# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Fri Jul  3 18:13:57 2020
#   Inital geometry file: a 240 line input string
#   Ligand name: N-[(1S)-1-{[(2-{[(1S)-2-amino-2-oxo-1-phenylethyl]amino}-2-oxoethyl)amino](oxo)acetyl}butyl]-N~2~-[(2S)-2-cyclohexyl-2-{[(2-methylpropoxy)carbonyl]amino}acetyl]-L-leucinamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCC[C@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)OCC(C)C)C1CCCCC1)C(=O)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(N)=O)c2ccccc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UNH  UNH  N-[(1S)-1-{[(2-{[(1S)-2-amino-2-oxo-1-phenylethyl]amino}-2-oxoethyl)amino](oxo)acetyl}butyl]-N~2~-[(2S)-2-cyclohexyl-2-{[(2-methylpropoxy)carbonyl]amino}acetyl]-L-leucinamide  ligand  103  49  .  2022-07-22  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_UNH
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UNH  C1    C  C     0   0.754    8.2448  -0.3878   0.1215
 UNH  O2    O  O     0  -0.520    8.6541  -0.5511   1.2532
 UNH  O3    O  O2    0  -0.485    8.9804  -0.5853  -0.9746
 UNH  C4    C  CH2   0  -0.138   10.3270  -1.0279  -0.7983
 UNH  C5    C  CH1   0  -0.287   10.8889  -1.4307  -2.1506
 UNH  C6    C  CH3   0  -0.662   12.3556  -1.8118  -1.9696
 UNH  C7    C  CH3   0  -0.654   10.1001  -2.5744  -2.7795
 UNH  N8    N  NH1   0  -0.655    7.0041   0.0227  -0.2079
 UNH  C9    C  CH1   0  -0.227    5.9494   0.1684   0.7591
 UNH  C10   C  CH1   0  -0.217    5.5843   1.6403   1.0506
 UNH  C11   C  CH2   0  -0.421    6.7748   2.3898   1.6462
 UNH  C12   C  CH2   0  -0.432    6.4110   3.8311   1.9905
 UNH  C13   C  CH2   0  -0.428    5.8625   4.5682   0.7737
 UNH  C14   C  CH2   0  -0.434    4.6792   3.8224   0.1690
 UNH  C15   C  CH2   0  -0.445    5.0402   2.3794  -0.1714
 UNH  C16   C  C     0   0.564    4.7193  -0.5909   0.2662
 UNH  O17   O  O     0  -0.481    4.5522  -0.8580  -0.9135
 UNH  N18   N  NH1   0  -0.627    3.8395  -0.8987   1.2331
 UNH  C19   C  CH1   0  -0.224    2.5357  -1.4719   0.9878
 UNH  C20   C  CH2   0  -0.408    2.2586  -2.6057   1.9751
 UNH  C21   C  CH1   0  -0.258    0.8849  -3.2647   1.8369
 UNH  C22   C  CH3   0  -0.655    0.6597  -3.8628   0.4516
 UNH  C23   C  CH3   0  -0.649    0.7301  -4.3350   2.9130
 UNH  C24   C  C     0   0.574    1.4852  -0.3732   1.1396
 UNH  O25   O  O     0  -0.480    1.3898   0.2549   2.1815
 UNH  N26   N  NH1   0  -0.628    0.7033  -0.1750   0.0657
 UNH  C27   C  CH1   0  -0.208   -0.3849   0.7645   0.0321
 UNH  C28   C  CH2   0  -0.420   -0.2135   1.8033  -1.0891
 UNH  C29   C  CH2   0  -0.430    1.0637   2.6190  -0.9351
 UNH  C30   C  CH3   0  -0.668    1.1854   3.6911  -2.0079
 UNH  C32   C  C     0   0.305   -1.6941   0.0302  -0.1624
 UNH  O33   O  O     0  -0.465   -2.9062   1.8603   0.8162
 UNH  N34   N  NH1   0  -0.638   -4.0891   0.1773  -0.1330
 UNH  C35   C  CH2   0  -0.374   -5.3928   0.6986   0.1640
 UNH  C36   C  C     0   0.539   -6.4429  -0.2703  -0.3476
 UNH  O37   O  O     0  -0.484   -6.1470  -1.3026  -0.9291
 UNH  C38   C  C     0   0.500   -2.9693   0.7950   0.2245
 UNH  N39   N  NH1   0  -0.642   -7.7093   0.0866  -0.1067
 UNH  C40   C  CH1   0  -0.240   -8.8031  -0.7530  -0.5242
 UNH  C41   C  CR6   0   0.103  -10.1228  -0.1627  -0.0891
 UNH  C42   C  CR16  0  -0.283  -10.4836   1.1288  -0.4697
 UNH  C43   C  CR16  0  -0.238  -11.7030   1.6587  -0.0747
 UNH  C44   C  CR16  0  -0.260  -12.5771   0.9025   0.6964
 UNH  C45   C  CR16  0  -0.239  -12.2242  -0.3856   1.0733
 UNH  C46   C  CR16  0  -0.318  -11.0007  -0.9143   0.6831
 UNH  C47   C  C     0   0.532   -8.8121  -0.9073  -2.0535
 UNH  O48   O  O     0  -0.478   -8.4449  -0.0090  -2.7895
 UNH  N49   N  NH2   0  -0.797   -9.3147  -2.0714  -2.4762
