# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May  6 16:48:31 2020
#   Inital geometry file: a 82 line input string
#   Ligand name: O-decyl hydrogen thiocarbonate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCCOC(S)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UDT  UDT  'O-decyl hydrogen thiocarbonate'  ligand  36  14  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_UDT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UDT  C11   C  CH3   0  -0.662   8.6474  -0.4860   0.0377
 UDT  C10   C  CH2   0  -0.419   7.4062   0.3961   0.0265
 UDT  C9    C  CH2   0  -0.406   6.1125  -0.4094   0.0286
 UDT  C8    C  CH2   0  -0.412   4.8589   0.4567   0.0182
 UDT  C7    C  CH2   0  -0.412   3.5699  -0.3556   0.0245
 UDT  C6    C  CH2   0  -0.413   2.3130   0.5058   0.0127
 UDT  C5    C  CH2   0  -0.413   1.0288  -0.3136   0.0197
 UDT  C4    C  CH2   0  -0.429  -0.2301   0.5447   0.0039
 UDT  C3    C  CH2   0  -0.467  -1.5048  -0.2921   0.0129
 UDT  C2    C  CH2   0  -0.165  -2.7349   0.5868  -0.0126
 UDT  O2    O  O2    0  -0.444  -3.8907  -0.2766   0.0037
 UDT  C1    C  C     0   0.435  -5.0810   0.2854  -0.0268
 UDT  O1    O  O     0  -0.422  -5.3156   1.4600  -0.0667
 UDT  S1    S  S2    0  -0.176  -6.2909  -1.0104   0.0021
 UDT  H111  H  HCH3  0   0.215   8.6670  -1.1244   0.9231
 UDT  H112  H  HCH3  0   0.216   8.6738  -1.1375  -0.8379
 UDT  H113  H  HCH3  0   0.225   9.5639   0.1052   0.0371
 UDT  H101  H  HCH2  0   0.210   7.4197   1.0610   0.8959
 UDT  H102  H  HCH2  0   0.210   7.4257   1.0475  -0.8529
 UDT  H91   H  HCH2  0   0.206   6.1003  -1.0759  -0.8415
 UDT  H92   H  HCH2  0   0.206   6.0950  -1.0625   0.9087
 UDT  H81   H  HCH2  0   0.206   4.8717   1.1245   0.8871
 UDT  H82   H  HCH2  0   0.206   4.8742   1.1073  -0.8635
 UDT  H71   H  HCH2  0   0.207   3.5586  -1.0243  -0.8437
 UDT  H72   H  HCH2  0   0.207   3.5552  -1.0056   0.9067
 UDT  H61   H  HCH2  0   0.208   2.3226   1.1743   0.8809
 UDT  H62   H  HCH2  0   0.208   2.3257   1.1551  -0.8700
 UDT  H51   H  HCH2  0   0.211   1.0208  -0.9842  -0.8467
 UDT  H52   H  HCH2  0   0.211   1.0151  -0.9601   0.9042
 UDT  H41   H  HCH2  0   0.219  -0.2238   1.2143   0.8705
 UDT  H42   H  HCH2  0   0.219  -0.2190   1.1894  -0.8815
 UDT  H31   H  HCH2  0   0.234  -1.5113  -0.9590  -0.8540
 UDT  H32   H  HCH2  0   0.234  -1.5218  -0.9241   0.9055
 UDT  H21   H  HCH2  0   0.242  -2.7625   1.2472   0.8571
 UDT  H22   H  HCH2  0   0.242  -2.7555   1.2047  -0.9131
 UDT  HS1   H  HSH1  0   0.259  -7.3556  -0.2031  -0.0429

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UDT  C11  C10   single  1.523  0.020  1.523
 UDT  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C11  H113  single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C10  C9    single  1.524  0.020  1.524
 UDT  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C9   C8    single  1.524  0.020  1.524
 UDT  C9   H91   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C9   H92   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C8   C7    single  1.524  0.020  1.524
 UDT  C8   H81   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C8   H82   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C7   C6    single  1.524  0.020  1.524
 UDT  C7   H71   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C7   H72   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C6   C5    single  1.523  0.020  1.523
 UDT  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C5   C4    single  1.524  0.020  1.524
 UDT  C5   H51   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C5   H52   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C4   C3    single  1.525  0.020  1.525
