# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar 23 08:53:26 2022
#   Inital geometry file: a 77 line input string
#   Ligand name: undecane
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCCC
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UND  UND  'undecane                 '  ligand  35  11  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_UND
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UND  C1    C  CH3   0  -0.662  -0.3962   0.0184   6.3537
 UND  C2    C  CH2   0  -0.419   0.4663   0.0138   5.0987
 UND  C3    C  CH2   0  -0.406  -0.3594   0.0133   3.8178
 UND  C4    C  CH2   0  -0.412   0.4870   0.0160   2.5508
 UND  C5    C  CH2   0  -0.411  -0.3449   0.0130   1.2741
 UND  C6    C  CH2   0  -0.412   0.4967   0.0146   0.0039
 UND  C7    C  CH2   0  -0.411  -0.3401   0.0135  -1.2695
 UND  C8    C  CH2   0  -0.412   0.4963   0.0150  -2.5432
 UND  C9    C  CH2   0  -0.406  -0.3460   0.0152  -3.8128
 UND  C10   C  CH2   0  -0.419   0.4837   0.0161  -5.0913
 UND  C11   C  CH3   0  -0.662  -0.3748   0.0159  -6.3488
 UND  H11   H  HCH3  0   0.215  -1.0434  -0.8601   6.3881
 UND  H12   H  HCH3  0   0.225   0.2094   0.0181   7.2608
 UND  H13   H  HCH3  0   0.215  -1.0378   0.9012   6.3851
 UND  H21   H  HCH2  0   0.210   1.1271   0.8864   5.1032
 UND  H22   H  HCH2  0   0.210   1.1222  -0.8625   5.1065
 UND  H31   H  HCH2  0   0.205  -1.0173  -0.8633   3.8126
 UND  H32   H  HCH2  0   0.205  -1.0213   0.8870   3.8141
 UND  H41   H  HCH2  0   0.206   1.1433   0.8937   2.5544
 UND  H42   H  HCH2  0   0.206   1.1495  -0.8570   2.5547
 UND  H51   H  HCH2  0   0.206  -1.0021  -0.8640   1.2722
 UND  H52   H  HCH2  0   0.206  -1.0072   0.8863   1.2711
 UND  H61   H  HCH2  0   0.206   1.1548   0.8909   0.0051
 UND  H62   H  HCH2  0   0.206   1.1575  -0.8597   0.0049
 UND  H71   H  HCH2  0   0.206  -0.9984  -0.8628  -1.2695
 UND  H72   H  HCH2  0   0.206  -1.0014   0.8876  -1.2693
 UND  H81   H  HCH2  0   0.206   1.1547   0.8911  -2.5441
 UND  H82   H  HCH2  0   0.206   1.1566  -0.8596  -2.5452
 UND  H91   H  HCH2  0   0.205  -1.0057  -0.8602  -3.8112
 UND  H92   H  HCH2  0   0.205  -1.0064   0.8900  -3.8102
 UND  H101  H  HCH2  0   0.210   1.1415   0.8910  -5.0949
 UND  H102  H  HCH2  0   0.210   1.1425  -0.8580  -5.0956
 UND  H111  H  HCH3  0   0.225   0.2334   0.0171  -7.2542
 UND  H112  H  HCH3  0   0.215  -1.0180  -0.8656  -6.3844
 UND  H113  H  HCH3  0   0.215  -1.0207   0.8954  -6.3835

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UND  C1   C2    single  1.523  0.020  1.523
 UND  C1   H11   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C1   H12   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C1   H13   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C2   C3    single  1.524  0.020  1.524
 UND  C2   H21   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C2   H22   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C3   C4    single  1.524  0.020  1.524
 UND  C3   H31   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C3   H32   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C4   C5    single  1.524  0.020  1.524
 UND  C4   H41   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C4   H42   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C5   C6    single  1.524  0.020  1.524
 UND  C5   H51   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C5   H52   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C6   C7    single  1.524  0.020  1.524
 UND  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C7   C8    single  1.524  0.020  1.524
 UND  C7   H71   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C7   H72   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C8   C9    single  1.524  0.020  1.524