 UNH  H41   H  HCH2  0   0.234   10.9250  -0.2232  -0.3610
 UNH  H42A  H  HCH2  0   0.221   10.3612  -1.8818  -0.1159
 UNH  H5    H  HCH1  0   0.232   10.8420  -0.5622  -2.8164
 UNH  H61   H  HCH3  0   0.220   12.4612  -2.6670  -1.2979
 UNH  H62   H  HCH3  0   0.237   12.8056  -2.0853  -2.9243
 UNH  H63   H  HCH3  0   0.231   12.9388  -0.9880  -1.5543
 UNH  H71   H  HCH3  0   0.229   10.5556  -2.8797  -3.7222
 UNH  H72   H  HCH3  0   0.215   10.0848  -3.4468  -2.1211
 UNH  H73   H  HCH3  0   0.233    9.0677  -2.2955  -2.9889
 UNH  HN8   H  HNH1  0   0.396    6.7439   0.0271  -1.1824
 UNH  H9    H  HCH1  0   0.289    6.2861  -0.2803   1.6973
 UNH  H10   H  HCH1  0   0.226    4.7927   1.6197   1.8120
 UNH  H111  H  HCH2  0   0.230    7.1346   1.8658   2.5352
 UNH  H112  H  HCH2  0   0.217    7.6002   2.3933   0.9264
 UNH  H121  H  HCH2  0   0.211    5.6611   3.8378   2.7891
 UNH  H122  H  HCH2  0   0.228    7.2875   4.3510   2.3848
 UNH  H131  H  HCH2  0   0.228    5.5713   5.5859   1.0446
 UNH  H132  H  HCH2  0   0.209    6.6531   4.6590   0.0203
 UNH  H141  H  HCH2  0   0.211    3.8431   3.8266   0.8773
 UNH  H142  H  HCH2  0   0.232    4.3242   4.3347  -0.7289
 UNH  H151  H  HCH2  0   0.217    5.7925   2.3733  -0.9685
 UNH  H152  H  HCH2  0   0.242    4.1586   1.8725  -0.5709
 UNH  H18   H  HNH1  0   0.406    4.0533  -0.6350   2.1832
 UNH  H19   H  HCH1  0   0.277    2.5419  -1.8658  -0.0293
 UNH  H201  H  HCH2  0   0.243    3.0382  -3.3621   1.8405
 UNH  H202  H  HCH2  0   0.236    2.3701  -2.2189   2.9930
 UNH  H21   H  HCH1  0   0.228    0.1117  -2.5071   2.0090
 UNH  H221  H  HCH3  0   0.232   -0.2996  -4.3811   0.4105
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 UNH  H223  H  HCH3  0   0.217    1.4387  -4.5891   0.2070
 UNH  H231  H  HCH3  0   0.227    0.8504  -3.9156   3.9133
 UNH  H232  H  HCH3  0   0.229   -0.2540  -4.8033   2.8653
 UNH  H233  H  HCH3  0   0.216    1.4784  -5.1210   2.7890
 UNH  H26   H  HNH1  0   0.406    0.8632  -0.7365  -0.7562
 UNH  H27   H  HCH1  0   0.293   -0.4069   1.2894   0.9882
 UNH  H281  H  HCH2  0   0.251   -1.0761   2.4729  -1.0804
 UNH  H282  H  HCH2  0   0.239   -0.2181   1.2980  -2.0604
 UNH  H291  H  HCH2  0   0.228    1.9301   1.9552  -0.9820
 UNH  H292  H  HCH2  0   0.223    1.0837   3.0813   0.0560
 UNH  H301  H  HCH3  0   0.235    2.1044   4.2661  -1.8899
 UNH  H302  H  HCH3  0   0.221    1.1979   3.2507  -3.0063
 UNH  H303  H  HCH3  0   0.222    0.3488   4.3899  -1.9643
 UNH  H34   H  HNH1  0   0.411   -4.0399  -0.7130  -0.6107
 UNH  H351  H  HCH2  0   0.291   -5.5244   0.8390   1.2410
 UNH  H352  H  HCH2  0   0.292   -5.5447   1.6759  -0.3038
 UNH  H39   H  HNH1  0   0.418   -7.9102   0.9387   0.3938
 UNH  H40   H  HCH1  0   0.297   -8.6937  -1.7429  -0.0695
 UNH  H42   H  HCR6  0   0.263   -9.8157   1.7231  -1.0813
 UNH  H43   H  HCR6  0   0.261  -11.9718   2.6631  -0.3744
 UNH  H44   H  HCR6  0   0.261  -13.5285   1.3167   1.0036
 UNH  H45   H  HCR6  0   0.262  -12.8978  -0.9796   1.6767
 UNH  H46   H  HCR6  0   0.260  -10.7268  -1.9171   0.9874
 UNH  H491  H  HNH2  0   0.409   -9.5605  -2.8096  -1.8393
 UNH  H492  H  HNH2  0   0.406   -9.4096  -2.2609  -3.4607
 UNH  O31   O  O     0  -0.343   -1.7625  -1.0860  -0.6078

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UNH  C1   O2    double    1.214  0.020  1.214
 UNH  C1   O3    single    1.335  0.020  1.335
 UNH  C1   N8    single    1.348  0.020  1.348
 UNH  O3   C4    single    1.428  0.020  1.428
 UNH  C4   C5    single    1.519  0.020  1.519
 UNH  C4   H41   single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C4   H42A  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C5   C6    single    1.526  0.020  1.526
