# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Jul 24 06:52:12 2021
#   Inital geometry file: a 136 line input string
#   Ligand name: 7-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-5-fluoro-8-methylnaphthalene-2-carbonitrile
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1c(Oc2ccccc2OCCN3C=CC(=O)NC3=O)cc(F)c4ccc(cc14)C#N
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UMY  UMY  7-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-5-fluoro-8-methylnaphthalene-2-carbonitrile  ligand  50  32  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_UMY
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UMY  CAH  C  CR6   0   0.551  457.2622   5.2136  121.2493
 UMY  CAI  C  CR66  0  -0.145  457.6189   4.5984  122.4640
 UMY  CAJ  C  CR66  0   0.144  458.5509   3.5270  122.3951
 UMY  CAK  C  CR6   0  -0.055  459.0692   3.0757  121.1511
 UMY  CAL  C  CR6   0   0.385  458.6542   3.7239  120.0089
 UMY  CAM  C  CR16  0  -0.498  457.7573   4.8120  120.0507
 UMY  CAY  C  CR16  0  -0.251  457.0912   5.0159  123.7057
 UMY  CAZ  C  CR16  0  -0.236  457.4675   4.4001  124.8624
 UMY  CBA  C  CR6   0   0.033  458.3985   3.3388  124.8059
 UMY  CBB  C  CR16  0  -0.317  458.9268   2.9137  123.6107
 UMY  CBC  C  CSP   0   0.065  458.8021   2.6971  126.0153
 UMY  NBD  N  NS    0  -0.254  459.1244   2.1853  126.9956
 UMY  C0P  C  CR16  0   0.118  456.1043   1.2865  121.1515
 UMY  C00  C  CR16  0  -0.361  456.8879   3.5419  115.9940
 UMY  C0D  C  CH2   0  -0.180  455.2911   2.2965  117.9836
 UMY  C0E  C  CH2   0  -0.334  454.6392   1.9718  119.3116
 UMY  C0K  C  CR6   0   0.724  455.1990  -0.3655  119.6727
 UMY  C0N  C  CR6   0   0.559  456.6844  -1.0187  121.5616
 UMY  C0O  C  CR16  0  -0.492  456.7553   0.3861  121.9020
 UMY  N0H  N  NR6   0  -0.526  455.3360   0.9511  120.0731
 UMY  N0M  N  NR16  0  -0.736  455.8882  -1.2656  120.4418
 UMY  O0A  O  O2    0  -0.493  459.1783   3.2983  118.8345
 UMY  O0B  O  O2    0  -0.456  456.6287   2.6589  118.2408
 UMY  O0S  O  O     0  -0.398  457.2318  -1.9276  122.1402
 UMY  C01  C  CR16  0  -0.215  457.7089   4.1991  115.0851
 UMY  C02  C  CR16  0  -0.247  458.9862   4.5888  115.4430
 UMY  C03  C  CR16  0  -0.296  459.4511   4.3118  116.7218
 UMY  C04  C  CR6   0   0.252  458.6449   3.6519  117.6278
 UMY  C05  C  CR6   0   0.370  457.3437   3.2655  117.2770
 UMY  C31  C  CH3   0  -0.744  460.0326   1.9275  121.1027
 UMY  F32  F  F     0  -0.293  456.4038   6.2362  121.2923
 UMY  H1   H  HCR6  0   0.287  457.4686   5.3407  119.1512
 UMY  H2   H  HCR6  0   0.255  456.3807   5.8286  123.7447
 UMY  H3   H  HCR6  0   0.265  457.0641   4.7159  125.8134
 UMY  H4   H  HCR6  0   0.268  459.6429   2.1047  123.6117
 UMY  H5   H  HCR6  0   0.287  456.1450   2.3429  121.3781
 UMY  H6   H  HCR6  0   0.251  455.9003   3.2349  115.6790
 UMY  H7   H  HCH2  0   0.218  454.7297   3.1245  117.5354
 UMY  H8   H  HCH2  0   0.253  455.2429   1.4451  117.2997
 UMY  H9   H  HCH2  0   0.253  454.6024   2.8699  119.9280
 UMY  H10  H  HCH2  0   0.277  453.6119   1.6564  119.1306
 UMY  H11  H  HCR6  0   0.276  457.3251   0.6932  122.7648
 UMY  H12  H  HNR6  0   0.401  455.7988  -2.2316  120.1573
 UMY  H13  H  HCR6  0   0.234  457.3376   4.3994  114.0893
