# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Aug  2 17:55:30 2022
#   Inital geometry file: a 128 line input string
#   Ligand name: 6'-(4-chlorophenyl)-1'-methyl-8'-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)spiro[cyclopropane-1,4'-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine]
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cn1cc(cn1)c2ccc3n4c(C)nnc4C5(CC5)N=C(c6ccc(Cl)cc6)c3c2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UDV  UDV  "6'-(4-chlorophenyl)-1'-methyl-8'-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)spiro[cyclopropane-1,4'-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine]"
  ligand  49  30  .  2022-08-11  2022-08-11
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_UDV
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UDV  C1   C   CR5   0   0.392   -8.3083  -0.2659  -24.9903
 UDV  C2   C   CR5   0   0.417   -6.7896  -1.5282  -25.8800
 UDV  C3   C   CR6   0   0.299   -9.0551  -1.9621  -26.6999
 UDV  C7   C   CR16  0  -0.403   -9.6870  -2.9919  -28.7725
 UDV  C8   C   CR6   0   0.041   -8.7557  -2.2681  -28.0311
 UDV  C9   C   C     0   0.229   -7.4786  -1.8887  -28.6914
 UDV  C10  C   CT    0  -0.016   -6.2125  -2.4893  -26.8291
 UDV  C11  C   CH2   0  -0.473   -6.3189  -3.9648  -26.5504
 UDV  C12  C   CH2   0  -0.486   -4.9989  -3.2601  -26.4468
 UDV  C13  C   CR6   0   0.037   -7.5509  -1.3675  -30.0775
 UDV  C14  C   CR16  0  -0.288   -8.6171  -0.5742  -30.4962
 UDV  C15  C   CR16  0  -0.192   -8.6503  -0.0466  -31.7778
 UDV  C16  C   CR6   0  -0.046   -7.6118  -0.3301  -32.6503
 UDV  C19  C   CR5   0  -0.135  -11.8407  -4.1956  -29.0294
 UDV  C20  C   CR15  0  -0.097  -11.6133  -4.9048  -30.2268
 UDV  C22  C   CR15  0   0.022  -13.1847  -4.4085  -28.7798
 UDV  CL   CL  CL    0  -0.118   -7.6501   0.3086  -34.2573
 UDV  C17  C   CR16  0  -0.196   -6.5419  -1.1225  -32.2591
 UDV  C18  C   CR16  0  -0.288   -6.5145  -1.6299  -30.9724
 UDV  N3   N   N     0  -0.347   -6.3203  -2.0084  -28.1771
 UDV  N1   N   N     0  -0.317   -6.2040  -0.7635  -25.0135
 UDV  N    N   N     0  -0.335   -7.1580   0.0269  -24.4544
 UDV  N2   N   NR5   0  -0.597   -8.1266  -1.2604  -25.9097
 UDV  C    C   CH3   0  -0.758   -9.5957   0.3999  -24.6808
 UDV  C6   C   CR6   0   0.145  -10.8953  -3.4233  -28.2325
 UDV  C5   C   CR16  0  -0.348  -11.1645  -3.0972  -26.9014
 UDV  C4   C   CR16  0  -0.247  -10.2582  -2.3808  -26.1460
 UDV  N5   N   NR5   0  -0.266  -13.6518  -5.1783  -29.7718
 UDV  N4   N   N     0  -0.272  -12.7114  -5.4923  -30.6578
 UDV  H1   H   HCR6  0   0.269   -9.4553  -3.2240  -29.8040
 UDV  H2   H   HCH2  0   0.266   -6.8143  -4.2777  -25.6400
 UDV  H3   H   HCH2  0   0.271   -6.4872  -4.6105  -27.4029
 UDV  H4   H   HCH2  0   0.267   -4.2733  -3.4326  -27.2317
 UDV  H5   H   HCH2  0   0.263   -4.5766  -3.0967  -25.4643
 UDV  H6   H   HCR6  0   0.272   -9.4289  -0.3463  -29.8176
 UDV  H7   H   HCR6  0   0.283   -9.4770   0.5778  -32.0879
 UDV  H8   H   HCR5  0   0.260  -10.6892  -5.0154  -30.7750
 UDV  H9   H   HCH3  0   0.262  -15.0146  -6.7551  -29.9054
 UDV  H10  H   HCH3  0   0.261  -15.6173  -5.2799  -29.1353
 UDV  H11  H   HCH3  0   0.262  -15.4060  -5.3335  -30.8922
