# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May  6 21:24:38 2020
#   Inital geometry file: a 78 line input string
#   Ligand name: undecanal
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCCC=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UNA  UNA  'undecanal                '  ligand  34  12  .  2021-08-24  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_UNA
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UNA  C11   C  CH3   0  -0.662  -0.4550   0.0383   6.9343
 UNA  C10   C  CH2   0  -0.419   0.4137   0.0667   5.6840
 UNA  C9    C  CH2   0  -0.406  -0.4016  -0.0116   4.3989
 UNA  C8    C  CH2   0  -0.412   0.4521   0.0203   3.1372
 UNA  C7    C  CH2   0  -0.412  -0.3671  -0.0736   1.8560
 UNA  C6    C  CH2   0  -0.412   0.4830  -0.0289   0.5923
 UNA  C5    C  CH2   0  -0.413  -0.3377  -0.1352  -0.6869
 UNA  C4    C  CH2   0  -0.410   0.5125  -0.0729  -1.9493
 UNA  C3    C  CH2   0  -0.436  -0.3118  -0.1876  -3.2251
 UNA  C2    C  CH2   0  -0.546   0.5549  -0.1057  -4.4839
 UNA  C1    C  C1    0   0.189  -0.2588  -0.3103  -5.7210
 UNA  O1    O  O     0  -0.383  -0.3025   0.4423  -6.6634
 UNA  H113  H  HCH3  0   0.215  -1.0473  -0.8778   6.9794
 UNA  H112  H  HCH3  0   0.225   0.1439   0.0884   7.8444
 UNA  H111  H  HCH3  0   0.215  -1.1500   0.8801   6.9490
 UNA  H102  H  HCH2  0   0.210   1.0168   0.9802   5.6756
 UNA  H101  H  HCH2  0   0.210   1.1247  -0.7650   5.7123
 UNA  H92   H  HCH2  0   0.205  -1.0024  -0.9284   4.4075
 UNA  H91   H  HCH2  0   0.206  -1.1175   0.8179   4.3732
 UNA  H82   H  HCH2  0   0.206   1.0448   0.9421   3.1234
 UNA  H81   H  HCH2  0   0.206   1.1745  -0.8031   3.1671
 UNA  H72   H  HCH2  0   0.206  -0.9521  -1.0004   1.8671
 UNA  H71   H  HCH2  0   0.207  -1.0967   0.7436   1.8304
 UNA  H62   H  HCH2  0   0.207   1.0612   0.9020   0.5772
 UNA  H61   H  HCH2  0   0.208   1.2179  -0.8411   0.6207
 UNA  H52   H  HCH2  0   0.209  -0.9057  -1.0723  -0.6773
 UNA  H51   H  HCH2  0   0.210  -1.0808   0.6695  -0.7100
 UNA  H42   H  HCH2  0   0.215   1.0748   0.8671  -1.9633
 UNA  H41   H  HCH2  0   0.215   1.2589  -0.8743  -1.9277
 UNA  H32   H  HCH2  0   0.227  -0.8618  -1.1344  -3.2199
 UNA  H31   H  HCH2  0   0.232  -1.0639   0.6065  -3.2480
 UNA  H22   H  HCH2  0   0.248   1.0898   0.8443  -4.5362
 UNA  H21   H  HCH2  0   0.261   1.2999  -0.9097  -4.4528
 UNA  H1    H  H     0   0.180  -0.8531  -1.2432  -5.7211

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UNA  C11  C10   single  1.523  0.020  1.523
 UNA  C11  H113  single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C10  C9    single  1.524  0.020  1.524
 UNA  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C9   C8    single  1.524  0.020  1.524
 UNA  C9   H92   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C9   H91   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C8   C7    single  1.524  0.020  1.524
 UNA  C8   H82   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C8   H81   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C7   C6    single  1.524  0.020  1.524
 UNA  C7   H72   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C7   H71   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C6   C5    single  1.524  0.020  1.524
 UNA  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C5   C4    single  1.523  0.020  1.523
 UNA  C5   H52   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C5   H51   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C4   C3    single  1.523  0.020  1.523