 UNH  C5   C7    single    1.525  0.020  1.525
 UNH  C5   H5    single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C6   H61   single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C6   H62   single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C6   H63   single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C7   H71   single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C7   H72   single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C7   H73   single    0.970  0.020  1.090
 UNH  N8   C9    single    1.438  0.020  1.438
 UNH  N8   HN8   single    0.860  0.020  1.020
 UNH  C9   C10   single    1.544  0.020  1.544
 UNH  C9   C16   single    1.527  0.020  1.527
 UNH  C9   H9    single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C10  C11   single    1.528  0.020  1.528
 UNH  C10  C15   single    1.528  0.020  1.528
 UNH  C10  H10   single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C11  C12   single    1.526  0.020  1.526
 UNH  C11  H111  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C11  H112  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C12  C13   single    1.525  0.020  1.525
 UNH  C12  H121  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C12  H122  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C13  C14   single    1.524  0.020  1.524
 UNH  C13  H131  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C13  H132  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C14  C15   single    1.526  0.020  1.526
 UNH  C14  H141  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C14  H142  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C15  H151  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C15  H152  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C16  O17   double    1.221  0.020  1.221
 UNH  C16  N18   single    1.343  0.020  1.343
 UNH  N18  C19   single    1.445  0.020  1.445
 UNH  N18  H18   single    0.860  0.020  1.020
 UNH  C19  C20   single    1.529  0.020  1.529
 UNH  C19  C24   single    1.528  0.020  1.528
 UNH  C19  H19   single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C20  C21   single    1.530  0.020  1.530
 UNH  C20  H201  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C20  H202  single    0.970  0.020  1.090
 UNH  C21  C22   single    1.526  0.020  1.526
 UNH  C21  C23   single    1.526  0.020  1.526
 UNH  C21  H21   single    0.970  0.020  1.090
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 UNH  C22  H222  single    0.970  0.020  1.090
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 UNH  N49   C47  O48   124.38  3.000
 UNH  N49   C47  C40   113.84  3.000
 UNH  O48   C47  C40   121.70  3.000
 UNH  H492  N49  H491  117.26  3.000
 UNH  H492  N49  C47   120.56  3.000
 UNH  H491  N49  C47   122.08  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UNH  CONST_01  C44   C43  C42  C41     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_02  C44   C45  C46  C41     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_03  C45   C46  C41  C42     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_04  C45   C44  C43  C42     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_05  C46   C41  C42  C43     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_06  C46   C45  C44  C43     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_07  C43   C42  C41  C40   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_08  C45   C46  C41  C40   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_09  H43   C43  C42  C41   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_10  H45   C45  C46  C41   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_11  H46   C46  C41  C42   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_12  H44   C44  C43  C42   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_13  H42   C42  C43  C44   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_14  C19   N18  C16  C9    180.00   0.0  0