 UND  C8   H81   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C8   H82   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C9   C10   single  1.524  0.020  1.524
 UND  C9   H91   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C9   H92   single  0.970  0.020  1.090
 UND  C10  C11   single  1.523  0.020  1.523
 UND  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 UND  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 UND  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 UND  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 UND  C11  H113  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UND  H13   C1   H12   107.62  3.000
 UND  H13   C1   H11   107.54  3.000
 UND  H12   C1   H11   107.62  3.000
 UND  H13   C1   C2    111.04  3.000
 UND  H12   C1   C2    111.77  3.000
 UND  H11   C1   C2    111.05  3.000
 UND  H22   C2   H21   106.05  3.000
 UND  H22   C2   C3    109.29  3.000
 UND  H21   C2   C3    109.31  3.000
 UND  H22   C2   C1    109.63  3.000
 UND  H21   C2   C1    109.64  3.000
 UND  C3    C2   C1    112.70  3.000
 UND  H32   C3   H31   105.96  3.000
 UND  H32   C3   C4    109.34  3.000
 UND  H31   C3   C4    109.33  3.000
 UND  H32   C3   C2    109.25  3.000
 UND  H31   C3   C2    109.23  3.000
 UND  C4    C3   C2    113.45  3.000
 UND  H42   C4   H41   106.02  3.000
 UND  H42   C4   C5    109.36  3.000
 UND  H41   C4   C5    109.35  3.000
 UND  H42   C4   C3    109.35  3.000
 UND  H41   C4   C3    109.35  3.000
 UND  C5    C4   C3    113.17  3.000
 UND  H52   C5   H51   105.97  3.000
 UND  H52   C5   C6    109.31  3.000
 UND  H51   C5   C6    109.30  3.000
 UND  H52   C5   C4    109.31  3.000
 UND  H51   C5   C4    109.29  3.000
 UND  C6    C5   C4    113.39  3.000
 UND  H62   C6   H61   106.01  3.000
 UND  H62   C6   C7    109.35  3.000
 UND  H61   C6   C7    109.35  3.000
 UND  H62   C6   C5    109.36  3.000
 UND  H61   C6   C5    109.36  3.000
 UND  C7    C6   C5    113.16  3.000
 UND  H72   C7   H71   105.98  3.000
 UND  H72   C7   C8    109.30  3.000
 UND  H71   C7   C8    109.29  3.000
 UND  H72   C7   C6    109.31  3.000
 UND  H71   C7   C6    109.30  3.000
 UND  C8    C7   C6    113.40  3.000
 UND  H82   C8   H81   106.02  3.000
 UND  H82   C8   C9    109.37  3.000
 UND  H81   C8   C9    109.35  3.000
 UND  H82   C8   C7    109.36  3.000
 UND  H81   C8   C7    109.34  3.000
 UND  C9    C8   C7    113.15  3.000
 UND  H92   C9   H91   105.95  3.000
 UND  H92   C9   C10   109.24  3.000
 UND  H91   C9   C10   109.23  3.000
 UND  H92   C9   C8    109.34  3.000
 UND  H91   C9   C8    109.35  3.000
 UND  C10   C9   C8    113.46  3.000
 UND  H102  C10  H101  106.06  3.000
 UND  H102  C10  C11   109.63  3.000
 UND  H101  C10  C11   109.64  3.000
 UND  H102  C10  C9    109.30  3.000
 UND  H101  C10  C9    109.29  3.000
 UND  C11   C10  C9    112.70  3.000
 UND  H113  C11  H112  107.50  3.000
 UND  H113  C11  H111  107.62  3.000
 UND  H112  C11  H111  107.60  3.000
 UND  H113  C11  C10   111.08  3.000
 UND  H112  C11  C10   111.05  3.000
 UND  H111  C11  C10   111.79  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UND  Var_01  C4    C3   C2   C1   179.70  30.0  3
 UND  Var_02  C5    C4   C3   C2   179.90  30.0  3
 UND  Var_03  C6    C5   C4   C3  -179.95  30.0  3
 UND  Var_04  C7    C6   C5   C4  -179.92  30.0  3
 UND  Var_05  C8    C7   C6   C5  -180.00  30.0  3
 UND  Var_06  C9    C8   C7   C6  -179.95  30.0  3
 UND  Var_07  C10   C9   C8   C7  -179.98  30.0  3
 UND  Var_08  C11   C10  C9   C8   179.98  30.0  3
 UND  Var_09  H11   C1   C2   C3    59.77  30.0  3
 UND  Var_10  H111  C11  C10  C9   179.97  30.0  3