 UMY  H14  H  HCR6  0   0.234  459.6231   5.1028  114.7369
 UMY  H15  H  HCR6  0   0.249  460.4511   4.5946  117.0232
 UMY  H16  H  HCH3  0   0.240  460.9543   2.1620  121.6388
 UMY  H17  H  HCH3  0   0.245  459.6055   1.0319  121.5579
 UMY  H18  H  HCH3  0   0.273  460.3062   1.6675  120.0852
 UMY  O0Q  O  O     0  -0.439  454.5224  -0.6874  118.7233

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UMY  C01  C00  aromatic  1.390  0.020  1.390
 UMY  C01  C02  aromatic  1.383  0.020  1.383
 UMY  C00  C05  aromatic  1.389  0.020  1.389
 UMY  C02  C03  aromatic  1.389  0.020  1.389
 UMY  C05  O0B  single    1.345  0.020  1.345
 UMY  C05  C04  aromatic  1.402  0.020  1.402
 UMY  O0Q  C0K  double    1.209  0.020  1.209
 UMY  C0D  O0B  single    1.409  0.020  1.409
 UMY  C0D  C0E  single    1.515  0.020  1.515
 UMY  C03  C04  aromatic  1.381  0.020  1.381
 UMY  C04  O0A  single    1.366  0.020  1.366
 UMY  C0E  N0H  single    1.452  0.020  1.452
 UMY  C0K  N0H  single    1.383  0.020  1.383
 UMY  C0K  N0M  single    1.370  0.020  1.370
 UMY  N0H  C0P  single    1.366  0.020  1.366
 UMY  N0M  C0N  single    1.396  0.020  1.396
 UMY  O0A  CAL  single    1.355  0.020  1.355
 UMY  CAM  CAL  aromatic  1.411  0.020  1.411
 UMY  CAM  CAH  aromatic  1.358  0.020  1.358
 UMY  CAL  CAK  aromatic  1.377  0.020  1.377
 UMY  C0P  C0O  double    1.341  0.020  1.341
 UMY  C0N  O0S  double    1.209  0.020  1.209
 UMY  C0N  C0O  single    1.447  0.020  1.447
 UMY  F32  CAH  single    1.336  0.020  1.336
 UMY  CAH  CAI  aromatic  1.408  0.020  1.408
 UMY  CAK  C31  single    1.500  0.020  1.500
 UMY  CAK  CAJ  aromatic  1.421  0.020  1.421
 UMY  CAI  CAJ  aromatic  1.422  0.020  1.422
 UMY  CAI  CAY  aromatic  1.412  0.020  1.412
 UMY  CAJ  CBB  aromatic  1.412  0.020  1.412
 UMY  CBB  CBA  aromatic  1.374  0.020  1.374
 UMY  CAY  CAZ  aromatic  1.363  0.020  1.363
 UMY  CAZ  CBA  aromatic  1.413  0.020  1.413
 UMY  CBA  CBC  single    1.427  0.020  1.427
 UMY  CBC  NBD  triple    1.152  0.020  1.152
 UMY  CAM  H1   single    0.930  0.020  1.080
 UMY  CAY  H2   single    0.930  0.020  1.080
 UMY  CAZ  H3   single    0.930  0.020  1.080
 UMY  CBB  H4   single    0.930  0.020  1.080
 UMY  C0P  H5   single    0.930  0.020  1.080
 UMY  C00  H6   single    0.930  0.020  1.080
 UMY  C0D  H7   single    0.970  0.020  1.090
 UMY  C0D  H8   single    0.970  0.020  1.090
 UMY  C0E  H9   single    0.970  0.020  1.090
 UMY  C0E  H10  single    0.970  0.020  1.090
 UMY  C0O  H11  single    0.930  0.020  1.080
 UMY  N0M  H12  single    0.860  0.020  1.020
 UMY  C01  H13  single    0.930  0.020  1.080
 UMY  C02  H14  single    0.930  0.020  1.080
 UMY  C03  H15  single    0.930  0.020  1.080
 UMY  C31  H16  single    0.970  0.020  1.090
 UMY  C31  H17  single    0.970  0.020  1.090
 UMY  C31  H18  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UMY  F32  CAH  CAM  119.29  3.000
 UMY  F32  CAH  CAI  118.01  3.000
 UMY  CAM  CAH  CAI  122.70  3.000
 UMY  CAY  CAI  CAJ  120.68  3.000
 UMY  CAY  CAI  CAH  122.34  3.000
 UMY  CAJ  CAI  CAH  116.98  3.000
 UMY  CBB  CAJ  CAK  121.23  3.000
 UMY  CBB  CAJ  CAI  117.38  3.000
 UMY  CAK  CAJ  CAI  121.38  3.000
 UMY  C31  CAK  CAL  121.81  3.000