 UNA  C4   H42   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C4   H41   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C3   C2    single  1.531  0.020  1.531
 UNA  C3   H32   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C3   H31   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C2   C1    single  1.495  0.020  1.495
 UNA  C2   H22   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C2   H21   single  0.970  0.020  1.090
 UNA  C1   O1    double  1.207  0.020  1.207
 UNA  C1   H1    single  0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UNA  H111  C11  H112  107.63  3.000
 UNA  H111  C11  H113  107.52  3.000
 UNA  H112  C11  H113  107.58  3.000
 UNA  H111  C11  C10   111.10  3.000
 UNA  H112  C11  C10   111.78  3.000
 UNA  H113  C11  C10   111.04  3.000
 UNA  H101  C10  H102  106.05  3.000
 UNA  H101  C10  C9    109.29  3.000
 UNA  H102  C10  C9    109.34  3.000
 UNA  H101  C10  C11   109.59  3.000
 UNA  H102  C10  C11   109.65  3.000
 UNA  C9    C10  C11   112.72  3.000
 UNA  H91   C9   H92   105.98  3.000
 UNA  H91   C9   C8    109.31  3.000
 UNA  H92   C9   C8    109.33  3.000
 UNA  H91   C9   C10   109.29  3.000
 UNA  H92   C9   C10   109.24  3.000
 UNA  C8    C9   C10   113.42  3.000
 UNA  H81   C8   H82   106.01  3.000
 UNA  H81   C8   C7    109.33  3.000
 UNA  H82   C8   C7    109.39  3.000
 UNA  H81   C8   C9    109.33  3.000
 UNA  H82   C8   C9    109.33  3.000
 UNA  C7    C8   C9    113.19  3.000
 UNA  H71   C7   H72   105.99  3.000
 UNA  H71   C7   C6    109.28  3.000
 UNA  H72   C7   C6    109.33  3.000
 UNA  H71   C7   C8    109.37  3.000
 UNA  H72   C7   C8    109.31  3.000
 UNA  C6    C7   C8    113.31  3.000
 UNA  H61   C6   H62   106.03  3.000
 UNA  H61   C6   C5    109.35  3.000
 UNA  H62   C6   C5    109.38  3.000
 UNA  H61   C6   C7    109.33  3.000
 UNA  H62   C6   C7    109.31  3.000
 UNA  C5    C6   C7    113.19  3.000
 UNA  H51   C5   H52   106.06  3.000
 UNA  H51   C5   C4    109.33  3.000
 UNA  H52   C5   C4    109.37  3.000
 UNA  H51   C5   C6    109.38  3.000
 UNA  H52   C5   C6    109.36  3.000
 UNA  C4    C5   C6    113.10  3.000
 UNA  H41   C4   H42   106.16  3.000
 UNA  H41   C4   C3    109.28  3.000
 UNA  H42   C4   C3    109.38  3.000
 UNA  H41   C4   C5    109.51  3.000
 UNA  H42   C4   C5    109.40  3.000
 UNA  C3    C4   C5    112.89  3.000
 UNA  H31   C3   H32   106.40  3.000
 UNA  H31   C3   C2    109.47  3.000
 UNA  H32   C3   C2    109.55  3.000
 UNA  H31   C3   C4    109.57  3.000
 UNA  H32   C3   C4    109.45  3.000
 UNA  C2    C3   C4    112.23  3.000
 UNA  H21   C2   H22   107.85  3.000
 UNA  H21   C2   C1    107.04  3.000
 UNA  H22   C2   C1    110.26  3.000
 UNA  H21   C2   C3    108.80  3.000
 UNA  H22   C2   C3    111.31  3.000
 UNA  C1    C2   C3    111.42  3.000
 UNA  H1    C1   O1    120.43  3.000
 UNA  H1    C1   C2    114.07  3.000
 UNA  O1    C1   C2    125.50  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UNA  Var_01  C8    C9   C10  C11  179.81  30.0  3
 UNA  Var_02  C7    C8   C9   C10  179.37  30.0  3
 UNA  Var_03  C6    C7   C8   C9   179.46  30.0  3
 UNA  Var_04  C5    C6   C7   C8   179.50  30.0  3
 UNA  Var_05  C4    C5   C6   C7   179.29  30.0  3
 UNA  Var_06  C3    C4   C5   C6   179.67  30.0  3
 UNA  Var_07  C2    C3   C4   C5   179.29  30.0  3
 UNA  Var_08  C1    C2   C3   C4   176.25  30.0  3
 UNA  Var_09  O1    C1   C2   C3   125.78  30.0  3
 UNA  Var_10  H113  C11  C10  C9    59.48  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UNA  plan-1  C2  0.020
 UNA  plan-1  C1  0.020
 UNA  plan-1  O1  0.020
 UNA  plan-1  H1  0.020