 UDV  H12  H   HCR5  0   0.295  -13.8271  -4.0598  -27.9866
 UDV  H13  H   HCR6  0   0.283   -5.7401  -1.3438  -32.9502
 UDV  H14  H   HCR6  0   0.267   -5.6824  -2.2483  -30.6639
 UDV  H15  H   HCH3  0   0.279   -9.3933   1.3490  -24.1900
 UDV  H16  H   HCH3  0   0.268  -10.1746   0.5922  -25.5837
 UDV  H17  H   HCH3  0   0.271  -10.2123  -0.1968  -24.0081
 UDV  H18  H   HCR6  0   0.265  -12.0812  -3.4290  -26.4314
 UDV  H19  H   HCR6  0   0.287  -10.4781  -2.1785  -25.1072
 UDV  C21  C   CH3   0  -0.506  -14.9994  -5.6675  -29.9399

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UDV  CL   C16  single    1.730  0.020  1.730
 UDV  C16  C17  aromatic  1.388  0.020  1.388
 UDV  C16  C15  aromatic  1.386  0.020  1.386
 UDV  C17  C18  aromatic  1.383  0.020  1.383
 UDV  C15  C14  aromatic  1.386  0.020  1.386
 UDV  C18  C13  aromatic  1.394  0.020  1.394
 UDV  C14  C13  aromatic  1.393  0.020  1.393
 UDV  N4   C20  aromatic  1.318  0.020  1.318
 UDV  N4   N5   aromatic  1.330  0.020  1.330
 UDV  C20  C19  aromatic  1.410  0.020  1.410
 UDV  C13  C9   single    1.483  0.020  1.483
 UDV  C21  N5   single    1.443  0.020  1.443
 UDV  N5   C22  aromatic  1.340  0.020  1.340
 UDV  C19  C22  aromatic  1.383  0.020  1.383
 UDV  C19  C6   single    1.458  0.020  1.458
 UDV  C7   C6   aromatic  1.392  0.020  1.392
 UDV  C7   C8   aromatic  1.393  0.020  1.393
 UDV  C9   N3   double    1.273  0.020  1.273
 UDV  C9   C8   single    1.487  0.020  1.487
 UDV  C6   C5   aromatic  1.397  0.020  1.397
 UDV  N3   C10  single    1.435  0.020  1.435
 UDV  C8   C3   aromatic  1.398  0.020  1.398
 UDV  C5   C4   aromatic  1.380  0.020  1.380
 UDV  C3   C4   aromatic  1.389  0.020  1.389
 UDV  C3   N2   aromatic  1.407  0.020  1.407
 UDV  C10  C11  single    1.505  0.020  1.505
 UDV  C10  C12  single    1.488  0.020  1.488
 UDV  C10  C2   single    1.469  0.020  1.469
 UDV  C11  C12  single    1.500  0.020  1.500
 UDV  N2   C2   aromatic  1.364  0.020  1.364
 UDV  N2   C1   aromatic  1.367  0.020  1.367
 UDV  C2   N1   aromatic  1.296  0.020  1.296
 UDV  C1   C    single    1.482  0.020  1.482
 UDV  C1   N    aromatic  1.302  0.020  1.302
 UDV  N1   N    aromatic  1.359  0.020  1.359
 UDV  C7   H1   single    0.930  0.020  1.080
 UDV  C11  H2   single    0.970  0.020  1.090
 UDV  C11  H3   single    0.970  0.020  1.090
 UDV  C12  H4   single    0.970  0.020  1.090
 UDV  C12  H5   single    0.970  0.020  1.090
 UDV  C14  H6   single    0.930  0.020  1.080
 UDV  C15  H7   single    0.930  0.020  1.080
 UDV  C20  H8   single    0.930  0.020  1.080
 UDV  C21  H9   single    0.970  0.020  1.090
 UDV  C21  H10  single    0.970  0.020  1.090
 UDV  C21  H11  single    0.970  0.020  1.090
 UDV  C22  H12  single    0.930  0.020  1.080
 UDV  C17  H13  single    0.930  0.020  1.080
 UDV  C18  H14  single    0.930  0.020  1.080
 UDV  C    H15  single    0.970  0.020  1.090
 UDV  C    H16  single    0.970  0.020  1.090
 UDV  C    H17  single    0.970  0.020  1.090
 UDV  C5   H18  single    0.930  0.020  1.080
 UDV  C4   H19  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UDV  C    C1   N2   125.66  3.000
 UDV  C    C1   N    125.47  3.000
 UDV  N2   C1   N    108.84  3.000
 UDV  N2   C2   N1   109.99  3.000
