# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May  6 22:01:33 2020
#   Inital geometry file: a 48 line input string
#   Ligand name: benzamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC(=O)c1ccccc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UNU  UNU  'benzamide                '  ligand  16  9  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_UNU
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UNU  O08   O  O     0  -0.482   2.2322  -1.1010   0.5462
 UNU  C07   C  C     0   0.485   1.6849  -0.0757   0.1631
 UNU  N09   N  NH2   0  -0.811   2.3670   1.0273  -0.1806
 UNU  C06   C  CR6   0  -0.037   0.1943   0.0095   0.0602
 UNU  C01   C  CR16  0  -0.268  -0.5244  -1.1756  -0.0827
 UNU  C05   C  CR16  0  -0.283  -0.4951   1.2184   0.1387
 UNU  C04   C  CR16  0  -0.241  -1.8804   1.2413   0.0630
 UNU  C03   C  CR16  0  -0.251  -2.5885   0.0582  -0.0975
 UNU  C02   C  CR16  0  -0.243  -1.9075  -1.1505  -0.1720
 UNU  H091  H  HNH2  0   0.405   3.3735   1.0196  -0.1510
 UNU  H092  H  HNH2  0   0.412   1.9322   1.8117  -0.6337
 UNU  H01   H  HCR6  0   0.262   0.0011  -2.1199  -0.1353
 UNU  H05   H  HCR6  0   0.260   0.0350   2.1512   0.2854
 UNU  H04   H  HCR6  0   0.264  -2.4061   2.1843   0.1363
 UNU  H03   H  HCR6  0   0.264  -3.6687   0.0775  -0.1588
 UNU  H02   H  HCR6  0   0.263  -2.4558  -2.0749  -0.2978

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UNU  O08  C07   double    1.224  0.020  1.224
 UNU  C07  N09   single    1.342  0.020  1.342
 UNU  C07  C06   single    1.497  0.020  1.497
 UNU  N09  H091  single    0.860  0.020  1.020
 UNU  N09  H092  single    0.860  0.020  1.020
 UNU  C06  C01   aromatic  1.393  0.020  1.393
 UNU  C06  C05   aromatic  1.394  0.020  1.394
 UNU  C01  C02   aromatic  1.386  0.020  1.386
 UNU  C01  H01   single    0.930  0.020  1.080
 UNU  C05  C04   aromatic  1.388  0.020  1.388
 UNU  C05  H05   single    0.930  0.020  1.080
 UNU  C04  C03   aromatic  1.388  0.020  1.388
 UNU  C04  H04   single    0.930  0.020  1.080
 UNU  C03  C02   aromatic  1.389  0.020  1.389
 UNU  C03  H03   single    0.930  0.020  1.080
 UNU  C02  H02   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UNU  C06   C07  N09   116.23  3.000
 UNU  C06   C07  O08   120.98  3.000
 UNU  N09   C07  O08   122.80  3.000
 UNU  H092  N09  H091  116.86  3.000
 UNU  H092  N09  C07   122.50  3.000
 UNU  H091  N09  C07   119.63  3.000
 UNU  C05   C06  C01   119.23  3.000
 UNU  C05   C06  C07   122.55  3.000
 UNU  C01   C06  C07   118.19  3.000
 UNU  H01   C01  C02   119.82  3.000
 UNU  H01   C01  C06   119.79  3.000
 UNU  C02   C01  C06   120.39  3.000
 UNU  H05   C05  C04   118.81  3.000
 UNU  H05   C05  C06   120.84  3.000
 UNU  C04   C05  C06   120.33  3.000
 UNU  H04   C04  C03   120.18  3.000
 UNU  H04   C04  C05   119.72  3.000
 UNU  C03   C04  C05   120.10  3.000
 UNU  H03   C03  C02   120.12  3.000
 UNU  H03   C03  C04   120.03  3.000
 UNU  C02   C03  C04   119.84  3.000
 UNU  H02   C02  C03   120.07  3.000
 UNU  H02   C02  C01   119.84  3.000
 UNU  C03   C02  C01   120.09  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UNU  CONST_01  C03   C02  C01  C06    0.00   0.0  0
 UNU  CONST_02  C03   C04  C05  C06    0.00   0.0  0
 UNU  CONST_03  C04   C05  C06  C01    0.00   0.0  0
 UNU  CONST_04  C04   C03  C02  C01    0.00   0.0  0
 UNU  CONST_05  C02   C01  C06  C05    0.00   0.0  0
 UNU  CONST_06  C02   C03  C04  C05    0.00   0.0  0
 UNU  CONST_07  C02   C01  C06  C07  180.00   0.0  0
 UNU  CONST_08  C04   C05  C06  C07  180.00   0.0  0
 UNU  CONST_09  H02   C02  C01  C06  180.00   0.0  0
 UNU  CONST_10  H04   C04  C05  C06  180.00   0.0  0
 UNU  CONST_11  H05   C05  C06  C01  180.00   0.0  0
 UNU  CONST_12  H03   C03  C02  C01  180.00   0.0  0
 UNU  CONST_13  H01   C01  C06  C05  180.00   0.0  0
 UNU  CONST_14  H091  N09  C07  C06  180.00   0.0  0
 UNU  CONST_15  H092  N09  C07  C06    0.00   0.0  0
 UNU  Var_01    C01   C06  C07  O08  -23.51  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UNU  plan-1  C07   0.020
 UNU  plan-1  C06   0.020
 UNU  plan-1  C01   0.020
 UNU  plan-1  C05   0.020
 UNU  plan-1  C04   0.020
 UNU  plan-1  C03   0.020
 UNU  plan-1  C02   0.020
 UNU  plan-1  H01   0.020
 UNU  plan-1  H05   0.020
 UNU  plan-1  H04   0.020
 UNU  plan-1  H03   0.020
 UNU  plan-1  H02   0.020
 UNU  plan-2  O08   0.020
 UNU  plan-2  C07   0.020
 UNU  plan-2  N09   0.020
 UNU  plan-2  C06   0.020
 UNU  plan-2  H091  0.020
 UNU  plan-2  H092  0.020

