0.6894
 UQ1  C7    C  CH2   0  -0.584  -0.6913  -1.1044  -2.1464
 UQ1  C8    C  C1    0  -0.253  -0.7569   0.1450  -2.9789
 UQ1  C9    C  C     0   0.091   0.1165   0.5658  -3.8967
 UQ1  C10   C  CH3   0  -0.704  -0.1230   1.8477  -4.6407
 UQ1  C11   C  CH3   0  -0.715   1.3730  -0.1495  -4.2874
 UQ1  HM21  H  HCH3  0   0.248   3.9433  -0.3156   2.3322
 UQ1  HM22  H  HCH3  0   0.232   2.5473  -1.1657   3.0231
 UQ1  HM23  H  HCH3  0   0.231   3.0791  -1.5222   1.3641
 UQ1  HM31  H  HCH3  0   0.248  -0.1692   1.7468   4.7871
 UQ1  HM32  H  HCH3  0   0.231   0.3558   2.3622   3.2084
 UQ1  HM33  H  HCH3  0   0.233  -1.3483   1.9273   3.4775
 UQ1  HM51  H  HCH3  0   0.268  -3.7994  -0.6793   0.4014
 UQ1  HM52  H  HCH3  0   0.260  -3.2967  -0.4217  -1.2636
 UQ1  HM53  H  HCH3  0   0.266  -3.1899  -2.0234  -0.5516
 UQ1  H71   H  HCH2  0   0.275   0.1502  -1.7333  -2.4329
 UQ1  H72   H  HCH2  0   0.273  -1.5900  -1.7008  -2.3142
 UQ1  H8    H  H     0   0.233  -1.6284   0.7682  -2.7921
 UQ1  H101  H  HCH3  0   0.233  -0.1954   1.6675  -5.7162
 UQ1  H102  H  HCH3  0   0.237  -1.0376   2.3446  -4.3185
 UQ1  H103  H  HCH3  0   0.233   0.7091   2.5419  -4.4992
 UQ1  H111  H  HCH3  0   0.242   1.5557  -1.0615  -3.7256
 UQ1  H112  H  HCH3  0   0.234   1.3486  -0.4061  -5.3494
 UQ1  H113  H  HCH3  0   0.235   2.2374   0.5046  -4.1484

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UQ1  C1   O1    double  1.212  0.020  1.212
 UQ1  C1   C2    single  1.485  0.020  1.485
 UQ1  C1   C6    single  1.485  0.020  1.485
 UQ1  C2   O2    single  1.341  0.020  1.341
 UQ1  C2   C3    double  1.339  0.020  1.339
 UQ1  O2   CM2   single  1.427  0.020  1.427
 UQ1  CM2  HM21  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  CM2  HM22  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  CM2  HM23  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  C3   O3    single  1.342  0.020  1.342
 UQ1  C3   C4    single  1.486  0.020  1.486
 UQ1  O3   CM3   single  1.427  0.020  1.427
 UQ1  CM3  HM31  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  CM3  HM32  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  CM3  HM33  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  C4   O4    double  1.212  0.020  1.212
 UQ1  C4   C5    single  1.487  0.020  1.487
 UQ1  C5   CM5   single  1.498  0.020  1.498
 UQ1  C5   C6    double  1.344  0.020  1.344
 UQ1  CM5  HM51  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  CM5  HM52  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  CM5  HM53  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  C6   C7    single  1.502  0.020  1.502
 UQ1  C7   C8    single  1.503  0.020  1.503
 UQ1  C7   H71   single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  C7   H72   single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  C8   C9    double  1.335  0.020  1.335
 UQ1  C8   H8    single  0.930  0.020  1.080
 UQ1  C9   C10   single  1.501  0.020  1.501
 UQ1  C9   C11   single  1.498  0.020  1.498
 UQ1  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  C10  H103  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 UQ1  C11  H113  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UQ1  C6    C1   C2    119.08  3.000
 UQ1  C6    C1   O1    121.52  3.000