 UDV  N1   C2   C10  129.85  3.000
 UDV  N2   C2   C10  119.97  3.000
 UDV  C4   C3   N2   119.87  3.000
 UDV  N2   C3   C8   120.17  3.000
 UDV  C4   C3   C8   119.94  3.000
 UDV  H1   C7   C6   119.27  3.000
 UDV  H1   C7   C8   118.39  3.000
 UDV  C6   C7   C8   122.34  3.000
 UDV  C9   C8   C7   118.06  3.000
 UDV  C9   C8   C3   123.42  3.000
 UDV  C7   C8   C3   118.50  3.000
 UDV  N3   C9   C13  117.07  3.000
 UDV  N3   C9   C8   125.32  3.000
 UDV  C13  C9   C8   117.58  3.000
 UDV  N3   C10  C12  118.44  3.000
 UDV  C12  C10  C11   60.14  3.000
 UDV  N3   C10  C11  119.80  3.000
 UDV  C12  C10  C2   119.57  3.000
 UDV  C11  C10  C2   119.60  3.000
 UDV  N3   C10  C2   110.99  3.000
 UDV  H3   C11  H2   114.74  3.000
 UDV  H3   C11  C12  118.13  3.000
 UDV  H2   C11  C12  118.71  3.000
 UDV  H3   C11  C10  116.73  3.000
 UDV  H2   C11  C10  118.12  3.000
 UDV  C12  C11  C10   59.35  3.000
 UDV  H5   C12  H4   114.89  3.000
 UDV  H5   C12  C11  118.51  3.000
 UDV  H4   C12  C11  117.70  3.000
 UDV  H5   C12  C10  118.27  3.000
 UDV  H4   C12  C10  116.29  3.000
 UDV  C11  C12  C10   60.51  3.000
 UDV  C18  C13  C14  118.89  3.000
 UDV  C14  C13  C9   121.23  3.000
 UDV  C18  C13  C9   119.85  3.000
 UDV  H6   C14  C15  118.78  3.000
 UDV  H6   C14  C13  120.36  3.000
 UDV  C15  C14  C13  120.85  3.000
 UDV  H7   C15  C16  120.69  3.000
 UDV  H7   C15  C14  120.21  3.000
 UDV  C16  C15  C14  119.10  3.000
 UDV  C17  C16  CL   119.33  3.000
 UDV  C17  C16  C15  121.14  3.000
 UDV  CL   C16  C15  119.53  3.000
 UDV  C6   C19  C22  127.80  3.000
 UDV  C6   C19  C20  128.76  3.000
 UDV  C22  C19  C20  103.45  3.000
 UDV  H8   C20  N4   120.08  3.000
 UDV  H8   C20  C19  128.35  3.000
 UDV  N4   C20  C19  111.56  3.000
 UDV  H12  C22  N5   121.51  3.000
 UDV  H12  C22  C19  131.41  3.000
 UDV  N5   C22  C19  107.07  3.000
 UDV  H13  C17  C18  120.31  3.000
 UDV  H13  C17  C16  120.55  3.000
 UDV  C18  C17  C16  119.14  3.000
 UDV  H14  C18  C17  119.36  3.000
 UDV  H14  C18  C13  119.76  3.000
 UDV  C17  C18  C13  120.88  3.000
 UDV  C10  N3   C9   118.64  3.000
 UDV  N    N1   C2   107.52  3.000
 UDV  N1   N    C1   108.66  3.000
 UDV  C3   N2   C2   124.15  3.000
 UDV  C2   N2   C1   104.99  3.000
 UDV  C3   N2   C1   130.78  3.000
 UDV  H17  C    H16  107.91  3.000
 UDV  H17  C    H15  107.72  3.000
 UDV  H16  C    H15  108.59  3.000
 UDV  H17  C    C1   111.97  3.000
 UDV  H16  C    C1   111.57  3.000
 UDV  H15  C    C1   108.94  3.000
 UDV  C5   C6   C19  121.31  3.000
 UDV  C5   C6   C7   117.69  3.000
 UDV  C19  C6   C7   121.00  3.000
 UDV  H18  C5   C4   118.53  3.000
 UDV  H18  C5   C6   120.37  3.000
 UDV  C4   C5   C6   121.08  3.000
 UDV  H19  C4   C5   119.31  3.000
 UDV  H19  C4   C3   120.20  3.000
 UDV  C5   C4   C3   120.46  3.000
 UDV  N4   N5   C22  112.49  3.000
 UDV  C22  N5   C21  127.33  3.000
 UDV  N4   N5   C21  120.17  3.000
 UDV  N5   N4   C20  105.43  3.000
 UDV  H11  C21  H10  109.04  3.000
 UDV  H11  C21  H9   109.23  3.000
 UDV  H10  C21  H9   108.98  3.000
 UDV  H11  C21  N5   110.29  3.000
 UDV  H10  C21  N5   108.90  3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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