 UMY  C31  CAK  CAJ  120.37  3.000
 UMY  CAL  CAK  CAJ  117.81  3.000
 UMY  O0A  CAL  CAM  120.93  3.000
 UMY  CAM  CAL  CAK  122.00  3.000
 UMY  O0A  CAL  CAK  117.03  3.000
 UMY  H1   CAM  CAL  121.44  3.000
 UMY  H1   CAM  CAH  119.46  3.000
 UMY  CAL  CAM  CAH  119.09  3.000
 UMY  H2   CAY  CAZ  119.39  3.000
 UMY  H2   CAY  CAI  119.99  3.000
 UMY  CAZ  CAY  CAI  120.62  3.000
 UMY  H3   CAZ  CBA  120.05  3.000
 UMY  H3   CAZ  CAY  120.79  3.000
 UMY  CBA  CAZ  CAY  119.16  3.000
 UMY  CBC  CBA  CBB  119.29  3.000
 UMY  CBC  CBA  CAZ  119.35  3.000
 UMY  CBB  CBA  CAZ  121.36  3.000
 UMY  H4   CBB  CBA  119.06  3.000
 UMY  H4   CBB  CAJ  120.15  3.000
 UMY  CBA  CBB  CAJ  120.79  3.000
 UMY  NBD  CBC  CBA  180.00  3.000
 UMY  H5   C0P  N0H  115.26  3.000
 UMY  H5   C0P  C0O  121.36  3.000
 UMY  N0H  C0P  C0O  123.37  3.000
 UMY  H6   C00  C05  120.81  3.000
 UMY  H6   C00  C01  118.90  3.000
 UMY  C05  C00  C01  120.27  3.000
 UMY  H8   C0D  H7   108.06  3.000
 UMY  H8   C0D  O0B  110.87  3.000
 UMY  H7   C0D  O0B  111.50  3.000
 UMY  H8   C0D  C0E  111.26  3.000
 UMY  H7   C0D  C0E  107.46  3.000
 UMY  O0B  C0D  C0E  107.67  3.000
 UMY  H10  C0E  H9   107.49  3.000
 UMY  H10  C0E  N0H  109.64  3.000
 UMY  H9   C0E  N0H  107.39  3.000
 UMY  H10  C0E  C0D  108.79  3.000
 UMY  H9   C0E  C0D  109.49  3.000
 UMY  N0H  C0E  C0D  113.84  3.000
 UMY  O0Q  C0K  N0M  123.18  3.000
 UMY  N0M  C0K  N0H  114.40  3.000
 UMY  O0Q  C0K  N0H  122.42  3.000
 UMY  O0S  C0N  N0M  120.62  3.000
 UMY  O0S  C0N  C0O  126.53  3.000
 UMY  N0M  C0N  C0O  112.85  3.000
 UMY  H11  C0O  C0N  119.37  3.000
 UMY  H11  C0O  C0P  120.87  3.000
 UMY  C0N  C0O  C0P  119.76  3.000
 UMY  C0K  N0H  C0E  118.03  3.000
 UMY  C0K  N0H  C0P  121.21  3.000
 UMY  C0E  N0H  C0P  120.76  3.000
 UMY  H12  N0M  C0N  116.44  3.000
 UMY  H12  N0M  C0K  115.17  3.000
 UMY  C0N  N0M  C0K  128.39  3.000
 UMY  C04  O0A  CAL  122.24  3.000
 UMY  C05  O0B  C0D  119.33  3.000
 UMY  H13  C01  C02  120.22  3.000
 UMY  H13  C01  C00  119.13  3.000
 UMY  C02  C01  C00  120.65  3.000
 UMY  H14  C02  C03  119.95  3.000
 UMY  H14  C02  C01  120.61  3.000
 UMY  C03  C02  C01  119.44  3.000
 UMY  H15  C03  C04  118.80  3.000
 UMY  H15  C03  C02  120.92  3.000
 UMY  C04  C03  C02  120.28  3.000
 UMY  C05  C04  C03  120.63  3.000
 UMY  C03  C04  O0A  118.38  3.000
 UMY  C05  C04  O0A  120.81  3.000
 UMY  C04  C05  O0B  116.01  3.000
 UMY  C04  C05  C00  118.73  3.000
 UMY  O0B  C05  C00  125.25  3.000
 UMY  H18  C31  H17  107.04  3.000
 UMY  H18  C31  H16  107.40  3.000
 UMY  H17  C31  H16  107.56  3.000
 UMY  H18  C31  CAK  112.06  3.000
 UMY  H17  C31  CAK  111.31  3.000
 UMY  H16  C31  CAK  111.23  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UMY  CONST_01  CAK  CAL  CAM  CAH    0.00   0.0  0
 UMY  CONST_02  CAK  CAJ  CAI  CAH    0.00   0.0  0
 UMY  CONST_03  CBB  CAJ  CAI  CAH  180.00   0.0  0
 UMY  CONST_04  CAZ  CAY  CAI  CAH  180.00   0.0  0
 UMY  CONST_05  CAL  CAM  CAH  CAI    0.00   0.0  0
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 UMY  Var_05    O0B  C0D  C0E  N0H  -55.54  30.0  1

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
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