# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May  6 21:50:44 2020
#   Inital geometry file: a 60 line input string
#   Ligand name: 5-bromo-7-methoxy-1-benzofuran-2-carboxylic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1cc(Br)cc2cc(oc12)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UNE  UNE  '5-bromo-7-methoxy-1-benzofuran-2-carboxylic acid'  ligand  21  15  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_UNE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UNE  O01   O   O      0  -0.442  -2.2263   0.7676  -0.0019
 UNE  C02   C   CR5    0   0.198  -2.8455  -0.4459  -0.0014
 UNE  C03   C   CR15   0  -0.395  -1.9397  -1.4527   0.0074
 UNE  C04   C   CR56   0   0.068  -0.6467  -0.8373   0.0130
 UNE  C05   C   CR56   0   0.306  -0.9037   0.5294   0.0068
 UNE  C06   C   CR6    0   0.308   0.1020   1.4967   0.0102
 UNE  C07   C   CR16   0  -0.385   1.4090   1.0297   0.0202
 UNE  C08   C   CR6    0  -0.110   1.6625  -0.3518   0.0258
 UNE  C09   C   CR16   0  -0.347   0.6724  -1.3077   0.0229
 UNE  BR10  BR  BR     0  -0.056   3.4721  -0.9095   0.0375
 UNE  O11   O   O2     0  -0.460  -0.2751   2.7800   0.0041
 UNE  C12   C   CH3    0  -0.441   0.7325   3.7766   0.0066
 UNE  C13   C   C      0   0.349  -4.3516  -0.4754  -0.0102
 UNE  O14   O   O      0  -0.584  -4.8460  -1.6158  -0.0075
 UNE  O15   O   OC    -1  -0.587  -4.9265   0.6240  -0.0191
 UNE  H03   H   HCR5   0   0.264  -2.1599  -2.5073   0.0105
 UNE  H07   H   HCR6   0   0.303   2.2380   1.7228   0.0238
 UNE  H09   H   HCR6   0   0.275   0.8899  -2.3667   0.0275
 UNE  H12   H   HCH3   0   0.235   1.3572   3.7186   0.9011
 UNE  H12A  H   HCH3   0   0.235   1.3684   3.7118  -0.8793
 UNE  H12B  H   HCH3   0   0.266   0.2167   4.7329  -0.0000

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UNE  C05   O01   aromatic  1.344  0.020  1.344
 UNE  O01   C02   aromatic  1.362  0.020  1.362
 UNE  C02   C13   single    1.506  0.020  1.506
 UNE  C02   C03   aromatic  1.354  0.020  1.354
 UNE  C04   C03   aromatic  1.432  0.020  1.432
 UNE  C03   H03   single    0.930  0.020  1.080
 UNE  C05   C04   aromatic  1.391  0.020  1.391
 UNE  C04   C09   aromatic  1.401  0.020  1.401
 UNE  C06   C05   aromatic  1.395  0.020  1.395
 UNE  O11   C06   single    1.338  0.020  1.338
 UNE  C06   C07   aromatic  1.388  0.020  1.388
 UNE  C07   C08   aromatic  1.405  0.020  1.405
 UNE  C07   H07   single    0.930  0.020  1.080
 UNE  BR10  C08   single    1.894  0.020  1.894
 UNE  C08   C09   aromatic  1.376  0.020  1.376
 UNE  C09   H09   single    0.930  0.020  1.080
 UNE  C12   O11   single    1.417  0.020  1.417
 UNE  C12   H12   single    0.970  0.020  1.090
 UNE  C12   H12A  single    0.970  0.020  1.090
 UNE  C12   H12B  single    0.970  0.020  1.090
 UNE  O14   C13   deloc     1.243  0.020  1.243
 UNE  C13   O15   deloc     1.241  0.020  1.241

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UNE  C05   O01  C02   106.82  3.000
 UNE  C13   C02  C03   130.86  3.000
 UNE  C03   C02  O01   110.99  3.000
 UNE  C13   C02  O01   118.15  3.000
 UNE  H03   C03  C04   127.24  3.000
 UNE  H03   C03  C02   126.23  3.000
 UNE  C04   C03  C02   106.53  3.000
 UNE  C09   C04  C05   120.28  3.000
 UNE  C09   C04  C03   134.92  3.000
 UNE  C05   C04  C03   104.80  3.000
 UNE  C06   C05  C04   123.24  3.000
 UNE  C06   C05  O01   125.90  3.000
 UNE  C04   C05  O01   110.86  3.000
 UNE  O11   C06  C07   126.04  3.000
 UNE  C07   C06  C05   116.45  3.000
 UNE  O11   C06  C05   117.51  3.000
 UNE  H07   C07  C08   119.50  3.000
 UNE  H07   C07  C06   120.44  3.000
 UNE  C08   C07  C06   120.06  3.000
 UNE  BR10  C08  C09   118.87  3.000
 UNE  C09   C08  C07   123.60  3.000
 UNE  BR10  C08  C07   117.53  3.000
 UNE  H09   C09  C08   122.39  3.000
 UNE  H09   C09  C04   121.23  3.000
 UNE  C08   C09  C04   116.38  3.000
 UNE  C12   O11  C06   118.31  3.000
 UNE  H12B  C12  H12A  108.87  3.000
 UNE  H12B  C12  H12   108.85  3.000
 UNE  H12A  C12  H12   109.14  3.000
 UNE  H12B  C12  O11   106.34  3.000
 UNE  H12A  C12  O11   111.76  3.000
 UNE  H12   C12  O11   111.76  3.000
 UNE  O15   C13  O14   128.96  3.000
 UNE  O15   C13  C02   116.49  3.000
 UNE  O14   C13  C02   114.55  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UNE  CONST_01  C03   C04  C05  O01     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_02  C09   C04  C05  O01   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_03  C07   C06  C05  O01   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_04  C04   C03  C02  O01     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_05  C04   C05  O01  C02     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_06  C06   C05  O01  C02   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_07  C05   C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_08  C09   C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_09  C05   O01  C02  C03     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_10  C06   C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_11  C08   C09  C04  C03   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_12  C07   C06  C05  C04     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_13  C07   C08  C09  C04     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_14  C08   C09  C04  C05     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_15  C08   C07  C06  C05     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_16  C09   C04  C05  C06     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_17  C09   C08  C07  C06     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_18  O11   C06  C05  O01     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_19  C13   C02  C03  C04   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_20  O11   C06  C05  C04   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_21  BR10  C08  C09  C04   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_22  C13   C02  O01  C05   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_23  BR10  C08  C07  C06   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_24  O11   C06  C07  C08   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_25  H03   C03  C02  O01   180.00   0.0  0
 UNE  CONST_26  H09   C09  C04  C03     0.00   0.0  0
 UNE  CONST_27  H07   C07  C06  C05   180.00   0.0  0
 UNE  Var_01    O14   C13  C02  O01  -179.91  30.0  2
 UNE  Var_02    H12   C12  O11  C06   -61.39  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UNE  plan-1  O01   0.020
 UNE  plan-1  C02   0.020
 UNE  plan-1  C03   0.020
 UNE  plan-1  C04   0.020
 UNE  plan-1  C05   0.020
 UNE  plan-1  C06   0.020
 UNE  plan-1  C07   0.020
 UNE  plan-1  C08   0.020
 UNE  plan-1  C09   0.020
 UNE  plan-1  BR10  0.020
 UNE  plan-1  O11   0.020
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 UNE  plan-2  C02   0.020
 UNE  plan-2  C13   0.020
 UNE  plan-2  O14   0.020
 UNE  plan-2  O15   0.020