 UNH  CONST_15  C19   N18  C16  O17     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_16  C27   N26  C24  C19   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_17  C27   N26  C24  O25     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_18  N34   C38  C32  C27   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_19  C35   N34  C38  C32   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_20  C35   N34  C38  O33     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_21  C40   N39  C36  C35   180.00   0.0  0
 UNH  CONST_22  C40   N39  C36  O37     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_23  H18   N18  C16  C9      0.00   0.0  0
 UNH  CONST_24  H26   N26  C24  C19     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_25  H34   N34  C38  C32     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_26  H39   N39  C36  C35     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_27  H491  N49  C47  C40     0.00   0.0  0
 UNH  CONST_28  H492  N49  C47  C40   180.00   0.0  0
 UNH  Var_01    C13   C12  C11  C10   -55.87  30.0  1
 UNH  Var_02    C13   C14  C15  C10    55.51  30.0  1
 UNH  Var_03    C14   C13  C12  C11    55.15  30.0  1
 UNH  Var_04    C15   C14  C13  C12   -55.11  30.0  1
 UNH  Var_05    C5    C4   O3   C1    169.68  30.0  3
 UNH  Var_06    C9    N8   C1   O2     -7.66  30.0  2
 UNH  Var_07    C6    C5   C4   O3    176.20  30.0  3
 UNH  Var_08    N8    C1   O3   C4   -179.85  30.0  1
 UNH  Var_09    C22   C21  C20  C19    58.95  30.0  3
 UNH  Var_10    C30   C29  C28  C27  -177.01  30.0  3
 UNH  Var_11    O37   C36  C35  N34    -0.97  30.0  3
 UNH  Var_12    C38   N34  C35  C36  -178.35  30.0  1
 UNH  Var_13    H61   C6   C5   C4     61.78  30.0  3
 UNH  Var_14    H71   C7   C5   C4   -176.94  30.0  3
 UNH  Var_15    H221  C22  C21  C20   176.20  30.0  3
 UNH  Var_16    H231  C23  C21  C20    57.83  30.0  3
 UNH  Var_17    H301  C30  C29  C28  -179.80  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 UNH  chir_01  C9   N8   C10  C16  negativ
 UNH  chir_02  C10  C15  C11  C9   positiv
 UNH  chir_03  C19  N18  C24  C20  positiv
 UNH  chir_04  C27  N26  C28  C32  negativ
 UNH  chir_05  C40  N39  C41  C47  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UNH  plan-1  C1    0.020
 UNH  plan-1  O2    0.020
 UNH  plan-1  O3    0.020
 UNH  plan-1  N8    0.020
 UNH  plan-2  C40   0.020
 UNH  plan-2  C41   0.020
 UNH  plan-2  C42   0.020
 UNH  plan-2  C43   0.020
 UNH  plan-2  C44   0.020
 UNH  plan-2  C45   0.020
 UNH  plan-2  C46   0.020
 UNH  plan-2  H42   0.020
 UNH  plan-2  H43   0.020
 UNH  plan-2  H44   0.020
 UNH  plan-2  H45   0.020
 UNH  plan-2  H46   0.020
 UNH  plan-3  C19   0.020
 UNH  plan-3  C24   0.020
 UNH  plan-3  O25   0.020
 UNH  plan-3  N26   0.020
 UNH  plan-3  C27   0.020
 UNH  plan-3  H26   0.020
 UNH  plan-4  C35   0.020
 UNH  plan-4  C36   0.020
 UNH  plan-4  O37   0.020
 UNH  plan-4  N39   0.020
 UNH  plan-4  C40   0.020
 UNH  plan-4  H39   0.020
 UNH  plan-5  C27   0.020
 UNH  plan-5  C32   0.020
 UNH  plan-5  O33   0.020
 UNH  plan-5  N34   0.020
 UNH  plan-5  C35   0.020
 UNH  plan-5  C38   0.020
 UNH  plan-5  H34   0.020
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 UNH  plan-6  C40   0.020
 UNH  plan-6  C47   0.020
 UNH  plan-6  O48   0.020
 UNH  plan-6  N49   0.020
 UNH  plan-6  H491  0.020
 UNH  plan-6  H492  0.020
 UNH  plan-7  C9    0.020
 UNH  plan-7  C16   0.020
 UNH  plan-7  O17   0.020
 UNH  plan-7  N18   0.020
 UNH  plan-7  C19   0.020
 UNH  plan-7  H18   0.020