 UQ1  C2    C1   O1    119.40  3.000
 UQ1  C3    C2   O2    122.52  3.000
 UQ1  C3    C2   C1    120.38  3.000
 UQ1  O2    C2   C1    117.10  3.000
 UQ1  CM2   O2   C2    115.25  3.000
 UQ1  HM23  CM2  HM22  109.10  3.000
 UQ1  HM23  CM2  HM21  108.86  3.000
 UQ1  HM22  CM2  HM21  109.06  3.000
 UQ1  HM23  CM2  O2    111.83  3.000
 UQ1  HM22  CM2  O2    111.10  3.000
 UQ1  HM21  CM2  O2    106.81  3.000
 UQ1  C4    C3   O3    117.44  3.000
 UQ1  C4    C3   C2    120.54  3.000
 UQ1  O3    C3   C2    122.00  3.000
 UQ1  CM3   O3   C3    115.37  3.000
 UQ1  HM33  CM3  HM32  109.21  3.000
 UQ1  HM33  CM3  HM31  108.84  3.000
 UQ1  HM32  CM3  HM31  109.00  3.000
 UQ1  HM33  CM3  O3    111.93  3.000
 UQ1  HM32  CM3  O3    111.04  3.000
 UQ1  HM31  CM3  O3    106.74  3.000
 UQ1  C5    C4   O4    121.61  3.000
 UQ1  C5    C4   C3    119.22  3.000
 UQ1  O4    C4   C3    119.16  3.000
 UQ1  C6    C5   CM5   122.98  3.000
 UQ1  C6    C5   C4    119.98  3.000
 UQ1  CM5   C5   C4    117.02  3.000
 UQ1  HM53  CM5  HM52  107.26  3.000
 UQ1  HM53  CM5  HM51  107.53  3.000
 UQ1  HM52  CM5  HM51  107.84  3.000
 UQ1  HM53  CM5  C5    110.88  3.000
 UQ1  HM52  CM5  C5    111.46  3.000
 UQ1  HM51  CM5  C5    111.67  3.000
 UQ1  C7    C6   C5    123.11  3.000
 UQ1  C7    C6   C1    116.16  3.000
 UQ1  C5    C6   C1    120.68  3.000
 UQ1  H72   C7   H71   106.28  3.000
 UQ1  H72   C7   C8    109.46  3.000
 UQ1  H71   C7   C8    111.60  3.000
 UQ1  H72   C7   C6    109.26  3.000
 UQ1  H71   C7   C6    110.00  3.000
 UQ1  C8    C7   C6    110.15  3.000
 UQ1  H8    C8   C9    117.50  3.000
 UQ1  H8    C8   C7    114.60  3.000
 UQ1  C9    C8   C7    127.90  3.000
 UQ1  C11   C9   C10   114.35  3.000
 UQ1  C11   C9   C8    125.29  3.000
 UQ1  C10   C9   C8    120.36  3.000
 UQ1  H103  C10  H102  108.13  3.000
 UQ1  H103  C10  H101  106.42  3.000
 UQ1  H102  C10  H101  108.09  3.000
 UQ1  H103  C10  C9    110.90  3.000
 UQ1  H102  C10  C9    112.13  3.000
 UQ1  H101  C10  C9    110.94  3.000
 UQ1  H113  C11  H112  106.37  3.000
 UQ1  H113  C11  H111  107.67  3.000
 UQ1  H112  C11  H111  108.00  3.000
 UQ1  H113  C11  C9    110.15  3.000
 UQ1  H112  C11  C9    110.30  3.000
 UQ1  H111  C11  C9    114.02  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UQ1  Var_01  C8    C7   C6  C1    -83.13  30.0  3
 UQ1  Var_02  C3    C2   O2  CM2    92.37  30.0  2
 UQ1  Var_03  C4    C3   O3  CM3   -83.15  30.0  2
 UQ1  Var_04  HM51  CM5  C5  C4     10.95  30.0  3
 UQ1  Var_05  C9    C8   C7  C6    117.27  30.0  3
 UQ1  Var_06  HM21  CM2  O2  C2    176.38  30.0  3
 UQ1  Var_07  HM31  CM3  O3  C3   -179.72  30.0  3
 UQ1  Var_08  C10   C9   C8  C7    179.61   0.0  2
 UQ1  Var_09  H101  C10  C9  C8   -119.80  30.0  3
 UQ1  Var_10  H111  C11  C9  C8     -2.03  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UQ1  plan-1  C1   0.020
 UQ1  plan-1  O1   0.020
 UQ1  plan-1  C2   0.020
 UQ1  plan-1  O2   0.020
 UQ1  plan-1  C3   0.020
 UQ1  plan-1  O3   0.020
 UQ1  plan-1  C4   0.020
 UQ1  plan-1  O4   0.020
 UQ1  plan-1  C5   0.020
 UQ1  plan-1  CM5  0.020
 UQ1  plan-1  C6   0.020
 UQ1  plan-1  C7   0.020
 UQ1  plan-2  C7   0.020
 UQ1  plan-2  C8   0.020
 UQ1  plan-2  C9   0.020
 UQ1  plan-2  C10  0.020
 UQ1  plan-2  C11  0.020
 UQ1  plan-2  H8   0.020