 UDT  C4   H41   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C4   H42   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C3   C2    single  1.512  0.020  1.512
 UDT  C3   H31   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C3   H32   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C2   O2    single  1.443  0.020  1.443
 UDT  C2   H21   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  C2   H22   single  0.970  0.020  1.090
 UDT  O2   C1    single  1.317  0.020  1.317
 UDT  C1   S1    single  1.773  0.020  1.773
 UDT  C1   O1    double  1.199  0.020  1.199
 UDT  S1   HS1   single  1.200  0.020  1.300

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UDT  H113  C11  H112  107.62  3.000
 UDT  H113  C11  H111  107.60  3.000
 UDT  H112  C11  H111  107.53  3.000
 UDT  H113  C11  C10   111.77  3.000
 UDT  H112  C11  C10   111.07  3.000
 UDT  H111  C11  C10   111.06  3.000
 UDT  H102  C10  H101  106.05  3.000
 UDT  H102  C10  C9    109.31  3.000
 UDT  H101  C10  C9    109.30  3.000
 UDT  H102  C10  C11   109.64  3.000
 UDT  H101  C10  C11   109.64  3.000
 UDT  C9    C10  C11   112.69  3.000
 UDT  H92   C9   H91   105.96  3.000
 UDT  H92   C9   C8    109.33  3.000
 UDT  H91   C9   C8    109.33  3.000
 UDT  H92   C9   C10   109.24  3.000
 UDT  H91   C9   C10   109.26  3.000
 UDT  C8    C9   C10   113.45  3.000
 UDT  H82   C8   H81   106.02  3.000
 UDT  H82   C8   C7    109.37  3.000
 UDT  H81   C8   C7    109.36  3.000
 UDT  H82   C8   C9    109.36  3.000
 UDT  H81   C8   C9    109.35  3.000
 UDT  C7    C8   C9    113.14  3.000
 UDT  H72   C7   H71   106.01  3.000
 UDT  H72   C7   C6    109.29  3.000
 UDT  H71   C7   C6    109.29  3.000
 UDT  H72   C7   C8    109.32  3.000
 UDT  H71   C7   C8    109.32  3.000
 UDT  C6    C7   C8    113.35  3.000
 UDT  H62   C6   H61   106.06  3.000
 UDT  H62   C6   C5    109.40  3.000
 UDT  H61   C6   C5    109.39  3.000
 UDT  H62   C6   C7    109.37  3.000
 UDT  H61   C6   C7    109.36  3.000
 UDT  C5    C6   C7    113.03  3.000
 UDT  H52   C5   H51   106.09  3.000
 UDT  H52   C5   C4    109.29  3.000
 UDT  H51   C5   C4    109.30  3.000
 UDT  H52   C5   C6    109.37  3.000
 UDT  H51   C5   C6    109.38  3.000
 UDT  C4    C5   C6    113.17  3.000
 UDT  H42   C4   H41   106.24  3.000
 UDT  H42   C4   C3    109.64  3.000
 UDT  H41   C4   C3    109.61  3.000
 UDT  H42   C4   C5    109.37  3.000
 UDT  H41   C4   C5    109.36  3.000
 UDT  C3    C4   C5    112.43  3.000
 UDT  H32   C3   H31   107.12  3.000
 UDT  H32   C3   C2    109.69  3.000
 UDT  H31   C3   C2    109.65  3.000
 UDT  H32   C3   C4    109.56  3.000
 UDT  H31   C3   C4    109.57  3.000
 UDT  C2    C3   C4    111.16  3.000
 UDT  H22   C2   H21   108.29  3.000
 UDT  H22   C2   O2    109.43  3.000
 UDT  H21   C2   O2    109.42  3.000
 UDT  H22   C2   C3    110.98  3.000
 UDT  H21   C2   C3    111.02  3.000
 UDT  O2    C2   C3    107.68  3.000
 UDT  C1    O2   C2    117.94  3.000
 UDT  S1    C1   O1    125.68  3.000
 UDT  O1    C1   O2    126.59  3.000
 UDT  S1    C1   O2    107.73  3.000
 UDT  HS1   S1   C1     95.83  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UDT  Var_01  C8    C9   C10  C11   179.97  30.0  3
 UDT  Var_02  C7    C8   C9   C10  -179.83  30.0  3
 UDT  Var_03  C6    C7   C8   C9   -179.94  30.0  3
 UDT  Var_04  C5    C6   C7   C8   -179.97  30.0  3
 UDT  Var_05  C4    C5   C6   C7   -179.83  30.0  3
 UDT  Var_06  C3    C4   C5   C6   -179.93  30.0  3
 UDT  Var_07  C2    C3   C4   C5   -179.62  30.0  3
 UDT  Var_08  O2    C2   C3   C4   -179.75  30.0  3
 UDT  Var_09  S1    C1   O2   C2    179.97  30.0  3
 UDT  Var_10  H111  C11  C10  C9    -59.77  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UDT  plan-1  O2  0.020
 UDT  plan-1  C1  0.020
 UDT  plan-1  O1  0.020
 UDT  plan-1  S1  0.020

